Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000106 T 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 000757 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000861 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 001021 C 0.07 0.00 0.04 T 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 001024 G 0.17 0.00 0.09 A 0.82 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 001272 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 001547 G 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 001848 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 002162 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002273 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002306 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002387 + 0.30 0.07 0.19 - 0.70 0.93 0.81 0.42 0.13 0.31 002521 A 0.11 0.39 0.24 G 0.89 0.61 0.76 0.20 0.48 0.37 002638 G 0.12 0.07 0.10 T 0.88 0.93 0.90 0.22 0.13 0.18 002652 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002890 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002996 A 0.39 0.47 0.43 C 0.61 0.53 0.57 0.48 0.50 0.49 003094 G 0.26 0.55 0.40 A 0.74 0.45 0.60 0.39 0.50 0.48 003157 A 0.36 0.45 0.41 G 0.64 0.55 0.59 0.46 0.50 0.48 003304 G 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 003342 + 0.20 0.00 0.10 - 0.80 1.00 0.90 0.33 0.00 0.19 003412 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 003691 A 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 003714 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003991 C 0.11 0.45 0.28 A 0.89 0.55 0.72 0.20 0.50 0.41 004134 G 0.33 0.05 0.19 T 0.67 0.95 0.81 0.44 0.09 0.31 004180 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004249 T 0.17 0.07 0.12 C 0.83 0.93 0.88 0.28 0.12 0.21 004259 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004366 T 0.15 0.46 0.30 A 0.85 0.54 0.70 0.25 0.50 0.42 004423 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004648 A 0.28 0.46 0.37 C 0.72 0.54 0.63 0.41 0.50 0.47 004752 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004879 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004949 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004990 T 0.29 0.07 0.18 C 0.71 0.93 0.82 0.41 0.12 0.30 004993 G 0.40 0.48 0.44 A 0.60 0.52 0.56 0.48 0.50 0.49 005241 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006007 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007167 A 0.33 0.52 0.43 G 0.67 0.48 0.57 0.44 0.50 0.49 007175 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007265 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007306 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 007430 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007486 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007662 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007663 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007664 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007854 A 0.46 0.48 0.47 G 0.54 0.52 0.53 0.50 0.50 0.50 007947 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007988 C 0.29 0.07 0.18 A 0.71 0.93 0.82 0.41 0.12 0.30 008152 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008426 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008583 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 008595 A 0.21 0.00 0.10 T 0.79 1.00 0.90 0.34 0.00 0.18 008796 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 009152 - 0.14 0.00 0.07 + 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.14 009473 C 0.23 0.47 0.34 T 0.77 0.53 0.66 0.35 0.50 0.45 009474 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009505 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009534 T 0.38 0.52 0.44 C 0.62 0.48 0.56 0.47 0.50 0.49 009600 G 0.61 0.07 0.35 A 0.39 0.93 0.65 0.48 0.13 0.46 009616 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 009663 A 0.00 0.08 0.04 G 1.00 0.92 0.96 0.00 0.15 0.08 010381 C 0.29 0.07 0.18 T 0.71 0.93 0.82 0.41 0.13 0.30 010420 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010425 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010613 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010876 G 0.04 0.05 0.04 A 0.96 0.95 0.96 0.08 0.09 0.08 011137 - 0.09 0.00 0.05 + 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 011155 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 011472 A 0.32 0.07 0.20 C 0.68 0.93 0.80 0.43 0.13 0.32 011554 C 0.28 0.07 0.17 T 0.72 0.93 0.83 0.40 0.13 0.28 011684 A 0.27 0.07 0.17 T 0.73 0.93 0.83 0.40 0.12 0.28 011741 T 0.48 0.52 0.50 C 0.52 0.48 0.50 0.50 0.50 0.50 011890 G 0.06 0.43 0.24 A 0.94 0.57 0.76 0.12 0.49 0.36 012124 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012145 A 0.26 0.20 0.23 G 0.74 0.80 0.77 0.39 0.33 0.36 012269 - 0.08 0.47 0.23 + 0.92 0.53 0.77 0.15 0.50 0.36 012403 G 0.31 0.07 0.19 C 0.69 0.93 0.81 0.43 0.12 0.31 012775 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 012919 G 0.43 0.45 0.44 A 0.57 0.55 0.56 0.49 0.50 0.49 012998 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 013094 A 0.04 0.05 0.04 T 0.96 0.95 0.96 0.08 0.09 0.08 013346 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013388 G 0.04 0.05 0.05 A 0.96 0.95 0.95 0.08 0.10 0.09 013528 - 0.08 0.50 0.26 + 0.92 0.50 0.74 0.15 0.50 0.39 013577 A 0.67 0.05 0.40 T 0.33 0.95 0.60 0.44 0.10 0.48 013758 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 013823 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013936 T 0.40 0.57 0.49 C 0.60 0.43 0.51 0.48 0.49 0.50 013973 A 0.07 0.50 0.29 G 0.93 0.50 0.71 0.14 0.50 0.41 014003 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 014076 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 014081 A 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 014190 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014299 