Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000106 GG 14 20 34 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.159 0.000 0.066 000757 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 21 41 0.012 0.000 0.006 000861 CC 1 0 1 CT 2 0 2 TT 18 21 39 4.203 0.000 9.476 001021 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 17 21 38 0.131 0.000 0.059 001024 AA 13 21 34 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.900 0.000 0.357 001272 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 19 41 0.000 0.013 0.006 001547 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 17 19 36 0.233 0.000 0.111 001848 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 18 19 37 0.014 0.000 0.007 002162 AA 20 22 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 002273 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 21 22 43 0.048 0.000 0.023 002306 AA 20 22 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 002387 ++ 3 0 3 +- 8 3 11 -- 12 19 31 0.733 0.118 1.841 002521 AA 0 4 4 AG 5 7 12 GG 17 8 25 0.362 0.996 1.748 002638 GG 0 0 0 GT 6 3 9 TT 18 19 37 0.490 0.118 0.541 002652 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002890 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 20 43 0.011 0.000 0.006 002996 AA 5 6 11 AC 8 7 15 CC 10 7 17 1.675 1.779 3.578 003094 AA 13 5 18 AG 8 10 18 GG 2 7 9 0.221 0.153 1.250 003157 AA 5 6 11 AG 5 8 13 GG 11 8 19 4.868 1.564 6.004 003304 CC 22 20 42 CG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.050 0.024 003342 ++ 0 0 0 +- 9 0 9 -- 13 21 34 1.455 0.000 0.587 003412 CC 19 22 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.055 003691 AA 0 0 0 AG 1 2 3 GG 23 21 44 0.011 0.048 0.051 003714 ++ 22 23 45 +- 2 0 2 -- 0 0 0 0.045 0.000 0.022 003991 AA 17 8 25 AC 5 8 13 CC 0 6 6 0.362 1.564 3.295 004134 GG 3 0 3 GT 8 2 10 TT 10 19 29 0.429 0.053 2.182 004180 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004249 CC 16 20 36 CT 8 3 11 TT 0 0 0 0.960 0.112 0.826 004259 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004366 AA 17 8 25 AT 7 9 16 TT 0 6 6 0.700 1.028 1.629 004423 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004648 AA 2 6 8 AC 9 9 18 CC 12 8 20 0.028 1.028 1.181 004752 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 21 43 0.011 0.000 0.006 004879 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004949 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004990 CC 13 20 33 CT 8 3 11 TT 3 0 3 0.897 0.112 2.074 004993 AA 8 8 16 AG 13 8 21 GG 3 7 10 0.421 2.112 0.394 005241 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 006007 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007167 AA 3 8 11 AG 10 8 18 GG 11 7 18 0.094 2.112 2.206 007175 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 1 0 1 9.967 0.000 20.206 007265 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 007306 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 007430 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 21 23 44 0.107 0.000 0.051 007486 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.045 0.000 0.022 007662 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007663 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 007664 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 007854 AA 4 7 11 AG 14 8 22 GG 6 8 14 0.734 2.112 0.169 007947 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 007988 AA 13 20 33 AC 8 3 11 CC 3 0 3 0.897 0.112 2.074 008152 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 008426 GG 21 23 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 008583 CC 17 23 40 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.156 008595 AA 1 0 1 AT 7 0 7 TT 13 23 36 0.002 0.000 0.786 008796 AA 18 23 41 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.124 0.000 0.055 009152 ++ 16 18 34 +- 6 0 6 -- 0 0 0 0.548 0.000 0.263 009473 CC 3 7 10 CT 5 4 9 TT 16 8 24 4.041 6.343 12.159 009474 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 21 42 0.107 0.000 0.054 009505 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 009534 CC 9 7 16 CT 12 6 18 TT 3 8 11 0.107 3.834 1.624 009600 AA 4 18 22 AG 10 