************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 catal.phase.inp catal.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST catal.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates catal.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual catal.phase.out_recom : estimates of recombination parameters catal.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 104 Positions of loci: 980 1026 1225 1536 1739 1980 2049 2212 2219 2277 3076 3131 3173 3211 4286 4524 4870 5101 5247 5268 5380 5383 5591 5986 6256 6508 8287 8472 8532 8654 8780 8998 9046 9154 9356 9631 9803 10147 10444 10803 10832 11164 11283 11959 12187 12574 13263 13727 14282 14838 15565 16607 17223 17257 17296 17406 18047 18305 18633 19384 19581 20098 20726 21219 21929 22603 23502 23697 23816 23916 24416 24655 24727 24764 25713 25742 25791 26050 26481 27219 28112 29237 29501 29603 30099 30337 30338 30448 30493 30549 30762 32047 32157 32824 32860 33190 33451 33819 35148 35311 36079 36728 36798 36868 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file catal.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TCAGCTCCGAGGCATCDTTAGTGGCGACTAATAATTTTATGCAGGGACGTCACATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 4.000000 2 TCAGCTCCGAGGCATCDTTAATGGCGACTAATAATTTTATGCAGGGACGTCACATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 1.000000 3 TCAGCTCCGAGGCATCDCTGGCGGCGACTAATAATTTTATGCAGGGACGTCACATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 2.000000 4 TCAGCTCCGAGGCATCDCCGGCGGCGACTAATAATTTTATGCAGGGACGTCACATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 1.000000 5 TTAGCTCCGAGGCATCDTTAATGGCGACTAATAATTTTATGCAGGGACGTCACATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 2.000000 6 TTAGCTCCGGGGGATCITTAGTGGCGACTAATGATCTTATGCAGGAACATCACATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 1.000000 7 TTAGCTCCGGGGGATCITTAGTGGTGACTAATGATCTAATACAGGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCATTTAACTADCGAGCGTCACCICC 1.000000 8 TTAGCTCCGGGGGATCITTAGTGGTGACTAATGATCTAATATAGGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCATTTAACTADCGAGCGTCACCICC 7.000000 9 TTAGCTCCGGGGGATCITTAGTGGTGACTAGCAGTCTTATGCAGGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADCGCGCGCCATCICC 1.000000 10 TTAGCTCCAAGGCATCDTTAGTGGCGACTAATAATTTTATGCAGGAACATCACATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 1.000000 11 TTAGCTCCAAGGCATCDCCGGCGGCGACTAATAATTTTATGCAGGAACATCACATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 1.000000 12 TTAGCTCCAAGGGATAITTAATGGCGACTAATAATCTTATGCAGGAACACCACATATTTGGDIAAGTCTGCAGTCAATTCACTCAGCTADTGCGTGCCGTCICC 3.000000 13 TTAGCTCCAAGGGATAITTAATGGCGACTCATAATCTTATGCAGGAACATCACATATGTGGDIAAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCGTCICC 13.000000 14 TTAGCTCCAAGGGATAITTAATGGCTACTCATAATCTTATGCAGGAACATCACATATGTGGDIAAGTCTGCAATCAATTCACTCGGCTADTGCGCGCCGTCICC 3.000000 15 TTAGCTCCAATGGCTCITTAGTGGTGACTAATGATCTAATACAGGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCATTTAACTADCGAGCGTCACCICC 1.000000 16 TTAGCACCGATCGATCICTGGCGGCGGCCAGCAATCTTATGCAGGAACATCACATACGCGAIIAGGTCAGCAAGCGATCTACACAGCCADCGAGCGCCATCITA 1.000000 17 TTAGCACCGATCGATCICTGGCGGCGGCCAGCAATCTTATGCAAGAACATCACATACGCGAIIAGGTCAGCAAGCGATCTACACAGCCADCGAGCGCCATCITA 2.000000 18 TTAGCACCGATCGATCICTGGCGACGATTAATAATCCTATGCAGGAATATTACATGCGCGAIIAGGTCAACAATCGATCTACTCAGCCTDCGAGCGCCATCITA 1.000000 19 TTAGTTCCGGGGGATCITTAGTGGTGACTAATGATCTAATACAGGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCATTTAACTADCGAGCGTCACCICC 12.000000 20 TTAGTTCCGGGGGATCITTAGTGGTGACTAATGATCTAATACAGGAGCATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCATTTAACTADCGAGCGTCACCICC 3.000000 21 TTGGCATCGAGGGATAITTAATGGCGACTCATAATCTTATGCAGGAACATCACATATGTGGDIAAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCGTCICC 1.000000 22 TTGGCATCGATGGCTCICTGGTGGCGGCCAGCAGTCTTATGCAGGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADCGCGCGCCATCICC 1.000000 23 TTGGCATCGATGGCTCICTGGCGGCGGCCAACAGTCTAATACAGGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCATTTAACTADCGAGCGTCACCICC 1.000000 24 TTGGCATCGATGGCTCICTGGCGGCGGCCAGCAGTCTTATGCAGGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADCGCGCGCCATCICC 3.000000 25 TTGGCATCGATGGCTCICCGGCGGCGGCCAGCAGACTTGCGCAGAAACATCACTTACGCGAIDAATCTTGTGATTGACCCCCTCAATTAICAAGCGCTATTICA 8.000000 26 