Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000081 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 14 17 31 0.000 0.015 0.008 000814 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 001018 AA 21 20 41 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.055 001197 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 001257 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 001258 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 001281 AA 7 12 19 AG 14 9 23 GG 3 2 5 0.960 0.028 0.258 001453 AA 16 16 32 AG 8 3 11 GG 0 2 2 0.960 4.954 0.648 001497 CC 18 16 34 CT 6 5 11 TT 0 0 0 0.490 0.383 0.872 001780 -- 7 11 18 +- 14 8 22 ++ 3 2 5 0.960 0.093 0.201 001836 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001938 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 002339 CC 0 1 1 CT 1 10 11 TT 23 10 33 0.011 0.583 0.005 002377 AA 7 13 20 AC 14 7 21 CC 3 2 5 0.960 0.505 0.022 002459 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 17 21 38 0.059 0.000 0.026 002627 CC 19 16 35 CG 0 4 4 GG 0 1 1 0.000 1.037 3.120 002698 AA 0 2 2 AG 1 9 10 GG 18 10 28 0.014 0.000 0.720 002953 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 17 22 39 0.015 0.000 0.006 002955 AA 1 0 1 AG 3 0 3 GG 14 22 36 1.655 0.000 5.184 003268 AA 0 2 2 AT 4 1 5 TT 9 18 27 0.430 12.547 4.399 003274 AA 0 1 1 AC 2 8 10 CC 11 12 23 0.090 0.053 0.005 003368 AA 16 18 34 AT 8 3 11 TT 0 2 2 0.960 5.624 0.763 003486 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 003522 AA 0 0 0 AC 1 1 2 CC 23 22 45 0.011 0.011 0.022 003643 GG 17 18 35 GT 7 4 11 TT 0 1 1 0.700 1.252 0.015 004270 -- 1 0 1 +- 9 5 14 ++ 14 18 32 0.091 0.342 0.140 004375 -- 0 2 2 +- 8 3 11 ++ 16 18 34 0.960 5.624 0.763 005091 AA 3 2 5 AG 14 9 23 GG 7 12 19 0.960 0.028 0.258 005195 CC 3 1 4 CG 15 6 21 GG 6 16 22 1.748 0.195 0.105 005438 AA 16 16 32 AT 7 7 14 TT 0 0 0 0.741 0.741 1.482 012804 GG 21 9 30 GT 2 8 10 TT 0 0 0 0.048 1.609 0.816 013142 CC 19 12 31 CT 5 8 13 TT 0 3 3 0.324 0.733 0.954 013291 -- 8 4 12 +- 15 7 22 ++ 1 11 12 3.219 1.875 0.087 013300 -- 24 20 44 +- 0 0 0 ++ 0 2 2 0.000 22.000 46.000 013855 AA 23 16 39 AT 0 6 6 TT 0 1 1 0.000 0.195 1.467 013873 AA 3 1 4 AC 11 5 16 CC 9 17 26 0.016 0.571 0.442 014126 CC 15 9 24 CT 8 12 20 TT 0 2 2 1.019 0.517 0.747 014165 CC 0 2 2 CT 2 11 13 TT 21 10 31 0.048 0.179 0.177 014197 CC 22 22 44 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.023 014316 AA 0 2 2 AG 8 4 12 GG 15 17 32 1.019 3.584 0.390 026200 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 20 43 0.011 0.000 0.006 026279 CC 21 17 38 CT 3 3 6 TT 0 2 2 0.107 5.290 4.914 026424 -- 0 0 0 +- 0 4 4 ++ 24 19 43 0.000 0.209 0.093 027204 AA 13 6 19 AG 8 10 18 GG 3 7 10 0.897 0.381 1.973 027386 AA 0 1 1 AG 4 5 9 GG 18 16 34 0.220 0.499 0.186 027400 CC 20 9 29 CG 2 11 13 GG 0 2 2 0.050 0.279 0.120 027484 AA 18 21 39 AG 4 1 5 GG 0 0 0 0.220 0.012 0.160 027555 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 21 43 0.045 0.000 0.023 027696 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 027935 AA 2 7 9 AG 7 10 17 GG 13 6 19 0.505 0.381 1.895 027978 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 028141 CC 13 16 29 CT 8 5 13 TT 2 2 4 0.221 2.200 1.801 036626 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 036652 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 036681 AA 21 22 43 AC 1 1 2 CC 0 0 0 0.012 0.011 0.023 036812 CC 3 2 5 CT 6 6 12 TT 13 15 28 2.148 1.252 3.480 036924 -- 14 15 29 +- 8 5 13 ++ 2 2 4 0.296 2.001 1.801 037347 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 037402 AA 0 1 1 AG 4 4 8 GG 20 18 38 0.198 1.252 0.516 037420 CC 0 1 1 CG 