Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000980 C 0.10 0.00 0.06 T 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 001026 C 0.14 0.05 0.10 T 0.86 0.95 0.90 0.24 0.10 0.17 001199 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 001225 G 0.34 0.29 0.31 A 0.66 0.71 0.69 0.45 0.41 0.43 001536 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 001739 T 0.02 0.30 0.16 C 0.98 0.70 0.84 0.05 0.42 0.27 001980 A 0.45 0.28 0.36 T 0.55 0.72 0.64 0.50 0.41 0.46 002049 T 0.29 0.28 0.28 C 0.71 0.72 0.72 0.41 0.41 0.41 002212 T 0.07 0.07 0.07 C 0.93 0.93 0.93 0.12 0.12 0.12 002219 A 0.46 0.17 0.32 G 0.54 0.83 0.68 0.50 0.29 0.43 002277 G 0.04 0.50 0.27 A 0.96 0.50 0.73 0.08 0.50 0.40 002347 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002370 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003032 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003076 T 0.35 0.28 0.32 G 0.65 0.72 0.68 0.45 0.40 0.43 003131 C 0.22 0.00 0.12 G 0.78 1.00 0.88 0.34 0.00 0.21 003173 C 0.37 0.05 0.21 G 0.63 0.95 0.79 0.47 0.09 0.33 003211 C 0.15 0.27 0.21 A 0.85 0.73 0.79 0.25 0.40 0.33 003301 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 004286 C 0.04 0.07 0.06 T 0.96 0.93 0.94 0.08 0.13 0.10 004524 A 0.23 0.19 0.21 C 0.77 0.81 0.79 0.35 0.31 0.33 004870 - 0.38 0.05 0.22 + 0.62 0.95 0.78 0.47 0.09 0.35 005101 C 0.46 0.28 0.37 T 0.54 0.72 0.63 0.50 0.41 0.47 005247 C 0.08 0.15 0.12 T 0.92 0.85 0.88 0.15 0.26 0.21 005268 G 0.46 0.28 0.37 A 0.54 0.72 0.63 0.50 0.41 0.47 005380 A 0.33 0.20 0.27 G 0.67 0.80 0.73 0.44 0.31 0.39 005383 C 0.46 0.26 0.36 T 0.54 0.74 0.64 0.50 0.39 0.46 005591 A 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 005922 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005986 A 0.12 0.00 0.07 G 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 006256 T 0.04 0.50 0.26 C 0.96 0.50 0.74 0.08 0.50 0.39 006508 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008130 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008287 G 0.21 0.26 0.23 A 0.79 0.74 0.77 0.33 0.39 0.36 008306 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008472 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 008532 C 0.20 0.26 0.23 T 0.80 0.74 0.77 0.33 0.39 0.36 008654 C 0.17 0.20 0.18 A 0.83 0.80 0.82 0.29 0.31 0.30 008780 G 0.21 0.26 0.23 A 0.79 0.74 0.77 0.33 0.39 0.36 008998 C 0.22 0.31 0.26 T 0.78 0.69 0.74 0.34 0.43 0.39 009046 G 0.06 0.50 0.27 A 0.94 0.50 0.73 0.12 0.50 0.40 009154 G 0.12 0.25 0.18 A 0.88 0.75 0.82 0.22 0.38 0.30 009186 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009356 A 0.04 0.14 0.09 T 0.96 0.86 0.91 0.08 0.24 0.16 009631 T 0.38 0.04 0.21 C 0.62 0.96 0.79 0.47 0.08 0.33 009661 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009803 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 010147 A 0.04 0.50 0.27 T 0.96 0.50 0.73 0.08 0.50 0.40 010367 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010444 G 0.09 0.20 0.14 A 0.91 0.80 0.86 0.17 0.31 0.25 010803 C 0.08 0.20 0.14 T 0.92 0.80 0.86 0.15 0.33 0.24 010832 A 0.04 0.50 0.26 G 0.96 0.50 0.74 0.08 0.50 0.39 011164 T 0.00 0.16 0.08 C 1.00 0.84 0.92 0.00 0.27 0.14 011283 C 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 011428 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011959 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 012186 * 012187 A 0.10 0.24 0.16 G 0.90 0.76 0.84 0.17 0.36 0.27 012574 G 0.17 0.03 0.10 A 0.83 0.97 0.90 0.28 0.05 0.18 013263 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 013727 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 014282 G 0.17 0.05 0.10 A 0.83 0.95 0.90 0.28 0.09 0.19 014838 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015565 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016026 G 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 016607 T 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 016747 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 017223 G 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 017257 T 0.08 0.21 0.14 A 0.92 0.79 0.86 0.15 0.34 0.25 017296 C 0.04 0.07 0.06 T 0.96 0.93 0.94 0.08 0.13 0.10 017406 G 0.12 0.00 0.07 A 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 017426 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018047 T 0.23 0.20 0.21 C 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 018305 T 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 018633 T 0.22 0.20 0.21 C 0.78 0.80 0.79 0.34 0.31 0.33 018799 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019080 