************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 b3gt3.phase.inp b3gt3.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST b3gt3.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates b3gt3.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual b3gt3.phase.out_recom : estimates of recombination parameters b3gt3.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 54 Positions of loci: 1553 1882 2843 3072 3112 3351 3490 3558 4273 4517 4640 5036 7162 7165 8107 8302 8686 9854 9992 10160 10588 11049 11201 11241 11445 12559 12614 13676 13948 14667 14687 15136 16232 16513 17195 17860 17927 18184 18348 19691 20175 20474 21801 22625 22690 23115 23851 23875 23917 25041 25118 25164 25176 25213 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file b3gt3.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCACAAAGTCGDTTGGGGATAGTGTICGTCGCGATDICCAGGGGAIACTTCCCG 1.000000 2 GCACAAAGTCGDTTGGGGATAGCGTICGTCACGATDICCACGGGAIGCCTCCCT 2.000000 3 GCACAAAGTCGDTTGGGGATAGCGTITGTCACGATDICCACGGGAIGACTCCTT 1.000000 4 GCACGAAGTGGDTTAGGGATAATGCDTATCACAATDICAGGGAAGIAACCCCCT 3.000000 5 GCACGAAGTGGDTTAGGGATAATGTDTATCACGATDICCAGGAGAIACTTCCCT 1.000000 6 GCACGAAGTGGDTTAGGGATAATGTDTATCACAATDICAGGGAAGIACCCCCCT 1.000000 7 GCACGAAGTGGDTTAGGGATAATGTDTATCACAATDITAGGGAAGIAACCCCCT 2.000000 8 GCACGAAGTGGDGTAAGGAGAATGTDTATCAAAATDITAGGGAAGIAACCCCCT 8.000000 9 GCACGAAGTGGDGTAAGGAGAATGTDTATCAAAATDITAGGGAAGIAATCCCCT 1.000000 10 GCACGAGGTGGDTTAGGGATAATGTDTATCACAATIICAGGGAAGIAACCCCCT 3.000000 11 GCACGAGGTGGDTTAGGGATAATGTDTATCACAATIICAGGGAAGIACCCCCCT 2.000000 12 GCACGAGGTGGDTTAGGGATAATGTDTATCACAATIDCAGGGAAGIGCCTCCCT 2.000000 13 GCATAAAGTCGDTTGGGGATAGTGTICGTCACGATDICCAGGAGAIACTTCCCT 1.000000 14 GCATAAAGTCGDTTGGGGATAGTGTICGTCACGATDICCAGGGGAIACTTCCCT 1.000000 15 GCATAAAGTCGDTTGGGGATAGCGTICGTCGCGATDICCACGGGAIGCTTCCCT 2.000000 16 GCATAAAGTCGDTTGGGGGTAGTGCICGTCACGATDICCAGGGGAIACTTCCCT 2.000000 17 GCATAAAGTCGDTTGGGGGTCGTCCICGTCACGATDICCAGGGGAIACCTCCTT 1.000000 18 GCATAAAGTCGDTTGGGGGTCGTCCICGTCACGATDICCAGGGGAIACTTCCCT 2.000000 19 GCATAAAGTCGDTTGGGGGTCGTCCICGTCACGATDICCAGGGGAIACTTCGTT 6.000000 20 GCATAAACCCGDTTGGGAATAGTGTICGCCACGATDICCAGGAGAIACTTGCCT 5.000000 21 GCCTACAGTCTDTTGGGGATAGTGTICGTCACGGADDCCAGAAGADACTTCCCT 5.000000 22 GTACGAAGTGGITGGGGGATAGTGTICGTCACGATDICCAGGAGAIACTTCCCT 1.000000 23 GTACGAAGTGGITGGGGGATAGTGTICGTCACGATDICCAGGGGAIACTTCCCG 2.000000 24 GTACGAAGTGGITGGGGGATAGTGTICGTCGCGATDICCAGGGGAIACTTCCCG 2.000000 25 GTACGAAGTGGITGGGCGATAGTGTICGTCGCGATDICCAGGGGAIACTTCCCG 6.000000 26 GTACGAAGTGGITGGGCGATAGTGTICGTTGCGATDICCAGGGGAIACTTCCCG 6.000000 27 TCATAAAGTCGDTTGGGGGTAGTGCICGTCACGATDICCAGGGGAIACTTCCCT 24.000000 28 TCATAAAGTCTDTTGGGGATAGTGTICGTCACGGADDCCAGAAGAIACTTCCCT 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (19,21) DY02: (16,19) DY03: (3,22) DY04: (7,20) DY05: (10,20) DY06: (12,27) DY07: (8,10) DY08: (10,24) DY09: (5,18) DY10: (1,15) DY11: (8,21) DY12: (12,20) DY13: (6,19) DY14: (7,21) DY15: (2,16) DY16: (21,28) DY17: (2,18) DY18: (17,20) DY19: (13,20) DY20: (25,27) DY21: (9,11) DY22: (19,19) DY23: (14,21) DY24: (11,19) E101: (27,27) E102: (8,27) E103: (4,27) E104: (4,26) E105: (15,23) E106: (8,27) E107: (8,26) E108: (27,27) E109: (27,27) E110: (25,27) E111: (27,27) E112: (24,25) E113: (8,27) E114: (23,27) E115: (25,27) E116: (26,27) E117: (4,27) E118: (25,25) E119: (27,27) E120: (26,26) E121: (27,27) E122: (8,8) E123: (26,27) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C G T T G C C T A C A G T C T D T T G G G G A T A G T G T I C G T C A C G G A D D C C A G A A G A [D] A C T T C C C T 0 DY02 G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C G T T 0 DY03 G C A C A A A G T C G D T T G G G G A T A G C G T I (T) G T C A C G A T D I C C A C G G G A I G (A) C T C C (T) T G T A C G A A G T G G I T G G G G G A T A G T G T I (C) G T C [A] C G A T D I C C A G G A G A I A (C) T T C C (C) T 0 DY04 G C A C G A A