************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 alo12.phase.inp alo12.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST alo12.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates alo12.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual alo12.phase.out_recom : estimates of recombination parameters alo12.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 63 Positions of loci: 386 1138 1158 1440 1661 1764 2102 2172 2274 2619 2902 2905 2926 2987 3388 3480 3604 3665 4216 5003 5287 5304 5354 5431 6081 6488 6542 6807 7090 7092 7478 7605 7746 7902 8168 8187 8630 9013 9115 9116 9489 9546 9615 10764 10901 11449 11924 11925 12384 12619 12754 12757 13534 14237 15114 15513 15592 16198 16886 17316 17594 17947 17979 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file alo12.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 IDGGCAGCCACCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACACAADG 2 GACATGGCCGGCCACA 2.000000 2 IDGGCGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAGTTAGATTCTTDGACATAADG 2 CACATGGCCGGCCACA 1.000000 3 IDGGCGGCCGCTCGTCDTGTAGAGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIG 3 GACGGGGCCAGTTACA 4.000000 4 IDCGCAGCCGCCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACACAADG 2 GACATGGCCGGCCACA 1.000000 5 IDCGCAGCCGCCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACACAADG 2 CACATGGCCGGCCACA 1.000000 6 IDCGCAGCCGCCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACACAADG 4 GACATGGCCGGCCACA 2.000000 7 IDCGCAGCCGCCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTTTTDTAGGCGADG 4 GACATCGGCGACCAGA 6.000000 8 IDCGCAGCCGCCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTTTTDTAGGCGADG 4 GACATCGGTGACCAGA 2.000000 9 IDCGCAGCCACCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACGCAADG 4 GACATGGCCGGCCACA 1.000000 10 IDCGCAGCCACCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACACAADG 2 GACATGGCCGGCCACA 5.000000 11 IDCGCAGCCACCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACACAADG 2 CACATGGCCGGCCACA 1.000000 12 IDCGCAGCCACCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACACAADG 4 GACATGGCCGGCCACA 4.000000 13 IDCGCGCCTGCCTTCTDCGTGAAAGGCCAGATTCTTDGACATAADG 2 CACATGGCCGGCCACA 4.000000 14 IDCGTGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTGGAGCCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCAGA 3.000000 15 IIGGCGGCCGCTCGTCDTGTAGAGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIG 3 GACGGGGCCAGTTACA 2.000000 16 DDGGCGGCCGCTCGTCDTGTAGAGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIG 3 GACGGGGCCAGTTACA 1.000000 17 DDGGTAGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTGGAGTCCCITGGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCAGA 1.000000 18 DDGGTGGTCGCTCGCCDCGTAGAGAATTGGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCAGA 1.000000 19 DDGGTGGTCGCTCGCCDCGTAGAGAATTGGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCGGA 1.000000 20 DDGGTGGTCGCTCGTCDTATAGAGAATTGGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCGGA 10.000000 21 DDGGTGGTCGCTCGTCDTATAGAGAATTGGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCAGCGGCCGGA 3.000000 22 DDGGTGGTCGCTCGTCDTATAGAGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIG 3 GACAGGGCCGGCCACA 1.000000 23 DDGGTGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTAGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGACCAGA 1.000000 24 DDGGTGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTAGAGTCCCITAGGCGADG 4 GATATCGGCGGCCAGA 1.000000 25 DDGGTGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTGGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCAGA 3.000000 26 DDGGTGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTGGAGTCCCITGGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCAGA 5.000000 27 DDGGTGGTCGTTCGTCDTATAGAGAATTGGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCGGA 2.000000 28 DDGGTGGTCGTTCGTCDTATAGAGAATTGGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCAGCGGCCGGA 1.000000 29 DDGACGGTCGCTCGTCDTATAGAGAATTGGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCGGA 1.000000 30 DDGACGGTCGCTCGTCDTGCAGAGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIA 4 GGCAGGGCCGGTTACG 1.000000 31 DDGACGGTCGCTCGTCDTGCAGAGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIA 4 GGCAGGGCTGGTTACG 1.000000 32 DDGACGGTCGCTCGTCITGTAGTGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIA 3 GGCAGGGCCGGTTACG 1.000000 33 DDGACGGTCGCTCGTCITGCAGTGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIA 2 GGCAGGGCCGGTTACG 1.000000 34 DDGACGGTCGCTCGTCITGCAGTGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIA 3 GGCAGGGCCGGTTACA 1.000000 35 DDGACGGTCGCTCGTCITGCAGTGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIA 3 GGCAGGGCCGGTTACG 3.000000 36 DDGACGGTCGCTCGTCITGCAGTGAGTTAGAGTCCCITAGGCGGIA 4 GGCAGGGCCGGTTACG 3.000000 37 DDCGCAGCCACCCTCCDCGTGAAAGGTCACGTTCTTDTACGCAADG 2 GACATGGCCGGCCACA 1.000000 38 DDCGCGCCTGCCTTCTDCGTGAAAGGCCAGATTCTTDGACATAADG 2 CACATGGCCGGCCACA 2.000000 39 DDCGTGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTAGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCAGA 1.000000 40 DICGCGCCTGCCTTCTDCGTGAAAGGCCAGATTCTTDGACATAADG 