Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000092 CC 21 22 43 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 000157 AA 0 0 0 AG 1 2 3 GG 20 21 41 0.012 0.048 0.055 000186 CC 5 2 7 CG 8 9 17 GG 8 12 20 1.037 0.028 1.035 000300 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 000321 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 20 23 43 0.012 0.000 0.006 000617 AA 17 15 32 AG 3 7 10 GG 1 1 2 2.136 0.025 0.998 000634 -- 15 13 28 +- 4 9 13 ++ 0 0 0 0.263 1.455 1.455 000676 AA 1 1 2 AC 3 7 10 CC 19 15 34 2.457 0.025 1.141 000733 CC 0 1 1 CT 8 6 14 TT 15 16 31 1.019 0.195 0.161 000749 AA 19 23 42 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.118 0.000 0.054 000795 AA 22 23 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001013 CC 15 22 37 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.408 0.000 0.168 001344 AA 0 0 0 AC 2 3 5 CC 18 19 37 0.055 0.118 0.168 001447 CC 17 22 39 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.131 0.000 0.058 001777 CC 16 21 37 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.548 0.000 0.242 001918 GG 0 1 1 GT 0 2 2 TT 21 14 35 0.000 3.192 8.474 002098 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 21 16 37 0.000 0.062 0.027 002255 GG 23 20 43 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 002257 AA 0 0 0 AG 5 3 8 GG 18 18 36 0.342 0.124 0.440 002505 AA 22 21 43 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003124 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 15 21 36 0.263 0.000 0.111 003470 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 14 19 33 0.000 0.053 0.030 003634 AA 12 8 20 AG 5 9 14 GG 0 5 5 0.505 0.609 0.966 003690 CC 14 19 33 CT 4 3 7 TT 0 0 0 0.281 0.118 0.368 003719 CC 14 19 33 CG 4 3 7 GG 0 0 0 0.281 0.118 0.368 003819 AA 17 19 36 AG 1 3 4 GG 0 0 0 0.015 0.118 0.111 003835 GG 0 0 0 GT 1 2 3 TT 15 20 35 0.017 0.050 0.064 003910 CC 1 0 1 CT 0 0 0 TT 16 23 39 17.000 0.000 40.000 004252 AA 12 18 30 AG 12 4 16 GG 0 0 0 2.667 0.220 2.039 004590 -- 0 0 0 +- 1 3 4 ++ 22 19 41 0.011 0.118 0.097 004709 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 004886 AA 23 21 44 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.012 0.006 004891 CC 16 22 38 CG 7 0 7 GG 0 0 0 0.741 0.000 0.320 004892 GG 16 22 38 GT 7 0 7 TT 0 0 0 0.741 0.000 0.320 004900 GG 21 22 43 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 004922 GG 21 22 43 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 005011 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 19 22 41 0.053 0.000 0.024 006623 CC 3 2 5 CT 12 9 21 TT 9 12 21 0.107 0.028 0.005 006781 * 006804 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006861 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006900 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 007183 AA 20 19 39 AT 2 3 5 TT 0 0 0 0.050 0.118 0.160 007307 -- 22 22 44 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007333 AA 21 19 40 AG 3 3 6 GG 0 0 0 0.107 0.118 0.224 007381 AA 13 19 32 AC 7 3 10 CC 0 0 0 0.900 0.118 0.767 007394 -- 10 5 15 +- 13 12 25 ++ 1 6 7 1.630 0.048 0.429 007395 AA 0 0 0 AC 6 0 6 CC 17 23 40 0.517 0.000 0.224 007668 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007673 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007677 CC 22 20 42 CT 2 3 5 TT 0 0 0 0.045 0.112 0.148 007859 AA 8 12 20 AG 8 9 17 GG 5 2 7 1.037 0.028 1.035 007906 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 007976 AA 0 0 0 AT 6 0 6 TT 18 23 41 0.490 0.000 0.218 008234 AA 0 0 0 AG 9 3 12 GG 13 20 33 1.455 0.112 1.065 008267 GG 8 12 20 GT 10 9 19 TT 4 2 6 0.079 0.028 0.190 008415 CC 0 5 5 CT 13 12 25 TT 9 5 14 3.869 0.182 1.522 008609 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008640 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008749 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008772 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 18 23 41 0.342 0.000 0.152 008896 GG 0 6 6 GT 5 9 14 TT 18 8 26 0.342 1.028 2.862 009042 AA 15 23 38 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.583 0.000 0.236 009061 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 009572 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 23 42 0.013 0.000 0.006 010059 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 20 19 39 0.050 0.118 0.160 010075 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010230 CC 0 5 5 CT 4 9 13 TT 19 8 27 0.209 0.609 2.608 010283 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 22 40 0.342 0.000 0.156 010979 CC 14 8 22 CT 7 9 16 TT 0 5 5 0.840 0.609 0.598 011029 CC 7 4 11 CT 13 8 21 TT 2 9 11 1.333 0.777 0.023 011251 CC 19 19 38 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.013 0.053 0.059 011303 CC 0 5 5 CT 5 10 15 TT 15 7 22 0.408 0.153 0.892 011335 -- 21 22 43 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.011 0.006 011424 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 011477 AA 9 4 13 AC 13 8 21 CC 2 11 