************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 bkrb2.phase.inp bkrb2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST bkrb2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates bkrb2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual bkrb2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters bkrb2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 40 Positions of loci: 200 710 874 1634 1771 1840 2082 2648 3303 3439 3511 3981 3985 4363 6510 6954 7003 7009 7069 7119 7135 9406 9468 9612 9644 10922 11075 11327 11353 12574 12714 13258 13795 14271 14305 14447 14548 14722 14981 15030 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file bkrb2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCAACGGGCCGATGTCGGAGGCGGGGCCGTCGGGTTTGCT 1.000000 2 CCACCGAGCCGAGGTCGGAGGCGGGGCCGTCGGGTTTGCT 1.000000 3 CCACCGAGCGGAGGTCGGAGGTGGGGCCGTCGGGTTTGCT 2.000000 4 CCACCGGCCGGAGGTCGGAGGTGGGGCCGTCGACCCTGCC 2.000000 5 CCACCGGCCGGAGGTCGGAGGTGGGGTCGTCGACCCTGCC 6.000000 6 CCACCGGCCGGAGGTCGGAGGTGGGGTCGTCGAGCCTGCC 1.000000 7 CCACCGGCAGGAGGTCGGAGGTGGGGCCGTCGACCCTGCC 4.000000 8 CCGACGAGCCGAGGTCGGAGGCGGGGCCTTCGGGTTTGCT 2.000000 9 CCGACGAGCCGAGGTCGGTGGCGGGGCCTTCGGCTTTGCT 1.000000 10 CCGACGAGCCGAGGTCGGTGGCGGGGCCTTCGGGTTTGCT 19.000000 11 CCGACGAGCCGAGGTCGGTGGCGGGGCCGTCGGGTTTGCT 1.000000 12 CCGCCGAGCCGTGATCGGAGGCGGGTCCGCCAGGTTTGCT 11.000000 13 CCGCCGAGCGGAGGTCGGAGGTGGGGCCGTCGGGTTTGCT 1.000000 14 CCGCCGGGCCGAGGTCGGAGGCGGAGCCGTCGGGTTTGCT 6.000000 15 CCGCCGGGCCGAGGTCGAAGGCGGGGCCGTCGGGTTTGCT 3.000000 16 CCGCCGGGCCGAGGCCGGAGGCGGGGCCGTCGGCCCTGCC 2.000000 17 CCGCCGGGCCGAGGCCAGATACAGGGCCGTCGGGTTTGCT 1.000000 18 CCGCCGGGCCGTGGTTGGAGGCGTGGCTGTCAGGTTTGTT 4.000000 19 CCGCCAGCCCAAGGCCAGATACAGGGCCGTCGGGTTTGCT 5.000000 20 CTGCTGGGCCGTGGTCGGAGGCGGGGCCGTCAGGTTCGCT 10.000000 21 CTGCTGGGCCGTGGTCGGTGGCGGGGCCTTCGGGTTTGCT 1.000000 22 TCGACGGGCCGAGGTCGGAGGCGGGGCCGTTGGGTTTACT 2.000000 23 TCGACGGGCCGATGTCGGAGGCGGGGCCGTTGGGTTTACT 8.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (5,12) D002: (8,8) D003: (22,23) D004: (2,12) D005: (7,14) D006: (12,14) D007: (5,20) D008: (3,20) D009: (3,10) D010: (14,16) D011: (12,14) D012: (10,14) D013: (12,15) D014: (15,21) D015: (10,22) D016: (10,23) D033: (12,14) D034: (11,19) D035: (10,12) D036: (10,19) D037: (15,17) D038: (5,10) D039: (10,13) D040: (16,19) E001: (7,9) E002: (10,20) E003: (5,12) E004: (20,20) E005: (12,23) E006: (5,23) E007: (20,23) E008: (18,18) E009: (10,20) E010: (10,10) E011: (4,19) E012: (12,23) E013: (5,7) E014: (12,23) E015: (10,20) E016: (10,10) E017: (18,19) E018: (1,7) E019: (4,20) E020: (6,10) E021: (10,10) E022: (10,23) E023: (18,20) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T 0 D002 C C G A C G A G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C T T C G G [G] T T T G C T 0 D003 T C G A C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 D004 C C A C C G A G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T 0 D005 C C A C C G G C [A] G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T 0 D006 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T 0 D007 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T 0 D008 C C A C C G A G C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G G G T T T G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T 0 D009 C C A C C G A G C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T 0 D010 C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G C C G G A G G C G G G G C C G T C G G C C C T G C C 0 D011 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T 0 D012 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T 0 D013 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G A A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T 0 D014 C C G C C G G G C C G A G G T C G A A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T 0 D015 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 D016 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 D033 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G T C G G A G G C G G A G C C G T C G G G T T T G C T 0 D034 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T 0 D035 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T 0 D036 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T 0 D037 C C G C C G G G C C G A G G T C G A A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C G C C G G G C C G A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T 0 D038 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T 0 D039 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G C C G A G C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G G G T T T G C T 0 D040 C C G C C G G G C C G A G G C C G G A G G C G G G G C C G T C G G C C C T G C C C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T 0 E001 C C A C C G G C A G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G C T T T G C T 0 E002 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T 0 E003 