2 CACATGGCCGGCCACA 1.000000 41 DICGTGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTAGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCAGA 3.000000 42 DICGTGGTCGCTCGTCDTGTAGAGAATTAGAGTCCCITAGGCGADG 4 GATATCGGCGGCCAGA 3.000000 43 DICGTGGCCGCTCGTCDTGTAGAGAATTAGAGTCCCITAGGCGADG 4 GACATCGGCGGCCAGA 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (19,22) D002: (14,37) D003: (26,41) D004: (10,42) D005: (38,43) D006: (25,25) D007: (5,13) D008: (3,3) D009: (14,23) D010: (3,20) D011: (36,41) D012: (4,14) D013: (42,42) D014: (11,13) D015: (38,39) D016: (7,15) D033: (8,31) D034: (16,41) D035: (3,15) D036: (24,40) D037: (6,7) D038: (25,27) D039: (2,18) D040: (13,13) E001: (8,20) E002: (20,34) E003: (26,30) E004: (1,10) E005: (20,21) E006: (7,36) E007: (12,20) E008: (6,17) E009: (9,21) E010: (35,35) E011: (20,32) E012: (10,33) E013: (12,26) E014: (20,21) E015: (7,12) E016: (7,35) E017: (7,12) E018: (26,36) E019: (26,27) E020: (10,28) E021: (1,10) E022: (20,20) E023: (20,29) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 [D] D G G [T] G G T C G C T C G C C D C G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I G 3 G A C A G G G C C G G C C A C A 0 D002 (I) D C G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G C C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A (D) D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C G C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A 0 D003 D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T G G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A D I [C] G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 D004 I D [C] G C A G C C [A] C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A D I C G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A T A T C G G C G G C C A G A 0 D005 D (D) C G C G C C T G C C T T C T D C G T G A A A G G C C A G A T T C T T D G A C A T A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A D (I) [C] G T G G C C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 D006 D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 D007 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A I D C G C G C C T G C C T T C T D C G T G A A A G G C C A G A T T C T T D G A C A T A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A 0 D008 I D G G C G G C C G C T C G T C D T G T A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I G 3 G A C G G G G C C A G T T A C A I D G G C G G C C G C T C G T C D T G T A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I G 3 G A C G G G G C C A G T T A C A 0 D009 I D C G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G C C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G (G) C C A G A D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G (A) C C A G A 0 D010 I D G G C G G C C G C T C G T C D T G T A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I G 3 G A C G G G G C C A G T T A C A D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A 0 D011 D D G A C G G T C G C T C G T C I T G C A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 4 G G C A G G G C C G G T T A C G D I [C] G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 D012 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A I D C G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G C C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 D013 D I C G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A T A T C G G C G G C C A G A D I C G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A T A T C G G C G G C C A G A 0 D014 I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A I D C G C G C C T G C C T T C T D C G T G A A A G G C C A G A T T C T T D G A C A T A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A 0 D015 D D C G C G C C T G C C T T C T D C G T G A A A G G C C A G A T T C T T D G A C A T A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A D D C G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 D016 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T T T T D T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G [C] G A C C A G A I I G G C G G C C G C T C G T C D T G T A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I G 3 G A C G G G G C C A G T T A C A 0 D033 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T T T T D T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G T G A C C A G A D D G A C G G T C G C T C G T C D T G C A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 4 G G C A G G G C T G G T T A C G 0 D034 D (D) G G C G G C C G C T C G T C D T G T A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I G 3 G A C G G G G C C A G T T A C A D (I) [C] G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 D035 I D G G C G G C C G C T C G T C D T G T A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I G 3 G A C G G G G C C A G T T A C A I I G G C G G C C G C T C G T C D T G T A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I G 3 G A C G G G G C C A G T T A C A 0 D036 [D] D [G] G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T A G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A T A T C G G C G G C C A G A [D] I C G C G C C T G C C T T C T D C G T G A