Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz hz 000200 C 0.00 0.00 0.02 T 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.05 000409 A 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 000605 C 0.00 0.02 0.01 T 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000690 A 0.00 0.02 0.01 C 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000939 T 0.00 0.00 0.04 G 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 001063 A 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 001553 T 0.00 0.48 0.27 G 0.00 0.52 0.73 0.00 0.50 0.40 001769 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001882 T 0.00 0.30 0.18 C 0.00 0.70 0.82 0.00 0.42 0.30 002084 G 0.00 0.00 0.03 A 0.00 1.00 0.97 0.00 0.00 0.06 002149 A 0.00 0.00 0.03 G 0.00 1.00 0.97 0.00 0.00 0.06 002321 - 0.00 0.00 0.04 + 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 002519 G 0.00 0.00 0.04 A 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 002537 G 0.00 0.00 0.02 A 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 002843 C 0.00 0.00 0.05 A 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 003072 C 0.00 0.50 0.49 T 0.00 0.50 0.51 0.00 0.50 0.50 003112 G 0.00 0.50 0.40 A 0.00 0.50 0.60 0.00 0.50 0.48 003260 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003325 A 0.00 0.00 0.04 G 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 003351 C 0.00 0.00 0.05 A 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 003490 G 0.00 0.00 0.08 A 0.00 1.00 0.92 0.00 0.00 0.14 003558 C 0.00 0.00 0.05 G 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 003847 - 0.00 0.00 0.01 + 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.03 003926 A 0.00 0.03 0.01 G 0.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 004056 G 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 004273 C 0.00 0.00 0.06 T 0.00 1.00 0.94 0.00 0.00 0.12 004504 G 0.00 0.00 0.05 A 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.09 004517 G 0.00 0.48 0.40 C 0.00 0.52 0.60 0.00 0.50 0.48 004640 T 0.00 0.00 0.07 G 0.00 1.00 0.93 0.00 0.00 0.13 004866 T 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005036 + 0.00 0.30 0.18 - 0.00 0.70 0.82 0.00 0.42 0.30 005072 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 005419 T 0.00 0.00 0.04 C 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 005582 G 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 005818 C 0.00 0.00 0.02 T 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 005876 C 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 006041 T 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 006854 A 0.00 0.00 0.02 G 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 006861 A 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 006984 T 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 007109 C 0.00 0.00 0.04 T 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 007162 G 0.00 0.14 0.09 T 0.00 0.86 0.91 0.00 0.24 0.17 007165 G 0.00 0.30 0.18 T 0.00 0.70 0.82 0.00 0.42 0.29 007182 - 0.00 0.00 0.01 + 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 007213 C 0.00 0.00 0.05 T 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.09 007286 G 0.00 0.07 0.03 A 0.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 007296 G 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 007316 G 0.00 0.02 0.01 A 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007625 T 0.00 0.02 0.01 C 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007967 - 0.00 0.00 0.01 + 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 008107 A 0.00 0.20 0.25 G 0.00 0.80 0.75 0.00 0.31 0.38 008302 A 0.00 0.13 0.10 G 0.00 0.87 0.90 0.00 0.23 0.18 008686 C 0.00 0.24 0.12 G 0.00 0.76 0.88 0.00 0.36 0.21 009257 A 0.00 0.00 0.02 G 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 009301 A 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 009548 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009595 G 0.00 0.02 0.01 A 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009854 A 0.00 0.00 0.05 G 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 009992 G 0.00 0.48 0.38 A 0.00 0.52 0.62 0.00 0.50 0.47 010160 G 0.00 0.12 0.09 T 0.00 0.88 0.91 0.00 0.21 0.16 010588 C 0.00 0.00 0.11 A 0.00 1.00 0.89 0.00 0.00 0.20 010637 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.03 010956 G 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 011014 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 011049 A 0.00 0.20 0.24 G 0.00 0.80 0.76 0.00 0.31 0.36 011059 C 0.00 0.09 0.04 A 0.