3 13 GG 9 0 9 0.175 0.124 5.470 009616 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 19 43 0.000 0.053 0.023 009663 AA 0 1 1 AG 0 1 1 GG 19 17 36 0.000 7.736 16.202 010381 CC 3 0 3 CT 8 3 11 TT 13 19 32 0.897 0.118 1.957 010420 ++ 23 22 45 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010425 ++ 0 0 0 +- 1 0 1 -- 23 22 45 0.011 0.000 0.006 010613 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010876 AA 22 21 43 AG 2 0 2 GG 0 1 1 0.045 22.000 10.478 011137 ++ 18 21 39 +- 4 0 4 -- 0 0 0 0.220 0.000 0.102 011155 CC 16 21 37 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.062 0.000 0.027 011472 AA 3 0 3 AC 8 3 11 CC 11 18 29 0.577 0.124 1.610 011554 CC 2 0 2 CT 7 3 10 TT 11 18 29 0.299 0.124 0.788 011684 AA 3 0 3 AT 6 3 9 TT 13 20 33 2.148 0.112 3.528 011741 CC 7 7 14 CT 11 8 19 TT 6 8 14 0.160 2.112 1.723 011890 AA 21 8 29 AG 3 9 12 GG 0 5 5 0.107 0.609 3.687 012124 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 012145 AA 0 0 0 AG 10 9 19 GG 9 13 22 2.423 1.455 3.729 012269 ++ 20 6 26 +- 4 4 8 -- 0 5 5 0.198 3.233 6.953 012403 CC 13 20 33 CG 7 3 10 GG 4 0 4 2.476 0.112 4.601 012775 AA 20 21 41 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.012 0.012 0.024 012919 AA 7 8 15 AG 10 7 17 GG 4 6 10 0.016 2.249 1.343 012998 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 19 22 41 0.118 0.000 0.055 013094 AA 0 1 1 AT 2 0 2 TT 21 21 42 0.048 22.000 10.228 013346 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 20 42 0.045 0.000 0.024 013388 AA 22 19 41 AG 2 0 2 GG 0 1 1 0.045 20.000 9.977 013528 ++ 20 5 25 +- 4 8 12 -- 0 5 5 0.198 0.222 2.861 013577 AA 10 0 10 AT 12 2 14 TT 2 17 19 0.375 0.059 4.376 013758 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 21 42 0.107 0.000 0.054 013823 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 013936 CC 6 5 11 CT 13 8 21 TT 2 8 10 1.702 1.037 0.000 013973 AA 0 6 6 AG 3 9 12 GG 17 6 23 0.131 0.429 3.522 014003 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 20 20 40 0.000 0.012 0.006 014076 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 18 21 39 0.055 0.000 0.026 014081 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 17 21 38 0.131 0.000 0.059 014190 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 014299 AA 13 19 32 AG 9 3 12 GG 2 0 2 0.061 0.118 0.390 014455 AA 20 7 27 AT 4 9 13 TT 0 6 6 0.198 0.714 3.762 014482 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 014882 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 22 42 0.112 0.000 0.054 014903 AA 1 0 1 AG 9 0 9 GG 13 23 36 0.130 0.000 0.230 015062 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015521 CC 23 20 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 015833 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 015932 AA 2 0 2 AG 10 3 13 GG 12 20 32 0.002 0.112 0.208 015975 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 016040 GG 21 23 44 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 016163 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016385 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 016565 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 016568 AA 20 22 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 016809 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016838 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016983 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 22 20 42 0.000 0.050 0.024 017093 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 18 19 37 0.055 0.000 0.027 017282 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 19 19 38 0.013 0.000 0.007 017418 ++ 15 19 34 +- 4 0 4 -- 0 0 0 0.263 0.000 0.117 017461 ++ 0 0 0 +- 2 0 2 -- 21 16 37 0.048 0.000 0.027 017743 AA 11 18 29 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.355 0.000 0.137 017800 ++ 0 0 0 +- 4 0 4 -- 11 16 27 0.355 0.000 0.147 018358 ++ 0 0 0 +- 2 0 2 -- 22 22 44 0.045 0.000 0.023 018457 AA 22 21 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 018463 CC 21 20 41 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.012 0.050 0.055 018662 CC 0 0 0 CT 10 0 10 TT 12 22 34 1.903 0.000 0.723 018785 