************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 apolh.phase.inp apolh.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST apolh.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates apolh.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual apolh.phase.out_recom : estimates of recombination parameters apolh.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 89 Positions of loci: 186 617 634 676 733 749 1013 1344 1447 1777 1918 2098 2257 3124 3634 3690 3719 3819 3910 4252 4590 4891 4892 6623 6781 7183 7333 7381 7394 7395 7677 7859 7976 8234 8267 8415 8772 8896 9042 10059 10230 10283 10979 11029 11303 11477 11622 11636 11789 11820 12608 12774 12948 13060 13745 13774 14413 14512 14636 14657 14705 14905 15320 15985 16121 16350 16475 16864 17002 17193 17318 17338 17500 17600 18224 18355 18482 18485 18539 18648 19394 19675 19750 20019 20112 20157 20184 20246 20252 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file apolh.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CADCTACCCCTGGGACCATGICGT 2 AAAICCATGGCTGAGCGTTCCATGCTTTAGTCGACCTTCGCCTGTTAGGGCCAICCDGITTTTC 1.000000 2 CADCTACCCCTGAGACCATGICGT 1 AAADCCATGGTTTAGTGCTTCATGCTTTACTTGGCCTCCGCGGGTGCGCTCTAITCIGDTTATC 1.000000 3 CADCTACCCCTGAGACCATGICGT 1 AAADCCATGGTTTAGTGCTTCATGCTTTACTTGGCCTCCGCGGGTGCGGGCTAITCIGDCTATC 1.000000 4 CADCTACCCCTGAGACCATGICGT 2 AAADCCATGGTTTAGTGCTTCATGCTTTACTTGGCCTCCGCGGGTGCGCTCTAITCDGDTTATC 1.000000 5 CADCTACACCTGAGATGGTGICGT 2 TGCICTGTAGCTTAATGCCTACGCTCGCGGTCGGTACCCGCGGGTTCGCGCTAITCIGDCTATC 1.000000 6 CADCTACACCTGAGATGGTGDCGT 2 TGCICTGTAGCTTAATGCCTACGCTCGCGGTCGGTACCCGCGGGTTCGCGCTAITCIGDCTATC 3.000000 7 CADCTACACCTGAGATGGTGDCGT 2 TGCICTGTAGCTTAATGCCTACGCTCGCGGTCGGTACCCGCGGGTTCGCTCTAITCDGDTTATC 1.000000 8 CADCTATCCTTGGAATGATGIGTT 2 AACIACGAAGCCTGGTGTTTCATGCTTTAGTCGGCCCCCGCCTGTTAGGGTCAICTDGDTTATT 1.000000 9 CADCTATCCTTGGAATGATGIGTT 2 AACIACGTATCTTGGTGCTTCATGCTTTAGTCGGCCCCCGCGGGTTCGCGCTAITTIGDTTATC 1.000000 10 CADCTATCTTTGGAATGATGIGTT 2 AACIACGAAGCCTGGTACCTAATCCCGCGGTCAGTCCCTTCGGGTTCACGCTADTCIGITTTTC 3.000000 11 CADCTATCTTTGGAATGATGIGTT 2 AACIACGAAGCCTGGTACCTAATCCCGCGGTCAGTCCCTTCGGGTTCACTCTAITCIGDTTATC 1.000000 12 CADCTATCTTTGGAATGATGIGTT 2 AGCIACGAAGCCTGGTACCTAATCCCGCGGTCAGTCCCTTCGGGTTCACGCTADTCDGITTTTC 1.000000 13 CADCTCCCCCTGGGACCATAICGT 3 AAADCCGTGGTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCGGCCCCCGCCTATTAGCGCTAITCIGDTTATC 1.000000 14 CADCTCCCCCTGGGACCATAICGT 3 AAADCCGTGGTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCGGCCCCCGCCTATTAGGGCTGITCDGITTTTC 1.000000 15 CADCTCCCCCTGGGACCATAICGT 3 AAADCCGTGGTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCGGCCCCCGCCTATTAGGGCTGITCDGDTTATC 3.000000 16 CGDATACCCCTGGGACCATAICGT 3 AAADCCGTGGTTTAGTGCTTCATGCTTTAGCCGGCCTCCGTGGGGTCGCGCTAITCIGDTTATC 10.000000 17 CGDATACCCCTGGGACCATAICGT 3 AAADCCGTGGTTTAGTGCTTCATGCTTTAGCCGGCCTCCGTGGGGTCGCGTCAICTDGDTTATT 1.000000 18 CGDATACCCCTAGGACCATAICGT 3 AAADCCGTGGTTTAGTGCTTCATGCTTTAGCCGGCCTCCGTGGGGTCGCGCTAITCIGDTTATC 2.000000 19 CGDATACCCCGGGGACCATAICGT 3 AAADCCGTGGTTTAGTGCTTCATGCTTTAGCCGGCCTCCGTGGGGTCGCGCTAITCIGDTTATC 1.000000 20 GADCCACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCGCTAITCDGDTTATC 1.000000 21 GADCCACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCGCTAITCIADTGATC 9.000000 22 GADCCACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCGCTADTCDGITTTTC 1.000000 23 GADCCACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCTCTAITCDGDTTATC 1.000000 24 GADCCACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGGGCCAICCDGITTTTC 1.000000 25 GADCCACCCCTGGGACCATAICGT 2 AAADCCATGGTTTAGTGCTTCATGCTTTAGTCGGCCTCCGCGGGTTCGCTCTAITCDGITTATC 1.000000 26 GADCCACCCCGGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCGCTAITCIADTGATC 3.000000 27 GADCTACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCGCCAICCDGDTTACC 1.000000 28 GADCTACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCTCTAITCDGDTTATC 3.000000 29 GADCTACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCTCTAITCDGDTTACC 6.000000 30 GADCTACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCTCTAITTIGDTTATC 1.000000 31 GADCTACCCCTGGGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCTCTADTCDGITTTTC 2.000000 32 GADCTACCCCTGGGACCACAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCTCTAITCDGDTTACC 1.000000 33 GADCTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AAAICCATGGCTGAGCGTTCCATGCTTTAGTCGACCCCCGCCTGTTAGGGCCAICCDGITTTTC 7.000000 34 GADCTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AAAICCATGGCTGAGCGTTCCATGCTTTAGTCGACCCTCGCCTGTTAGGGCCAICCDGITTTTC 4.000000 35 GADCTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AAADCCATGTTTTAGTACCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCGCTAITCIADTGATC 1.000000 36 GADCTACCCCTGAGACCATAICGC 2 AAADCCATGTTTTAGTGCCTAATCCCGCGGTCAGTCCCCTCGGGTTCGCTCTAITCIGDTTATC 1.000000 37 GAICTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AAAICCATGGCTGAGTGTTCCATGCTTTAGTCGACCCCCGCCTGTTAGGGCCAICCDGITTTTC 1.000000 38 GAICTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AAAICCATGGCTGAGCGTTCCATGCTTTAGTCGACCCCCGCCTGTTAGGGCCAICCDGITTTTC 3.000000 39 GAICTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AAAICCATGGCTGAGCGTTCCATGCTTTAGTCGACCCCCGCCTGTTAGGGCCAICCDGDTTACC 1.000000 40 GAICTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AAAICCATGGCTGAGCGTTCCATGCTTTAGTCGACCCTCGCCTGTTAGGGCCAICCDGITTTTC 7.000000 41 GAICTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AAAICCATGGCTGAGCGTTCCATGCTTTAGTCGACCCTCGCCTGTTAGGGCCAICCIGDTTATC 1.000000 42 GAICTACCCCTGGGGCCATAICGT 2 AACICCGTGGCTGAGTGTTTCATCCTGTGGTCAGTACCCGCGGGTTCGCGCCAICCDGITTTTC 1.000000 43 GAICTACCCCTGGGGCCACAICGT 2 AAAICCATGGCTGAGCGTTCCATGCTTTAGTCGACCCCCGCCTGTTAGGGCCAICCDGITTTTC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (12,20) D002: (21,28) D003: (24,28) D004: (15,21) D005: (2,21) D006: (9,21) D007: (5,31) D008: (10,14) D009: (3,35) D010: (11,40) D011: (13,16) D012: (29,38) D013: (4,15) D014: (16,33) D015: (10,15) D016: (10,17) D033: (7,22) D034: (16,16) D035: (8,36) D036: (29,41) D037: (23,37) D038: (32,43) D039: (29,31) D040: (25,30) E001: (26,26) E002: (21,38) E003: (33,33) E004: (6,21) E005: (1,42) E006: (16,16) E007: (19,29) E008: (21,38) E009: (33,34) E010: (16,40) E011: (16,40) E012: (21,27) E013: (18,40) E014: (6,28) E015: (18,40) E016: (33,34) E017: (16,26) E018: (34,34) E019: (21,40) E020: (33,33) E021: (29,39) E022: (29,40) E023: (6,16) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C A D C T A T C T T T G G A A T G A T G I G T T 2 A (G) C I A C G A A G C C T G G T A C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C T T C G G G T T C A C G C T A D T C D G I T T T T C G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A (A) A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C D G D T T A T C 0 D002 G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A T C 0 D003 G A D C (C) A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G G G C C A I C C D G I T T T T C G A D C (T) A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A T C 0 D004 C A D C T [C] C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C G G C C C C C G C C T A T T A G G G C T G I T C D G D T T A T C G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C 0 D005 C A D C T A C C C C T G A G A C C A T G I C G T 1 A A A D C C A T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A C T T G G C C T C C G C G G G T G C G C T C T A I T C I G D T T A T C G A D C C A C C C C [T] G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C 0 D006 C A D C T A T C C T T G G A A T G A T G I G T T 2 A A C I A C G T A T C T T G G T G C T T C A T G C T T T A G T C G G [C] [C] C C C G C G G G T T C G C G C T A I T T I G D T T A T C G A D C C A C C C C [T] G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C 0 D007 C A D C T A C A C C T G A G A T G G T G I C G T 2 T G C I C T G T A G C T T A A T G C C T A C G C T C G C G G T C G G T A C C C G C G G G T T C G C G C T A I T C I G D C T A T C G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A [D] T C D G I T T T T C 0 D008 C A D C T A T C T T T G G A A T G A T G I G T T 2 A A C I A C G A A G C C T G G T A C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C T T C G G G T T C A C G C T A D T C I G I T T T T C C A D C T [C] C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C G G C C C C C G C C T A T T A G G G C T G I T C D G I T T T T C 0 D009 C A D C T A C C C C T G A G A C C A T G I C G T 1 A A A D C C A T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A C T T G G C C T C C G C G G G T G C G G G C T A I T C I G D C T A T C G A [D] C T A C C C C T G G G [G] C C A T A I C G T 2 A A A D C C A T G T T T T A G T A C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C 0 D010 C A D C T A T C T T T G G A A T G A T G I G T T 2 A A C I A C G A A G C C T G G T A C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C T T C G G G T T C A C T C T A I T C I G D T T A T C G A [I] C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 D011 C A D C T C C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C G G C C C C C G C C T A T T A G C G C T A I T C I G D T T A T C C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C 0 D012 G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A [C] C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 D013 C A D C T A C C C C T G A G A C C A T G I C G T 2 A A A D C C A T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A C T T G G C C T C C G C G G G T G C G C T C T A I T C D G D T T A T C C A D C T C C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C G G C C C C C G C C T A T T A G G G C T G I T C D G D T T A T C 0 D014 C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C G A [D] C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 D015 C A D C T A T C T T T G G A A T G A T G I G T T 2 A A C I A C G A A G C C T G G T A C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C T T C G G G T T C A C G C T A D T C I G I T T T T C C A D C T C C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C G G C C C C C G C C T A T T A G G G C T G I T C D G D T T A T C 0 D016 C A D C T A T C T T T G G A A T G A T G I G T T 2 A A C I A C G A A G C C T G G T A C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C T T C G G G T T C A C G C T A D T C [I] G I T T T T C C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G T C A I C T D G D T T A T T 0 D033 C A D C T A C A C C T G A G A T G G T G D C G T 2 T G C I C T G T A G C T T A A T G C C T A C G C T C G C G G T C G G T A C C C G C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A T C G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C [G] C G C T A D T C D G I T T T T C 0 D034 C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C 0 D035 C A D C T A T C C T T G G A A T G A T G I G T T 2 A A C I A C G A A G C C T G G T G T T T C A T G C T T T A G T C G G C C C C C G C C T G T T A G G G T C A I C T D G D T T A T T G A D C T A C C C C T G A G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C I G D T T A T C 0 D036 G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C [T] C T A I T C D G D T T A C C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C [C] A I [C] C I G D T T A T C 0 D037 G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A [T] C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G T G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 D038 G A D C T A C C C C T G G G A C C A C A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A [C] C G A I C T A C C C C T G G G G C C A C A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 D039 G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A [C] C G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A D T C D G I T T T T C 0 D040 G A D C (C) A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 2 A A A D C C A T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G T C G G C C T C C G C G G G T T C G C T C T A I T (C) D G I T T A T C G A D C (T) A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T (T) I G D T T A T C 0 E001 G A D C C A C C C C G G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C G A D C C A C C C C G G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C 0 E002 G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E003 G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E004 C A D C T A C A C C T G A G A T G G T G D C G T 2 T G C I C T G T A G C T T A A T G C C T A C G C T C G C G G T C G G T A C C C G C G G G T T C G C G C T A I T C I G D C T A T C G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C 0 E005 (C) A (D) C T A C C C C T G G G (A) C C A T (G) I C G T 2 A A (A) I C C (A) T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C (G) A C C (T) T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C (G) A (I) C T A C C C C T G G G (G) C C A T (A) I C G T 2 A A (C) I C C (G) T G G C T G A G T G T T T C A T C C T G T G G T C (A) G T A (C) C C G C G G G T T C G C G C C A I C C D G I T T T T C 0 E006 C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C 0 E007 C G D A T A C C C C (G) G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C G A D C T A C C C C (T) G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A C C 0 E008 G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G [C] G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E009 G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E010 C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E011 C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C G A [I] C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E012 G A D C C A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C C A I C C D G D T T A C C 0 E013 C G D A T A C C C C T (A) G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C G A I C T A C C C C T (G) G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E014 C A D C T A C A C C T G A G A T G G T G D C G T 2 T G C I C T G T A G C T T A A T G C C T A C G C T C G C G G T C G G T A C C C G C G G G T T C G C G C T A I T C I G D C T A T C G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A T C 0 E015 C G D A T A C C C C T (A) G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C G A I C T A C C C C T (G) G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E016 G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E017 C G D A T A C C C C (T) G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C G A D C C A C C C C (G) G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C 0 E018 G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E019 G A D C C A C C C C [T] G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C G C T A I T C I A D T G A T C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E020 G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C G A D C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E021 G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A C C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C C C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G D T T A C C 0 E022 G A D C T A C C C C T G G G A C C A T A I C G C 2 A A A D C C A T G T T T T A G T G C C T A A T C C C G C G G T C A G T C C C C T C G G G T T C G C T C T A I T C D G D T T A C C G A I C T A C C C C T G G G G C C A T A I C G T 2 A A A I C C A T G G C T G A G C G T T C C A T G C T T T A G T C G A C C C T C G C C T G T T A G G G C C A I C C D G I T T T T C 0 E023 C A D C T A C A C C T G A G A T G G T G D C G T 2 T G C I C T G T A G C T T A A T G C C T A C G C T C G C G G T C G G T A C C C G C G G G T T C G C G C T A I T C I G D C T A T C C G D A T A C C C C T G G G A C C A T A I C G T 3 A A A D C C G T G G T T T A G T G C T T C A T G C T T T A G C C G G C C T C C G T G G G G T C G C G C T A I T C I G D T T A T C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 C = = = T = T = T T = = = ? ? ? ? ? = G = G T T = = (G) ? I A = G A A G C C = G = = A ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A = = = ? ? D = = = = I = = T = = G = = = C = C = C C = = = ? ? ? ? ? = A = C G C = = (A) ? D C = A T G T T T = A = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = G = = = ? ? I = = = = D = = A = = 0 D002 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? A = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? G = = T = = = 0 D003 = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = C = = C = = = I = = T = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = T = = T = = = D = = A = = 0 D004 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = T ? ? = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = C = = ? = G = C T A = = A = G ? ? ? ? ? ? = D G = = T = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = C ? ? = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = T = = ? = T = G G G = = C = C ? ? ? ? ? ? = I A = = G = = = 0 D005 C = = = T = = = = = ? = A = = = = = = G = = = T 1 = = = = = = ? = = G = = = = = = = = T ? C = = G = T T T A C = T ? = C = T ? = G = = = = = G = = = T = = = ? = = = G = = T = = = G = = = C = = = = = ? = G = = = = = = A = = = C 2 = = = = = = ? = = T = = = = = = = = C ? A = = C = C G C G G = C ? = T = C ? = T = = = = = T = = = G = = = ? = = = A = = G = = = 0 D006 C = = = T = T ? ? ? ? = = ? = T G = = G = G T T = = = C I A = G = A = C = = G = = = = T = C = = G = T T T A = = = G ? ? ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = T = = = G = = = C = C ? ? ? ? = = ? = C C = = A = C G C = = = A D C = A = G = T = = A = = = = C = A = = C = C G C G = = = A ? ? ? = = = T = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = G = = = 0 D007 C = = = = = = A = = = = A = = T G G = G = = = T = T G C I = T G = A G C = = = A = = = = ? = C G = T = = = = = = = ? = = A = ? = G = = = = = = = = = G = ? ? ? = = I = D C = A ? ? G = = = = = = C = = = = G = = C C A = A = = = C = A A A D = C A = G T T = = = G = = = = ? = A T = C = = = = = = = ? = = C = ? = T = = = = = = = = = T = ? ? ? = = D = I T = T ? ? 0 D008 ? = = = = ? T = T T = = = A = T G = ? G = G T = 2 = = C I A = = A A = C C = G ? = A ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = ? ? = T = = ? T T = G ? G = = C A C = = ? ? ? = = I = = = = = = = ? = = = = ? C = C C = = = G = C C = ? A = C G = 3 = = A D C = = T G = T T = A ? = G ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = ? ? = C = = ? C G = C ? A = = A G G = = ? ? ? = = D = = = = = = = 0 D009 ? = ? = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? ? ? G ? ? ? = 1 = = = = = = ? = ? ? = = = ? = = G = T = C = = G = T T T A C = T G ? ? ? T = ? ? = ? = = = G = = G = = = = = = = = G = C T = = = ? = ? = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? ? ? A ? ? ? = 2 = = = = = = ? = ? ? = = = ? = = A = C = A = = C = C G C G G = C A ? ? ? C = ? ? = ? = = = T = = C = = = = = = = = A = T G = = = 0 D010 C = ? = = = ? = T T = ? = A ? ? ? ? = G = G T = = = = C = A = G A A = ? ? ? ? ? ? ? C C T A = = C = C G C G = = = A G T = = C T T = G ? = = = C A C T = T = = T = I = D = = A = = G = ? = = = ? = C C = ? = G ? ? ? ? = A = C G = = = = A = C = A T G = ? ? ? ? ? ? ? T T C C = = G = T T T A = = = G A C = = T C G = C ? = = = A G G G = C = = C = D = I = = T = = 0 D011 = A = C = C ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = C = C G C G = T = = ? ? = C = = = C C T A T = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = A ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C = = G = T T T A = C = = ? ? = T = = = T G G G G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 = = D = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = ? D = = = = = T T = T = = T = C C T A = = C = ? ? ? ? = = = A G T = = = = T = G G = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? T = = = D = = A ? ? = = I = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = ? I = = = = = G C = G = = C = T T C C = = G = ? ? ? ? = = = G A C = = = = G = C T = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? C = = = I = = T ? ? 