************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 agtap.phase.inp agtap.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST agtap.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates agtap.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual agtap.phase.out_recom : estimates of recombination parameters agtap.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 70 Positions of loci: 657 780 3040 3041 3128 3134 3290 3338 3930 4100 4844 4921 5337 6157 6587 6630 6812 7132 7196 7751 8543 8623 8840 8854 8976 9060 9189 9395 9598 9734 9923 10397 10398 11880 12712 12960 13535 13805 14079 14345 14348 14815 15270 15511 15802 15844 15909 15954 16463 16614 16783 16800 16874 16953 17082 17139 17343 17382 17392 17893 17983 17995 18144 18236 18420 18440 18763 18948 18950 19199 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file agtap.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CGITGTCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 6.000000 2 CGITGTCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGTCTCTGCGTGCAAGIATAAICCGAGCACG 1.000000 3 CGITGTCTGDATTCTCCTGGGIGGACGAIIGTGGTTCCAAGTTTCTGCGCGCAAGIATAGITCGGGCACG 3.000000 4 CGITGTCTGDATTCTTCTGGGIGGGCGGIDGCAGCTCCAGGGCGCTGGGCGCAAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 5 CGITGTCTGDATTTGCCTGAGIGGGCGGIIGCGGCGCCAAGTCGCAGCGCGCAAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 6 CGITGTCTGDATTTGCCTGATIGGGCGGIIGCGGCGCTAGCTCGCAGCGCGCAAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 7 CGITGTCTGDATTTGCCTGATIGGGCGGIIGCGGCGCTAGCTCGCAGGGCGCAAGIATAGICCGAACACG 2.000000 8 CGITGTCTGDATTTGCCTGGTIGGGCGGIIGCGGCGCCAAGTCGCAGCGCGCAAGIATAGICCGAGCACA 1.000000 9 CGITGTCTGDATTTGCCTGGTIGGGCGGIIGTGGTTCCAAGTTTCTGCGCGCAAGIATAGITCGAGCACG 1.000000 10 CGITGTCTGDATTTTCCTGGGIAGGCGAIIGCGGCGCCAAGTCTCAGCGTGCAAGIATAAICCGAGCACA 5.000000 11 CGITGTCTGDATTTTCCTGGGIAGGCGAIIGCGGCGCCAAGTCTCAGCGTGCAAGIATAAICCGAGCACG 2.000000 12 CGITGTCTGDATTTTCCTGGGIGGACGAIIGTGGCTCCAAGTTTCTGCGCGCAAGIATAGDCCGAGCACG 1.000000 13 CGITGTCTGDATTTTCCTGGTIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 14 CGITGTCTGDTTACTTTTAGTDGGAGGAIIGCGGCTTCAAGTCTCTGGGCATAGGDGTGGICTGAGCACG 1.000000 15 CGITGTCTGIATTCGTCTGGGIAGGCGAIIGCGGCTCCAAGTCTCAACACGCAAGIATAGICCGAGCATG 1.000000 16 CGITGTTTGDACTTTCCTGGGIAAGCGAIIGCAGCGCCAAGTCTCAGCGCGCTAGIATAGICCGAGCACG 2.000000 17 CGITGTTTGDACTTTCCTGGGIAAGCGAIIGCGGTGCCAAGTCTCAGCGCGCTAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 18 CGITGTTTGDTTACTTTTAGTDGGAGGAIIGCGGCTTCAAGTCTCTGGGCATAGGDGTGGICTGAGCACG 3.000000 19 CGITGTTTTDATTTTTCTGGGIGGGCGGIICCGACGCCAAGGCGCAGCACGCAGGIATAGDTCAGGTACG 1.000000 20 CGITGTTCGDATTCTCCCGGGIGGACAADIGTGGCTCCGAGTTTCTGCGCGCAAGIAGAGDCCGAGCACG 1.000000 21 CGITTTCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTCCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 22 CGITTTCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 3.000000 23 CGITTTCTGDATTCGCCTGGGIAGGCGAIIGCGGCGCCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 3.000000 24 CGITTTCTGDATTCGCCTGGGIAGGCGGIIGCGGCGCCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 25 CGITTTCTGDATTCTCCCGGGIGGACAADIGTGGCTCCGAGTTTCTGCGCGCAAGIAGAGDCCGAGCACG 1.000000 26 CGITTTCTGDATTTGCCTGAGIGGGCGGIIGCGGCGCCAAGTCGCAGCGCGCAAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 27 CGITTTCTGDATTTTCCTGGGIAGGCGAIIGCGGCGCCAAGTCTCAGCGCGCAAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 28 CGITTTCTGDATTTTCCTGGGIAGGCGAIIGCGGCGCCAAGTCTCAGCGTGCAAGIATAAICCGAGCACA 4.000000 29 CGITTTCTGDATTTTTCTGGGIGGGCGGIIGCGACGCCAAGGCGCAGCACGCAGGIATAGDTCAGGTACG 1.000000 30 CGITTTCTTDATATTCCTGGTIGGGCGGIDGCAGCTCCAGGGCGCTGCGCGCAAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 31 CGITTTCTTDATATTTCTGGGIGGGCGGIICCGACGCCAAGGCGCAGCACGCAGGIATAGDTCAGGTACG 2.000000 32 CGITTTCCGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 2.000000 33 CGITTCCTGDACTTTCCTGGGIGGGCGGIIGCGGCGCCAAGGCTCAGGGCGCTAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 34 CGITTCCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 35 CGITTCCTGIATTCGTCTGGGIAGGCGAIIGCGGCTCCAAGTCTGAACACGCAAGIATAGICCGAGCGTG 1.000000 36 CGICGTCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 2.000000 37 CGICTTTTGDTTACTTTTAGTDGGAGGAIIGCGGCTTCAAGTCTCTGGGCATAGGDGTGGICTGAGCACG 2.000000 38 CGICTCCTGIATTCGTCTGGGIAGGCGAIIGCGGCTCCAAGTCTGAACACGCAAGIATAGICCGAGCGTG 2.000000 39 CGDTGTCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 40 CGDCGTCTGDATACGCCTGAGIAGGCGAIIGCGGCGCCAAGTCTCAGCGTGCAAGIATAAICCGAGCACA 1.000000 41 CGDCGTCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 2.000000 42 CGDCGTCTGDATTCGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 43 CAITGTTCGDATTCTCCCGGGIGGACAADIGTGGCTCCGAGTTTCTGCGCGCAAGIAGAGDCCGAGCACG 1.000000 44 CADTGTCTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIGTAGICCAAGCACG 1.000000 45 GGITGTCTGDTTACGCCTGGTDGGGGGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 46 GGITGTTTGDACTTTCCTGGGIGGGCGGIIGCGGCGCCAAGGCTCAGGGCGCTAGIATAGICCGAGCACG 1.000000 47 GGITTTTTGDATACGCCTGATIGGGCGGIDGCAGCTTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 48 GGITTTTTGDTTACTTTTAGTDGGAGGAIIGCGGCGTCAAGGCGCAGCGCGCAAAIATAGICCAAGCACG 1.000000 49 GGITTTTTGDTTACTTTTAGTDGGAGGAIIGCGGCTTCAAGTCTCTGGGCATAGGDGTGGICTGAGCACG 10.000000 50 GGDCGTTCGDATTCTCCCGGGIGGACAADIGTGGCTCCGAGTTTCTGCGCGCAAGIAGAGDCCGAGCACG 4.000000 51 GAITGTTCGDTTACTTTTAGTDGGAGGAIIGCGGCTTCAAGTCTCTGGGCATAGGDGTGGICTGAGCACG 3.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (16,21) D002: (1,28) D003: (3,26) D004: (3,17) D005: (7,23) D006: (27,28) D007: (24,39) D008: (15,16) D009: (3,29) D010: (23,28) D011: (4,37) D012: (38,49) D013: (31,42) D014: (20,47) D015: (28,30) D016: (18,49) D033: (9,33) D034: (7,34) D035: (23,35) D036: (12,41) D037: (5,49) D038: (6,46) D039: (19,38) D040: (8,31) E001: (18,50) E002: (1,50) E003: (2,48) E004: (49,43) E005: (1,10) E006: (1,44) E007: (32,51) E008: (10,49) E009: (11,11) E010: (1,22) E011: (1,50) E012: (22,10) E013: (32,41) E014: (45,49) E015: (10,49) E016: (18,50) E017: (22,49) E018: (36,51) E019: (37,49) E020: (14,49) E021: (13,40) E022: (25,51) E023: (10,36) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C G I T G T T T G D A C T T T C C T G G G I A A G C G A I I G C A G C G C C A A G T C T C A G C G C G C T A G I A T A G I C C G A G C A C G C G I T T T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T C C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 D002 C G I T (G) T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G I T (T) T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A 0 D003 C G I T (G) T C T G D A T T C T C C T G G G I G G A C G A I I G T G G T T C C A A G T T T C T G C G C G C A A G I A T A G I T C G G G C A C G C G I T (T) T C T G D A T T T G C C T G A G I G G G C G G I I G C G G C G C C A A G T C G C A G C G C G C A A G I A T A G I C C G A G C A C G 0 D004 C G I T G T C T G D A T T C T C C T G G G I G G A C G A I I G T G G T T C C A A G T T T C T G C G C G C A A G I A T A G I T C G G G C A C G C G I T G T T T G D A C T T T C C T G G G I A A G C G A I I G C G G T G C C A A G T C T C A G C G C G C T A G I A T A G I C C G A G C A C G 0 D005 C G I T G T C T G D A T T T G C C T G A T I G G G C G G I I G C G G C G C T A G C T C G C A G G G C G C A A G I A T A G I C C G A A C A C G C G I T T T C T G D A T T C G C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 D006 C G I T T T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G C G C A A G I A T A G I C C G A G C A C G C G I T T T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A 0 D007 C G (I) T T T C T G D A T T C G C C T G G G I A G G C G G I I G C G G C G C C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G (D) T G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 D008 C G I T G T C T G I A T T C G T C T G G G I A G G C G A I I G C G G C T C C A A G T C T C A A C A C G C A A G I A T A G I C C G A G C A T G C G I T G T T T G D A C T T T C