Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000118 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 000444 T 0.24 0.11 0.17 A 0.76 0.89 0.83 0.36 0.20 0.28 000695 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001041 - 0.00 0.07 0.03 + 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 001059 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.12 0.00 0.07 001174 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001237 G 0.04 0.46 0.24 C 0.96 0.54 0.76 0.08 0.50 0.37 001239 T 0.27 0.41 0.34 C 0.73 0.59 0.66 0.39 0.48 0.45 001615 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002153 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 003280 G 0.30 0.09 0.20 C 0.70 0.91 0.80 0.42 0.16 0.31 003544 C 0.19 0.78 0.48 T 0.81 0.22 0.52 0.30 0.34 0.50 003545 T 0.10 0.11 0.11 A 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 003587 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 003863 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003909 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003940 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 003961 - 0.31 0.54 0.43 + 0.69 0.46 0.57 0.43 0.50 0.49 004180 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 004309 T 0.00 0.05 0.03 C 1.00 0.95 0.97 0.00 0.10 0.05 004612 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.12 004873 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005082 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005094 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 005294 C 0.04 0.07 0.05 T 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 005366 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005460 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 005475 - 0.31 0.07 0.19 + 0.69 0.93 0.81 0.43 0.12 0.31 005485 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005612 G 0.53 0.07 0.27 A 0.47 0.93 0.73 0.50 0.12 0.40 005618 A 0.53 0.04 0.26 G 0.47 0.96 0.74 0.50 0.08 0.39 005623 A 0.00 0.67 0.37 G 1.00 0.33 0.63 0.00 0.44 0.47 005633 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005812 A 0.03 0.61 0.35 G 0.97 0.39 0.65 0.05 0.48 0.45 005862 G 0.50 0.15 0.31 T 0.50 0.85 0.69 0.50 0.26 0.43 006034 * 006166 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 006343 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 006502 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006561 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006640 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006671 T 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006702 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006718 G 0.60 0.14 0.38 A 0.40 0.86 0.62 0.48 0.24 0.47 006924 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006946 T 0.26 0.07 0.17 C 0.74 0.93 0.83 0.39 0.13 0.28 006984 G 0.59 0.12 0.36 A 0.41 0.88 0.64 0.48 0.21 0.46 007994 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 008145 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.03 008178 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008197 T 0.13 0.07 0.10 C 0.87 0.93 0.90 0.23 0.13 0.18 008270 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008359 T 0.30 0.05 0.18 C 0.70 0.95 0.82 0.42 0.09 0.30 008903 T 0.68 0.05 0.35 C 0.33 0.95 0.65 0.44 0.09 0.45 009206 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 009281 T 0.60 0.05 0.33 C 0.40 0.95 0.67 0.48 0.10 0.44 009497 T 0.21 0.77 0.48 C 0.79 0.23 0.52 0.33 0.35 0.50 009622 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009647 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009665 C 0.68 0.20 0.44 A 0.32 0.80 0.56 0.43 0.33 0.49 009979 A 0.54 0.07 0.31 T 0.46 0.93 0.69 0.50 0.12 0.43 010059 * 010389 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011490 A 0.19 0.05 0.13 G 0.81 0.95 0.87 0.30 0.10 0.22 011818 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012247 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012285 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 012384 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012489 C 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012621 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012632 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012773 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012913 - 0.17 0.20 0.18 + 0.83 0.80 0.82 0.28 0.31 0.30 013030 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013252 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013805 + 0.42 0.07 0.24 - 0.58 0.93 0.76 0.49 0.12 0.37 014106 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014145 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014256 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014269 C 0.71 0.07 0.39 T 0.29 0.93 0.61 0.41 0.12 0.48 014322 G 0.02 0.70 0.35 C 0.98 0.30 0.65 0.04 0.42 0.46 014389 G 0.42 0.07 0.24 A 0.58 0.93 0.76 0.49 0.12 0.37 014645 T 0.34 0.07 0.20 C 0.66 0.93 0.80 0.45 0.12 0.32 014805 G 0.05 0.00 0.03 A 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 015078 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016173 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016352 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016555 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016693 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.26 017287 T 0.63 0.07 0.35 C 0.37 0.93 0.65 0.47 0.12 0.45 017316 + 0.12 0.00 0.06 - 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 017453 G 0.67 0.07 0.37 C 0.33 0.93 0.63 0.44 0.12 0.47 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001041: C 003961: c 005082: g 005475: C 009622: g 009647: agaattg 012773: g 012913: g 013805: AGGGG 016555: GAAG 017316: TGGCATCTGGAGAAGCCTGTTCATTCCA Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 006034 A 0.03 0.00 0.01 T 0.18 0.11 0.14 G 0.79 0.89 0.85 010059 T 0.02 0.00 0.01 G 0.54 0.07 0.32 C 0.44 0.93 0.67