G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T G C A T A A A C C C G D T T G G G A A T A G T G T I C G C C A C G A T D I C C A G G A G A I A C T T G C C T 0 DY05 G C A C G A G G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T I [I] C A G G G A A G I A A C C C C C T G C A T A A A C C C G D T T G G G A A T A G T G T I C G C C A C G A T D I C C A G G A G A I A C T T G C C T 0 DY06 G C A C G A G G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T I [D] C A G G G A A G I G C C T C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 DY07 G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T G C A C G A G G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T I [I] C A G G G A A G I A A C C C C C T 0 DY08 G C A C G A G G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T I [I] C A G G G A A G I A A C C C C C T G T A C G A A G T G G I T G G G G G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G 0 DY09 G C A C G A A G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C G A T D I C C A G G A G A I A C T T C C C T G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 DY10 G C A (C) A A A G T C G D T T G G G G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G G C A (T) A A A G T C G D T T G G G G A T A G C G T I C G T C G C G A T D I C C A C G G G A I G C [T] T C C C T 0 DY11 G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T G C C T A C A G T C T D T T G G G G A T A G T G T I C G T C A C G G A D D C C A G A A G A D A C T T C C C T 0 DY12 G C A C G A G G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T I [D] C A G G G A A G I G C C T C C C T G C A T A A A C C C G D T T G G G A A T A G T G T I C G C C A C G A T D I C C A G G A G A I A C T T G C C T 0 DY13 G C A C G A A G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T D I C A G G G A A G I A C C C C C C T G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C G T T 0 DY14 G C A C G A A G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T G C C T A C A G T C T D T T G G G G A T A G T G T I C G T C A C G G A D D C C A G A A G A D A C T T C C C T 0 DY15 G C A C A A A G T C G D T T G G G G A T A G C G T I C G T C A C G A T D I C C A C G G G A I G C C T C C C T G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 DY16 G C C T A C A G T C T D T T G G G G A T A G T G T I C G T C A C G G A D D C C A G A A G A (D) A C T T C C C T [T] C A T A A A G T C T D T T G G G G A T A G T G T I C G T C A C G G A D D C C A G A A G A (I) A C T T C C C T 0 DY17 G C A C A A A G T C G D T T G G G G A T A G C G T I C G T C A C G A T D I C C A C G G G A I G C C T C C C T G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 DY18 G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C (C) T C C (T) T G C A T A A A C C C G D T T G G G A A T A G T G T I C G C C A C G A T D I C C A G G A G A I A C (T) T G C (C) T 0 DY19 G C A T A A A G T C G D T T G G G G A T A G T G T I C G T C A C G A T D I C C A G G A G A I A C T T C C C T G C A T A A A C C C G D T T G G G A A T A G T G T I C G C C A C G A T D I C C A G G A G A I A C T T G C C T 0 DY20 G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 DY21 G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A (T) C C C C T G C A C G A G G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T I [I] C A G G G A A G I A C (C) C C C C T 0 DY22 G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C G T T G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C G T T 0 DY23 G C A T A A A G T C G D T T G G G G A T A G T G T I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T G C C T A C A G T C T D T T G G G G A T A G T G T I C G T C A C G G A D D C C A G A A G A D A C T T C C C T 0 DY24 G C A C G A G G T G G D T T A G G G A T A A T G T D T A T C A C A A T I [I] C A G G G A A G I A C C C C C C T G C A T A A A G T C G D T T G G G G G T C G T C C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C G T T 0 E101 