Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000589 CC 0 0 0 CT 1 1 2 TT 23 22 45 0.011 0.011 0.022 000660 GG 0 0 0 GT 7 5 12 TT 16 18 34 0.741 0.342 1.035 000782 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 000983 AA 22 21 43 AT 2 1 3 TT 0 0 0 0.045 0.012 0.052 002050 CC 17 22 39 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.312 002161 AA 17 2 19 AC 7 7 14 CC 0 12 12 0.700 0.399 5.908 002556 AA 16 22 38 AT 8 0 8 TT 0 0 0 0.960 0.000 0.417 002657 -- 22 22 44 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.045 0.000 0.023 002680 -- 0 0 0 +- 7 1 8 ++ 14 21 35 0.840 0.012 0.452 002689 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 002759 CC 1 0 1 CG 2 0 2 GG 20 22 42 4.707 0.000 10.228 002787 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 16 22 38 0.741 0.000 0.320 002821 -- 20 22 42 +- 3 0 3 ++ 1 0 1 2.617 0.000 6.146 002840 AA 6 17 23 AC 14 5 19 CC 4 0 4 0.734 0.362 0.001 002914 AA 17 2 19 AG 7 8 15 GG 0 12 12 0.700 0.153 5.081 003050 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 16 22 38 0.741 0.000 0.320 003129 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 003254 AA 8 13 21 AG 10 9 19 GG 4 1 5 0.079 0.130 0.050 003276 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 16 23 39 0.548 0.000 0.230 003307 CC 0 0 0 CT 1 5 6 TT 21 18 39 0.012 0.342 0.230 003447 AA 0 0 0 AG 2 1 3 GG 20 22 42 0.050 0.011 0.054 003517 AA 15 22 37 AG 6 1 7 GG 1 0 1 0.153 0.011 0.830 003679 CC 0 0 0 CT 1 4 5 TT 21 15 36 0.012 0.263 0.173 003966 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 003989 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 20 22 42 0.050 0.000 0.024 004108 CC 14 2 16 CG 7 10 17 GG 1 10 11 0.011 0.050 2.075 004431 AA 16 2 18 AT 5 10 15 TT 1 10 11 0.499 0.050 3.973 004513 AA 13 11 24 AT 9 10 19 TT 0 0 0 1.455 2.051 3.458 004843 CC 14 22 36 CT 9 1 10 TT 1 0 1 0.091 0.011 0.094 004965 AA 1 0 1 AG 9 1 10 GG 14 22 36 0.091 0.011 0.094 005024 CC 14 22 36 CT 9 1 10 TT 1 0 1 0.091 0.011 0.094 005404 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 005413 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 005422 -- 21 18 39 +- 2 5 7 ++ 0 0 0 0.048 0.342 0.312 005562 CC 19 17 36 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.028 005580 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 17 36 0.053 0.000 0.028 006056 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 006067 CC 16 22 38 CG 7 0 7 GG 0 0 0 0.741 0.000 0.320 006226 CC 3 1 4 CT 11 4 15 TT 8 17 25 0.065 1.144 0.603 006315 AA 15 22 37 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.263 0.000 0.108 006511 AA 1 1 2 AG 6 10 16 GG 17 12 29 0.240 0.374 0.012 006601 AA 0 4 4 AG 1 14 15 GG 23 5 28 0.011 1.110 0.876 006643 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006689 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 006792 AA 8 5 13 AC 12 13 25 CC 3 5 8 0.209 0.391 0.460 007017 CC 16 22 38 CT 7 1 8 TT 1 0 1 0.044 0.011 0.516 007197 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 23 42 0.053 0.000 0.024 007476 AA 8 18 26 AG 12 4 16 GG 2 1 3 0.702 1.252 0.063 007704 CC 8 18 26 CT 13 4 17 TT 2 1 3 1.043 1.252 0.010 007736 CC 20 5 25 CT 3 14 17 TT 0 4 4 0.112 1.110 0.202 007814 CC 16 12 28 CT 6 10 16 TT 1 1 2 0.195 0.374 0.023 009074 AA 3 3 6 AG 11 12 23 GG 4 5 9 0.919 0.900 1.808 009151 CC 18 21 39 