TTGGCATCAAGGCATCDTTAGTGGCGACTAATAATTTTATGCAGGAACATCAGATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 3.000000 27 TTGGCATCAAGGCATCDTTAATGGCGACTAATAATTTTATGCAGGAACATCAGATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 2.000000 28 TTGGCATCAAGGCATCDCTGGCGGCGACTAATAATTTTATGCAGGAACATCAGATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 2.000000 29 TTGGCATCAAGGCATCDCCGGCGGCGACTAATAATTTTATGCAGGAACATCAGATACGCGAIIGAGTCTGCAATCAATTCACTCAGCTADTGCGCGCCATCICC 1.000000 30 TTGGCATTGATGGCCCICTGGCAGCGGCCAGCAGTCTTGCGCCGAAACATCTCTCACGCCAIIAATCCTGTGATTGTCCCACTCAGTTADCAAACACCATCDCC 5.000000 31 TTGGCATTGATCGATCICTGGCGGCGGCCAGCAATCTTATGCAAGAACATCACATACGCGAIIAAGTCTGCAATCAATTCATTTAACTADCGAGCGCCATCICC 1.000000 32 CTAACACCGAGCGATCICTGGCGACGATTAATAATCTTATGCAGGAATATCACATGCGCGAIIAGGTCAACAATCGATCTACTCAGCCTDCGAGCGCCATTICA 1.000000 33 CTAACACCGATCGATCICTGGCGACGATTAATAATCCTATGCAGGAATATTACATGCGCGAIIAGGTCAACAATCGATCTACTCAGCCTDCGAGCGCCATCITA 4.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,1) D002: (16,24) D003: (5,13) D004: (2,13) D005: (25,29) D006: (12,17) D007: (30,33) D008: (15,18) D009: (12,30) D010: (14,33) D011: (19,26) D012: (12,13) D013: (6,31) D014: (13,27) D015: (5,14) D016: (11,25) D033: (1,10) D034: (3,33) D035: (14,33) D036: (24,28) D037: (13,27) D038: (26,26) D039: (17,28) D040: (3,32) E001: (7,19) E002: (13,19) E003: (13,19) E004: (13,30) E005: (13,30) E006: (1,19) E007: (25,25) E008: (9,23) E009: (8,25) E010: (13,20) E011: (13,30) E012: (13,25) E013: (19,21) E014: (8,24) E015: (13,22) E016: (8,19) E017: (19,20) E018: (8,19) E019: (8,20) E020: (8,19) E021: (8,25) E022: (4,25) E023: (19,19) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T C A G C T C C G A G G C A T C D T T A G T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T C A G C T C C G A G G C A T C D T T A G T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D002 T T A G C A C C G A T C G A T C I C T G G C G G C G G C C A G C A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A G G T C A G C A A G C G A T C T A C A C A G C C A D C G A G C G C C A T C I T A T T G G C A T C G A T G G C T C I C T G G C G G C G G C C A G C A G T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D C G C G C G C C A T C I C C 0 D003 T T A G C T C C G A G G C A T C D T T A A T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C 0 D004 T (C) A G C T C C G A G G C A T C D T T A A T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T (T) A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C 0 D005 T T G G C A T C G A T G G C T C I C C G G C G G C G G C C A G C A G A C T T G C G C A G A A A C A T C A C T T A C G C G A I D A A T C T T G T G A T T G A C C C C C T C A A T T A I C A A G C G C T A T T I C A T T G G C A T C A A G G C A T C D C C G G C G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A G A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D006 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T A A T A A T C T T A T G C A G G A A C A C C A C A T A T T T G G D I A A G T C T G C A G T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G T G C C G T C I C C T T A G C A C C G A T C G A T C I C T G G C G G C G G C C A G C A A T C T T A T G C A A G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A G G T C A G C A A G C G A T C T A C A C A G C C A D C G A G C G C C A T C I T A 0 D007 T T G G C A T T G A T G G C C C I C T G G C A G C G G C C A G C A G T C T T G C G C C G A A A C A T C T C T C A C G C C A I I A A T C C T G T G A T T G T C C C A C T C A G T T A D C A A A C A C C A T C D C C C T A A C A C C G A T C G A T C I C T G G C G A C G A T T A A T A A T C C T A T G C A G G A A T A T T A C A T G C G C G A I I A G G T C A A C A A T C G A T C T A C T C A G C C T D C G A G C G C C A T C I T A 0 D008 T T A G C (T) C C (A) A T G G C T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T A G C (A) C C (G) A T C G A T C I C T G G C G A C G A T T A A T A A T C C T A T G C A G G A A T A T T A C A T G C G C G A I I A G G T C A A C A A T C G A T C T A C T C A G C C T D C G A G C G C C A T C I T A 0 D009 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T A A T A A T C T T A T G C A G G A A C A C C A C A T A T T T G G D I A A G T C T G C A G T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G T G C C G T C I C C T T G