************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 bsgxx.phase.inp bsgxx.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST bsgxx.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates bsgxx.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual bsgxx.phase.out_recom : estimates of recombination parameters bsgxx.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 74 Positions of loci: 1482 1711 1797 2358 2423 2468 2549 2574 2710 3203 3218 4432 4588 4664 4760 5203 5259 5310 5447 5469 6180 6221 6265 6268 6276 6469 7265 8291 8300 8516 8541 8663 8761 8938 8956 9133 9205 9219 9518 9660 9670 9774 9839 9894 10081 10171 10299 10316 10317 10328 10343 10347 10376 10393 10422 11139 11321 11450 11462 11480 11583 11759 11974 12011 12199 12281 12433 12924 12966 13168 13204 13217 13250 13318 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file bsgxx.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GGCTIGDITCICGGGITGCCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGCCCCACGATGATGAGGAC 9.000000 2 GGCTIGDITCICGGGITGCCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGTCCCACGATGATGAGGAC 1.000000 3 GGCTIGDITCICGGGITGCCCGAGGDTCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGGACACAGTCCCACGGCGTTGAGGAC 1.000000 4 GGCTIGDITCICGGGITGCCCGGGGDTCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGTACACAGCCCCACGGCGTTGAGGGC 2.000000 5 GGCTIGDITCICGGGITGCCCGGGGITCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGTGCACAGTCCCACGGCGTTGAGGAC 2.000000 6 GGCTIGDITCICGGGITGCCTAAGGITTAGCTIGGCCCCAIGGCCTATGTACACAGCCCCATAGCATTGAGGAC 2.000000 7 GGCTIGDITCICGGGITGTCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGCCCCACGATGATGAGGAC 5.000000 8 GGCTIGDITCICGGGICGTCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGCCCCACGACGATGAGGAC 1.000000 9 GGCTIGDITCICGGGICGTCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGCCCCACGATGATGAGGAC 4.000000 10 GGCTIGDITCICGGAITGCCCGGGGITCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGGACACAGTCCCACGGCGATGAGGAC 1.000000 11 GGCTIGDITCICGGAITGCCCGGGGITCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGGACCCAGTCCCACGGCGTTGAGGAC 1.000000 12 GGCTIGDITCICGGAITGCCCGGGGITCGACTICGCCCCGDGGCCTCCGGACACAGTCCCACGGCGTTGAGGAC 4.000000 13 GGCTIGDITCICGGAITGCCCGGGGITCGACTICGCTCCGDGGCCCCCGGACACAGTCCCACGGCGTTGAGGAC 1.000000 14 GGCTIGDDTCICGGGITGTCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGCCCCACGATGATGAGGAC 1.000000 15 GGCTIGDDTCICGGAITGCCCGGGGDTCGACTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGCCCCACGATGATGAGGAC 1.000000 16 GGCTIGDDTCICGGAITGCCCGGGGDTCGACTICGCCCCGDGGCCTCCGGACACAGTCCCACGGCGTTGAGGAC 1.000000 17 GGGTIADITGICGGGITGCCCGAGGDTCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGTACACAACCCCGCGACGTTGAGGAC 1.000000 18 GGGTIADITGICGGGITGCCCGAGGDTCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGTACACAACCCCGCGGCGTTGAGGAC 7.000000 19 GGGTIADDTGICGGGITGCCCGAGGDTCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGTACACAACCCCGCGGCGTTGAGGAC 1.000000 20 GGGTIGDITCICGGGITGCCCAAGGITTGGCTIGGCCCCADGGCCTACGTACACAGCCCCACAGCGTTGAGGAC 4.000000 21 GGGTIGDITCICGGGITGCCTAAGGITTAGCTIGGCCCCAIGGCCTATGTACACAGCCCCACAGCATTGAGGAC 12.000000 22 GGGTIGDITCICGGGITGCCTAAGGITTAGCTIGGCCCCAIGGCCTATGTACACAGCCCCATAGCATTGAGGAC 11.000000 23 GGGTIGDITCICGGAITGCCCGGGGITCGACTICGCCCCGDGGCCTCCGGACACAGTCCCACGGCGTTGAGGAC 1.000000 24 GGGTIGDITGICGGGITGCCCGAGGDTCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGTACACAACCCCGCGGCGTTGAGGAC 1.000000 25 GGGTIGDITGICGGGITGCCCGAAGDTCGACTIGGCCCCGDGGCCTCCGTACACAACCCCGCGGCGTTGAGGAC 2.000000 26 GGGTIGDDTCICGGAITGCCCGGGGDTCGACTICGCCCCGDGGCCTCCGGACACAGTCCCACGGCGTTGAGGAC 1.000000 27 GACTIGDITCICGGGITGTCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGCCCCACGATGATGAGGAG 2.000000 28 GACTIGDITCICGGGITGTCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGTCCCACGATGATGAGGAC 2.000000 29 GACTIGDITCICGGGITGTCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCCCCATACAGCGTCCCACGATGATGAGGAG 3.000000 30 GACTIGDDTCICGGGITGTCCGAGGDTCGATTIGGCCCCGDCACCTCCGTACACCGTCCCACGATGATGAGGAG 1.000000 31 TGGTIGDITCICGGGITGCCTAAGGITTAGCTIGGCCCCAIGGCCTATGTACACAGCCCCATAGCATTGAGGAC 1.000000 32 TGGCDGIDCCDTCAGDTTCTCGAAAICCGACCDGATTTAGDGGGTTACGTGTCCCATTTTACGGCGACAGAAGC 2.000000 33 TGGCDGIDCCDTCAGDTTCTCGAAAICTGACCDGATTTAGDGGGTTACGTGTCCCATTTTACGGCGACAGAAGC 4.000000 34 TGGCDGIDCCDTCAGDTTCTCGAAAICTGACCDGATTTAGDGGGTTACGTGTCCCATTTTACGGCGTCAGAAGC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (1,18) DY02: (7,27) DY03: (12,29) DY04: (12,29) DY05: (4,24) DY06: (7,17) DY07: (18,18) DY08: (7,28) DY09: (27,28) DY10: (7,29) DY11: (7,12) DY12: (18,23) DY13: (4,25) DY14: (19,32) DY15: (1,1) DY16: (13,18) DY17: (15,33) DY18: (14,33) DY19: (1,25) DY20: (1,18) DY21: (3,10) DY22: (26,32) DY23: (30,33) DY24: (18,33) E101: (1,21) E102: (6,21) E103: (21,22) E104: (21,22) E105: (5,20) E106: (5,21) E107: (21,31) E108: (16,34) E109: (21,22) E110: (1,21) E111: (22,22) E112: (1,22) E113: (2,21) E114: (9,20) E115: (9,22) E116: (9,11) E117: (12,22) E118: (6,20) E119: (21,22) E120: (20,21) E121: (1,8) E122: (22,22) E123: (9,21) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I A D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C 0 DY02 G G C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G A C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A G 0 DY03 G G C T I G D I T C I C G G A I T G C C C G G G G I T C G A C T I C G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C G A C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G T C C C A C G A T G A T G A G G A G 0 DY04 G G C T I G D I T C I C G G A I T G C C C G G G G I T C G A C T I C G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C G A C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G T C C C A C G A T G A T G A G G A G 0 DY05 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G G G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A G C C C C A C G G C G T T G A G G G C G G G T I G D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C 0 DY06 G G C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I A D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G A C G T T G A G G A C 0 DY07 G G G T I A D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C G G G T I A D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C 0 DY08 G G C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G A C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G T C C C A C G A T G A T G A G G A C 0 DY09 G A C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G (C) C C C A C G A T G A T G A G G A G G A C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G (T) C C C A C G A T G A T G A G G A C 0 DY10 G G C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G A C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G T C C C A C G A T G A T G A G G A [G] 0 DY11 G G C T I G D I T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G C T I G D I T C I C G G A I T G C C C G G G G I T C G A C T I C G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C 0 DY12 G G G T I A D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G A I T G C C C G G G G I T C G A C T I C G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C 0 DY13 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G G G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A G C C C C A C G G C G T T G A G G G C G G G T I G D I T G I C G G G I T G C C C G A A G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C 0 DY14 G G G T I A D D T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C T G G C D G I D C C D T C A G D T T C T C G A A A I C C G A C C D G A T T T A G D G G G T T A C G T G T C C [C] A T T T T A C G G C G A C A G A A G C 0 DY15 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C 0 DY16 G G C T I G D I T C I C G G A I T G C C C G G G G I T C G A C T I C G C (T) C C G D G G C C (C) C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C G G G T I A D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C (C) C C G D G G C C (T) C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C 0 DY17 G G C T I G D D T C I C G G A I T G C C C G G G G D T C G A C T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C T G G C D G I D C C D T C A G D T T C T C G A A A I C T G A C C D G A T T T A G D G G G T T A C G T G T C C C A T T T T A C G G C G A C A G A A G C 0 DY18 G G C T I G D D T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C T G G C D G I D C C D T C A G D T T C T C G A A A I C T G A C C D G A T T T A G D G G G T T A C G T G T C C C A T T T T A C G G C G A C A G A A G C 0 DY19 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I G D I T G I C G G G I T G C C C G A A G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C 0 DY20 G G C T I G D I T C I C G G G I T G [C] C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I A D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C 0 DY21 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G (T) T G A G G A C G G C T I G D I T C I C G G A I T G C C C G G G G I T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G (A) T G A G G A C 0 DY22 G G G T I G D D T C I C G G A I T G C C C G G G G D T C G A C T I C G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C T G G C D G I D C C D T C A G D T T C T C G A A A I C C G A C C D G A T T T A G D G G G T T A C G T G T C C [C] A T T T T A C G G C G A C A G A A G C 0 DY23 G A C T I G D D T C I C G G G I T G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C T C C G T A C A C C G T C C C A C G A T G A T G A G G A G T G G C D G I D C C D T C A G D T T C T C G A A A I C T G A C C D G A T T T A G D G G G T T A C G T G T C C C A T T T T A C G G C G A C A G A A G C 0 DY24 G G G T I A D I T G I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T A C A C A A C C C C G C G G C G T T G A G G A C T G G C D G I D C C D T C