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.014 0.012 0.026 009276 AA 1 7 8 AG 6 13 19 GG 17 2 19 0.240 1.333 0.705 009635 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009788 AA 22 18 40 AG 2 4 6 GG 0 0 0 0.045 0.220 0.224 010214 AA 16 9 25 AG 7 11 18 GG 1 3 4 0.044 0.016 0.087 010312 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010325 CC 0 0 0 CG 2 5 7 GG 22 18 40 0.045 0.342 0.304 010356 AA 8 4 12 AG 9 12 21 GG 7 7 14 1.484 0.087 0.516 010404 GG 0 0 0 GT 0 5 5 TT 24 17 41 0.000 0.362 0.152 010644 AA 5 4 9 AC 10 12 22 CC 9 7 16 0.490 0.087 0.085 010737 CC 1 0 1 CT 5 11 16 TT 17 12 29 0.571 2.272 0.508 011024 CC 24 16 40 CT 0 5 5 TT 0 0 0 0.000 0.383 0.156 011188 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 21 42 0.107 0.000 0.054 011237 CC 24 20 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011303 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 21 41 0.198 0.000 0.097 011441 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 21 42 0.107 0.000 0.054 011469 AA 0 0 0 AC 2 5 7 CC 22 16 38 0.045 0.383 0.320 011863 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 011882 CC 8 3 11 CT 8 12 20 TT 7 7 14 2.112 0.362 0.517 011889 AA 7 7 14 AT 8 12 20 TT 8 3 11 2.112 0.362 0.517 011916 CC 23 20 43 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 012077 CC 16 21 37 CT 6 1 7 TT 1 0 1 0.195 0.012 0.830 012087 AA 21 17 38 AT 2 5 7 TT 0 0 0 0.048 0.362 0.320 012113 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 012290 CC 8 3 11 CT 10 12 22 TT 5 7 12 0.306 0.362 0.021 012291 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 012454 CC 9 4 13 CT 8 9 17 TT 7 7 14 2.593 0.126 2.265 012504 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 20 43 0.011 0.000 0.006 012565 AA 23 20 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012585 CC 7 7 14 CT 8 9 17 TT 9 4 13 2.593 0.126 2.265 012703 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 19 43 0.000 0.013 0.006 012879 AA 8 4 12 AG 9 9 18 GG 7 7 14 1.484 0.126 1.428 013025 -- 0 3 3 +- 1 8 9 ++ 23 9 32 0.011 0.292 3.369 013106 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013151 AA 0 3 3 AG 1 8 9 GG 23 11 34 0.011 0.577 3.687 013209 AA 15 21 36 AG 6 0 6 GG 1 0 1 0.153 0.000 1.288 013405 CC 8 3 11 CT 9 11 20 TT 5 6 11 0.609 0.314 0.095 013474 CC 8 3 11 CG 8 11 19 GG 6 6 12 1.564 0.314 0.377 013625 AA 8 3 11 AT 8 11 19 TT 6 6 12 1.564 0.314 0.377 013798 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 22 17 39 0.000 0.059 0.026 013892 CC 22 19 41 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.013 0.006 014076 GG 24 17 41 GT 0 6 6 TT 0 0 0 0.000 0.517 0.218 014345 CC 22 18 40 CT 2 5 7 TT 0 0 0 0.045 0.342 0.304 014550 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 014737 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015275 CC 1 0 1 CT 7 1 8 TT 16 20 36 0.044 0.012 0.450 015285 CC 5 4 9 CT 10 10 20 TT 9 7 16 0.490 0.016 0.357 015678 AA 6 5 11 AG 7 10 17 GG 11 7 18 3.654 0.153 2.724 015730 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 015796 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 015908 CC 24 20 44 CG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.050 0.023 016324 CC 22 18 40 CT 2 5 7 TT 0 0 0 0.045 0.342 0.304 016589 CC 11 7 18 CT 8 11 19 TT 5 5 10 2.003 0.030 1.317 016619 AA 0 0 0 AG 0 6 6 GG 24 17 41 0.000 0.517 0.218 016630 CC 24 17 41 CT 0 6 