G C A T T G A T G G C C C I C T G G C A G C G G C C A G C A G T C T T G C G C C G A A A C A T C T C T C A C G C C A I I A A T C C T G T G A T T G T C C C A C T C A G T T A D C A A A C A C C A T C D C C 0 D010 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C T A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C G G C T A D T G C G C G C C G T C I C C C T A A C A C C G A T C G A T C I C T G G C G A C G A T T A A T A A T C C T A T G C A G G A A T A T T A C A T G C G C G A I I A G G T C A A C A A T C G A T C T A C T C A G C C T D C G A G C G C C A T C I T A 0 D011 T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T G G C A T C A A G G C A T C D T T A G T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A G A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D012 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T A A T A A T C T T A T G C A G G A A C A C C A C A T A T T T G G D I A A G T C T G C A G T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G T G C C G T C I C C T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C 0 D013 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G C G A C T A A T G A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I (G) A G T C T G C A A T C A A T T C A (C) T (C) A (G) C T A D (T) G (C) G C G C C A T C I C C T T G G C A T T G A T C G A T C I C T G G C G G C G G C C A G C A A T C T T A T G C A A G A A C A T C A C A T A C G C G A I I (A) A G T C T G C A A T C A A T T C A (T) T (T) A (A) C T A D (C) G (A) G C G C C A T C I C C 0 D014 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T G G C A T C A A G G C A T C D T T A A T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A G A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D015 T T A G C T C C G A G G C A T C D T T A A T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C T A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C G G C T A D T G C G C G C C G T C I C C 0 D016 T T (A) G C (T) (C) C A A G G C A T C D C C G G C G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T T (G) G C (A) (T) C G A T G G C T C I C C G G C G G C G G C C A G C A G A C T T G C G C A G A A A C A T C A C T T A C G C G A I D A A T C T T G T G A T T G A C C C C C T C A A T T A I C A A G C G C T A T T I C A 0 D033 T C A G C T C C G A G G C A T C D T T A G T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T T A G C T C C A A G G C A T C D T T A G T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D034 T C A G C T C C G A G G C A T C D C T G G C G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C C T A A C A C C G A T C G A T C I C T G G C G A C G A T T A A T A A T C C T A T G C A G G A A T A T T A C A T G C G C G A I I A G G T C A A C A A T C G A T C T A C T C A G C C T D C G A G C G C C A T C I T A 0 D035 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C T A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C G G C T A D T G C G C G C C G T C I C C C T A A C A C C G A T C G A T C I C T G G C G A C G A T T A A T A A T C C T A T G C A G G A A T A T T A C A T G C G C G A I I A G G T C A A C A A T C G A T C T A C T C A G C C T D C G A G C G C C A T C I T A 0 D036 T T G G C A T C G A T G G C T C I C T G G C G G C G G C C A G C A G T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D C G C G C G C C A T C I C C T T G G C A T C A A G G C A T C D C T G G C G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A G A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D037 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T G G C A T C A A G G C A T C D T T A A T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A G A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D038 T T G G C A T C A A G G C A T C D T T A G T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A G A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T T G G C A T C A A G G C A T C D T T A G T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A G A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D039 T T A G C A C C G A T C G A T C I C T G G C G G C G G C C A G C A A T C T T A T G C A A G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A G G T C A G C A A G C G A T C T A C A C A G C C A D C G A G C G C C A T C I T A T T G G C A T C A A G G C A T C D C T G G C