Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 chi2 000200 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 19 22 41 0.000 0.000 0.024 000409 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 22 42 0.000 0.000 0.006 000605 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 21 44 0.000 0.012 0.006 000690 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 23 21 44 0.000 0.012 0.006 000939 GG 19 23 42 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.095 001063 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.000 0.000 0.006 001553 GG 19 7 26 GT 2 10 12 TT 0 6 6 0.000 0.381 4.297 001769 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 001882 CC 20 12 32 CT 3 8 11 TT 0 3 3 0.000 0.733 1.957 002084 AA 19 23 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.054 002149 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 23 42 0.000 0.000 0.054 002321 ++ 19 23 42 +- 4 0 4 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.095 002519 AA 19 23 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.095 002537 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.022 002843 AA 19 23 42 AC 5 0 5 CC 0 0 0 0.000 0.000 0.148 003072 CC 4 6 10 CT 13 10 23 TT 5 6 11 0.000 0.182 0.093 003112 AA 9 3 12 AG 10 8 18 GG 2 3 5 0.000 0.286 0.179 003260 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 003325 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 22 42 0.000 0.000 0.095 003351 AA 19 22 41 AC 5 0 5 CC 0 0 0 0.000 0.000 0.152 003490 AA 17 22 39 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.312 003558 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 19 22 41 0.000 0.000 0.152 003847 ++ 20 17 37 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.007 003926 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 17 38 0.000 0.015 0.007 004056 CC 20 20 40 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 004273 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 15 20 35 0.000 0.000 0.178 004504 AA 18 22 40 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.100 004517 CC 9 6 15 CG 10 10 20 GG 2 5 7 0.000 0.043 0.006 004640 GG 17 22 39 GT 4 0 4 TT 1 0 1 0.000 0.000 3.563 004866 GG 23 22 45 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 005036 ++ 0 3 3 +- 3 8 11 -- 20 12 32 0.000 0.733 1.957 005072 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.000 0.000 0.006 005419 CC 19 23 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.095 005582 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 22 44 0.000 0.000 0.006 005818 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.000 0.000 0.022 005876 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.000 0.000 0.005 006041 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 006854 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 21 43 0.000 0.000 0.023 006861 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.000 0.000 0.006 006984 AA 23 22 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 007109 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.000 0.000 0.093 007162 GG 0 1 1 GT 2 4 6 TT 20 17 37 0.000 1.144 1.348 007165 GG 0 3 3 GT 3 7 10 TT 20 12 32 0.000 1.223 2.589 007182 ++ 22 22 44 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.006 007213 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 18 22 40 0.000 0.000 0.100 007286 AA 22 19 41 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.118 0.055 007296 CC 21 22 43 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 007316 AA 22 21 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 007625 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 007967 ++ 20 23 43 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.006 008107 AA 2 1 3 AG 10 7 17 GG 11 15 26 0.000 0.025 0.010 008302 AA 0 1 1 AG 3 4 7 GG 20 18 38 0.000 1.252 0.875 008686 CC 0 1 1 CG 1 7 8 GG 22 11 33 0.000 0.007 0.355 009257 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.000 0.000 0.022 009301 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.000 0.000 0.005 009548 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 009595 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 009854 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.000 0.000 0.152 009992 AA 12 7 19 AG 9 10 19 GG 2 6 8 0.000 0.381 0.705 010160 GG 0 0 0 GT 3 4 7 TT 19 13 32 0.000 0.302 0.379 010588 AA 13 20 33 AC 7 0 7 CC 1 0 1 0.000 0.000 0.654 010637 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 17 21 38 0.000 0.000 0.007 010956 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 011014 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 011049 AA 2 1 3 AG 9 7 16 GG 12 15 27 