T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E102 G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E103 G C A C G A A G T G G D T T A G G G A T A A T G C D T A T C A C A A T D I C A G G G A A G I A A C C C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E104 G C A C G A A G T G G D T T A G G G A T A A T G C D T A T C A C A A T D I C A G G G A A G I A A C C C C C T G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T T G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G 0 E105 G C A T A A A G T C G D T T G G G G A T A G C G T I C G T C (G) C G A T D I C C A C G G G A I G C T T C C C T G T A C G A A G T G G I T G G G G G A T A G T G T I C G T C (A) C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G 0 E106 G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E107 G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T T G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G 0 E108 T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E109 T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E110 G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E111 T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E112 G T A C G A A G T G G I T G G G G G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G 0 E113 G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E114 G T A C G A A G T G G I T G G G G G A T A G T G T I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E115 G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E116 G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T T G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E117 G C A C G A A G T G G D T T A G G G A T A A T G C D T A T C A C A A T D I C A G G G A A G I A A C C C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E118 G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T C G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G 0 E119 T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E120 G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T T G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T T G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G 0 E121 T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T 0 E122 G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T G C A C G A A G T G G D G T A A G G A G A A T G T D T A T C A A A A T D I T A G G G A A G I A A C C C C C T 0 E123 G T A C G A A G T G G I T G G G C G A T A G T G T I C G T T G C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C G T C A T A A A G T C G D T T G G G G G T A G T G C I C G T C A C G A T D I C C A G G G G A I A C T T C C C T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 ? = A ? = A = = ? = G = = = = = = = G = C = = C C = = = = = = = = A T = I ? = = = G G = = ? ? ? ? = = G T = ? = C ? = C = = ? = T = = = = = = = A = A = = G T = = = = = = = = G A = D ? = = = A A = = ? ? ? ? = = C C = 0 DY02 = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = C C = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = G T = 0 DY03 = C = = A = = = ? C = D = T = = = = = = = = C = = = (T) = = ? ? = = = = = = = = = C = G = = ? G (A) C = = = (T) = = T = = G = = = ? G = I = G = = = = = = = = T = = = (C) = = ? ? = = = = = = = = = G = A = = ? A (C) T = = = (C) = 0 DY04 = = = C G = = G T ? ? = = = A = ? G = = = A = = = D ? A T = = = A = = = = T A G = = = A G = = A C C C = = = = = = T A = = C C ? ? = = = G = ? A = = = G = = = I ? G C = = = G = = = = C C A = = = G A = = C T T G = = = 0 DY05 = = = C G = G G T G = = = = A = = G = = = A = = = D T A T = = = A = = I ? = A G = = = A G ? = A C C C = = = = = = T A = A C C C = = = = G = = A = = = G = = = I C G C = = = G = = D ? = C A = = = G A ? = C T T G = = = 0 DY06 G = = C G = G = = G = = = = A = = = A = = A = = T D T A = = = = A = = I ? = A G = = A A G ? ? ? ? = = = = = T = = T A = A = = C = = = = G = = = G = = G = = C I C G = = = = G = = D ? = C A = = G G A ? ? ? ? = = = = = 0 DY07 = = = = = = A = ? ? = = G = = A = = = G = = = = = = = = = = = A = = = D ? T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = G = ? ? = = T = = G = = = T = = = = = = = = = = = C = = = I ? C = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 DY08 ? C = = ? = G = = = = D = T A = = ? ? ? ? ? ? ? = D T A = = A ? A = = I ? = A G = = A ? G ? = A C C = = ? ? ? T = = ? = A = = = = I = G G = = ? ? ? ? ? ? ? = I C G = = G ? G = = D ? = C A = = G ? A ? = C T T = = ? ? 