Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000980 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 21 40 0.324 0.000 0.156 001026 CC 1 0 1 CT 4 2 6 TT 17 18 35 1.144 0.055 1.229 001199 CC 20 21 41 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 001225 AA 10 10 20 AG 9 10 19 GG 3 1 4 0.177 0.583 0.028 001536 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 17 21 38 0.362 0.000 0.164 001739 CC 20 11 31 CT 1 9 10 TT 0 2 2 0.012 0.007 0.927 001980 AA 4 1 5 AT 11 11 22 TT 6 11 17 0.069 0.741 0.284 002049 CC 11 11 22 CT 8 11 19 TT 2 1 3 0.093 0.741 0.167 002212 CC 20 20 40 CT 3 3 6 TT 0 0 0 0.112 0.112 0.224 002219 AA 4 0 4 AG 13 8 21 GG 6 15 21 0.445 1.019 0.152 002277 AA 21 7 28 AG 2 9 11 GG 0 7 7 0.048 1.087 7.207 002347 GG 23 22 45 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 002370 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 003032 CC 22 18 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003076 GG 10 8 18 GT 10 10 20 TT 3 0 3 0.040 2.663 0.655 003131 CC 0 0 0 CG 10 0 10 GG 13 18 31 1.775 0.000 0.791 003173 CC 3 0 3 CG 11 2 13 GG 9 20 29 0.016 0.050 0.792 003211 AA 17 11 28 AC 7 10 17 CC 0 1 1 0.700 0.468 0.749 003301 AA 17 20 37 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.015 0.000 0.007 004286 CC 0 0 0 CT 2 3 5 TT 22 18 40 0.045 0.124 0.156 004524 AA 1 0 1 AC 9 8 17 CC 14 13 27 0.091 1.163 0.810 004870 -- 3 0 3 +- 12 2 14 ++ 9 19 28 0.107 0.053 0.450 005101 CC 8 2 10 CT 5 9 14 TT 10 12 22 7.262 0.028 5.534 005247 CC 2 2 4 CT 0 3 3 TT 22 18 40 24.000 5.624 22.450 005268 AA 10 12 22 AG 6 9 15 GG 8 2 10 5.916 0.028 4.729 005380 AA 6 0 6 AG 4 9 13 GG 14 14 28 9.375 1.361 3.996 005383 CC 8 2 10 CT 6 8 14 TT 10 13 23 5.916 0.221 5.920 005591 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 22 20 42 0.011 0.112 0.095 005922 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 005986 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 22 40 0.490 0.000 0.224 006256 CC 22 7 29 CT 2 8 10 TT 0 7 7 0.045 1.636 8.755 006508 GG 21 22 43 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 008130 CC 21 19 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 008287 AA 15 12 27 AG 8 10 18 GG 1 1 2 0.003 0.374 0.218 008306 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008472 CC 17 23 40 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.156 008532 CC 1 1 2 CT 7 10 17 TT 14 12 26 0.011 0.374 0.141 008654 AA 15 14 29 AC 8 9 17 CC 0 0 0 1.019 1.361 2.363 008780 AA 15 12 27 AG 8 10 18 GG 1 1 2 0.003 0.374 0.218 008998 CC 1 2 3 CT 8 9 17 TT 14 10 24 0.011 0.000 0.000 009046 AA 21 7 28 AG 3 8 11 GG 0 7 7 0.107 1.636 7.207 009154 AA 18 12 30 AG 6 9 15 GG 0 1 1 0.490 0.182 0.312 009186 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009356 AA 0 1 1 AT 2 4 6 TT 22 17 39 0.045 1.144 1.467 009631 CC 9 21 30 CT 12 2 14 TT 3 0 3 0.107 0.048 0.577 009661 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009803 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 010147 AA 0 7 7 AT 2 9 11 TT 21 7 28 0.048 1.087 7.207 010367 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 010444 AA 18 15 33 AG 4 7 11 GG 0 1 1 0.220 0.025 0.005 010803 CC 0 1 1 CT 4 7 11 TT 20 14 34 0.198 0.011 0.010 010832 AA 0 7 7 AG 2 8 10 GG 22 7 29 0.045 1.636 8.755 011164 CC 23 15 38 CT 0 7 7 TT 0 0 0 0.000 0.787 0.320 011283 AA 22 20 42 AC 2 3 5 CC 0 0 0 0.045 0.112 0.148 011428 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 011959 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 23 42 0.118 0.000 0.054 012186 * 012187 AA 0 1 1 AG 4 7 11 GG 17 11 28 0.233 0.007 0.004 012574 AA 15 18 33 AG 5 1 6 GG 1 0 1 0.429 0.014 1.111 013263 AA 24 20 44 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.112 0.051 013727 CC 17 22 39 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.160 014282 AA 15 20 35 AG 5 2 7 GG 1 0 1 0.429 0.050 0.741 014838 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 22 42 0.112 0.000 0.054 015565 CC 19 22 41 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.152 016026 GG 0 0 0 GT 0 2 2 TT 23 20 43 0.000 0.050 0.023 016607 AA 22 19 41 AT 2 3 5 TT 0 0 0 0.045 0.118 0.152 016747 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 20 44 0.000 0.012 0.006 017223 CC 17 21 38 CG 6 0 6 GG 1 0 1 0.240 0.000 1.407 017257 AA 20 13 33 AT 4 7 11 TT 0 1 1 0.198 0.002 0.005 017296 CC 0 0 0 CT 2 3 5 TT 22 18 40 0.045 0.124 0.156 017406 AA 18 21 39 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.490 0.000 0.230 017426 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 018047 CC 14 14 28 CT 9 9 18 TT 1 0 1 0.091 1.361 0.964 018305 GG 20 20 40 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.056 018633 CC 14 14 28 CT 8 9 17 TT 1 0 1 0.011 1.361 0.749 018799 AA 23 22 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 019080 