C T G G G I A A G C G A I I G C A G C G C C A A G T C T C A G C G C G C T A G I A T A G I C C G A G C A C G 0 D009 C G I T G T C T G D A T T C T C C T G G G I G G A C G A I I G T G G T T C C A A G T T T C T G C G C G C A A G I A T A G I T C G G G C A C G C G I T T T C T [G] D A T T T T T C T G G G I G G G C G G I I G C G A C G C C A A G G C G C A G C A C G C A G G I A T A G [D] T C A [G] G T A C G 0 D010 C G I T T T C T G D A T T C G C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G I T T T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A 0 D011 C G I T G T C T G D A T T C T T C T G G G I G G G C G [G] I [D] G C [A] G C T C C A G G G C G C T G G G C G C A A G I A T A G I C C G A G C A C G C G I C T T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 D012 C G I C T C C T G I A T T C G T C T G G G I A G G C G A I I G C G G C T C C A A G T C T G A A C A C G C A A G I A T A G I C C G A G C G T G G G I T T T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 D013 C G I T T T C T T D A T A T T T C T G G G I G G G C G G I I C C G A C G C C A A G G C G C A G C A C G C A G G I A T A G [D] T C A [G] G T A C G C G D C G T C T G D A T T [C] G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 D014 (C) G I T G T T C G D A T T C T C C C G G G I G G A C A A D I G T G G C T C C G A G T T T C T G C G C G C A A G I A G A G D C C G A G C A C G (G) G I T T T T T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 D015 C G I T [T] T C T (G) D A T (T) T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A C G I T [T] T C T (T) D A T (A) T T C C T G G T I G G G C G G I D G C A G C T [C] C A G G G C G C T G C G C G C A A G I A T A G I [C] C G A G C A C G 0 D016 (C) G I T G T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G (G) G I T T T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 D033 C G I T (G) (T) C T G D A T T T G C C T G G T I G G G C G G I I G T G G T T C C A A G T T T C T G C G C G C A A G I A T A G I T C G A G C A C G C G I T (T) (C) [C] T G D A C T T T C C T G G G I G G G C G G I I G C G G C G C C A A G G C T C A G G G C G C T A G I A T A G I C C G A G C A C G 0 D034 C G I T (G) (T) C T G D A T T T G C C T G A T I G G G C G G I I G C G G C G C T A G C T C G C A G G G C G C A A G I A T A G I C C G A A C A C G C G I T (T) (C) C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 D035 C G I T T T C T G D A T T C G C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G I T T C C T G I A T T C G T C T G G G I A G G C G A I I G C G G C T C C A A G T C T G A A C A C G C A A G I A T A G I C C G A G C G T G 0 D036 C G (I) (T) G T C T G D A T T (T) T C C T G G G I G G A C G A I I G T G G C T C C A A G T T T C T G C G C G C A A G I A T A G D C C G A G C A C G C G (D) (C) G T C T G D A T A (C) G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 D037 C G I T (G) T C T G D A T T T G C C T G A G I G G G C G G I I G C G G C G C C A A G T C G C A G C G C G C A A G I A T A G I C C G A G C A C G G G I T (T) T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 D038 (C) G I T G T (C) T G D A T T T G C C T G A T I G G G C G G I I G C G G C G C T A G C T C G C A G C G C G C A A G I A T A G I C C G A G C A C G (G) G I T G T (T) T G D A C T T T C C T G G G I G G G C G G I I G C G G C G C C A A G G C T C A G G G C G C T A G I A T A G I C C G A G C A C G 0 D039 C G I T G T T T T D A T T T T T C T G G G I G G G C G G I I C C G A C G C C A A G G C G C A G C A C G C A G G I A T A G [D] T C A [G] G T A C G C G I C T C C T G I A T T C G T C T G G G I A G G C G A I I G C G G C T C C A A G T C T G A A C A C G C A A G I A T A G I C C G A G C G T G 0 D040 C G I T G T C T G D A T T T G C C T G G T I G G G C G G I I G C G G C G C C A A G T C G C A G C G C G C A A G I A T A [G] I C C G A G C A C A C G I T T T C T T D A T A T T T C T G G G I G G G C G G I I C C G A C G C C A A G G C G C A G C A C G C A G G I A T A G [D] T C A [G] G T A C G 0 E001 (C) G (I) (T) G