0 4 4 GG 24 18 42 0.000 1.252 3.895 037597 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 037913 CC 19 22 41 CT 5 1 6 TT 0 0 0 0.324 0.011 0.218 038203 AA 19 22 41 AG 5 1 6 GG 0 0 0 0.324 0.011 0.218 038362 AA 14 16 30 AG 8 5 13 GG 2 2 4 0.296 2.200 1.934 038873 AA 19 17 36 AG 5 4 9 GG 0 2 2 0.324 3.584 1.816 038913 CC 0 0 0 CT 1 1 2 TT 23 22 45 0.011 0.011 0.022 039042 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 039127 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 039202 CC 19 19 38 CT 5 4 9 TT 0 0 0 0.324 0.209 0.527 039229 CC 14 14 28 CG 7 6 13 GG 3 2 5 1.642 1.099 2.792 039434 AA 13 15 28 AG 7 5 12 GG 2 2 4 0.505 2.001 2.198 039596 CC 21 20 41 CG 1 1 2 GG 0 0 0 0.012 0.012 0.024 039624 AA 0 0 0 AT 4 1 5 TT 18 19 37 0.220 0.013 0.168 039668 AA 13 12 25 AG 6 6 12 GG 3 1 4 2.148 0.048 1.748 046760 AA 14 16 30 AG 8 5 13 GG 2 2 4 0.296 2.200 1.934 046984 GG 14 16 30 GT 8 5 13 TT 2 2 4 0.296 2.200 1.934 047573 AA 13 15 28 AG 7 6 13 GG 3 2 5 1.431 1.252 2.792 048104 AA 0 2 2 AG 4 4 8 GG 14 16 30 0.281 3.327 1.861 048115 AA 0 0 0 AC 0 4 4 CC 19 18 37 0.000 0.220 0.108 048145 AA 2 1 3 AG 3 6 9 GG 14 15 29 4.281 0.153 2.894 048751 AA 14 15 29 AG 7 6 13 GG 3 2 5 1.642 1.252 2.977 048851 AA 23 22 45 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.011 0.011 0.022 048860 CC 23 12 35 CT 1 9 10 TT 0 2 2 0.011 0.028 1.214 048996 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 049204 AA 0 2 2 AC 4 3 7 CC 17 16 33 0.233 4.954 3.011 049235 GG 21 20 41 GT 1 1 2 TT 0 0 0 0.012 0.012 0.024 049429 AA 2 2 4 AG 7 5 12 GG 13 16 29 0.505 2.200 2.351 049524 CC 13 16 29 CT 7 5 12 TT 2 2 4 0.505 2.200 2.351 049527 CC 2 2 4 CG 7 5 12 GG 13 16 29 0.505 2.200 2.351 049579 CC 13 15 28 CG 6 6 12 GG 3 2 5 2.148 1.252 3.480 049595 CC 18 17 35 CT 4 4 8 TT 0 2 2 0.220 3.584 2.396 049755 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 052399 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 052404 AA 20 17 37 AG 4 4 8 GG 0 1 1 0.198 1.144 0.483 052433 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 052747 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 053028 AA 22 18 40 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.025 053253 CC 20 17 37 CT 4 4 8 TT 0 2 2 0.198 3.584 2.613 053536 GG 24 17 41 GT 0 4 4 TT 0 1 1 0.000 1.144 3.784 053763 AA 3 3 6 AT 6 6 12 TT 13 14 27 2.148 2.407 4.556 053770 CC 18 17 35 CT 4 4 8 TT 0 2 2 0.220 3.584 2.396 053804 CC 20 23 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.023 053831 AA 20 23 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.023 054139 AA 23 18 41 AG 0 4 4 GG 0 1 1 0.000 1.252 3.784 054210 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 054514 AA 23 18 41 AT 1 3 4 TT 0 0 0 0.011 0.124 0.097 054599 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 21 44 0.011 0.000 0.006 054932 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 066097 AA 12 13 25 AC 5 5 10 CC 3 3 6 2.783 3.099 5.883 066401 CC 17 17 34 CT 5 3 8 TT 1 2 3 0.571 5.290 4.704 066411 CC 14 14 28 CT 8 8 16 TT 1 1 2 0.011 0.011 0.023 066482 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 066689 -- 0 1 1 +- 4 5 9 ++ 19 16 35 0.209 0.499 0.207 066756 AA 17 20 37 AG 5 2 7 GG 1 1 2 0.571 4.707 3.535 067214 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 067522 CC 19 22 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 067536 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 19 22 41 0.013 0.000 0.006 067549 CC 10 14 24 CT 8 5 13 TT 1 3 4 0.140 3.414 1.155 067726 CC 19 19 38 CT 1 3 4 TT 0 0 0 0.013 0.118 0.105 067920 -- 21 23 44 +- 2 0 2 ++ 1 0 1 4.959 0.000 10.729 068012 CC 1 1 2 CT 6 2 8 TT 