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 19 39 0.012 0.000 0.006 019384 CC 0 0 0 CG 2 3 5 GG 20 16 36 0.050 0.140 0.173 019581 AA 12 10 22 AG 9 9 18 GG 1 0 1 0.182 1.830 1.485 020098 -- 1 0 1 +- 9 9 18 ++ 14 13 27 0.091 1.455 1.035 020726 -- 0 0 0 +- 1 4 5 ++ 22 18 40 0.011 0.220 0.156 021219 AA 8 20 28 AG 13 2 15 GG 3 0 3 0.421 0.050 0.255 021798 CC 21 21 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 021929 AA 14 23 37 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.840 0.000 0.329 022603 GG 20 14 34 GT 4 7 11 TT 0 1 1 0.198 0.011 0.010 023327 AA 23 20 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023391 GG 23 20 43 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023485 AA 23 20 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023502 CC 0 1 1 CT 4 3 7 TT 20 15 35 0.198 1.815 0.741 023697 CC 22 18 40 CT 2 4 6 TT 0 1 1 0.045 1.252 1.527 023816 AA 0 0 0 AT 9 0 9 TT 15 23 38 1.278 0.000 0.527 023916 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 024007 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 024416 CC 19 14 33 CT 4 7 11 TT 0 1 1 0.209 0.011 0.005 024655 AA 19 14 33 AG 4 7 11 GG 0 1 1 0.209 0.011 0.005 024727 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 024764 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 025713 CC 17 13 30 CT 4 6 10 TT 0 1 1 0.233 0.078 0.023 025742 AA 10 13 23 AG 10 6 16 GG 1 1 2 0.583 0.078 0.138 025791 AA 19 17 36 AT 2 3 5 TT 0 0 0 0.053 0.131 0.173 026050 CC 0 1 1 CT 4 6 10 TT 19 15 34 0.209 0.153 0.067 026298 CC 21 20 41 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 026481 CC 1 1 2 CT 10 6 16 TT 10 14 24 0.583 0.114 0.105 026963 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 027026 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 027219 CC 15 23 38 CT 8 0 8 TT 0 0 0 1.019 0.000 0.417 027525 AA 21 22 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 028112 AA 20 16 36 AC 1 4 5 CC 0 1 1 0.012 1.037 2.047 028301 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 19 19 38 0.000 0.013 0.007 028506 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 029237 CC 21 7 28 CT 2 8 10 TT 0 7 7 0.048 1.636 8.391 029501 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 20 22 42 0.112 0.000 0.054 029603 CC 21 7 28 CT 2 8 10 TT 0 7 7 0.048 1.636 8.391 029753 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 20 42 0.000 0.012 0.006 030099 AA 20 22 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 030337 AA 0 10 10 AG 5 9 14 GG 19 4 23 0.324 0.591 5.920 030338 CC 20 15 35 CT 4 7 11 TT 0 1 1 0.198 0.025 0.015 030448 CC 0 0 0 CT 9 0 9 TT 15 23 38 1.278 0.000 0.527 030493 AA 18 23 41 AT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 030549 -- 22 18 40 +- 2 4 6 ++ 0 1 1 0.045 1.252 1.527 030762 CC 3 12 15 CT 12 11 23 TT 9 0 9 0.107 2.272 0.001 031253 AA 1 0 1 AT 0 0 0 TT 23 21 44 24.000 0.000 45.000 031826 CC 24 20 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 032047 AA 0 1 1 AG 4 7 11 GG 20 15 35 0.198 0.025 0.015 032150 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 16 23 39 0.016 0.000 0.006 032157 AA 2 10 12 AC 8 12 20 CC 7 1 8 0.016 1.239 0.004 032824 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 13 20 33 0.077 0.112 0.188 032860 CC 12 23 35 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.185 0.000 0.064 033190 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 21 20 41 0.048 0.112 0.152 033451 CC 22 6 28 CT 2 8 10 TT 0 6 6 0.045 0.800 6.828 033529 CC 23 21 44 CT 0 0 0 TT 1 0 1 24.000 0.000 45.000 033554 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 20 44 0.000 0.012 0.006 033819 CC 21 16 37 CT 2 4 6 TT 0 1 1 0.048 1.037 1.348 033953 AA 0 0 0 AC 1 2 3 CC 22 19 41 0.011 0.053 0.055 034056 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 034257 CC 0 0 0 CT 2 2 4 TT 21 19 40 0.048 0.053 0.100 035148 AA 14 13 27 AG 9 8 17 GG 1 0 1 0.091 1.163 0.810 035163 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 035311 CC 0 7 7 CT 2 8 10 TT 22 6 28 0.045 1.173 8.391 035974 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 036079 CC 21 18 39 CT 3 4 7 TT 0 1 1 0.107 1.252 0.919 036234 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 036623 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 036661 -- 0 0 0 +- 2 2 4 ++ 21 20 41 0.048 0.050 0.097 036728 -- 0 0 0 +- 2 3 5 ++ 20 19 39 0.050 0.118 0.160 036798 CC 15 22 37 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.787 0.000 0.329 036868 AA 0 0 0 AC 10 4 14 CC 12 17 29 1.903 0.233 1.626 036998 CC 21 21 42 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004870: c 020098: cata 020726: ct 030549: TT 036661: ctc 036728: t Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 012186 AA 20 18 38 012186 AG 0 1 1 012186 AT 1 0 1 012186 GG 0 0 0 012186 GT 0 0 0 012186 TT 0 0 0