G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G A A C A T C A G A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C 0 D040 T C A G C T C C G A G G C A T C D C T G G C G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C C T A A C A C C G A G C G A T C I C T G G C G A C G A T T A A T A A T C T T A T G C A G G A A T A T C A C A T G C G C G A I I A G G T C A A C A A T C G A T C T A C T C A G C C T D C G A G C G C C A T T I C A 0 E001 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E002 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E003 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E004 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T G G C A T T G A T G G C C C I C T G G C A G C G G C C A G C A G T C T T G C G C C G A A A C A T C T C T C A C G C C A I I A A T C C T G T G A T T G T C C C A C T C A G T T A D C A A A C A C C A T C D C C 0 E005 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T G G C A T T G A T G G C C C I C T G G C A G C G G C C A G C A G T C T T G C G C C G A A A C A T C T C T C A C G C C A I I A A T C C T G T G A T T G T C C C A C T C A G T T A D C A A A C A C C A T C D C C 0 E006 T C A G C T C C G A G G C A T C D T T A G T G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E007 T T G G C A T C G A T G G C T C I C C G G C G G C G G C C A G C A G A C T T G C G C A G A A A C A T C A C T T A C G C G A I D A A T C T T G T G A T T G A C C C C C T C A A T T A I C A A G C G C T A T T I C A T T G G C A T C G A T G G C T C I C C G G C G G C G G C C A G C A G A C T T G C G C A G A A A C A T C A C T T A C G C G A I D A A T C T T G T G A T T G A C C C C C T C A A T T A I C A A G C G C T A T T I C A 0 E008 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A G C A G T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D C G C G C G C C A T C I C C T T G G C A T C G A T G G C T C I C T G G C G G C G G C C A A C [A] [G] T C T A A T A [C] A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E009 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A T A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T G G C A T C G A T G G C T C I C C G G C G G C G G C C A G C A G A C T T G C G C A G A A A C A T C A C T T A C G C G A I D A A T C T T G T G A T T G A C C C C C T C A A T T A I C A A G C G C T A T T I C A 0 E010 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A G C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E011 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T G G C A T T G A T G G C C C I C T G G C A G C G G C C A G C A G T C T T G C G C C G A A A C A T C T C T C A C G C C A I I A A T C C T G T G A T T G T C C C A C T C A G T T A D C A A A C A C C A T C D C C 0 E012 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T G G C A T C G A T G G C T C I C C G G C G G C G G C C A G C A G A C T T G C G C A G A A A C A T C A C T T A C G C G A I D A A T C T T G T G A T T G A C C C C C T C A A T T A I C A A G C G C T A T T I C A 0 E013 T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T G G C A T C G A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C 0 E014 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A T A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T G G C A T C G A T G G C T C I C T G G C G G C G G C C A G C A G T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D C G C G C G C C A T C I C C 0 E015 T T A G C T C C A A G G G A T A I T T A A T G G C G A C T C A T A A T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A T G T G G D I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C G T C I C C T T G G C A T C G A T G G C T C I C T G G T G G C G G C C A G C A G T C T T A T G C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D C G C G C G C C A T C I C C 0 E016 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A T A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E017 T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A G C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E018 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A T A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E019 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A T A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A G C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E020 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A