15 20 35 0.153 4.707 2.396 068126 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 068307 GG 14 13 27 GT 5 4 9 TT 5 3 8 6.369 4.356 10.875 068339 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 19 43 0.000 0.013 0.006 068358 AA 1 2 3 AC 5 3 8 CC 18 15 33 0.644 4.618 4.519 068365 GG 18 15 33 GT 5 3 8 TT 1 2 3 0.644 4.618 4.519 068463 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 20 43 0.011 0.000 0.006 071352 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 071465 -- 21 23 44 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.048 0.000 0.023 071606 AA 19 23 42 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 071831 AA 1 1 2 AG 5 4 9 GG 18 18 36 0.644 1.252 1.816 071967 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 072069 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 072096 CC 1 1 2 CT 4 4 8 TT 17 11 28 1.144 0.515 1.649 072214 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 16 16 32 0.383 0.000 0.194 074215 -- 8 12 20 +- 6 3 9 ++ 4 7 11 1.606 11.166 11.067 074795 -- 0 1 1 +- 4 9 13 ++ 20 12 32 0.198 0.182 0.058 074820 -- 0 0 0 +- 6 0 6 ++ 14 15 29 0.623 0.000 0.308 074950 AA 0 0 0 AG 2 7 9 GG 12 8 20 0.083 1.389 0.978 075718 AA 12 18 30 AG 8 1 9 GG 2 0 2 0.153 0.014 1.288 075938 -- 0 1 1 +- 0 2 2 ++ 21 18 39 0.000 4.203 9.476 075959 CC 8 3 11 CT 11 7 18 TT 3 10 13 0.065 0.818 0.834 075997 AA 8 3 11 AT 11 6 17 TT 3 10 13 0.065 1.377 1.168 076000 CC 3 10 13 CT 11 6 17 TT 8 3 11 0.065 1.377 1.168 076012 AA 8 3 11 AG 10 6 16 GG 3 10 13 0.002 1.377 1.568 076133 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 19 39 0.012 0.000 0.006 076391 AA 3 10 13 AG 10 6 16 GG 8 3 11 0.002 1.377 1.568 076747 GG 19 13 32 GT 3 9 12 TT 1 1 2 2.457 0.130 0.390 077159 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 077262 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 077538 GG 20 13 33 GT 3 9 12 TT 1 1 2 2.617 0.130 0.435 078042 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 078100 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 078613 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 21 41 0.050 0.000 0.024 078694 AA 1 0 1 AG 5 4 9 GG 16 17 33 0.499 0.233 0.164 078706 AA 21 21 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 078830 AA 19 21 40 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.056 079008 AA 12 14 26 AT 8 8 16 TT 1 0 1 0.053 1.086 0.663 079118 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 22 42 0.112 0.000 0.054 079155 AA 5 0 5 AG 11 12 23 GG 6 10 16 0.000 3.094 0.583 079169 AA 0 5 5 AG 6 11 17 GG 17 6 23 0.517 0.000 0.455 079651 GG 23 18 41 GT 0 4 4 TT 0 0 0 0.000 0.220 0.097 079653 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 079658 CC 22 22 44 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 079691 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 22 44 0.011 0.000 0.006 079707 CC 2 10 12 CT 7 11 18 TT 14 1 15 0.616 0.889 1.736 079749 CC 19 13 32 CT 3 9 12 TT 1 1 2 2.457 0.130 0.390 080837 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 081074 AA 0 1 1 AG 1 4 5 GG 21 17 38 0.012 1.144 2.207 081084 GG 0 5 5 GT 4 11 15 TT 18 6 24 0.220 0.000 1.153 081300 CC 12 21 33 CG 8 1 9 GG 2 0 2 0.153 0.012 1.550 081301 AA 0 5 5 AG 5 11 16 GG 17 6 23 0.362 0.000 0.705 081803 GG 2 0 2 GT 10 1 11 TT 12 22 34 0.002 0.011 0.763 082787 CC 9 22 31 CT 12 1 13 TT 2 0 2 0.517 0.011 0.177 083016 CC 23 23 46 CT 0 0 0 TT 1 0 1 24.000 0.000 47.000 083072 CC 21 19 40 CT 3 4 7 TT 0 0 0 0.107 0.209 0.304 083139 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 083270 CC 18 6 24 CT 6 12 18 TT 0 5 5 0.490 0.048 0.335 083485 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 