6 TT 0 0 0 0.000 0.517 0.218 016634 GG 11 11 22 GT 8 9 17 TT 5 3 8 2.003 0.277 1.998 016647 GG 17 23 40 GT 6 0 6 TT 1 0 1 0.240 0.000 1.527 016852 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 21 44 0.011 0.000 0.006 017120 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 017706 GG 0 0 0 GT 2 5 7 TT 22 18 40 0.045 0.342 0.304 017813 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 017971 AA 0 0 0 AG 2 5 7 GG 22 17 39 0.045 0.362 0.312 017979 AA 4 4 8 AC 11 10 21 CC 9 7 16 0.042 0.016 0.059 018659 GG 21 22 43 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 018670 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 018777 AA 1 0 1 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.644 0.000 2.448 018881 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019242 AA 23 12 35 AG 1 8 9 GG 0 1 1 0.011 0.053 0.207 019368 CC 1 0 1 CG 4 11 15 GG 19 12 31 1.361 2.272 0.280 019529 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019857 CC 0 3 3 CT 1 8 9 TT 23 12 35 0.011 0.733 3.846 019959 GG 20 11 31 GT 4 8 12 TT 0 3 3 0.198 0.577 1.348 020158 CC 23 17 40 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.362 0.224 020176 GG 14 14 28 GT 8 7 15 TT 2 1 3 0.296 0.011 0.255 020437 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 020721 -- 8 4 12 +- 12 13 25 ++ 4 6 10 0.020 0.445 0.203 020795 AA 1 0 1 AG 10 0 10 GG 12 20 32 0.374 0.000 0.043 021023 AA 20 18 38 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.026 021030 -- 0 0 0 +- 2 5 7 ++ 22 18 40 0.045 0.342 0.304 021112 AA 24 17 41 AT 0 6 6 TT 0 0 0 0.000 0.517 0.218 021406 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021454 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021684 CC 11 9 20 CT 10 9 19 TT 3 5 8 0.094 0.857 0.858 021875 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021927 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 022611 CC 20 22 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 022634 CC 0 3 3 CG 1 8 9 GG 22 12 34 0.011 0.733 3.687 022666 CC 7 14 21 CT 13 8 21 TT 4 1 5 0.243 0.011 0.005 022744 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 022996 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 023125 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 18 20 38 0.055 0.112 0.164 023148 AA 21 21 42 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 023331 GG 19 7 26 GT 2 12 14 TT 0 4 4 0.053 0.087 1.010 023366 AA 12 22 34 AT 5 0 5 TT 1 0 1 0.231 0.000 1.887 023489 AA 0 0 0 AG 0 6 6 GG 21 17 38 0.000 0.517 0.236 023504 CC 20 22 42 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.012 0.011 0.024 023607 CC 17 23 40 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.233 0.000 0.100 023742 AA 1 0 1 AC 9 0 9 CC 14 23 37 0.091 0.000 0.253 023745 GG 14 23 37 GT 9 0 9 TT 1 0 1 0.091 0.000 0.253 024040 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 024265 * 024326 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 024364 AA 1 0 1 AG 3 0 3 GG 20 23 43 2.617 0.000 6.306 024542 AA 0 0 0 AC 1 2 3 CC 23 21 44 0.011 0.048 0.051 024606 AA 14 22 36 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.091 0.000 0.230 024649 AA 0 0 0 AC 2 2 4 CC 22 20 42 0.045 0.050 0.095 024703 GG 1 0 1 GT 9 0 9 TT 14 22 36 0.091 0.000 0.230 024741 CC 23 20 43 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.011 0.050 0.052 024851 