Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000092 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000157 A 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.96 0.97 0.05 0.08 0.07 000186 C 0.43 0.28 0.35 G 0.57 0.72 0.65 0.49 0.41 0.46 000300 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000321 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000617 G 0.12 0.20 0.16 A 0.88 0.80 0.84 0.21 0.31 0.27 000634 + 0.11 0.20 0.16 - 0.89 0.80 0.84 0.19 0.33 0.27 000676 A 0.11 0.20 0.15 C 0.89 0.80 0.85 0.19 0.31 0.26 000733 C 0.17 0.17 0.17 T 0.83 0.83 0.83 0.29 0.29 0.29 000749 C 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 000795 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001013 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.11 001344 A 0.05 0.07 0.06 C 0.95 0.93 0.94 0.10 0.13 0.11 001447 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 001777 T 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 001918 G 0.00 0.12 0.05 T 1.00 0.88 0.95 0.00 0.21 0.10 002098 A 0.00 0.06 0.03 G 1.00 0.94 0.97 0.00 0.10 0.05 002255 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 002257 A 0.11 0.07 0.09 G 0.89 0.93 0.91 0.19 0.13 0.17 002505 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003124 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 003470 C 0.00 0.05 0.03 T 1.00 0.95 0.97 0.00 0.09 0.06 003634 G 0.15 0.43 0.31 A 0.85 0.57 0.69 0.25 0.49 0.43 003690 T 0.11 0.07 0.09 C 0.89 0.93 0.91 0.20 0.13 0.16 003719 G 0.11 0.07 0.09 C 0.89 0.93 0.91 0.20 0.13 0.16 003819 G 0.03 0.07 0.05 A 0.97 0.93 0.95 0.05 0.13 0.10 003835 G 0.03 0.05 0.04 T 0.97 0.95 0.96 0.06 0.09 0.08 003910 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.05 004252 G 0.25 0.09 0.17 A 0.75 0.91 0.83 0.38 0.17 0.29 004590 - 0.02 0.07 0.04 + 0.98 0.93 0.96 0.04 0.13 0.08 004709 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004886 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004891 G 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 004892 T 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 004900 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004922 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005011 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 006623 C 0.38 0.28 0.33 T 0.62 0.72 0.67 0.47 0.41 0.44 006781 * 006804 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006861 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006900 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007183 T 0.05 0.07 0.06 A 0.95 0.93 0.94 0.09 0.13 0.11 007307 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007333 G 0.06 0.07 0.07 A 0.94 0.93 0.93 0.12 0.13 0.12 007381 C 0.17 0.07 0.12 A 0.82 0.93 0.88 0.29 0.13 0.21 007394 + 0.31 0.52 0.41 - 0.69 0.48 0.59 0.43 0.50 0.49 007395 A 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 007668 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007673 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007677 T 0.04 0.07 0.05 C 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 007859 G 0.43 0.28 0.35 A 0.57 0.72 0.65 0.49 0.41 0.46 007906 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007976 A 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 008234 A 0.20 0.07 0.13 G 0.80 0.93 0.87 0.33 0.12 0.23 008267 T 0.41 0.28 0.34 G 0.59 0.72 0.66 0.48 0.41 0.45 008415 C 0.30 0.50 0.40 T 0.70 0.50 0.60 0.42 0.50 0.48 008609 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008640 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008749 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008772 C 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008896 G 0.11 0.46 0.28 T 0.89 0.54 0.72 0.19 0.50 0.41 009042 G 0.14 0.00 0.07 A 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 009061 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009572 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 010059 A 0.05 0.07 0.06 G 0.95 0.93 0.94 0.09 0.13 0.11 010075 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010230 C 0.09 0.43 0.26 T 0.91 0.57 0.74 0.16 0.49 0.38 010283 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 010979 T 0.17 0.43 0.30 C 0.83 0.57 0.70 0.28 0.49 0.42 011029 T 0.39 0.62 0.50 C 0.61 0.38 0.50 0.47 0.47 0.50 011251 T 0.03 0.05 0.04 C 0.97 0.95 0.96 0.05 0.09 0.07 011303 C 0.12 0.45 0.30 T 0.88 0.55 0.70 0.22 0.50 0.42 011335 + 0.00 0.02 0.01 - 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011424 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011477 A 0.65 0.35 0.50 