1 1 0.000 9.521 20.206 083486 AA 2 0 2 AG 9 8 17 GG 13 15 28 0.061 1.019 0.084 083509 AA 24 19 43 AG 0 4 4 GG 0 0 0 0.000 0.209 0.093 092506 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 092712 AA 22 17 39 AG 1 4 5 GG 0 1 1 0.011 1.144 2.288 092897 AA 0 0 0 AG 3 7 10 GG 21 15 36 0.107 0.787 0.684 092939 CC 18 5 23 CT 6 11 17 TT 0 6 6 0.490 0.000 0.953 093065 AA 21 13 34 AG 3 9 12 GG 0 1 1 0.107 0.130 0.002 093106 AA 13 15 28 AC 9 7 16 CC 2 0 2 0.061 0.787 0.023 093302 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 24 19 43 0.000 0.209 0.093 093758 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 094406 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 23 21 44 0.011 0.012 0.023 094511 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 094880 CC 23 20 43 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.012 0.023 095505 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 095548 AA 2 0 2 AG 9 7 16 GG 13 15 28 0.061 0.787 0.023 099341 AA 1 0 1 AC 5 0 5 CC 18 23 41 0.644 0.000 2.448 099599 CC 18 6 24 CT 6 12 18 TT 0 5 5 0.490 0.048 0.335 099649 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 099706 CC 23 21 44 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.012 0.023 100132 CC 13 15 28 CT 8 6 14 TT 2 0 2 0.221 0.583 0.022 100192 -- 0 1 1 +- 3 9 12 ++ 21 13 34 0.107 0.130 0.002 100336 CC 15 1 16 CT 9 11 20 TT 0 11 11 1.278 0.741 0.911 100564 CC 0 0 0 CT 3 8 11 TT 21 15 36 0.107 1.019 0.826 100711 CC 15 1 16 CT 9 11 20 TT 0 11 11 1.278 0.741 0.911 100838 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 100939 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 22 42 0.112 0.000 0.054 101142 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 101211 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 101340 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 101637 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 101643 CC 1 0 1 CT 6 4 10 TT 17 18 35 0.240 0.220 0.080 101664 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 101718 AA 2 0 2 AC 12 1 13 CC 10 22 32 0.375 0.011 0.208 101814 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 102510 CC 17 23 40 CG 5 0 5 GG 1 0 1 0.571 0.000 2.368 102996 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 103222 GG 23 17 40 GT 1 5 6 TT 0 1 1 0.011 0.571 1.527 103234 AA 23 22 45 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.011 0.011 0.022 103297 CC 10 22 32 CG 12 1 13 GG 2 0 2 0.375 0.011 0.208 103563 AA 2 0 2 AT 12 1 13 TT 10 21 31 0.375 0.012 0.177 103684 -- 21 13 34 +- 3 8 11 ++ 0 2 2 0.107 0.221 0.763 103895 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 104078 CC 1 0 1 CG 5 0 5 GG 18 22 40 0.644 0.000 2.368 104101 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 104519 AA 18 8 26 AG 6 9 15 GG 0 5 5 0.490 0.609 1.427 104597 CC 13 14 27 CT 9 7 16 TT 2 1 3 0.061 0.011 0.090 104702 CC 0 11 11 CT 9 10 19 TT 15 2 17 1.278 0.017 1.491 104739 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 104952 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 105356 AA 0 1 1 AG 0 4 4 GG 24 17 41 0.000 1.144 3.784 105405 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 1 0 1 24.000 0.012 19.761 106191 AA 21 21 42 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.024 106346 CC 11 20 31 CT 10 1 11 TT 2 0 2 0.017 0.012 0.592 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001780: AACA 004270: at 004375: ag 013291: cct 013300: acttcctgctcctcctcctcct 026424: tatttt 027555: a 036924: aga 066689: a 067536: G 067920: T 071352: a 071465: a 074215: agaa 074795: ctt 074820: tt 075938: GT 079691: tttc 100192: at 103684: a