T A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C 0 E021 T T A G C T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A T A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T G G C A T C G A T G G C T C I C C G G C G G C G G C C A G C A G A C T T G C G C A G A A A C A T C A C T T A C G C G A I D A A T C T T G T G A T T G A C C C C C T C A A T T A I C A A G C G C T A T T I C A 0 E022 T C A G C T C C G A G G C A T C D C C G G C G G C G A C T A A T A A T T T T A T G C A G G G A C G T C A C A T A C G C G A I I G A G T C T G C A A T C A A T T C A C T C A G C T A D T G C G C G C C A T C I C C T T G G C A T C G A T G G C T C I C C G G C G G C G G C C A G C A G A C T T G C G C A G A A A C A T C A C T T A C G C G A I D A A T C T T G T G A T T G A C C C C C T C A A T T A I C A A G C G C T A T T I C A 0 E023 T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C T T A G T T C C G G G G G A T C I T T A G T G G T G A C T A A T G A T C T A A T A C A G G A A C A T C A C A T A C G C G A I I A A G T C T G C A A T C A A T T C A T T T A A C T A D C G A G C G T C A C C I C C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D002 = = A = = = C = = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = G = G = = C T = = A = = = = C = = = = A = = = = = = = = = T A = = G = = = T = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = T = A = = T C = = T = = = = T = = = = C = = = = = = = = = C C 0 D003 = = = = = = = = G = = = C = = C D = = = = = = = = = = = = A = = = = = T = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = C = C = A I = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = A = = = = = = = = = = = = = A = = = G = = A I = = = = = = = = = = = = C = = = = = C = = = = = = = = = A = = A = = = = = = = T = T = G D = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = G = = = = = 0 D004 = (C) = = = = = = G = ? ? ? = = C D = = = = = = = = = = = = A = ? = = = T = = ? = = = = = = G = = G = = = = = = = C = C = A I = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = (T) = = = = = = A = ? ? ? = = A I = = = = = = = = = = = = C = ? = = = C = = ? = = = = = = A = = A = = = = = = = T = T = G D = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = 0 D005 = = = = ? ? ? = G = T = G C = = I = = = = = = = = = G = C = G C = G A C = = G C = = = = A = = = = = = = C T = = = = = = = = D A = T C T = = T G = = T G = C C = C = = = = A T = = I C A A ? ? = = T = = T = = A = = = = ? ? ? = A = G = C A = = D = = = = = = = = = A = T = A T = A T T = = A T = = = = G = = = = = = = G A = = = = = = = = I G = G T C = = C A = = C A = T T = A = = = = G C = = D T G C ? ? = = C = = C = = C 0 D006 = ? ? ? ? ? ? ? ? = G G = = = A = T = A A T = = = = A = T = A T = = = = = = = = = = = G = = = ? ? C = = = = = = T T T = G D = = A = = = T = = = G T ? ? ? ? T C = = T = = = = T = = T = C = T = = = G = = = C C = ? ? ? ? ? ? ? ? = T C = = = C = C = G G C = = = = G = C = G C = = = = = = = = = = = A = = = ? ? T = = = = = = C G C = A I = = G = = = A = = = A G ? ? ? ? C T = = A = = = = C = = C = A = C = = = A = = = T A 0 D007 T = G G ? ? ? T = = = G = C C = = = = = = = A G = = G C C = G C = G = = T = G C = = C = A = = C = ? C T = T C A = = = C = = = = A T C = T G T G = = T = T C = C = = = = = = T T A = = A = A = A = = = = = D C C C = A A ? ? ? C = = = C = A T = = = = = = = G A = = A T T = A T = A = = C = A T = = A = G = = T = ? T A = A T G = = = G = = = = G G T = A A C A = = C = A T = T = = = = = = C C T = = G = G = G = = = = = I T A 0 D008 = ? ? ? = (T) = = (A) = = G = C = = = T = A = T = G T = = C = = = = G = = = T A = = A = = ? = = = C = = C = = = = A = = = ? ? = = = A = = = T G ? ? = = = A = = ? C = ? ? ? ? A = T A = = = = = = = T = = C = ? ? ? = ? ? ? = (A) = = (G) = = C = A = = = C = G = C = A C = = T = = = = A = = = C T = = G = = ? = = = T = = T = = = = G = = = ? ? = = = G = = = A A ? ? = = = G = = ? T = ? ? ? ? G = C T = = = = = = = C = = T = ? ? ? 