13 0.813 1.252 0.532 011622 AA 22 19 41 AC 2 3 5 CC 0 0 0 0.045 0.118 0.152 011636 GG 0 0 0 GT 2 3 5 TT 22 19 41 0.045 0.118 0.152 011746 -- 23 22 45 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011789 CC 9 4 13 CG 13 8 21 GG 2 10 12 0.813 1.010 0.344 011820 CC 22 19 41 CT 2 3 5 TT 0 0 0 0.045 0.118 0.152 011890 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 011922 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 012608 CC 7 4 11 CT 10 7 17 TT 2 10 12 0.326 1.577 0.894 012774 GG 7 4 11 GT 10 8 18 TT 2 10 12 0.326 1.010 0.605 012948 CC 7 4 11 CT 10 8 18 TT 2 11 13 0.326 1.252 0.834 013060 AA 2 10 12 AG 10 9 19 GG 7 4 11 0.326 0.591 0.377 013745 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 20 22 42 0.112 0.000 0.054 013755 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 013774 CC 1 1 2 CT 2 7 9 TT 20 14 34 4.707 0.011 1.638 014206 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 014232 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 014383 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014413 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 014502 CC 20 23 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 014512 AA 4 2 6 AG 13 10 23 GG 4 11 15 1.190 0.017 0.365 014544 AA 20 23 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 014636 AA 0 5 5 AG 6 10 16 GG 15 8 23 0.583 0.306 0.705 014657 CC 3 10 13 CT 12 9 21 TT 6 4 10 0.583 0.591 0.074 014705 AA 0 0 0 AC 2 4 6 CC 20 19 39 0.050 0.209 0.230 014905 CC 16 14 30 CT 7 8 15 TT 1 1 2 0.044 0.011 0.005 015320 CC 17 13 30 CT 2 9 11 TT 0 1 1 0.059 0.130 0.000 015741 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 20 43 0.000 0.012 0.006 015985 CC 18 22 40 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.220 0.000 0.100 016121 GG 4 12 16 GT 15 7 22 TT 4 2 6 2.130 0.399 0.131 016350 CC 20 14 34 CT 3 6 9 TT 1 1 2 2.617 0.114 1.638 016411 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 20 44 0.000 0.012 0.006 016412 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 016422 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 016475 CC 0 5 5 CG 11 8 19 GG 11 8 19 2.444 1.037 0.006 016552 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 20 43 0.011 0.000 0.006 016864 GG 12 8 20 GT 10 9 19 TT 0 5 5 1.903 0.609 0.023 017002 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 22 41 0.324 0.000 0.152 017193 GG 1 1 2 GT 3 7 10 TT 19 15 34 2.457 0.025 1.141 017318 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 19 22 41 0.118 0.000 0.055 017338 AA 0 5 5 AC 11 10 21 CC 11 7 18 2.444 0.153 0.092 017500 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 17 22 39 0.362 0.000 0.160 017600 CC 10 7 17 CG 12 10 22 GG 0 5 5 3.094 0.153 0.284 018129 CC 19 20 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 018224 GG 8 15 23 GT 10 4 14 TT 2 0 2 0.196 0.263 0.005 018251 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 19 38 0.013 0.000 0.007 018345 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 20 39 0.013 0.000 0.006 018355 CC 18 20 38 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 018482 CC 0 4 4 CT 6 10 16 TT 11 6 17 0.781 0.002 0.007 018485 AA 15 21 36 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.066 0.000 0.028 018532 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 16 19 35 0.000 0.013 0.007 018539 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 11 21 32 0.549 0.000 0.194 018593 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 17 20 37 0.000 0.012 0.007 018648 CC 0 5 5 CT 8 10 18 TT 14 6 20 1.086 0.043 0.094 018689 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018904 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 21 22 43 0.012 0.011 0.023 019027 AA 21 22 43 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.012 0.011 0.023 019196 CC 23 21 44 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 019394 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 019675 -- 8 8 16 +- 9 10 19 ++ 5 5 10 0.609 0.306 0.885 019750 AA 0 1 1 AG 5 4 9 GG 19 16 35 0.324 1.037 0.207 019789 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019803 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 019936 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 020019 -- 10 9 19 +- 13 8 21 ++ 1 6 7 1.630 1.965 0.091 020022 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 020112 CC 0 0 0 CT 2 3 5 TT 22 20 42 0.045 0.112 0.148 020157 GG 0 1 1 GT 5 6 11 TT 19 16 35 0.324 0.195 0.015 020184 AA 11 9 20 AT 12 8 20 TT 1 6 7 1.059 1.965 0.289 020246 CC 0 1 1 CT 1 3 4 TT 16 17 33 0.016 2.136 2.899 020252 CC 15 22 37 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.066 0.000 0.027 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000634: T 004590: t 007307: G 007394: t 011335: T 011746: A 018539: T 019675: A 020019: C Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 006781 AA 0 0 0 006781 AC 2 0 2 006781 AG 0 0 0 006781 CC 14 14 28 006781 CG 5 7 12 006781 GG 2 1 3