A G D T T C T C G A A A I C T G A C C D G A T T T A G D G G G T T A C G T G T C C C A T T T T A C G G C G A C A G A A G C 0 E101 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C 0 E102 G G (C) T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C G G (G) T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C 0 E103 G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E104 G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E105 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G G G G I T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T G C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C C A A G G I T T G G C T I G G C C C C A D G G C C T A C G T A C A C A G C C C C A C A G C G T T G A G G A C 0 E106 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G G G G I T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G T G C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C 0 E107 (G) G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C (T) G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E108 G G (C) T I G D D T C I C G G A I T G C C C G G G G D T C G A C T I C G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C T G (G) C D G I D C C D T C A G D T T C T C G A A A I C T G A C C D G A T T T A G D G G G T T A C G T G T C C C A T T T T A C G G C G T C A G A A G C 0 E109 G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C G G [G] T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E110 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C 0 E111 G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C G G [G] T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E112 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G [G] T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E113 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G (T) C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G (C) C C C A C A G C A T T G A G G A C 0 E114 G G C T I G D I T C I C G G G I C G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C C A A G G I T T G G C T I G G C C C C A D G G C C T A C G T A C A C A G C C C C A C A G C G T T G A G G A C 0 E115 G G C T I G D I T C I C G G G I C G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G [G] T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E116 G G C T I G D I T C I C G G G I C G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C (A) G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G C T I G D I T C I C G G A I T G C C C G G G G I T C G A C T I G G C C C C G D G G C C T C C G G A C (C) C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C 0 E117 G G C T I G D I T C I C G G A I T G C C C G G G G I T C G A C T I C G C C C C G D G G C C T C C G G A C A C A G T C C C A C G G C G T T G A G G A C G G [G] T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E118 G G (C) T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C G G (G) T I G D I T C I C G G G I T G C C C A A G G I T T G G C T I G G C C C C A D G G C C T A C G T A C A C A G C C C C A C A G C G T T G A G G A C 0 E119 G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E120 G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C C A A G G I T T G G C T I G G C C C C A D G G C C T A C G T A C A C A G C C C C A C A G C G T T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C 0 E121 G G C T I G D I T C I C G G G I T G C C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A (T) G A T G A G G A C G G C T I G D I T C I C G G G I C G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A (C) G A T G A G G A C 0 E122 G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A T A G C A T T G A G G A C 0 E123 G G C T I G D I T C I C G G G I C G T C C G A G G D T C G A T T I G G C C C C G D C A C C C C C A T A C A G C G C C C C A C G A T G A T G A G G A C G G G T I G D I T C I C G G G I T G C C T A A G G I T T A G C T I G G C C C C A I G G C C T A T G T A C A C A G C C C C A C A G C A T T G A G G A C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 = = C = = G = = = C = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = C A = = C = = A = = = = G C G = = = = A = = A T = A = = = = = = = = = G = = A = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = G G = = T = = G = = = = C A A = = = = G = = G C = T = = = = = = = 0 DY02 = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G 0 DY03 ? G = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = G = = I = = = = C = = C = = = = = = = G G = = T = = G G = = = C A = = = = = = = = G C = T = = = = = = C ? A = = = = = = = = = = = = G = = = T = = = A = = D = = = = T = = G = = = = = = = C A = = C = = A T = = = G C = = = = = = = = A T = A = = = = = = G 0 DY04 ? G = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = ? ? ? I = = = = C = = C = = = = = = = G G = = T = = G G = = = ? ? = = = = = = = = G C = T = = = = = = C ? A = = = = = = = = = = = = G = = = T = = = ? ? ? D = = = = T = = G = = = = = = = C A = = C = = A T = = = ? ? = = = = = = = = A T = A = = = = = = G 0 DY05 = = C = = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = = = = = = = = = = = G = = = G = = = = = = G = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = G = = = = = = = = = = = A = 0 DY06 = = C = = G = = = C = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C A = = C = = A = = = = G C G = = = = A = = = T = A = = = = = = = = = G = = A = = = G = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = G G = = T = = G = = = = C A A = = = = G = = = C = T = = = = = = = 0 DY07 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY08 ? G = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY09 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = C 0 DY10 = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0 DY11 = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = = = A = = D = = = = T = = G = = = = = = = C A = = C = = A T = = = G C = C = = = = = = A T = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = G = = I = = = = C = = C = = = = = = = G G = = T = = G G = = = C A = T = = = = = = G C = T = = = = = = = 0 DY12 = = = = = A = = = G = = = = G = = = = = = = A = = D = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = A C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = A = = = = = = = G = = I = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = G T = = = A = = = = = = = = = = = = = 0 DY13 = = C = = = = = = C = = = = = = = = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = = = = = = = = = = = G = = = G = = = = = = G = = = = = = = = = = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = G = = = = = = = = = = = A = 0 DY14 G = = T I ? D = T G I C G G = ? ? ? ? ? = = = G G D T = = = = T I = G C C C C = = = = C C = C = = = A C A = ? = C C C C G = = = = = T T G A G G A = T = = C D ? I = C C D T C A = ? ? ? ? ? = = = A A I C = = = = C D = A T T T A = = = = G T = A = = = G T C = ? = T T T T A = = = = = A C A G A A G = 0 DY15 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY16 = = C = = G = = = C = = = = A = = = = = = = G = = I = = = = = = = C = = (T) = = = = = = = = (C) = = = G = = ? = = G T = = = A = = = = = = = = = = = = = = = G = = A = = = G = = = = G = = = = = = = A = = D = = = = = = = G = = (C) = = = = = = = = (T) = = = T = = ? = = A C = = = G = = = = = = = = = = = = = 0 DY17 G = C T I ? D = T = I C G G A I = G = C = = ? ? ? D T C = = = T I = G C C C C = = C A C C C C = A = A C A G = G C C C C = = = A T = = T G A G G A = T = G C D ? I = C = D T C A G D = T = T = = ? ? ? I C T = = = C D = A T T T A = = G G G T T A = G = G T C C = A T T T T = = = G C = = C A G A A G = 0 DY18 G = C T I ? D = T = I C G G = I = G T C = = = G G D T C = = T T I = G C C C C = = C A C C C C = A = A C A G = G C C C C = = = A T = = T G A G G A = T = G C D ? I = C = D T C A = D = T C T = = = A A I C T = = C C D = A T T T A = = G G G T T A = G = G T C C = A T T T T = = = G C = = C A G A A G = 0 DY19 = = C = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T = = = = = = = = = = C A = = C = = A = = = = G C G = = = = A = = A T = A = = = = = = = = = G = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = = = = = = = G G = = T = = G = = = = C A A = = = = G = = G C = T = = = = = = = 0 DY20 = = C = = G = = = C = = = = = = ? = ? = ? ? = = = ? = = = = T = = = = = = = = = = C A = = C = = A = = = = G C G = = = = A = = A T = A = = = = = = = = = G = = A = = = G = = = = = = ? = ? = ? ? = = = ? = = = = C = = = = = = = = = = G G = = T = = G = = = = C A A = = = = G = = G C = T = = = = = = = 0 DY21 = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? A = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = ? ? G = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = 0 DY22 ? = = T I ? D = T = I C G G A I = G = C = = G G G D T = = = = ? I C G C C C C = = = = C C = C = = G A C A = ? G = C C C = = = = = = T T G A G G A = ? = = C D ? I = C = D T C A G D = T = T = = A A A I C = = = = ? D G A T T T A = = = = G T = A = = T G T C = ? A = T T T = = = = = = A C A G A A G = 0 DY23 G A C T I = D = T = I C G G = I = G T C ? ? = G G ? T C = = T T I = G C C C C = = C A C C = C = = = A C ? = = G = C C C = = = A T = = T G A G G A G T G G C D = I = C = D T C A = D = T C T ? ? = A A ? C T = = C C D = A T T T A = = G G G T = A = = = G T ? = = A = T T T = = = G C = = C A G A A G C 0 DY24 G = = ? ? ? ? ? T G I C G G = I = G = C ? ? = G G ? T C = = = T I = G C C C C = = = = C C = C = = = A C A = A = C C C C G = = = = = T T G A G G A = T = = ? ? ? ? ? C C D T C A = D = T = T ? ? = A A ? C T = = = C D = A T T T A = = = = G T = A = = = G T C = C = T T T T A = = = = = A C A G A A G = 0 E101 = = C = = = = = = = ? = = = = = = = = = C G = = = D = C G A T = = = = = = = = G D C A = = C C C A = = = = G C = = = = = = = G A T G A = = = = = = = = = G = = = = = = = ? = = = = = = = = = T A = = = I = T A G C = = = = = = = = A I G G = = T A T G = = = = C A = = = = = = = A G C A