0 D013 = = ? = = A ? ? ? = = = A = = = = = ? G = = = = 2 = = = = = = A = = = = = = = = = = = T = C = = G = ? ? ? ? C = T = = = = T = = = = G G G = G C = C T = = A = = = = = = = = = = = = = ? = = C ? ? ? = = = G = = = = = ? A = = = = 3 = = = = = = G = = = = = = = = = = = C = A = = C = ? ? ? ? G = C = = = = C = = = = C T A = T A = G G = = G = = = = = = = = = = = 0 D014 C G ? A = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = 3 = = = D = = G = = = T = T = = T = C = ? = = = = = = = = = = C = = G = = T = = = T G G = G = C = C ? ? ? ? ? T = I = D = = A ? ? G A ? C = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 2 = = = I = = A = = = C = G = = C = T = ? = = = = = = = = = = T = = A = = C = = = C C T = T = A = G ? ? ? ? ? C = D = I = = T ? ? 0 D015 = = = = = A ? ? ? T = = = ? ? ? ? ? ? G = G T = 2 = = C I ? = = A A = C C = G = = A = = = = = = = = = = = = = = = A = T = = = T T = G G G = = C A C = = = A D = = I = I = = T = = = = = = = C ? ? ? C = = = ? ? ? ? ? ? A = C G = 3 = = A D ? = = T G = T T = A = = G = = = = = = = = = = = = = = = G = C = = = C G = C T A = = A G G = = = G I = = D = D = = A = = 0 D016 = A = C = = T = ? T = = = A = T G = = G = G T = 2 = = C I A = = A A = C C = G = = A = C = A = = C = ? ? ? ? ? ? = A = T = C = T T C = = = T = = A = = C T = D T C ? = I = = T = C = G = A = = C = ? C = = = G = C C = = A = C G = 3 = = A D C = = T G = T T = A = = G = T = C = = G = ? ? ? ? ? ? = G = C = T = C G T = = = G = = G = = T C = I C T ? = D = = A = T 0 D033 C = = = T = = A = = = = A = ? ? ? ? = G D = = T = T G C I = T G = A G C = = ? A = = = = = = C G = T ? ? ? ? = = = G = = A = = = G = = = = = ? ? ? ? T = = = I = = = = D = = A = = G = = = C = = C = = = = G = ? ? ? ? = A I = = C = A A A D = C A = G T T = = ? G = = = = = = A T = C ? ? ? ? = = = A = = C = = = T = = = = = ? ? ? ? G = = = D = = = = I = = T = = 0 D034 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D035 C = = = = = T = = T = = G A ? ? ? ? ? G = G T T = = = ? I A = G A A G C C = G = = = T T = C = = G = T T T A = = = G = C = = = = G = ? T = = = A = G G T C = = C T D = = = = = = T G = = = = = C = = C = = A G ? ? ? ? ? A = C G C = = = ? D C = A T G T T T = A = = = C C = A = = C = C G C G = = = A = T = = = = T = ? G = = = C = C T C T = = T C I = = = = = = C 0 D036 = = D = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = ? D = = = = = T T = T = = T = C C T A = = C = C G C G = = = A G T = = C = T = G G = = = C = C ? ? ? ? ? ? = D = = = = = C = = = I = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = ? I = = = = = G C = G = = C = T T C C = = G = T T T A = = = G A C = = T = G = C T = = = A = G ? ? ? ? ? ? = I = = = = = T = 0 D037 = ? D = C = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = D = = = = = T T = T = = = = C C T A = = C = C G C G = = = A G T = = = = T = G G = = = C = C T = T = = T = = = D = = A ? ? = ? I = T = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = I = = = = = G C = G = = = = T T C C = = G = T T T A = = = G A C = = = = G = C T = = = A = G G = C = = C = = = I = = T ? ? 0 D038 = ? D = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = D = = = = = T T = T = = T = C C T A = = C = C G C G = = = A G T = = = = T = G G = = = C = C T = T = = T = = = D = = A ? ? = ? I = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = I = = = = = G C = G = = C = T T C C = = G = T T T A = = = G A C = = = = G = C T = = = A = G G = C = = C = = = I = = T ? ? 0 D039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = D = = A ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = I = = T ? ? 0 D040 = = = = (C) = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = ? = = = = = = = = G = = = = = = = = T = C = = G = T T T A = = = G = C = T = = G = = = = = = = = = = = = = ? = (C) D = I = = = ? ? = = = = (T) = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = ? = = = = = = = = T = = = = = = = = C = A = = C = C G C G = = = A = T = C = = T = = = = = = = = = = = = = ? = (T) I = D = = = ? ? 