Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000589 C 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 000660 G 0.15 0.11 0.13 T 0.85 0.89 0.87 0.26 0.19 0.23 000782 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000983 T 0.04 0.02 0.03 A 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 002050 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 002161 C 0.15 0.74 0.42 A 0.85 0.26 0.58 0.25 0.39 0.49 002556 T 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 002657 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002680 - 0.17 0.02 0.09 + 0.83 0.98 0.91 0.28 0.04 0.17 002689 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002759 C 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 002787 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 002821 + 0.10 0.00 0.05 - 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 002840 C 0.46 0.11 0.29 A 0.54 0.89 0.71 0.50 0.20 0.41 002914 G 0.15 0.73 0.42 A 0.85 0.27 0.58 0.25 0.40 0.49 003050 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 003129 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003254 G 0.41 0.24 0.32 A 0.59 0.76 0.68 0.48 0.36 0.44 003276 A 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 003307 C 0.02 0.11 0.07 T 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 003447 A 0.05 0.02 0.03 G 0.95 0.98 0.97 0.09 0.04 0.06 003517 G 0.18 0.02 0.10 A 0.82 0.98 0.90 0.30 0.04 0.18 003679 C 0.02 0.11 0.06 T 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.11 003966 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003989 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 004108 G 0.20 0.68 0.44 C 0.80 0.32 0.56 0.33 0.43 0.49 004431 T 0.16 0.68 0.42 A 0.84 0.32 0.58 0.27 0.43 0.49 004513 T 0.20 0.24 0.22 A 0.80 0.76 0.78 0.33 0.36 0.34 004843 T 0.23 0.02 0.13 C 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 004965 A 0.23 0.02 0.13 G 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 005024 T 0.23 0.02 0.13 C 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 005404 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005413 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005422 + 0.04 0.11 0.08 - 0.96 0.89 0.92 0.08 0.19 0.14 005562 G 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 005580 A 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 006056 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006067 G 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 006226 C 0.39 0.14 0.26 T 0.61 0.86 0.74 0.47 0.24 0.39 006315 T 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 006511 A 0.17 0.26 0.21 G 0.83 0.74 0.79 0.28 0.39 0.33 006601 A 0.02 0.48 0.24 G 0.98 0.52 0.76 0.04 0.50 0.37 006643 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006689 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 006792 C 0.39 0.50 0.45 A 0.61 0.50 0.55 0.48 0.50 0.49 007017 T 0.19 0.02 0.11 C 0.81 0.98 0.89 0.30 0.04 0.19 007197 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 007476 G 0.36 0.13 0.24 A 0.64 0.87 0.76 0.46 0.23 0.37 007704 T 0.37 0.13 0.25 C 0.63 0.87 0.75 0.47 0.23 0.38 007736 T 0.07 0.48 0.27 C 0.93 0.52 0.73 0.12 0.50 0.40 007814 T 0.17 0.26 0.22 C 0.83 0.74 0.78 0.29 0.39 0.34 009074 A 0.47 0.45 0.46 G 0.53 0.55 0.54 0.50 0.50 0.50 009151 T 0.03 0.02 0.02 C 0.97 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 009276 A 0.17 0.61 0.38 G 0.83 0.39 0.62 0.28 0.47 0.47 009635 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009788 G 0.04 0.09 0.07 A 0.96 0.91 0.93 0.08 0.17 0.12 010214 G 0.19 0.37 0.28 A 0.81 0.63 0.72 0.30 0.47 0.40 010312 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010325 C 0.04 0.11 0.07 G 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 010356 A 0.52 0.43 0.48 G 0.48 0.57 0.52 0.50 0.49 0.50 010404 G 0.00 0.11 0.05 T 1.00 0.89 0.95 0.00 0.20 0.10 010644 A 0.42 0.43 0.43 C 0.58 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 010737 C 0.15 0.24 0.20 T 0.85 0.76 0.80 0.26 0.36 0.31 011024 T 0.00 0.12 0.06 C 1.00 0.88 0.94 0.00 0.21 0.10 011188 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011237 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 011303 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 011441 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011469 A 0.04 0.12 0.08 C 0.96 0.88 0.92 0.08 0.21 0.14 011863 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011882 C 0.52 0.41 0.47 T 0.48 0.59 0.53 0.50 