T = = = = = = = 0 E102 = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 E104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 E105 = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = = = C = A = = = = = = = = = G = = = = = = C = = = G = = = = = T = = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = = = T = G = = = = = = = = = A = = = = = = A = = = A = = = = = C = = = ? ? A = = = = = = = = = = = 0 E106 = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = C G G = = = = C G A = = = = = = = = = G D = = = = = C C = = G = = = = = T = = = = = G = = G = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T A A = = = = T A G = = = = = = = = = A I = = = = = A T = = A = = = = = C = = = = = A = = A = = = = = = = = 0 E107 (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 E108 G = (C) T I ? D = T = I C G G A I = G = C = = ? ? ? D T C = = = T I C G ? ? ? C = = = = C C = C = = G A C A = ? G = C C C = = = = = = = T G A G G A = T = (G) C D ? I = C = D T C A G D = T = T = = ? ? ? I C T = = = C D G A ? ? ? A = = = = G T = A = = T G T C = ? A = T T T = = = = = = = C A G A A G = 0 E109 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 E110 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = D ? C G A T = = = = = = = = G D C A = = C C C A = = = = G C = = = = = = = G A T G A = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T A = = = I ? T A G C = = = = = = = = A I G G = = T A T G = = = = C A = = = = = = = A G C A T = = = = = = = 0 E111 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E112 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = D = C G A T = = = = = = = = G D C A = = C C C A = = = = G C = = = = = = C G A T G A = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T A = = = I = T A G C = = = = = = = = A I G G = = T A T G = = = = C A = = = = = = T A G C A T = = = = = = = 0 E113 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = D = C G A T = = = = = = = = G D C A = = C C C A = = = = G C = (T) = = = = = G A T G A = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T A = = = I = T A G C = = = = = = = = A I G G = = T A T G = = = = C A = (C) = = = = = A G C A T = = = = = = = 0 E114 = = C = = = = = = = = = = = = = C = T = = G = = = D = C = A T = = = = = = = = G = C A = = C C = A = = = = G C = = = = = = = G A T = A = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = C = = A = = = I = T = G C = = = = = = = = A = G G = = T A = G = = = = C A = = = = = = = A G C = T = = = = = = = 0 E115 = ? ? = = = = = = = = = = = = = C = T = C G ? ? ? D = C G A T = = = = = = = = G D C A = = C C C A = = = = G C ? ? = = = = C G A T G A = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = T = C = T A ? ? ? I = T A G C = = = = = = = = A I G G = = T A T G = = = = C A ? ? = = = = T A G C A T = = = = = = = 0 E116 = ? ? = = = = = = = = = = = G = C = T = = = A = = D = = = = T = = = = = = = = = = C A = = C = = A T = = (A) G C = C = = = = = = A T = A = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = A = T = C = = = G = = I = = = = C = = = = = = = = = = G G = = T = = G G = = (C) C A = T = = = = = = G C = T = = = = = = = 0 E117 = ? ? = = = = = = = = = = = A = = = = = C G G = = = = C G A = = = C = = = = = G D = = = = = C C = G = = = = = = T = = = = C G = = G = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = G = = = = = T A A = = = = T A G = = = G = = = = = A I = = = = = A T = T = = = = = = C = = = = T A = = A = = = = = = = = 0 E118 = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = I = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = T = = = A = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = = = = = D = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = C = = = G = = = = = = = = 0 E119 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 E120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = = = = = D = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = I = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = 0 E121 = = = = = = = = = = = = = = = = T = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E123 = = C = = = = = = = = = = = = = C = T = C G = = = D = C G A T = = = = = = = = G D C A = = C C C A = = = = G C = = = = = = = ? A T G A = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = C = T A = = = I = T A G C = = = = = = = = A I G G = = T A T G = = = = C A = = = = = = = ? G C A T = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.99 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 0.50 = = = = = = = = 0.50 = = = 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? = ? = ? ? = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 0.54 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 0.73 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 0.67 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 0.56 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 0.88 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = END PHASEPROBS