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 024897 AA 7 3 10 AC 12 15 27 CC 5 5 10 0.001 2.272 1.043 025184 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 025317 -- 14 23 37 +- 9 0 9 ++ 1 0 1 0.091 0.000 0.253 025462 AA 1 0 1 AC 9 0 9 CC 14 20 34 0.091 0.000 0.186 025634 AA 14 22 36 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.091 0.000 0.230 025757 AA 14 21 35 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.091 0.000 0.207 025758 CC 1 0 1 CT 9 0 9 TT 14 23 37 0.091 0.000 0.253 025785 CC 1 0 1 CT 9 0 9 TT 14 23 37 0.091 0.000 0.253 025858 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 025871 AA 23 12 35 AT 1 8 9 TT 0 3 3 0.011 0.733 3.846 025882 CC 14 23 37 CT 9 0 9 TT 1 0 1 0.091 0.000 0.253 025953 AA 1 0 1 AG 9 0 9 GG 14 23 37 0.091 0.000 0.253 026357 AA 24 17 41 AC 0 6 6 CC 0 0 0 0.000 0.517 0.218 026736 AA 12 14 26 AG 7 6 13 GG 1 0 1 0.000 0.623 0.178 026830 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 16 20 36 0.247 0.000 0.111 026982 AA 13 20 33 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.900 0.000 0.368 027010 AA 0 0 0 AG 2 2 4 GG 18 18 36 0.055 0.055 0.111 027052 AA 0 3 3 AC 0 6 6 CC 20 11 31 0.000 1.633 6.782 027568 CC 0 3 3 CT 1 8 9 TT 23 9 32 0.011 0.292 3.369 027690 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 20 44 0.000 0.012 0.006 028107 GG 24 17 41 GT 0 6 6 TT 0 0 0 0.000 0.517 0.218 028226 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 22 20 42 0.000 0.050 0.024 028399 AA 11 20 31 AG 10 2 12 GG 1 0 1 0.468 0.050 0.016 028531 AA 11 20 31 AG 10 2 12 GG 1 0 1 0.468 0.050 0.016 028733 GG 10 6 16 GT 7 13 20 TT 4 3 7 1.577 0.917 0.032 029087 AA 13 21 34 AG 10 2 12 GG 1 0 1 0.296 0.048 0.002 029443 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 029500 AA 0 0 0 AG 6 1 7 GG 14 21 35 0.623 0.012 0.347 029668 AA 1 0 1 AG 10 2 12 GG 9 19 28 0.726 0.053 0.046 029912 CC 5 4 9 CT 11 15 26 TT 7 3 10 0.030 2.954 1.097 029963 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 029994 AA 1 1 2 AG 5 11 16 GG 18 10 28 0.644 0.889 0.023 030104 AA 23 20 43 AG 1 2 3 GG 0 0 0 0.011 0.050 0.052 030163 AA 1 0 1 AT 8 0 8 TT 15 22 37 0.003 0.000 0.483 030231 AA 20 5 25 AG 4 13 17 GG 0 4 4 0.198 0.747 0.202 030816 AA 15 23 38 AG 8 0 8 GG 1 0 1 0.003 0.000 0.516 031137 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 031151 AA 22 20 42 AG 2 3 5 GG 0 0 0 0.045 0.112 0.148 031310 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 031454 GG 0 4 4 GT 1 8 9 TT 23 11 34 0.011 1.252 5.880 031501 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 031504 AA 1 0 1 AG 8 0 8 GG 15 23 38 0.003 0.000 0.516 031894 CC 0 0 0 CG 2 1 3 GG 22 22 44 0.045 0.011 0.051 031961 AA 1 0 1 AG 7 1 8 GG 14 22 36 0.011 0.011 0.450 032005 CC 21 21 42 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.012 0.048 0.054 032259 CC 0 0 0 CG 2 4 6 GG 21 18 39 0.048 0.220 0.230 032371 CC 20 22 42 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 032729 AA 0 1 1 AG 4 11 15 GG 19 10 29 0.209 0.889 0.347 032739 CC 15 22 37 CT 7 0 7 TT 1 0 1 0.025 0.000 0.830 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002657: T 002680: t 002821: aac 005422: AC 013025: c 020721: AGAGAAAGCTGAAG 021030: a 025317: ACCT Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 024265 AA 1 0 1 024265 AC 0 0 0 024265 AG 9 0 9 024265 CC 0 0 0 024265 CG 3 5 8 024265 GG 11 18 29