0.48 0.50 011889 T 0.52 0.41 0.47 A 0.48 0.59 0.53 0.50 0.48 0.50 011916 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 012077 T 0.17 0.02 0.10 C 0.83 0.98 0.90 0.29 0.04 0.18 012087 T 0.04 0.11 0.08 A 0.96 0.89 0.92 0.08 0.20 0.14 012113 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012290 C 0.57 0.41 0.49 T 0.43 0.59 0.51 0.49 0.48 0.50 012291 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012454 C 0.54 0.42 0.49 T 0.46 0.57 0.51 0.50 0.49 0.50 012504 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012565 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012585 T 0.54 0.42 0.49 C 0.46 0.57 0.51 0.50 0.49 0.50 012703 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 012879 A 0.52 0.42 0.48 G 0.48 0.57 0.52 0.50 0.49 0.50 013025 - 0.02 0.35 0.17 + 0.98 0.65 0.83 0.04 0.45 0.28 013106 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013151 A 0.02 0.32 0.16 G 0.98 0.68 0.84 0.04 0.43 0.27 013209 G 0.18 0.00 0.09 A 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.17 013405 T 0.43 0.57 0.50 C 0.57 0.42 0.50 0.49 0.49 0.50 013474 C 0.55 0.42 0.49 G 0.45 0.57 0.51 0.50 0.49 0.50 013625 A 0.55 0.42 0.49 T 0.45 0.57 0.51 0.50 0.49 0.50 013798 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 013892 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 014076 T 0.00 0.13 0.06 G 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 014345 T 0.04 0.11 0.07 C 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 014550 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014737 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015275 C 0.19 0.02 0.11 T 0.81 0.98 0.89 0.30 0.05 0.20 015285 C 0.42 0.43 0.42 T 0.58 0.57 0.58 0.49 0.49 0.49 015678 A 0.40 0.45 0.42 G 0.60 0.55 0.58 0.48 0.50 0.49 015730 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015796 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015908 G 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 016324 T 0.04 0.11 0.07 C 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 016589 T 0.38 0.46 0.41 C 0.62 0.54 0.59 0.47 0.50 0.49 016619 A 0.00 0.13 0.06 G 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 016630 T 0.00 0.13 0.06 C 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 016634 T 0.38 0.33 0.35 G 0.62 0.67 0.65 0.47 0.44 0.46 016647 T 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 016852 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017120 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017706 G 0.04 0.11 0.07 T 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 017813 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017971 A 0.04 0.11 0.08 G 0.96 0.89 0.92 0.08 0.20 0.14 017979 A 0.40 0.43 0.41 C 0.60 0.57 0.59 0.48 0.49 0.48 018659 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 018670 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018777 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 018881 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019242 G 0.02 0.24 0.12 A 0.98 0.76 0.88 0.04 0.36 0.21 019368 C 0.12 0.24 0.18 G 0.88 0.76 0.82 0.22 0.36 0.30 019529 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019857 C 0.02 0.30 0.16 T 0.98 0.70 0.84 0.04 0.42 0.27 019959 T 0.08 0.32 0.20 G 0.92 0.68 0.80 0.15 0.43 0.31 020158 T 0.02 0.11 0.07 C 0.98 0.89 0.93 0.04 0.20 0.12 020176 T 0.25 0.20 0.23 G 0.75 0.80 0.77 0.38 0.33 0.35 020437 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020721 + 0.42 0.54 0.48 - 0.58 0.46 0.52 0.49 0.50 0.50 020795 A 0.26 0.00 0.14 G 0.74 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 021023 G 0.05 0.00 0.03 A 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 021030 - 0.04 0.11 0.07 + 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 021112 T 0.00 0.13 0.06 A 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 021406 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021454 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021684 T 0.33 0.41 0.37 C 0.67 0.59 0.63 0.44 0.48 0.47 021875 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021927 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022611 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 022634 C 0.02 0.30 0.16 G 0.98 0.70 0.84 0.04 0.42 0.27 022666 T 0.44 0.22 0.33 C 0.56 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 022744 C 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 022996 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 