0 DY09 = = = C G = = = = G = = = = A = = = A = A A = G T D T A = = = = = = = = = = ? = = = A = = = = = = = = = ? = = = = T A = = = = C = = = = G = = = G = C G = C C I C G = = = = = = = = = = ? = = = G = = = = = = = = = ? = 0 DY10 = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = = = = = ? ? ? = = = = G = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = ? ? ? = = = = T 0 DY11 = = A C G A = = = G G = G = A A = = = G = A = = = D T A = = = A A A T = I ? ? G = G = A G I = A C C = = = = = = C T A C = = = C T = T = G G = = = T = G = = = I C G = = = C G G A = D ? ? A = A = G A D = C T T = = = = 0 DY12 = = = C G = G G T G = = = = A = = G = = ? A = = = D T A T = = = A = = I ? ? A G = = = A G = G = C = C = = = = = = T A = A C C C = = = = G = = A = = ? G = = = I C G C = = = G = = D ? ? C A = = = G A = A = T = G = = = 0 DY13 = = = C G = = = = G = = = = A = = = A = A A = G T D T A = = = = A = = = = = A G = = A A G = = = C C = C C = = = = T A = = = = C = = = = G = = = G = C G = C C I C G = = = = G = = = = = C A = = G G A = = = T T = G T = 0 DY14 = = A C G A = = ? G G = = = A = = = = = = A = = = D T A = = = = A A T ? ? T ? G = G = A G I = A C C = = = = = = C T A C = = ? C T = = = G = = = = = = G = = = I C G = = = = G G A ? ? C ? A = A = G A D = C T T = = = = 0 DY15 = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = = = C = ? = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = G = C = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = ? = = = = = = = = = = = = = ? = G = = = = = A = T = = = = = 0 DY16 ? ? C = ? C = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = ? ? A = ? A = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = 0 DY17 = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = A = C G T = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? ? ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = C = T C C = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? ? = = = = = 0 DY18 = = = = = = = G T = = = = = = = = G G = C = = C C = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = = = = (C) = C = (T) = = = = = = = = C C = = = = = = = = A A = A = = G T = = = C = = = = = = = = = = = = = A = = = = = (T) = G = (C) = 0 DY19 = = = = = = = G T = = = = = = = = G = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = C C = = = = = = = = A = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = 0 DY20 G T = C G = = = = G = I = G = = C = A = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T C = T A = = = = C = D = T = = G = G = = = = = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 DY21 = = = = = = A = = = = ? ? = = A = = = G = = = = = = = = = = = A = ? = D ? T = = = = = = = = = A (T) = = = = = = = = = = = G = = = = ? ? = = G = = = T = = = = = = = = = = = C = ? = I ? C = = = = = = = = = C (C) = = = = = 0 DY22 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY23 = = A = = A = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = I = = = = G G = = I = = = = = = = = = = C = = C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A = D = = = = A A = = D = = = = = = = = 0 DY24 = = = C ? = G = = G = = = = A = = = A = A A = G T D T A = = = = A = = I ? = A G = = A A G = = = C C = C C = = = = T ? = A = = C = = = = G = = = G = C G = C C I C G = = = = G = = D ? = C A = = G G A = = = T T = G T = 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 E102 G = = C G = = = = G = = G = A A = = A G = A = = T D T A = = = A A = = = = T A G = = A A G = = A C C = = = = T = = T A = = = = C = = T = G G = = G T = G = = C I C G = = = C G = = = = C C A = = G G A = = C T T = = = = 0 E103 G = = C G = = = = G = = = = A = = = A = = A = = = D T A = = = ? A = = = = = A G = = A A G = = A C C = = = = T = = T A = = = = C = = = = G = = = G = = G = = = I C G = = = ? G = = = = = C A = = G G A = = C T T = = = = 0 E104 = C = = = = = = = = = D = T A = G = = = = A = = C D T A = C A = A = = = = = A G = = A A G = = A C C = = = T = T = = = = = = = = = I = G G = C = = = = G = = T I C G = T G = G = = = = = C A = = G G A = = C T T = = = G 0 E105 = C = T A = = = = C = D = T = = = = = = = = C = = = = = = = (G) = = = = = = = = ? C = = = = = G = = = = = = T = T = C G = = = = G = I = G = = = = = = = = T = = = = = = = (A) = = = = = = = = ? G = = = = = A = = = = = = G 0 E106 G = = ? G = = = = G = = G = A A = = A G = A = = T D T A = = = ? A = = = = T A G = = A A G = = A C C = = = = T = = ? A = = = = C = = T = G G = = G T = G = = C I C G = = = ? G = = = = C C A = = G G A = = C T T = = = = 0 E107 = C = = = = = = = = = D G T A A G = = G = A = = = D T A = C A A A = = = = T A G = = A A G = = A C C = = = T = T = = = = = = = = = I T G G G C = = T = G = = = I C G = T G C G = = = = C C A = = G G A = = C T T = = = G 0 E108 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 G T = C G = = = ? G = I = G = = C = A = = = ? = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T C = T A = = = ? C = D = T = = G = G = = = ? = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E111 = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E113 G = = C G = = = = G = = G = A A = = A G = A = = T D T A = ? ? A A = = = = T A G = = A A G = = A C C = = = = T = = T A = = = = C = = T = G G = = G T = G = = C I C G = ? ? C G = = = = C C A = = G G A = = C T T = = = = 0 E114 G T = C G = = = = G = I = G = = ? = A = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T C = T A = = = = C = D = T = = ? = G = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E115 G T = C G = = = = G = I = G = = C = A = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T C = T A = = = = C = D = T = = G = G = = = = = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E116 G T = C ? = = = = ? ? I ? ? = = C = A ? = = = = T = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T C = T ? = = = = ? ? D ? ? = = G = G ? = = = = C = = = = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E117 G = = C ? = = = = G = = = = A = = = A = = A = = = D T A = = = = A = = = = = A ? = = A A G = ? ? ? C = = = = T = = T ? = = = = C = = = = G = = = G = = G = = = I C G = = = = G = = = = = C ? = = G G A = ? ? ? T = = = = 0 E118 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E119 = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 0 E120 = = = = ? ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E121 = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 0 E122 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 0 E123 G T = C ? = = = = G = I = G = = C = A ? = = = = T = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T C = T ? = = = = C = D = T = = G = G ? = = = = C = = = = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? = 1.00 ? = 1.00 = = ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 0.52 = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 0.58 1.00 = = = 0.58 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = ? 1.00 = = ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = 0.68 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = ? ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.62 = 1.00 = 0.84 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 0.55 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 0.93 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.69 = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = ? ? 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 END PHASEPROBS