Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 001456 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001504 C 0.22 0.17 0.20 T 0.78 0.83 0.80 0.34 0.29 0.31 001507 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001903 A 0.02 0.17 0.10 T 0.98 0.82 0.90 0.05 0.29 0.18 001942 C 0.12 0.03 0.07 T 0.88 0.97 0.93 0.21 0.05 0.14 002239 A 0.24 0.46 0.35 G 0.76 0.54 0.65 0.36 0.50 0.45 002478 G 0.12 0.02 0.06 C 0.88 0.98 0.94 0.21 0.04 0.12 002483 C 0.22 0.17 0.19 T 0.78 0.83 0.81 0.34 0.29 0.31 002507 T 0.07 0.43 0.29 C 0.93 0.57 0.71 0.12 0.49 0.41 002644 G 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.05 003017 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003064 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003176 A 0.52 0.26 0.39 G 0.48 0.74 0.61 0.50 0.39 0.48 003228 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003296 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003335 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003381 T 0.52 0.27 0.40 G 0.48 0.73 0.60 0.50 0.40 0.48 003408 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003525 A 0.52 0.27 0.40 G 0.48 0.73 0.60 0.50 0.40 0.48 003572 C 0.00 0.11 0.05 G 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 003616 C 0.07 0.43 0.25 G 0.93 0.57 0.75 0.12 0.49 0.38 003752 A 0.22 0.46 0.36 C 0.78 0.54 0.64 0.34 0.50 0.46 003801 T 0.19 0.17 0.18 C 0.81 0.83 0.82 0.30 0.29 0.29 004010 T 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004278 C 0.00 0.09 0.05 G 1.00 0.91 0.95 0.00 0.16 0.10 004340 C 0.59 0.26 0.40 T 0.41 0.74 0.60 0.48 0.39 0.48 004539 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004543 A 0.03 0.11 0.07 G 0.97 0.89 0.93 0.05 0.19 0.14 004619 T 0.10 0.02 0.06 C 0.90 0.98 0.94 0.19 0.04 0.12 004690 T 0.13 0.48 0.30 C 0.87 0.52 0.70 0.23 0.50 0.42 004730 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004733 T 0.30 0.59 0.45 C 0.70 0.41 0.55 0.42 0.48 0.49 004962 T 0.16 0.00 0.08 C 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.15 005408 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.03 005476 G 0.53 0.24 0.37 A 0.47 0.76 0.63 0.50 0.36 0.47 005813 * 005850 T 0.25 0.43 0.34 C 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 006365 G 0.25 0.43 0.34 T 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 006423 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006444 A 0.00 0.12 0.06 G 1.00 0.88 0.94 0.00 0.21 0.10 006551 A 0.38 0.00 0.20 G 0.62 1.00 0.80 0.47 0.00 0.32 006562 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006567 A 0.52 0.29 0.41 G 0.48 0.71 0.59 0.50 0.41 0.48 007303 A 0.00 0.15 0.08 G 1.00 0.85 0.92 0.00 0.26 0.14 007664 A 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 007685 T 0.55 0.28 0.42 C 0.45 0.72 0.58 0.49 0.40 0.49 008485 C 0.52 0.26 0.39 A 0.48 0.74 0.61 0.50 0.39 0.48 008525 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008548 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008802 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008893 A 0.12 0.43 0.28 G 0.88 0.57 0.72 0.22 0.49 0.40 008910 T 0.00 0.11 0.05 G 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 009373 C 0.22 0.28 0.25 G 0.78 0.72 0.75 0.34 0.41 0.38 009425 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009536 G 0.00 0.10 0.05 A 1.00 0.90 0.95 0.00 0.18 0.10 009681 T 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 009804 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 009909 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 010057 G 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 010081 G 0.19 0.17 0.18 C 0.81 0.83 0.82 0.31 0.28 0.29 010143 T 0.07 0.50 0.27 C 0.93 0.50 0.73 0.13 0.50 0.39 010293 C 0.19 0.18 0.18 T 0.81 0.82 0.82 0.31 0.29 0.30 010397 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010451 T 0.00 0.11 0.05 A 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 010637 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010715 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010745 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010752 T 0.00 0.11 0.06 C 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.10 010761 T 0.12 0.43 0.28 C 0.88 0.57 0.72 0.21 0.49 0.41 010803 C 0.00 0.11 0.06 T 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.11 010826 A 0.00 0.11 0.06 G 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.11 012723 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013100 A 0.23 0.17 0.20 G 0.77 0.83 0.80 0.35 0.28 0.32 013320 A 0.00 0.11 0.05 G 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 013417 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013444 A 0.52 0.26 0.39 G 0.48 0.74 0.61 0.50 0.39 0.48 013536 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013551 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013588 A 0.00 0.11 0.05 G 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 013643 A 0.14 0.02 0.08 G 0.86 0.98 0.92 0.24 0.04 0.15 014003 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014055 T 0.23 0.17 0.20 C 0.78 0.83 0.80 0.35 0.29 0.32 014081 C 0.00 0.11 0.06 T 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.11 014247 C 0.28 0.28 0.28 T 0.72 0.72 0.72 0.40 0.41 0.40 014437 T 0.00 0.11 0.05 C 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 014696 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014817 A 0.19 0.17 0.18 G 0.81 0.83 0.82 0.30 0.29 0.29 014851 A 0.20 0.17 0.18 G 0.80 0.83 0.82 0.32 0.29 0.30 015029 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 015054 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001507: AT Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 005813 A 0.00 0.10 0.05 C 0.53 0.29 0.40 G 0.47 0.62 0.55