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T 0 E004 C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T 0 E005 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 E006 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 E007 C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 E008 C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G C T G T C A G G T T T G T T C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G C T G T C A G G T T T G T T 0 E009 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T 0 E010 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T 0 E011 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T 0 E012 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 E013 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A C C C T G C C C C A C C G G C A G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C 0 E014 C C G C C G A G C C G T G A T C G G A G G C G G G T C C G C C A G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 E015 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T 0 E016 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T 0 E017 C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G C T G T C A G G T T T G T T C C G C C A G C C C A A G G C C A G A T A C A G G G C C G T C G G G T T T G C T 0 E018 C C A A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T C G G G T T T G C T C C A C C G G C A G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C 0 E019 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G C C G T C G A C C C T G C C C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T 0 E020 C C A C C G G C C G G A G G T C G G A G G T G G G G T C G T C G A G C C T G C C C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T 0 E021 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T 0 E022 C C G A C G A G C C G A G G T C G G T G G C G G G G C C T T C G G G T T T G C T T C G A C G G G C C G A T G T C G G A G G C G G G G C C G T T G G G T T T A C T 0 E023 C C G C C G G G C C G T G G T T G G A G G C G T G G C T G T C A G G T T T G T T C T G C T G G G C C G T G G T C G G A G G C G G G G C C G T C A G G T T C G C T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = A ? ? ? G C = G = A = G = = = = = = = T = = = G T = ? T = G A C C C = = = C = = G ? ? ? A G = C = T = A = = = = = = = C = = = T C = ? C = A G G T T = = = T 0 D002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 0 D003 = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D004 = = A = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = G = = = T = G = ? = = = = = = = = G = = = = = = = = T = A = = = = = = = = = = = T = = = C = A = ? = = = = = = 0 D005 = = A = = = = C ? G = = = = = = = = = = = T = = G ? = = = = = = A ? C C = = = C = = G = = = = G ? C = = = = = = = = = = = C = = A ? = = = = = = G ? T T = = = T 0 D006 = = = = = = A = = = = T = A = = = = = = = = = = G T = = = C = A = ? ? = = = = = = = = = = = G = = = = A = G = = = = = = = = = = A G = = = T = G = ? ? = = = = = 0 D007 = C A = C = = C = G = A = = = = = = = = = T = = = = T = = = = G A C C ? T = = C = T G = T = = G = C = T = = = = = = = = = C = = = = C = = = = A G G T ? C = = T 0 D008 ? C A = C = A = = G = A = = = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = T = = = ? T G = T = G = = C = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = A = = = = C = = = 0 D009 = = A C = = = = = G = = = = = = = = A = = T = = = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = G A = = = = = C = = = = = = = = T = = C = = = = ? ? T = = = = = = = = = = = 0 D010 = = = = = = = ? = = = = = = T = = = = = = = = = A = = = = = = = = ? ? T = = = T = = = = = = = ? = = = = = = C = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? ? C = = = C 0 D011 = = = = = = A = = = = T = A = = = = = = = = = = G T = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = G = = = = = = = = = = A G = = = T = G = = = = = = = = 0 D012 = = = ? ? ? A = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = = T = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? G = = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = G = = = = = = = = = = = 0 D013 = = = = = = A = = = = T = A = = = G = = = = = = = T = = = C = A = = = ? ? = = = = = = = = = G = = = = A = G = = = A = = = = = = = G = = = T = G = = = ? ? = = = 0 D014 = C = = C = = = = = = A = = = = = A A = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = T = = T = = = = = = T = = = = = G T = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = 0 D015 ? = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = C = = = = = = G = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = T = = = = = = A = = 0 D016 C = = = = = A = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = = T = C = = = = = = G = = T = = = = = G = = = = = T = = = = = A = = = = = = = = = G = T = = = = = = A = = 0 D033 = = = = = = A = = = = T = A = = = = = = = = = = G T ? = = C = A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = G = = = = = = = = = = A G ? = = T = G = = = = = = = = 0 D034 = = = A = G A G ? = G = = = T = G = T G G = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A G C ? = A = = = C = A = A T A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D035 = = = A = = = = = = = A = G = = = = T = = = = ? ? G = ? ? T = G = = = = = = = = = = = C = = = = = = = T = A = = = = A = = = = ? ? T = ? ? C = A = = = = = = = = 0 D036 = = = A = G A G = = G = = = T = G = T G G = G = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = C = A G C = = A = = = C = A = A T A = A = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 D037 = = = = = = = ? = = = = = = T = G A = G G = G = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = C = A G = T A = A = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 D038 = = A C = = G C = G = = = = = = = = A = = T = = = = T = G = = = A C C C = = = C = = G A = = A G = C = = = = = = = = T = = C = = = = C = T = = = G G T T = = = T 0 D039 = = = A = = = = = C = = = = = = = = T = = C = = = = = = T = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = G = = = = = = = = A = = T = = = = = = G = = = = ? = = = = = = 0 D040 = = = = = G = ? = = G = = = = = G = = G G = G = = = = = = ? = = = C C C = = = C = = = = = A = ? = = A = = = = = A = = T A = A = = = = = = ? = = = G T T = = = T 0 E001 = = A C = = G C A G = = = = = = = = A = = T = = = = = ? ? = = = A = C C = = = C = = G A = = A G C C = = = = = = = = T = = C = = = = = ? ? = = = G = T T = = = T 0 E002 = C = A C = A = = = = A = = = = = = T = = = = = = = = = T = = G = ? = = T = = = = T = C T = G = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = G = = A = ? = = C = = = 0 E003 = = A = = = G C = G = A = G = = = = = = = T = = = G T = = T = G A ? C C = = = C = = G = = = A G = C = T = A = = = = = = = C = = = T C = = C = A G ? T T = = = T 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 C = = C = = A = = = = T G A = = = = = = = = = = = T = = = C C A = ? = = = G = = T = = A = = G = = = = A T G = = = = = = = = = = = G = = = T T G = ? = = = A = = 0 E006 C = A C = = = C = G = = G = = = = = = = = T = = = = T ? ? = C = A C ? C = G = C T = G A = = = G = C = = T = = = = = = = = C = = = = C ? ? = T = G G ? T = A = T 0 E007 C T = C T = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = C A = = = = C G = = T C = A C = = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = T A = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 E009 ? C = A C = A = = = = A = = = = = = T = = = = = = = = = T = = G = = = = T = = = ? T = C T = G = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = G = = A = = = = C = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = A = = G = = = G G = = = T = G = = G G T G = = = = ? ? = = = A C ? C = = = C = = G = = A = = = C A = = = C = A = = T A C A = = = = ? ? = = = G G ? T = = = T 0 E012 C = = C = = A = = = = T G A = = = = = = = = = = = T = = = C C A = = = = = G = = T = = A = = G = = = = A T G = = = = = = = = = = = G = = = T T G = = = = = A = = 0 E013 = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = ? = = = = = 0 E014 C = = C = = A = = = = T G A = = = = = = = = = = = T = = = C C A = = ? ? ? G = = T = = A = = G = = = = A T G = = = = = = = = = = = G = = = T T G = = ? ? ? A = = 0 E015 = C = A C = A = = = = A = = = = = = T = = = = = = = = = T = = G = = = = T = = = = T = C T = G = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = G = = A = = = = C = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = G = G = = G T = = ? T G = = G G = ? ? ? = ? ? ? = = ? = = = = = = T = = = = = = A = C = = A A = = ? C A = = T A = ? ? ? = ? ? ? = = ? = = = = = = C = 0 E018 = = = A = = = G C C = = T = = = = = = = = C = = = = = = = = = = G G ? T = = = T = = = C = = = C A G = = G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = A C ? C = = = C 0 E019 = C A = C = = C = G = A = = = = = = = = = T ? ? ? = = = ? = = G A C ? C T = = C = T G = T = = G = C = T = = = = = = = = = C ? ? ? = = = ? = = A G G ? T C = = T 0 E020 = = A C = = G C = G = = = = = = = = A = = T = = = = T = G = = = ? = C C = = = C = = G A = = A G = C = = = = = = = = T = = C = = = = C = T = = = ? = T T = = = T 0 E021 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 C = = = = = A = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = = T = C = = ? = = = G = = T = = = = = G = = = = = T = = = = = A = = = = = = = = = G = T = = ? = = = A = = 0 E023 = C = = C = = = = = = = = = = T = = = = = = = T = = ? ? = = = = = = = = T = T = = T = = T = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = ? ? = = = = = = = = C = C = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 ? 1.00 0.99 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 0.98 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 0.99 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? ? 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 0.98 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? = ? ? ? = = ? = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = END PHASEPROBS