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = D = C = ? ? ? = = ? = ? A = = = = = = = = C = = = = D = = = = = T T = T = = T = C C T A = = C = C G C G = = = A G T = = = = T = G G = = = C = C = = T = = T = I ? D = G A ? = = = I = T = ? ? ? = = ? = ? G = = = = = = = = T = = = = I = = = = = G C = G = = C = T T C C = = G = T T T A = = = G A C = = = = G = C T = = = A = G = = C = = C = D ? I = T T ? = 0 E003 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 C = = = T = = A = = = ? A = = T G G = G D = = T = T G ? I = T G = A G C = = = A = = = = = = C G = T = = = = = = = G = = A = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = G = C T = = = G = = = C = = C = = = ? G = = C C A = A I = = C = A A ? D = C A = G T T = = = G = = = = = = A T = C = = = = = = = A = = C = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = A = T G = = = 0 E005 (C) = (D) = = = = = = = = = = ? (A) = = = = (G) = = = = = = = (A) = = = (A) = = = = = = = = C = = = C = = = G = = T = A = = = (G) A C C (T) T = = = C T = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = (G) = (I) = = = = = = = = = = ? (G) = = = = (A) = = = = = = = (C) = = = (G) = = = = = = = = T = = = T = = = C = = G = G = = = (A) G T A (C) C = = = G G = = = C = C = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 C G = A = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = T 3 = = = = = = G = = G = = = = = = = = T = C = = G = T T T A = C = G = C = T = = G T = = = G = = = = G = = = = = = I = = = = = T = G A = C = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = C 2 = = = = = = A = = T = = = = = = = = C = A = = C = C G C G = T = A = T = C = = T C = = = T = = = = T = = = = = = D = = = = = C = 0 E008 = = D = C = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = D = = = = = T T = T = ? ? ? C C T A ? ? ? ? ? ? C G = = = A G T = = = = T = G G = = = C = C = = T = = T = I A D = G A = = = = I = T = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = I = = = = = G C = G = ? ? ? T T C C ? ? ? ? ? ? T A = = = G A C = = = = G = C T = = = A = G = = C = = C = D G I = T T = = 0 E009 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = 0 E010 C G D A = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = 3 = = = D = = G = = = T = T = = T = C = T = = = = = = = = = = C = = G = = T C = = ? ? G = G = C = C = = T = = T = I = D = = A = = G A I C = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 2 = = = I = = A = = = C = G = = C = T = C = = = = = = = = = = T = = A = = C T = = ? ? T = T = A = G = = C = = C = D = I = = T = = 0 E011 C G ? A = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = 3 = = = D = = G = = = T = T = = T = C = T = = = = = = = = = = C = = G = = T C = = T G G = G = C = C = = T = = T = I = D = = A ? ? G A ? C = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 2 = = = I = = A = = = C = G = = C = T = C = = = = = = = = = = T = = A = = C T = = C C T = T = A = G = = C = = C = D = I = = T ? ? 0 E012 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = = T = I A = = G = T = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = C = D G = = T = C = 0 E013 C G D A = = = = = = = (A) = = A = = = = = = = = = 3 = = = D = = G = = = T = T = = T = C = T = = = = = = = = = = C = = G = = T C = = T G G = G = C = C = = T = = T = I = D = = A = = G A I C = = = = = = = (G) = = G = = = = = = = = = 2 = = = I = = A = = = C = G = = C = T = C = = = = = = = = = = T = = A = = C T = = C C T = T = A = G = = C = = C = D = I = = T = = 0 E014 C = = = = = = A = = = = A = = T G G = G D = = T = T G C I = T G = A G C = = = A = = = = = = C G = T = = = = = = = G = = A = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = I = = C = = = = G = = = = = = C = = = = G = = C C A = A I = = C = A A A D = C A = G T T = = = G = = = = = = A T = C = = = = = = = A = = C = = = T = = = = = = = = = T = = = = = = D = = T = = = = 0 E015 C G D A = = = = = = = (A) = = ? ? ? ? = = = = = = 3 = = = D = = G = = = T = T = = T = C = T = = = = = = = = = = C = = G = = T C = = T G G = G = C = C = = T = = T = I = D = = A = = G A I C = = = = = = = (G) = = ? ? ? ? = = = = = = 2 = = = I = = A = = = C = G = = C = T = C = = = = = = = = = = T = = A = = C T = = C C T = T = A = G = = C = = C = D = I = = T = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 C G = A T = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = T 3 = = = = = = G = = G = = = = = = = = T = C = = G = T T T A = C = G = C = T = = G T = = = G = = = = = = = = = = = = G = = T = = = G A = C C = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = C 2 = = = = = = A = = T = = = = = = = = C = A = = C = C G C G = T = A = T = C = = T C = = = T = = = = = = = = = = = = A = = G = = = 0 E018 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = D = C = = = = ? ? ? ? = A = = = = ? ? ? ? C = = = = D = = = = = T T = T = = T = C C T A = = C = C G C G = = = A G T = = C ? ? = G G = = = C = C = = T = = T = I ? D = G A = = = = I = T = = = = ? ? ? ? = G = = = = ? ? ? ? T = = = = I = = = = = G C = G = = C = T T C C = = G = T T T A = = = G A C = = T ? ? = C T = = = A = G = = C = = C = D ? I = T T = = 0 E020 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = D = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = D = = = = = T T = T = = T = C C T A = = C = C G C G = = = A G T = = = = T = G G = = = C = C T = T = = T = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = I = = = = = G C = G = = C = T T C C = = G = T T T A = = = G A C = = = = G = C T = = = A = G G = C = = C = = = = = = = = = 0 E022 = = D = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C ? ? ? = D = = = = = T T = T = = T = C C T A = = C = C G C G ? ? = A G T = = C = T ? ? ? ? = = C = C T = T = = T = = = D = = A C = = = I = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T ? ? ? = I = = = = = G C = G = = C = T T C C = = G = T T T A ? ? = G A C = = T = G ? ? ? ? = = A = G G = C = = C = = = I = = T T = 0 E023 = A = C = = = A = = ? = A = = T G G = G D = = = 2 T G C I = T = = A = C = = = A = = = C ? A C G C T C G C G = T = = = T A C = = = C = = = T = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = G = A = = = C = = ? = G = = C C A = A I = = = 3 A A A D = C = = G = T = = = G = = = T ? C A T G C T T T A = C = = = C C T = = = T = = = G = = = = = = = = = = = = = = T = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 0.52 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 0.99 = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? = = 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = ? ? = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = ? = ? = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? ? ? 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = = = ? = ? ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = ? ? = ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = = = ? = 1.00 1.00 = ? = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = ? = = 1.00 ? ? ? = = = 1.00 = = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 ? ? ? 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 0.99 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = ? 0.99 = 0.92 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = ? 0.98 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = 0.85 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = 0.78 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 1.00 = ? ? ? = = ? = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.59 = 0.64 = = = = = = = = = = ? 0.60 = = = = 0.55 = = = = = = = 0.63 = = = 0.62 = = = = = = = = 1.00 = = = 0.91 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 0.65 1.00 1.00 1.00 0.53 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 0.70 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 0.99 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = 0.96 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.88 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.89 = = ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.74 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 1.00 = = = = ? ? ? ? = 1.00 = = = = ? ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 0.91 = 0.91 = = 0.91 = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = END PHASEPROBS