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 011115 G 0.00 0.02 0.01 A 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011201 C 0.00 0.02 0.06 T 0.00 0.98 0.94 0.00 0.04 0.10 011241 C 0.00 0.00 0.10 G 0.00 1.00 0.90 0.00 0.00 0.18 011445 C 0.00 0.54 0.40 T 0.00 0.46 0.60 0.00 0.50 0.48 011461 T 0.00 0.07 0.03 C 0.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 011707 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 011713 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 012559 - 0.00 0.20 0.24 + 0.00 0.80 0.76 0.00 0.31 0.37 012614 T 0.00 0.20 0.25 C 0.00 0.80 0.75 0.00 0.31 0.38 013676 A 0.00 0.20 0.24 G 0.00 0.80 0.76 0.00 0.31 0.37 013884 G 0.00 0.00 0.02 A 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 013948 C 0.00 0.00 0.05 T 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 014667 T 0.00 0.14 0.07 C 0.00 0.86 0.93 0.00 0.24 0.12 014687 G 0.00 0.30 0.19 A 0.00 0.70 0.81 0.00 0.42 0.31 014773 T 0.00 0.02 0.03 G 0.00 0.98 0.97 0.00 0.04 0.07 014778 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014904 G 0.00 0.00 0.02 A 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 014985 C 0.00 0.00 0.02 A 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 015096 T 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 015102 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 015136 A 0.00 0.12 0.09 C 0.00 0.88 0.91 0.00 0.21 0.17 015575 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 015865 T 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 016119 T 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 016232 A 0.00 0.20 0.23 G 0.00 0.80 0.77 0.00 0.31 0.36 016513 G 0.00 0.00 0.07 A 0.00 1.00 0.93 0.00 0.00 0.12 016632 G 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 016990 T 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 017195 A 0.00 0.00 0.06 T 0.00 1.00 0.94 0.00 0.00 0.12 017207 T 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 017411 A 0.00 0.00 0.04 G 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 017674 T 0.00 0.00 0.04 C 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 017682 C 0.00 0.00 0.03 G 0.00 1.00 0.97 0.00 0.00 0.05 017860 + 0.00 0.00 0.08 - 0.00 1.00 0.92 0.00 0.00 0.14 017927 - 0.00 0.00 0.06 + 0.00 1.00 0.94 0.00 0.00 0.12 018184 T 0.00 0.13 0.11 C 0.00 0.87 0.89 0.00 0.23 0.20 018235 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018348 A 0.00 0.20 0.24 C 0.00 0.80 0.76 0.00 0.31 0.36 018802 A 0.00 0.00 0.02 G 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 018956 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 019018 T 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 019459 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 019691 G 0.00 0.19 0.23 A 0.00 0.81 0.77 0.00 0.31 0.36 020147 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 020175 C 0.00 0.02 0.05 G 0.00 0.98 0.95 0.00 0.04 0.10 020288 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 020474 A 0.00 0.00 0.06 G 0.00 1.00 0.94 0.00 0.00 0.12 020876 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021801 A 0.00 0.20 0.38 G 0.00 0.80 0.62 0.00 0.31 0.47 021998 T 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 022142 A 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 022625 A 0.00 0.20 0.23 G 0.00 0.80 0.77 0.00 0.31 0.35 022690 G 0.00 0.20 0.23 A 0.00 0.80 0.77 0.00 0.31 0.36 023115 - 0.00 0.00 0.05 + 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 023230 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 023508 C 0.00 0.03 0.01 T 0.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 023526 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.03 023851 G 0.00 0.03 0.05 A 0.00 0.97 0.95 0.00 0.05 0.10 023875 A 0.00 0.16 0.20 C 0.00 0.84 0.80 0.00 0.27 0.32 023877 G 0.00 0.03 0.01 C 0.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 023917 C 0.00 0.17 0.27 T 0.00 0.83 0.73 0.00 0.28 0.39 024034 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 024849 - 0.00 0.00 0.01 + 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 025041 C 0.00 0.20 0.21 T 0.00 0.80 0.79 0.00 0.31 0.33 025118 G 0.00 0.00 0.05 C 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 025164 G 0.00 0.00 0.06 C 0.00 1.00 0.94 0.00 0.00 0.12 025176 T 0.00 0.00 0.09 C 0.00 1.00 0.91 0.00 0.00 0.16 025213 G 0.00 0.30 0.17 T 0.00 0.70 0.83 0.00 0.42 0.29 025231 T 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002321: gccgc 003847: cttat 005036: T 007182: tttga 007967: t 012559: t 017860: a 017927: taag 023115: CA 024849: tt