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 019384 C 0.05 0.08 0.06 G 0.95 0.92 0.94 0.09 0.15 0.11 019581 G 0.25 0.24 0.24 A 0.75 0.76 0.76 0.38 0.36 0.37 020098 - 0.23 0.20 0.22 + 0.77 0.80 0.78 0.35 0.33 0.34 020726 - 0.02 0.09 0.06 + 0.98 0.91 0.94 0.04 0.17 0.10 021219 G 0.40 0.05 0.23 A 0.60 0.95 0.77 0.48 0.09 0.35 021798 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021929 G 0.17 0.00 0.08 A 0.83 1.00 0.92 0.28 0.00 0.15 022603 T 0.08 0.20 0.14 G 0.92 0.80 0.86 0.15 0.33 0.24 023327 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023391 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023485 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023502 C 0.08 0.13 0.10 T 0.92 0.87 0.90 0.15 0.23 0.19 023697 T 0.04 0.13 0.09 C 0.96 0.87 0.91 0.08 0.23 0.16 023816 A 0.19 0.00 0.10 T 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 023916 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 024007 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024416 T 0.09 0.20 0.14 C 0.91 0.80 0.86 0.16 0.33 0.25 024655 G 0.09 0.20 0.14 A 0.91 0.80 0.86 0.16 0.33 0.25 024727 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 024764 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025713 T 0.10 0.20 0.15 C 0.90 0.80 0.85 0.17 0.32 0.25 025742 G 0.29 0.20 0.24 A 0.71 0.80 0.76 0.41 0.32 0.37 025791 T 0.05 0.07 0.06 A 0.95 0.93 0.94 0.09 0.14 0.11 026050 C 0.09 0.18 0.13 T 0.91 0.82 0.87 0.16 0.30 0.23 026298 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 026481 C 0.29 0.19 0.24 T 0.71 0.81 0.76 0.41 0.31 0.36 026963 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027026 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027219 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 027525 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028112 C 0.02 0.14 0.08 A 0.98 0.86 0.92 0.05 0.24 0.15 028301 A 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 028506 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029237 T 0.04 0.50 0.27 C 0.96 0.50 0.73 0.08 0.50 0.39 029501 A 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 029603 T 0.04 0.50 0.27 C 0.96 0.50 0.73 0.08 0.50 0.39 029753 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 030099 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 030337 A 0.10 0.63 0.36 G 0.90 0.37 0.64 0.19 0.47 0.46 030338 T 0.08 0.20 0.14 C 0.92 0.80 0.86 0.15 0.31 0.24 030448 C 0.19 0.00 0.10 T 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 030493 T 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 030549 + 0.04 0.13 0.09 - 0.96 0.87 0.91 0.08 0.23 0.16 030762 T 0.62 0.24 0.44 C 0.38 0.76 0.56 0.47 0.36 0.49 031253 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031826 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 032047 A 0.08 0.20 0.14 G 0.92 0.80 0.86 0.15 0.31 0.24 032150 A 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.02 032157 C 0.65 0.30 0.45 A 0.35 0.70 0.55 0.46 0.42 0.50 032824 A 0.07 0.07 0.07 G 0.93 0.93 0.93 0.12 0.12 0.12 032860 T 0.10 0.00 0.04 C 0.90 1.00 0.96 0.18 0.00 0.08 033190 A 0.04 0.07 0.05 G 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 033451 T 0.04 0.50 0.25 C 0.96 0.50 0.75 0.08 0.50 0.38 033529 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 033554 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 033819 T 0.04 0.14 0.09 C 0.96 0.86 0.91 0.08 0.24 0.17 033953 A 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.07 034056 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034257 C 0.04 0.05 0.05 T 0.96 0.95 0.95 0.08 0.09 0.09 035148 G 0.23 0.19 0.21 A 0.77 0.81 0.79 0.35 0.31 0.33 035163 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035311 C 0.04 0.52 0.27 T 0.96 0.48 0.73 0.08 0.50 0.39 035974 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036079 T 0.06 0.13 0.10 C 0.94 0.87 0.90 0.12 0.23 0.17 036234 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 036623 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036661 - 0.04 0.05 0.04 + 0.96 0.95 0.96 0.08 0.09 0.08 036728 - 0.05 0.07 0.06 + 0.95 0.93 0.94 0.09 0.13 0.11 036798 T 0.16 0.00 0.08 C 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.15 036868 A 0.23 0.10 0.16 C 0.77 0.90 0.84 0.35 0.17 0.27 036998 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004870: c 020098: cata 020726: ct 030549: TT 036661: ctc 036728: t Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 012186 T 0.02 0.00 0.01 G 0.00 0.03 0.01 A 0.98 0.97 0.97