0 D009 = = A = = T C C A = G = = A T A = ? = A A T ? = = = A = T = A T = A = = = = A T = = A = G = = = = C = A = A T = T T T G G D = = = G T = = = C A G = C A A T T = = = = = = = C = = = T G C G T G = ? G = = I = = = = G = = A T T G = T = = C C C = ? = G G C ? = = = G = C = G C = G = = = = G C = = C = A = = = = T = T = T C = C G C C A I = = = T C = = = T G A = T G T C C = = = = = = = T = = = C A A A C A = ? A = = D = = 0 D010 T = = G = T = = A = G G = = = A = T = A A T = G = T = C = C = = = = = = T = = = = = = ? = = = C = = C = = = = A T = T = G D = = A = = = T G = = = = = A = = T C = = = = G = = T A = T = ? ? ? = = = G = = = C C C = = A = A = = G = T C = = = C = C = G G C = A = G = T = A = = = = = = C = = = = = = ? = = = T = = T = = = = G C = C = A I = = G = = = A A = = = = = G = = C T = = = = A = = C T = C = ? ? ? = = = A = = = T A 0 D011 = = A = T T C = G G = = G = = = I = = = = = = = T = = = = = = = G = = C = A = = A = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = A = = = = C = A = = = T = = C = = = = = = G = C A T = A A = = C = = = D = = = = = = = C = = = = = = = A = = T = T = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = G = = = = T = C = = = C = = T = = = = 0 D012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = 0 D013 = = A = = T C C = G G G = = = = = T = A = T = = = = A = T = A T G = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = ? = = (C) = (C) = (G) = = = = (T) = (C) = = = = = = = = = = = = = G = = A T T = A T C = = = = = C = G = C = = = = G = C = G C A = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = ? = = (T) = (T) = (A) = = = = (C) = (A) = = = = = = = = = = = 0 D014 = = A = = T C = = = = = G = = A I = = = = = = = = = = = = C = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = T = G D = A = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = G = = A T = = = = = C = = C D = = = = = = = = = = = = A = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = C = C = A I = G = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = 0 D015 = = = = = = = = G = = = C = = C D = = = = = = = = G = = = A = = = = = T = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = C = C = A I = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? ? ? = = = A = = = = = = = = = = = = = A = = = G = = A I = = = = = = = = T = = = C = = = = = C = = = = = = = = = A = = A = = = = = = = T = T = G D = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = ? ? ? = = = G = = = = = 0 D016 = = (A) = = (T) (C) = A = G = C A = = D = = = = = = = = = A = T = A T = A T T = = A T = = = = G = = = = = = = = A = = = = = = = = ? G = G T C = = C A = = C A = T T = ? = = = = G C = = D T G ? ? ? = = C = = C = = C = = (G) = = (A) (T) = G = T = G C = = I = = = = = = = = = G = C = G C = G A C = = G C = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = ? A = T C T = = T G = = T G = C C = ? = = = = A T = = I C A ? ? ? = = T = = T = = A 0 D033 = C = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D034 T C = G = T = = = = G G C = = = D = = = = = = G = = = C = ? = = = = = T T = = = = = = = = G = C G = C = = = = A = = = = = = = G A = = = T G = = = = = A = = T C = = = = = = = T A = T = ? ? ? = = = = = = = C C C T = A = A = = = = T C G = = = I = = = = = = A = = = T = ? = = = = = C C = = = = = = = = A = T A = T = = = = G = = = = = = = A G = = = A A = = = = = G = = C T = = = = = = = C T = C = ? ? ? = = = = = = = T A 0 D035 T = = G = T = = A = G G = = = A = T = A A T = G = T = C = C = = = = = = T = = = = = = = = = = C = = C = = = = A T = T = G D = = A = = = T G = = = = = A = = T ? = = = = G = = T A = T = C = = = = = G = = = C C C = = A = A = = G = T C = = = C = C = G G C = A = G = T = A = = = = = = C = = = = = = = = = = T = = T = = = = G C = C = A I = = G = = = A A = = = = = G = = C ? = = = = A = = C T = C = A = = = = = A = = = T A 0 D036 = = = = = = = = G = T = G C = = I = = = = = = = = = G ? ? = G C = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = A = G = C A = = D = = = = = = = = = A ? ? = A T = A = T = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = ? ? ? 