0.000 0.025 0.090 011059 AA 23 19 42 AC 0 4 4 CC 0 0 0 0.000 0.209 0.095 011115 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011201 CC 0 0 0 CT 4 1 5 TT 19 21 40 0.000 0.012 0.156 011241 CC 1 0 1 CG 7 0 7 GG 15 23 38 0.000 0.000 0.875 011445 CC 2 8 10 CT 8 9 17 TT 13 6 19 0.000 1.028 2.464 011461 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 011707 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 011713 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 012559 ++ 12 15 27 +- 10 7 17 -- 2 1 3 0.000 0.025 0.022 012614 CC 11 15 26 CT 10 7 17 TT 2 1 3 0.000 0.025 0.010 013676 AA 2 1 3 AG 10 7 17 GG 12 15 27 0.000 0.025 0.022 013884 AA 21 23 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.023 013948 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.000 0.000 0.148 014667 CC 23 17 40 CT 0 4 4 TT 0 1 1 0.000 1.144 3.673 014687 AA 20 12 32 AG 2 7 9 GG 1 3 4 0.000 1.223 5.428 014773 GG 20 21 41 GT 2 1 3 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.055 014778 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 014904 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.022 014985 AA 21 21 42 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.000 0.000 0.024 015096 CC 21 21 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.024 015102 AA 22 21 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 015136 AA 0 1 1 AC 3 3 6 CC 20 17 37 0.000 2.136 1.348 015575 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 015865 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.023 016119 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.022 016232 AA 2 1 3 AG 9 7 16 GG 13 15 28 0.000 0.025 0.120 016513 AA 18 23 41 AG 4 0 4 GG 1 0 1 0.000 0.000 3.784 016632 CC 19 22 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 016990 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.022 017195 AA 1 0 1 AT 4 0 4 TT 19 23 42 0.000 0.000 3.895 017207 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 017411 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.000 0.000 0.093 017674 CC 12 23 35 CT 1 0 1 TT 1 0 1 0.000 0.000 15.757 017682 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 12 23 35 0.000 0.000 0.029 017860 ++ 0 0 0 +- 7 0 7 -- 16 23 39 0.000 0.000 0.312 017927 ++ 12 23 35 +- 3 0 3 -- 1 0 1 0.000 0.000 5.024 018184 CC 17 18 35 CT 4 4 8 TT 0 1 1 0.000 1.252 0.418 018235 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 018348 AA 2 1 3 AC 7 7 14 CC 10 15 25 0.000 0.025 0.277 018802 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.000 0.000 0.023 018956 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 019018 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.022 019459 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 019691 AA 13 14 27 AG 9 6 15 GG 2 1 3 0.000 0.114 0.210 020147 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 020175 CC 0 0 0 CG 4 1 5 GG 20 22 42 0.000 0.011 0.148 020288 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 020474 AA 1 0 1 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.000 0.000 3.895 020876 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 021801 AA 9 1 10 AG 9 7 16 GG 6 15 21 0.000 0.025 3.677 021998 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.022 022142 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.000 0.000 0.022 022625 AA 2 1 3 AG 8 7 15 GG 13 15 28 0.000 0.025 0.255 022690 AA 13 15 28 AG 9 7 16 GG 2 1 3 0.000 0.025 0.120 023115 ++ 13 23 36 +- 4 0 4 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.111 023230 AA 17 23 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 023508 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 19 17 36 0.000 0.015 0.007 023526 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 18 18 36 0.000 0.000 0.007 023851 AA 16 18 34 AG 3 1 4 GG 0 0 0 0.000 0.014 0.117 023875 AA 1 0 1 AC 7 6 13 CC 11 13 24 0.000 0.668 0.242 023877 CC 19 18 37 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.014 0.007 023917 CC 1 0 1 CT 12 6 18 TT 6 12 18 0.000 0.720 2.014 024034 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 024849 ++ 23 22 45 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.006 025041 CC 2 1 3 CT 7 7 14 TT 15 15 30 0.000 0.025 0.577 025118 CC 19 23 42 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.148 025164 CC 19 23 42 CG 4 0 4 GG 1 0 1 0.000 0.000 3.895 025176 CC 15 23 38 CT 6 0 6 TT 1 0 1 0.000 0.000 1.407 025213 GG 0 3 3 GT 2 8 10 TT 21 12 33 0.000 0.733 2.726 025231 GG 21 23 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002321: gccgc 003847: cttat 005036: T 007182: tttga 007967: t 012559: t 017860: a 017927: taag 023115: CA 024849: tt