A A G G C C A G A T T C T T D G A C A T A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A 0 D037 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 4 G A C A T G G C C G G C C A C A I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T T T T D T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G A C C A G A 0 D038 D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A D D G G T G G T C G T T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A 0 D039 I D G G C G G T C G C T C G (T) C D (T) G T A G A G A G T T A G A T T C T T D G A C A T A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A D D G G T G G T C G C T C G (C) C D (C) G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 D040 I D C G C G C C T G C C T T C T D C G T G A A A G G C C A G A T T C T T D G A C A T A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A I D C G C G C C T G C C T T C T D C G T G A A A G G C C A G A T T C T T D G A C A T A A D G 2 C A C A T G G C C G G C C A C A 0 E001 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T T T T D T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G T G A C C A G A D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A 0 E002 D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A D D G A C G G T C G C T C G T C I T G C A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 3 G G C A G G G C C G G T T A C A 0 E003 D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T G G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A D D G A C G G T C G C T C G T C D T G C A G A G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 4 G G C A G G G C C G G T T A C G 0 E004 I D G G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A 0 E005 D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C A G C G G C C G G A 0 E006 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T T T T D T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G A C C A G A D D G A C G G T C G C T C G T C I T G C A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 4 G G C A G G G C C G G T T A C G 0 E007 I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 4 G A C A T G G C C G G C C A C A D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A 0 E008 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 4 G A C A T G G C C G G C C A C A D D G G T A G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T G G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 E009 I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C G C A A D G 4 G A C A T G G C C G G C C A C A D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C A G C G G C C G G A 0 E010 D D G A C G G T C G C T C G T C I T G C A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 3 G G C A G G G C C G G T T A C G D D G A C G G T C G C T C G T C I T G C A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 3 G G C A G G G C C G G T T A C G 0 E011 D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A D D G A C G G T C G C T C G T C I T G T A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 3 G G C A G G G C C G G T T A C G 0 E012 I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A D D G A C G G T C G C T C G T C I T G C A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 2 G G C A G G G C C G G T T A C G 0 E013 I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 4 G A C A T G G C C G G C C A C A D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T G G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A 0 E014 D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C A G C G G C C G G A 0 E015 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T T T T D T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G [C] G A C C A G A I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 4 G A C A T G G C C G G C C A C A 0 E016 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T T T T D T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G [C] G A C C A G A D D G A C G G T C G C T C G T C I T G C A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 3 G G C A G G G C C G G T T A C G 0 E017 I D C G C A G C C G C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T T T T D T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G A C C A G A I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 4 G A C A T G G C C G G C C A C A 0 E018 D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T G G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A D D G A C G G T C G C T C G T C I T G C A G T G A G T T A G A G T C C C I T A G G C G G I A 4 G G C A G G G C C G G T T A C G 0 E019 D D G G T G G T C G C T C G T C D T G T A G A G A A T T G G A G T C C C I T G G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C A G A D D G G T G G T C G T T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A 0 E020 I D C G C A G C C A (C) C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A D D G G T G G T C G (T) T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C A G C G G C C G G A 0 E021 I D G G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A I D C G C A G C C A C C C T C C D C G T G A A A G G T C A C G T T C T T D T A C A C A A D G 2 G A C A T G G C C G G C C