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 018911 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018966 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 019151 AA 12 16 28 AG 8 0 8 GG 3 0 3 0.733 0.000 3.594 019228 AA 21 14 35 AC 2 2 4 CC 0 0 0 0.048 0.071 0.114 019277 ++ 0 5 5 +- 1 5 6 -- 23 11 34 0.011 4.868 13.313 019386 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 18 21 39 0.490 0.000 0.230 019877 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 14 20 34 0.071 0.000 0.029 020028 ++ 19 21 40 +- 4 0 4 -- 0 0 0 0.209 0.000 0.100 020277 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 020440 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020630 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 020644 GG 1 0 1 GT 2 0 2 TT 21 23 44 4.959 0.000 10.729 021005 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021110 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 021111 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 22 42 0.050 0.000 0.024 021703 CC 20 22 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 021731 ++ 0 0 0 +- 2 1 3 -- 16 21 37 0.062 0.012 0.061 021891 AA 0 0 0 AG 2 1 3 GG 18 22 40 0.055 0.011 0.056 021927 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 022296 CC 14 9 23 CG 10 5 15 GG 0 7 7 1.662 5.666 2.525 022338 AA 22 22 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.023 022351 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022434 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 022749 CC 13 10 23 CT 10 5 15 TT 0 8 8 1.775 7.262 3.359 022830 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 023463 CC 0 8 8 CT 8 6 14 TT 13 8 21 1.163 4.545 3.452 023533 AA 0 8 8 AG 6 6 12 GG 18 8 26 0.490 4.545 6.780 023689 AA 0 8 8 AG 10 5 15 GG 14 10 24 1.662 7.262 3.633 024165 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 024166 AA 1 0 1 AG 0 0 0 GG 20 23 43 21.000 0.000 44.000 024186 CC 19 23 42 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 024426 AA 0 8 8 AT 10 6 16 TT 14 9 23 1.662 5.239 2.751 024427 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024685 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 025025 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 025054 ++ 24 22 46 +- 0 1 1 -- 0 0 0 0.000 0.011 0.005 025276 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 025550 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 22 42 0.050 0.000 0.024 025580 CC 0 9 9 CT 5 5 10 TT 17 9 26 0.362 7.348 10.436 025695 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 025794 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 025945 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.045 0.000 0.022 026076 AA 0 0 0 AG 2 4 6 GG 22 19 41 0.045 0.209 0.218 026089 GG 21 23 44 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 026160 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 026305 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 026346 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 026512 AA 2 5 7 AC 7 6 13 CC 13 9 22 0.505 2.812 3.543 026776 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 026911 ++ 0 0 0 +- 1 0 1 -- 23 22 45 0.011 0.000 0.006 026927 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 027003 CC 16 10 26 CT 8 5 13 TT 0 8 8 0.960 7.262 5.814 027041 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 027418 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 20 41 0.107 0.000 0.055 028302 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 028314 ++ 23 18 41 +- 0 3 3 -- 0 1 1 0.000 2.296 5.985 028375 GG 0 0 0 GT 2 4 6 TT 22 19 41 0.045 0.209 0.218 028423 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 028685 AA 17 9 26 AG 6 6 12 GG 0 8 8 0.517 5.239 6.780 028947 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 029225 AA 18 9 27 AG 6 6 12 GG 0 8 8 0.490 5.239 7.134 029894 ++ 0 7 7 +- 8 5 13 -- 14 9 23 1.086 5.666 3.823 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002387: + 003342: + 003714: + 009152: + 010420: + 010425: + 011137: + 012269: + 013528: + 017418: + 017461: + 017800: + 018358: + 019277: + 020028: + 021731: + 025054: + 026911: + 028314: + 029894: +