G 0.27 0.07 0.17 A 0.73 0.93 0.83 0.39 0.13 0.29 014455 T 0.08 0.48 0.27 A 0.92 0.52 0.73 0.15 0.50 0.40 014482 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014882 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014903 A 0.24 0.00 0.12 G 0.76 1.00 0.88 0.36 0.00 0.21 015062 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015521 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 015833 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 015932 A 0.29 0.07 0.18 G 0.71 0.93 0.82 0.41 0.12 0.30 015975 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016040 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016163 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016385 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016565 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016568 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016809 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016838 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016983 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 017093 A 0.05 0.00 0.03 T 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 017282 A 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 017418 - 0.11 0.00 0.05 + 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017461 + 0.04 0.00 0.03 - 0.96 1.00 0.97 0.08 0.00 0.05 017743 G 0.13 0.00 0.06 A 0.87 1.00 0.94 0.23 0.00 0.11 017800 + 0.13 0.00 0.06 - 0.87 1.00 0.94 0.23 0.00 0.12 018358 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018457 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018463 T 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.07 018662 C 0.23 0.00 0.11 T 0.77 1.00 0.89 0.35 0.00 0.20 018785 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018911 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018966 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 019151 G 0.30 0.00 0.18 A 0.70 1.00 0.82 0.42 0.00 0.29 019228 C 0.04 0.06 0.05 A 0.96 0.94 0.95 0.08 0.12 0.10 019277 + 0.02 0.36 0.18 - 0.98 0.64 0.82 0.04 0.46 0.29 019386 C 0.12 0.00 0.07 T 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 019877 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.05 020028 - 0.09 0.00 0.05 + 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 020277 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020440 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020630 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 020644 G 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 021005 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021110 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021111 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 021703 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 021731 + 0.06 0.02 0.04 - 0.94 0.98 0.96 0.10 0.04 0.07 021891 A 0.05 0.02 0.03 G 0.95 0.98 0.97 0.10 0.04 0.07 021927 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022296 G 0.21 0.45 0.32 C 0.79 0.55 0.68 0.33 0.50 0.44 022338 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022351 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022434 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022749 T 0.22 0.46 0.34 C 0.78 0.54 0.66 0.34 0.50 0.45 022830 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023463 C 0.19 0.50 0.35 T 0.81 0.50 0.65 0.31 0.50 0.45 023533 A 0.12 0.50 0.30 G 0.88 0.50 0.70 0.22 0.50 0.42 023689 A 0.21 0.46 0.33 G 0.79 0.54 0.67 0.33 0.50 0.44 024165 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 024166 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 024186 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024426 A 0.21 0.48 0.34 T 0.79 0.52 0.66 0.33 0.50 0.45 024427 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024685 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025025 G 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 025054 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025276 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025550 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 025580 C 0.11 0.50 0.31 T 0.89 0.50 0.69 0.20 0.50 0.43 025695 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025794 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025945 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026076 A 0.04 0.09 0.06 G 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 026089 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 026160 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026305 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026346 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026512 A 0.25 0.40 0.32 C 0.75 0.60 0.68 0.38 0.48 0.44 026776 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026911 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026927 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027003 T 0.17 0.46 0.31 C 0.83 0.54 0.69 0.28 0.50 0.43 027041 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027418 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 028302 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028314 - 0.00 0.11 0.06 + 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.10 028375 G 0.04 0.09 0.06 T 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 028423 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028685 G 0.13 0.48 0.30 A 0.87 0.52 0.70 0.23 0.50 0.42 028947 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029225 G 0.12 0.48 0.30 A 0.88 0.52 0.70 0.22 0.50 0.42 029894 + 0.18 0.45 0.31 - 0.82 0.55 0.69 0.30 0.50 0.43 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002387: + 003342: + 003714: + 009152: + 010420: + 010425: + 011137: + 012269: + 013528: + 017418: + 017461: + 017800: + 018358: + 019277: + 020028: + 021731: + 025054: + 026911: + 028314: + 029894: +