A C A 0 E022 D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A 0 E023 D D G G T G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A D D G A C G G T C G C T C G T C D T A T A G A G A A T T G G A G T C C C I T A G G C G A D G 4 G A C A T C G G C G G C C G G A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 ? = = = ? ? = = = = ? ? ? ? C = = C G = ? ? ? ? ? A = = G = = ? = ? = = = ? ? ? ? ? = ? ? = 4 = = = = T C ? G = = = = = G G = ? = = = ? ? = = = = ? ? ? ? T = = T A = ? ? ? ? ? G = = A = = ? = ? = = = ? ? ? ? ? = ? ? = 3 = = = = G G ? C = = = = = A C = 0 D002 (I) = = = T G = T = G = T = G T = = T = = A G = G A A = T G G A G C ? C C I = = G = = G = = = 4 = = = = = C = G = = = = = = G = (D) = = = C A = C = A = C = T C = = C = = G A = A G G = C A C G T T ? T T D = = C = = A = = = 2 = = = = = G = C = = = = = = C = 0 D003 = D ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = G = = = = = = = = = G = ? ? = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = I ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = A = = = = = = = = = A = ? ? = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 0 D004 I D ? = C A = C = ? ? C = T C = = C = = G A = A G G = C = C G T = = T T D = = C A = A ? = = 2 = = C = = G = C ? ? = = = = C = D I ? = T G = T = ? ? T = G T = = T = = A G = G A A = T = G A G = = C C I = = G G = G ? = = 4 = = T = = C = G ? ? = = = = G = 0 D005 = (D) ? = C = C = T = = C T T C T = C = = G A = A G G C C = = = T = = T T D G = C A T A = = = 2 C = = = = G = C = = = = = = C = = (I) ? = T = G = C = = T C G T C = T = = A G = G A A T T = = = G = = C C I T = G G C G = = = 4 G = = = = C = G = = = = = = G = 0 D006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D007 = = = = = ? G = C = = = C = = C = = = = ? ? ? ? = = T = = C G = = = = = = T = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = T = = = T = = T = = = = ? ? ? ? = = C = = G A = = = = = = G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D009 I = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = D = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = 0 D010 I = = = C = = C = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = G I = 3 = = = G G G = C = A = T T A C = D = = = T = = T = = = = = = = = = = A = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = A D = 4 = = = A T C = G = G = C C G G = 0 D011 = D ? A C = = = = = = = = = = ? I = = C = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = G I A = = G = = G G = C = = = T T = C G = I ? G T = = = = = = = = = = ? D = = T = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = A D G = = A = = T C = G = = = C C = G A 0 D012 = = = = C A = C = = = C = T C = = C = = G A = A G G = C A C G T T = T T D = = C A = A = = = 2 = = = = = G = C = = = = = = C = = = = = T G = T = = = T = G T = = T = = A G = G A A = T G G A G C = C C I = = G G = G = = = 4 = = = = = C = G = = = = = = G = 0 D013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D014 = = = = = A G = C A = = C = = C = = = = = = = = = = T = = C G = = = = = = T = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = T G = = T = = T = = = = = = = = = = C = = G A = = = = = = G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D015 = = = = C = C C T = = C T T C T = C = = G A = A G G C C = = = T = = T T D G = C A T A = = = 2 C = = = = G = C = = = = = = C = = = = = T = G T C = = T C G T C = T = = A G = G A A T T = = = G = = C C I T = G G C G = = = 4 G = = = = C = G = = = = = = G = 0 D016 = D ? = = A = = = = ? ? ? ? C = = C = = G A = A G = = C = C G T = T T T D = = = = = = A D = 4 = = = A T C = G ? ? A C C = G = = I ? = = G = = = = ? ? ? ? T = = T = = A G = G A = = T = G A G = C C C I = = = = = = G I = 3 = = = G G G = C ? ? G T T = C = 0 D033 I = C G = A = C = = = C = T C = = C = ? G A = A G = = C = C G T = T T T D = = = ? ? = A D G = = A = = T C = G = = A C C = G A D = G A = G = T = = = T = G T = = T = ? A G = G A = = T = G A G = C C C I = = = ? ? = G I A = = G = = G G = C = = G T T = C G 0 D034 = (D) ? = C = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = G I = 3 = = = G G G = C = A = T T = C = = (I) ? = T = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = A D = 4 = = = A T C = G = G = C C = G = 0 D035 = D ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 ? D ? = T = G T C = = T C G ? C = T = = A G = G A A T T = = = G = = C C I T = G G C G = = = 4 G = T = = C = G = = = = = = G = ? I ? = C = C C T = = C T T ? T = C = = G A = A G G C C = = = T = = T T D G = C A T A = = = 2 C = C = = G = C = = = = = = C = 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = C A = A = = = = = = = = = G = C = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G G = G = = = = = = = = = C = G = = A = = = G = 0 D038 ? = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = 0 D039 I = = = C = = = = = = = = = (T) = = (T) = = = = = = = G = = A = = T = = T T D G = C A T A = = = 2 C ? = = = G = C = = = = = = C = D = = = T = = = = = = = = = (C) = = (C) = = = = = = = A = = G = = G = = C C I T = G G C G = = = 4 G ? = = = C = G = = = = = = G = 0 D040 = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 0 E001 I = C = C A = C = = = C = T C = = C ? = G A = A G G = C A C G T = T T T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = = A = = D = G = T G = T = = = T = G T = = T ? = A G = G A A = T G G A G = C C C I = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = G = = G = = 0 E002 = = = G T = = = = = = = = = = = D = A T = = A = = A = = G = = = = = = = = = = = = = = A D G 4 = A ? = T C = G = = = C C G G = = = = A C = = = = = = = = = = = I = G C = = T = = G = = A = = = = = = = = = = = = = = G I A 3 = G ? = G G = C = = = T T A C = 0 E003 = = = G T = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = A = = G = = = = = = = = = G = = = = A D G = = A = = T C = G = = = C C = G A = = = A C = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = G = = A = = = = = = = = = A = = = = G I A = = G = = G G = C = = = T T = C G 0 E004 = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = 0 E006 I = C G = A = C = = = C = T C ? D C = T G A A A G = = C = C G T = T T T D = = = = = = A D G = = ? = = T C = G = = A C C = G A D = G A = G = T = = = T = G T ? I T = C A G T G A = = T = G A G = C C C I = = = = = = G I A = = ? = = G G = C = = G T T = C G 0 E007 I = C = C A = C = A = C = T C = = C G = G A = A G G = C A C G T = = T T D = = C A = A = = = = = = = = = G = C = = = = = A C = D = G = T G = T = G = T = G T = = T A = A G = G A A = T G G A G = = C C I = = G G = G = = = = = = = = = C = G = = = = = G G = 0 E008 I = C = C = = C = = ? ? ? ? C = = C = ? G A = A ? G = C ? ? G T = = T T D = A C A = A = = = = = ? = = = G = C ? ? = = ? ? ? ? D = G = T = = T = = ? ? ? ? T = = T = ? A G = G ? A = T ? ? A G = = C C I = G G G = G = = = = = ? = = = C = G ? ? = = ? ? ? ? 0 E009 I = C = C A = C = A = C = T C = = C G = G A = A G G = C A C G T = ? T T D = = C = = A = = = = = = = = = G G C = = = = = A C = D = G = T G = T = G = T = G T = = T A = A G = G A A = T G G A G = ? C C I = = G = = G = = = = = = = = = C A G = = = = = G G = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = G T = = = = = = = = = = ? D = A = ? ? ? ? = A = = G = = = = = = = = = = = = = = A D G 4 = A = = T C = G = = = C C G G A = = = A C = = = = = = = = = = ? I = G = ? ? ? ? = G = = A = = = = = = = = = = = = = = G I A 3 = G = = G G = C = = = T T A C G 0 E012 I = C G = A = C = A = C = T C ? D C = T G A A A G = = C = C G T = = T T D = = C A = A A D G = = A = = T = = = = = = C C = = A D = G A = G = T = G = T = G T ? I T = C A G T G A = = T = G A G = = C C I = = G G = G G I A = = G = = G = = = = = = T T = = G 0 E013 I = C = C A = C = A = C = T C = = C = = G A = A G G = C A C G T = = T T D = A C A = A = = = = = = = = = G = C = = = = = = C = D = G = T G = T = G = T = G T = = T = = A G = G A A = T G G A G = = C C I = G G G = G = = = = = = = = = C = G = = = = = = G = 0 E014 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = = = G ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? ? ? = = G G = G = = = = = = = = = C = G ? ? A = = = G = = = = = = = = = = A ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? ? ? = = C A = A = = = = = = = = = G = C ? ? G = = = C = 0 E016 I = C G = A = C = = ? ? ? ? C ? D C = T G A A A G = = C = C G T = T T T D = = = = = = A D G 4 = A = = T C = G ? ? A C C = G A D = G A = G = T = = ? ? ? ? T ? I T = C A G T G A = = T = G A G = C C C I = = = = = = G I A 3 = G = = G G = C ? ? G T T = C G 0 E017 = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G G = G = = = = = = = = = C = G = = A = = = G = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C A = A = = = = = = = = = G = C = = G = = = C = 0 E018 = = = G T = = = = = = = = = = ? D = = T = = A = = A = = G = = = = = = = = = G = = = = A D G = = A = = T C = G = = = C C = G A = = = A C = = = = = = = = = = ? I = = C = = T = = G = = A = = = = = = = = = A = = = = G I A = = G = = G G = C = = = T T = C G 0 E019 = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = 0 E020 I = C = C A = C = A (C) C = T C = = C G = G A = A G G = C A C G T = = T T D = = C A = A = = = 2 = = = = = G G C = = = = = A C = D = G = T G = T = G (T) T = G T = = T A = A G = G A A = T G G A G = = C C I = = G G = G = = = 4 = = = = = C A G = = = = = G G = 0 E021 = = G = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = C = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = G T = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = A C = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? = = = ? ? = = = = ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = ? = ? = = = ? ? ? ? ? = ? ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 0.54 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 0.99 ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = 1.00 = = 0.66 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.70 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 0.99 ? = = 1.00 = = = = ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 0.65 ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = 0.92 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 0.93 = = = 0.93 = = = = = = = = = 0.64 = = 0.64 = = = = = = = 0.95 = = 0.95 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 0.92 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 0.61 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = END PHASEPROBS