C 0.35 0.65 0.50 0.46 0.45 0.50 011622 C 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 011636 G 0.04 0.07 0.05 T 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 011746 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011789 G 0.35 0.64 0.49 C 0.65 0.36 0.51 0.46 0.46 0.50 011820 T 0.04 0.07 0.05 C 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 011890 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011922 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012608 C 0.63 0.36 0.49 T 0.37 0.64 0.51 0.47 0.46 0.50 012774 G 0.63 0.36 0.49 T 0.37 0.64 0.51 0.47 0.46 0.50 012948 C 0.63 0.35 0.48 T 0.37 0.65 0.52 0.47 0.45 0.50 013060 G 0.63 0.37 0.49 A 0.37 0.63 0.51 0.47 0.47 0.50 013745 C 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 013755 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013774 C 0.09 0.20 0.14 T 0.91 0.80 0.86 0.16 0.33 0.25 014206 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014232 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014383 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014413 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014502 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 014512 A 0.50 0.30 0.40 G 0.50 0.70 0.60 0.50 0.42 0.48 014544 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 014636 A 0.14 0.43 0.30 G 0.86 0.57 0.70 0.24 0.49 0.42 014657 T 0.57 0.37 0.47 C 0.43 0.63 0.53 0.49 0.47 0.50 014705 A 0.05 0.09 0.07 C 0.95 0.91 0.93 0.09 0.16 0.12 014905 T 0.19 0.22 0.20 C 0.81 0.78 0.80 0.30 0.34 0.32 015320 T 0.05 0.24 0.15 C 0.95 0.76 0.85 0.10 0.36 0.26 015741 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 015985 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 016121 T 0.50 0.26 0.39 G 0.50 0.74 0.61 0.50 0.39 0.47 016350 T 0.10 0.19 0.14 C 0.90 0.81 0.86 0.19 0.31 0.25 016411 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 016412 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016422 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016475 C 0.25 0.43 0.34 G 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 016552 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016864 T 0.23 0.43 0.33 G 0.77 0.57 0.67 0.35 0.49 0.44 017002 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017193 G 0.11 0.20 0.15 T 0.89 0.80 0.85 0.19 0.31 0.26 017318 G 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 017338 A 0.25 0.45 0.35 C 0.75 0.55 0.65 0.38 0.50 0.46 017500 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 017600 G 0.27 0.45 0.36 C 0.73 0.55 0.64 0.40 0.50 0.46 018129 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018224 T 0.35 0.11 0.23 G 0.65 0.89 0.77 0.45 0.19 0.36 018251 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 018345 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018355 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 018482 C 0.18 0.45 0.32 T 0.82 0.55 0.68 0.29 0.50 0.44 018485 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.05 018532 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 018539 - 0.16 0.00 0.07 + 0.84 1.00 0.93 0.26 0.00 0.13 018593 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.03 018648 C 0.18 0.48 0.33 T 0.82 0.52 0.67 0.30 0.50 0.44 018689 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018904 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 019027 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 019196 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019394 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 019675 + 0.43 0.43 0.43 - 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 019750 A 0.10 0.14 0.12 G 0.90 0.86 0.88 0.19 0.24 0.21 019789 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019803 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019936 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020019 + 0.31 0.43 0.37 - 0.69 0.57 0.63 0.43 0.49 0.47 020022 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020112 C 0.04 0.07 0.05 T 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 020157 G 0.10 0.17 0.14 T 0.90 0.83 0.86 0.19 0.29 0.24 020184 T 0.29 0.43 0.36 A 0.71 0.57 0.64 0.41 0.49 0.46 020246 C 0.03 0.12 0.08 T 0.97 0.88 0.92 0.06 0.21 0.15 020252 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.05 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000634: T 004590: t 007307: G 007394: t 011335: T 011746: A 018539: T 019675: A 020019: C Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 006781 A 0.04 0.00 0.02 G 0.20 0.20 0.20 C 0.76 0.80 0.78