023125 A 0.05 0.07 0.06 G 0.95 0.93 0.94 0.10 0.12 0.11 023148 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023331 T 0.05 0.43 0.25 G 0.95 0.57 0.75 0.09 0.49 0.38 023366 T 0.19 0.00 0.09 A 0.81 1.00 0.91 0.31 0.00 0.16 023489 A 0.00 0.13 0.07 G 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.13 023504 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.04 023607 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 023742 A 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 023745 T 0.23 0.00 0.12 G 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 024040 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024265 * 024326 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024364 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 024542 A 0.02 0.04 0.03 C 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 024606 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 024649 A 0.04 0.05 0.04 C 0.96 0.95 0.96 0.08 0.09 0.08 024703 G 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 024741 T 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 024851 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024897 A 0.54 0.46 0.50 C 0.46 0.54 0.50 0.50 0.50 0.50 025184 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025317 + 0.23 0.00 0.12 - 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 025462 A 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.22 025634 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 025757 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 025758 C 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 025785 C 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 025858 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025871 T 0.02 0.30 0.16 A 0.98 0.70 0.84 0.04 0.42 0.27 025882 T 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 025953 A 0.23 0.00 0.12 G 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 026357 C 0.00 0.13 0.06 A 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 026736 G 0.23 0.15 0.19 A 0.78 0.85 0.81 0.35 0.26 0.30 026830 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.10 026982 G 0.17 0.00 0.09 A 0.82 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 027010 A 0.05 0.05 0.05 G 0.95 0.95 0.95 0.10 0.10 0.10 027052 A 0.00 0.30 0.15 C 1.00 0.70 0.85 0.00 0.42 0.26 027568 C 0.02 0.35 0.17 T 0.98 0.65 0.83 0.04 0.45 0.28 027690 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 028107 T 0.00 0.13 0.06 G 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 028226 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 028399 G 0.27 0.05 0.16 A 0.73 0.95 0.84 0.40 0.09 0.27 028531 G 0.27 0.05 0.16 A 0.73 0.95 0.84 0.40 0.09 0.27 028733 T 0.36 0.43 0.40 G 0.64 0.57 0.60 0.46 0.49 0.48 029087 G 0.25 0.04 0.15 A 0.75 0.96 0.85 0.38 0.08 0.25 029443 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029500 A 0.15 0.02 0.08 G 0.85 0.98 0.92 0.26 0.04 0.15 029668 A 0.30 0.05 0.17 G 0.70 0.95 0.83 0.42 0.09 0.28 029912 C 0.46 0.52 0.49 T 0.54 0.48 0.51 0.50 0.50 0.50 029963 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029994 A 0.15 0.30 0.22 G 0.85 0.70 0.78 0.25 0.42 0.34 030104 G 0.02 0.05 0.03 A 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 030163 A 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 030231 G 0.08 0.48 0.27 A 0.92 0.52 0.73 0.15 0.50 0.40 030816 G 0.21 0.00 0.11 A 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 031137 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031151 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 031310 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031454 G 0.02 0.35 0.18 T 0.98 0.65 0.82 0.04 0.45 0.30 031501 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031504 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 031894 C 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 031961 A 0.20 0.02 0.11 G 0.80 0.98 0.89 0.33 0.04 0.20 032005 T 0.02 0.04 0.03 C 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 032259 C 0.04 0.09 0.07 G 0.96 0.91 0.93 0.08 0.17 0.12 032371 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 032729 A 0.09 0.30 0.19 G 0.91 0.70 0.81 0.16 0.42 0.31 032739 T 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002657: T 002680: t 002821: aac 005422: AC 013025: c 020721: AGAGAAAGCTGAAG 021030: a 025317: ACCT Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 024265 C 0.06 0.11 0.09 A 0.23 0.00 0.12 G 0.71 0.89 0.80