0 D037 = = A = = T C = = = = = G = = A I = = = = = = = = = = = = C = = = = = C = ? ? = = = = = = = = = ? = = = C = = = T ? ? = G D = A ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = G = = = = = = = G = = A T = = = = = C = = C D = = = = = = = = = = = = A = = = = = T = ? ? = = = = = = = = = ? = = = G = = = C ? ? = A I = G ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = A = = = = = 0 D038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 0 D039 = = A = = = C = G ? T C G = = = I = = = = = = = = = G = C = G C = = = C = = = = = = = A ? ? = = = = = = C = = = = = = ? ? = = A ? = = = A = = = = G = G = = C T = = A = = = = C = = C = ? ? ? = = = = = = = T A = = G = = = T = A ? G G C = = = D = = = = = = = = = A = T = A T = = = T = = = = = = = G ? ? = = = = = = G = = = = = = ? ? = = G ? = = = T = = = = T = A = = T C = = T = = = = T = = T = ? ? ? = = = = = = = C C 0 D040 T C = G = T = = = = = G C = = = D = = = = = = G = = = ? ? = = = = = = T = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = A = = = = = = = G ? = = = T G = = = = = A = = T C = = = = = = = T A = T = C = = = = = = = C = = C C T = A = A = = = = = C G = = = I = = = = = = A = = = ? ? = = = = = = C = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = G = = = = = = = A ? = = = A A = = = = = G = = C T = = = = = = = C T = C = A = = = = = = = T = = A 0 E001 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = C = = = A A = = = = = A = = = = A = = = C = = = = C = = A = = = = T = = G = = = = = = = = ? = = = = = = T = T = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = G = = = = T = C = = = C = G T = = = = = = = = T = = = G G = = = = = C = = = = G = = = T = = = = A = = G = = = = A = = A = = = = = = = = ? = = = = = = C = C = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = A = = = = C = A = = = T = A C = = = = 0 E003 = = = = C = = = A A = = = = = A = = = = A = = = C = = = = C = ? A = = = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = T = T = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = G = = = = T = C = = = C = G T = = = = = = = = T = = = G G = = = = = C = = = = G = = = T = = = = A = ? G = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = C = C = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = A = = = = C = A = = = T = A C = = = = 0 E004 = = A = = T C C A = G = = A T A = T = A A T G = = = A = T C A T = A = = = = A T = = A = G = = = = = = A = A T = T = T G G D = = = G ? = = = C A = = C A A T T = = = = = = = C = = = T G C G = G = = G = = I = = = = G = = A T T G = T = = C C C = C = G G C A = = = G = C A G C = G = = = = G C = = C = A = = = = = = T = T C = C = C C A I = = = T ? = = = T G = = T G T C C = = = = = = = T = = = C A A A = A = = A = = D = = 0 E005 ? ? ? ? = T C C A = G = = A T A = T = A A T G = = = A = T C A T = A = = = = A T = = A = G = = = = = = A = A T = T ? T G G D = = = G ? = = = C A = = C A A T ? = = = = = = = C = = = T G C G = G ? ? G = = I = = ? ? ? ? = A T T G = T = = C C C = C = G G C A = = = G = C A G C = G = = = = G C = = C = A = = = = = = T = T C = C ? C C A I = = = T ? = = = T G = = T G T C ? = = = = = = = T = = = C A A A = A ? ? A = = D = = 0 E006 = C = = C = = = = A = = C = = = D = = = = = = = C = = = = = = = A = = T = T = = G = = = ? ? = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = C = C = G = = = = T = C = = = C = = T = = = = = T = = T = = = = G = = G = = = I = = = = = = = T = = = = = = = G = = C = A = = A = = = ? ? = = A = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = T = T = A = = = = C = A = = = T = = C = = = = 0 E007 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E008 = = A = = T C = = G G = = A ? ? ? T = A = T = ? ? ? A = T = G = ? ? ? = = T = ? ? ? = = ? ? = ? ? = ? ? ? ? ? ? = = = ? ? = = ? = ? = = = = ? ? = = = = = = ? = ? ? ? ? ? G = = = = = = C = = = C = ? ? = ? ? ? = = G = = A T = = A T = = C ? ? ? C = G = C = ? ? ? G = C = A = ? ? ? = = A = ? ? ? = = ? ? = ? ? = ? ? ? ? ? ? = = = ? ? = = ? = ? = = = = ? ? = = = = = = ? = ? ? ? ? ? A = = = = = = A = = = T = ? ? = ? ? ? 0 E009 = = A = = T C = = G G = = A = = = T T A = T = = T = A = T = A T G A T = = A A T A T = = G = = = = = = = = A = = = = = = = = I = = G T C = = C A = = C A = T T = A T = T = = C = = D = G = = = = T C = C C = = C = = G = = A T = = A T = = C = = = C C G = C = = C = G = C = G C A G A = = T G C G C = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = D = = T C T = = T G = = T G = C C = C C = C = = T = = I = A = = = = C T = T T = = A 0 E010 = = = = ? = = = A A ? ? = = = A = = = = A = = = C = = = = C = = A = = = = T = = G = = = = = A = = = = = = = = = T = T = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = C = G = = = = T = C = = = C = G T = = = = = = = = ? = = = G G ? ? = = = C = = = = G = = = T = = = = A = = G = = = = A = = A = = = = = G = = = = = = = = = C = C = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T = T = A = = = = C = A = = = T = A C = = = = 0 E011 = = A = = T C C A = G = = A T A = T = A A T G = = = A = T C A T = A = = = = A T = = A = G = = = = = = A = A T = T = T G G D = = = G T = = = C A = = C A A T T = = = = = = = C = = = T G C G = G = = ? ? = I = = = = G = = A T T G = T = = C C C = C = G G C A = = = G = C A G C = G = = = = G C = = C = A = = = = = = T = T C = C = C C A I = = = T C = = = T G = = T G T C C = = = = = = = T = = = C A A A = A = = ? ? = D = = 0 E012 = = A = = T C = A = G = = A = A = T T A A T = = = = A = T C A T = A T = = = A T = = = = G = = = = = = = = A = = T = T = G D I = = G ? C = = C A = = C A = T T = A = = = = G C = = D T G C = = = = C G = C = = C = = G = = A T = G = T = = C = C = C C G G C = = = = G = C A G C = G A = = = G C = = = = A = = = = = = = = T = = C = C = A I D = = T ? T = = T G = = T G = C C = C = = = = A T = = I C A A = = = = T A = T = = A 0 E013 = = A = T T C = = G = = = = = C = = = = G = = = T = = = = A = = G = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = C ? C = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = A = = = = C = A = = = ? ? A C = = = = = = G = C A T = = A = = = = = A = = = = A = = = C = = = = C = = A = = = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = T ? T = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = G = = = = T = C = = = ? ? G T = = = = 0 E014 = = A = = T C = = G G = = A = = = T = A = T = = T = A = T = A T G A = = = A = = A T = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = T = T = A = = = = = = A = = = T = = C = = = = = = G = = A T = = A T = = C = = = C = G = C = = C = G = C = G C A G = = = T = = G C = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = C = C = G = = = = = = C = = = C = = T = = = = 0 E015 = = A = = T C = A = G = = A ? ? ? T = A A = = = = = A = T C A T = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = G = = = = = = = G = = A T = G = T = = C ? ? ? C = G G = = = = = G = C A G C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = A = = = = = 0 E016 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? A = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = ? = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = = C = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? ? A = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? ? G = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 ? ? ? ? C = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? T = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = A = = T C = = G G = = A = = = T T A = T = = T = A = T = A T G A T = = A A T A T = = G = = = = = = = = A = = = = = ? ? = I = = G ? C = = C A = = C A = T T = A T = T = = C = = D = G = = = = T C = C C = = C = = G = = A T = = A T = = C = = = C C G = C = = C = G = C = G C A G A = = T G C G C = = A = = = = = = = = T = = = = = ? ? = D = = T ? T = = T G = = T G = C C = C C = C = = T = = I = A = = = = C T = T T = = A 0 E022 = C A = = T C = = = G = C A = = D = = = = = = = = = A = T = A T = A T T = = A T = = = = G G = = G = = = = A = = = = = = = = I G = G T C = = C A = = ? ? ? ? T = A = = = = G C = = D T G C = = = = C = = C = = C = T G = = A T = = = T = G C = = I = = = = = = = = = G = C = G C = G A C = = G C = = = = A A = = A = = = = T = = = = = = = = D A = T C T = = T G = = ? ? ? ? C = C = = = = A T = = I C A A = = = = T = = T = = A 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = = 0.78 = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = 1.00 = = ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = 0.83 = = 0.82 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? ? = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = = ? 1.00 = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 0.96 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0.86 = 0.86 = 0.86 = = = = 0.86 = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = 0.72 = = 0.73 0.73 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 0.99 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 = ? ? ? = = ? ? = ? ? = ? ? ? ? ? ? = = = ? ? = = ? = ? = = = = ? ? = = = = = = ? = ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? ? = ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.99 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? 0.99 = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = END PHASEPROBS