Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000295 CC 11 19 30 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.023 0.000 0.008 000331 AA 0 1 1 AG 0 3 3 GG 11 15 26 0.000 1.815 3.580 000463 AA 4 13 17 AG 8 6 14 GG 3 1 4 0.077 0.078 0.181 001086 AA 1 2 3 AG 10 8 18 GG 11 9 20 0.468 0.012 0.149 001132 AA 0 0 0 AC 0 4 4 CC 23 15 38 0.000 0.263 0.105 001591 AA 0 0 0 AG 5 4 9 GG 16 17 33 0.383 0.233 0.605 001781 GG 16 20 36 GT 7 0 7 TT 0 0 0 0.741 0.000 0.338 002034 CC 2 2 4 CT 9 9 18 TT 10 12 22 0.000 0.028 0.013 002149 -- 15 19 34 +- 7 4 11 ++ 1 0 1 0.025 0.209 0.010 002221 GG 2 2 4 GT 11 9 20 TT 10 12 22 0.179 0.028 0.033 002368 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 002673 CC 2 2 4 CT 13 9 22 TT 9 12 21 0.813 0.028 0.279 002867 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 002939 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 003012 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 003233 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 003330 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003360 GG 20 15 35 GT 4 7 11 TT 0 1 1 0.198 0.025 0.015 003369 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003434 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 003676 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 003852 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 003894 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 003995 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 18 22 40 0.490 0.000 0.224 004132 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 006148 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006234 -- 14 10 24 +- 10 11 21 ++ 0 2 2 1.662 0.179 0.979 006296 GG 11 23 34 GT 11 0 11 TT 2 0 2 0.107 0.000 0.763 006332 CC 1 0 1 CG 3 0 3 GG 20 23 43 2.617 0.000 6.306 006353 AA 2 2 4 AG 8 9 17 GG 14 12 26 0.296 0.028 0.255 006923 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006958 CC 7 5 12 CT 13 13 26 TT 4 5 9 0.243 0.391 0.578 007154 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 007173 AA 3 2 5 AG 10 8 18 GG 11 13 24 0.094 0.221 0.335 007209 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 007270 AA 11 15 26 AG 10 7 17 GG 3 1 4 0.094 0.025 0.255 007323 CC 13 16 29 CT 10 6 16 TT 1 1 2 0.296 0.195 0.012 007395 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007428 CC 3 2 5 CT 12 10 22 TT 9 11 20 0.107 0.017 0.084 007429 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 007552 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 007559 CC 10 14 24 CT 11 7 18 TT 3 2 5 0.000 0.616 0.335 007574 CC 0 0 0 CT 1 4 5 TT 23 19 42 0.011 0.209 0.148 007729 -- 22 22 44 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.011 0.006 007963 CC 20 22 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 008421 AA 19 20 39 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 008528 CC 14 12 26 CG 7 9 16 GG 3 2 5 1.642 0.028 1.048 008641 AA 3 1 4 AG 8 7 15 GG 13 15 28 0.897 0.025 0.876 008678 CC 12 12 24 CG 9 9 18 GG 3 2 5 0.389 0.028 0.335 008814 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009139 AA 9 12 21 AG 12 9 21 GG 3 2 5 0.107 0.028 0.005 009214 -- 4 6 10 +- 11 10 21 ++ 9 7 16 0.042 0.381 0.394 009329 CC 20 17 37 CT 4 5 9 TT 0 1 1 0.198 0.571 0.253 009428 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009470 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 009667 CC 3 2 5 CT 12 9 21 TT 9 12 21 0.107 0.028 0.005 009672 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 009779 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 009976 AA 2 2 4 AG 11 9 20 GG 9 12 21 0.279 0.028 0.061 009981 CC 2 2 4 CT 11 9 20 TT 9 12 21 0.279 0.028 0.061 010099 CC 3 2 5 CT 10 9 19 TT 10 12 22 0.040 0.028 0.086 010176 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 010191 CC 3 2 5 CG 10 7 17 GG 11 14 25 0.094 0.616 0.639 010229 CC 16 20 36 CT 7 2 9 TT 1 1 2 0.044 4.707 1.816 010279 CC 2 1 3 CT 11 6 17 TT 11 16 27 0.107 0.195 0.022 010317 AA 9 12 21 AT 12 9 21 TT 3 2 5 0.107 0.028 0.005 010399 CC 7 4 11 CG 12 11 23 GG 5 8 13 0.001 0.004 0.018 010468 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 010515 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010583 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 010635 AA 9 12 21 AG 12 9 21 GG 3 2 5 0.107 0.028 0.005 010650 CC 9 12 21 CG 12 9 21 GG 3 2 5 0.107 0.028 0.005 010684 AA 11 12 23 AG 10 9 19 GG 3 2 5 0.094 0.028 0.130 010712 AA 9 12 21 AG 12 9 21 GG 3 2 5 0.107 0.028 0.005 010743 CC 9 12 21 CG 12 9 21 GG 3 2 5 0.107 0.028 0.005 010926 CC 21 21 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 011089 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011186 AA 2 2 4 AG 12 6 18 GG 9 12 21 0.517 0.800 0.003 011312 CC 19 23 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 011582 AA 24 20 44 AT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 011701 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 011740 CC 24 19 43 CT 0 4 4 TT 0 0 0 0.000 0.209 0.093 011783 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 011810 CC 0 0 0 CG 1 4 5 GG 23 19 42 0.011 0.209 0.148 011823 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 011827 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 011878 CC 3 2 5 CT 12 9 21 TT 9 12 21 0.107 0.028 0.005 011922 CC 7 4 11 CT 13 11 24 TT 3 8 11 0.631 0.004 0.087 012036 AA 2 2 4 AG 10 7 17 GG 11 12 23 0.017 0.399 0.111 012138 -- 10 11 21 +- 10 7 17 ++ 1 2 3 0.583 0.299 0.030 012139 CC 19 23 42 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.095 012163 CC 2 2 4 CG 10 8 18 GG 11 11 22 0.017 0.093 0.013 012198 AA 11 12 23 AT 10 7 17 TT 2 2 4 0.017 0.399 0.111 012582 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012843 CC 0 1 1 CG 4 5 9 GG 20 17 37 0.198 0.571 0.253 013322 CC 9 9 18 CG 6 1 7 GG 1 2 3 0.000 6.703 2.499 013518 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 12 13 25 0.083 0.000 0.040 013958 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 014102 CC 3 2 5 CG 12 9 21 GG 9 12 21 0.107 0.028 0.005 014119 -- 20 23 43 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.112 0.000 0.052 014187 CC 12 12 24 CT 7 9 16 TT 5 2 7 3.153 0.028 2.206 014190 CC 3 2 5 CT 11 9 20 TT 9 12 21 0.016 0.028 0.005 014213 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 014242 AA 3 2 5 AG 12 9 21 GG 9 12 21 0.107 0.028 0.005 014270 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 19 23 42 0.013 0.000 0.006 014300 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 014335 AA 3 0 3 AG 8 9 17 GG 13 14 27 0.897 1.361 0.022 014460 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 014491 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002149: ggtc 006234: ctg 007729: ACCCCC 009214: GGT 010515: a 012138: c 014119: c 014270: tgggcctgtgcgtcccggggctcc