Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000781 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000784 G 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 000839 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000855 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000875 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 000989 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000991 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001367 A 0.00 0.06 0.03 G 1.00 0.94 0.97 0.00 0.12 0.06 001454 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.06 001482 T 0.13 0.05 0.09 G 0.87 0.95 0.91 0.23 0.09 0.16 001711 A 0.17 0.00 0.10 G 0.83 1.00 0.90 0.28 0.00 0.18 001773 G 0.04 0.00 0.03 C 0.96 1.00 0.97 0.08 0.00 0.05 001797 C 0.58 0.33 0.49 G 0.42 0.67 0.51 0.49 0.44 0.50 001825 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 001966 - 0.00 0.03 0.01 + 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.02 002064 - 0.04 0.00 0.03 + 0.96 1.00 0.97 0.08 0.00 0.05 002076 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002291 T 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 002340 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002358 C 0.11 0.02 0.07 T 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 002423 - 0.11 0.02 0.07 + 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 002468 A 0.18 0.00 0.09 G 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 002478 C 0.05 0.05 0.05 G 0.95 0.95 0.95 0.10 0.09 0.09 002549 + 0.11 0.02 0.07 - 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 002574 - 0.22 0.04 0.13 + 0.78 0.96 0.87 0.34 0.08 0.23 002710 C 0.12 0.02 0.07 T 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 002992 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003203 G 0.26 0.00 0.13 C 0.74 1.00 0.87 0.39 0.00 0.23 003218 - 0.12 0.02 0.08 + 0.88 0.98 0.92 0.22 0.04 0.14 004360 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004432 T 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 004478 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004588 C 0.12 0.02 0.07 G 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 004664 A 0.12 0.02 0.07 G 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 004760 A 0.18 0.07 0.12 G 0.82 0.93 0.88 0.30 0.12 0.21 004950 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 005179 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005203 - 0.11 0.02 0.07 + 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 005259 C 0.00 0.11 0.06 T 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.10 005310 T 0.11 0.02 0.07 G 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 005391 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005403 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005426 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 005447 T 0.32 0.11 0.21 C 0.68 0.89 0.79 0.43 0.19 0.33 005469 T 0.11 0.02 0.07 C 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 005882 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 006180 T 0.00 0.57 0.30 C 1.00 0.43 0.70 0.00 0.49 0.42 006221 A 0.00 0.65 0.35 G 1.00 0.35 0.65 0.00 0.45 0.45 006265 G 0.18 0.10 0.14 A 0.82 0.90 0.86 0.30 0.17 0.24 006268 A 0.16 0.00 0.08 G 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.15 006276 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 006469 - 0.78 0.24 0.49 + 0.23 0.76 0.51 0.35 0.36 0.50 007101 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007169 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007170 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007265 C 0.12 0.02 0.08 T 0.88 0.98 0.92 0.22 0.04 0.14 008173 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008231 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008265 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008291 T 0.09 0.67 0.38 C 0.91 0.33 0.62 0.16 0.44 0.47 008300 A 0.00 0.57 0.28 G 1.00 0.43 0.72 0.00 0.49 0.41 008482 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008516 G 0.00 0.65 0.33 A 1.00 0.35 0.67 0.00 0.45 0.44 008541 T 0.39 0.22 0.30 C 0.61 0.78 0.70 0.48 0.34 0.42 008663 C 0.11 0.02 0.07 T 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 008756 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 008761 - 0.12 0.02 0.07 + 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 008857 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008938 C 0.12 0.04 0.09 G 0.88 0.96 0.91 0.22 0.08 0.16 008956 A 0.12 0.02 0.07 G 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 009133 T 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 009205 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 009219 T 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 009413 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009518 A 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 009660 A 0.00 0.65 0.32 G 1.00 0.35 0.68 0.00 0.45 0.43 009670 + 0.00 0.57 0.28 - 1.00 0.43 0.72 0.00 0.49 0.40 009774 C 0.42 0.22 0.32 G 0.58 0.78 0.68 0.49 0.34 0.43 009839 A 0.42 0.22 0.32 G 0.58 0.78 0.68 0.49 0.34 0.43 009855 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009894 G 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 010081 T 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 010171 C 0.42 0.22 0.32 T 0.58 0.78 0.68 0.49 0.34 0.43 010299 A 0.12 0.67 0.39 C 0.88 0.33 0.61 0.22 0.44 0.48 010316 T 0.00 0.57 0.28 C 1.00 0.43 0.72 0.00 0.49 0.40 010317 A 0.40 0.22 0.31 G 0.60 0.78 0.69 0.48 0.34 0.43 010328 G 0.17 0.07 0.12 T 0.83 0.93 0.88 0.28 0.12 0.21 010343 G 0.12 0.07 0.10 A 0.88 0.93 0.90 0.22 0.12 0.17 010347 T 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 010376 C 0.11 0.04 0.08 A 0.89 0.96 0.92 0.20 0.08 0.14 010393 G 0.39 0.22 0.30 C 0.61 0.78 0.70 0.48 0.34 0.42 010422 C 0.55 0.23 0.38 A 0.45 0.77 0.62 0.50 0.35 0.47 011130 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011139 A 0.38 0.02 0.21 G 0.62 0.98 0.79 0.47 0.04 0.33 011289 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011321 T 0.42 0.16 0.29 C 0.58 0.84 0.71 0.49 0.27 0.41 011426 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011450 T 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 011462 T 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 011480 T 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 011583 G 0.25 0.00 0.13 A 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.23 011598 G 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 011759 T 0.00 0.32 0.15 C 1.00 0.68 0.85 0.00 0.43 0.26 011973 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011974 A 0.00 0.66 0.32 G 1.00 0.34 0.68 0.00 0.45 0.43 012011 A 0.44 0.22 0.33 G 0.56 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 012199 T 0.42 0.20 0.31 C 0.58 0.80 0.69 0.49 0.31 0.43 012281 A 0.00 0.57 0.28 G 1.00 0.43 0.72 0.00 0.49 0.40 012433 A 0.56 0.22 0.39 T 0.44 0.78 0.61 0.49 0.34 0.48 012774 A 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 012924 C 0.12 0.02 0.07 T 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 012956 T 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 012966 A 0.12 0.02 0.07 G 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 013106 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013168 G 0.13 0.02 0.08 A 0.87 0.98 0.92 0.23 0.04 0.14 013204 A 0.13 0.02 0.08 G 0.87 0.98 0.92 0.23 0.04 0.14 013217 A 0.13 0.02 0.08 G 0.87 0.98 0.92 0.23 0.04 0.14 013233 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013250 G 0.17 0.02 0.10 A 0.83 0.98 0.90 0.29 0.04 0.18 013266 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013318 G 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000781: ccttcgcgttcggc 001966: g 002064: ggc 002423: GAGCCCGGCCTC 002549: Ttcccggcggaggttgaggatctcg 002574: GA 003218: g 004360: atag 005203: g 006469: gt 008761: gtgccttcccgaagggg 009670: a 011973: gg 013233: ag