T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G (G) G (D) (C) G T T C G D A T T C T C C C G G G I G G A C A A D I G T G G C T C C G A G T T T C T G C G C G C A A G I A G A G D C C G A G C A C G 0 E002 (C) G (I) (T) G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G (G) G (D) (C) G T T C G D A T T C T C C C G G G I G G A C A A D I G T G G C T C C G A G T T T C T G C G C G C A A G I A G A G D C C G A G C A C G 0 E003 C G I T (G) T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G T C T C T G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C G [G] G I T (T) T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C G T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 E004 (G) (G) I T T T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G (C) (A) I T G T T C G D A T T C T C C C G G G I G G A C A A D I G T G G C T C C G A G T T T C T G C G C G C A A G I A G A G D C C G A G C A C G 0 E005 C G I T G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G I T G T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A 0 E006 C (G) (I) T G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I (A) T A G I C C A A G C A C G C (A) (D) T G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I (G) T A G I C C A A G C A C G 0 E007 C G I T T T C C G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G [G] [A] I T G T T C G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E008 C G I T (G) T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A [G] G I T (T) T [T] T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E009 C G I T G T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C G C G I T G T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C G 0 E010 C G I T G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G I T T T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 E011 C G (I) (T) G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G [G] G (D) (C) G T T C G D A T T C T C C C G G G I G G A C A A D I G T G G C T C C G A G T T T C T G C G C G C A A G I A G A G D C C G A G C A C G 0 E012 C G I T (T) T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G I T (G) T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A 0 E013 C G I T T T C C G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G D C G T C T G D A T A [C] G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G 0 E014 G G I T (G) T (C) T G D T T A C (G) (C) (C) T (G) G T D G G (G) G G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G G G I T (T) T (T) T G D T T A C (T) (T) (T) T (A) G T D G G (A) G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E015 C G I T (G) T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A [G] G I T (T) T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E016 [C] G (I) (T) G T [T] T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G [G] G (D) (C) G T T C G D A T T C T C C C G G G I G G A C A A D I G T G G C T C C G A G T T T C T G C G C G C A A G I A G A G D C C G A G C A C G 0 E017 (C) G I T T T (C) T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G (G) G I T T T (T) T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E018 (C) G I C G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G (G) A I T G T T C G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E019 C G I C T T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G G G I T T T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E020 C G I T (G) T C T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G G G I T (T) T T T G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E021 C G (I) (T) G T C T G D A T T T T C C T G G [T] I [G] G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G C G (D) (C) G T C T G D A T A C G C C T G A [G] I [A] G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C A 0 E022 (C) (G) I T (T) T (C) (T) G D A T T C T C C C G G G I G G A C A A D I G T G G C T C C G A G T T T C T G C G C G C A A G I A G A G D C C G A G C A C G (G) (A) I T (G) T (T) (C) G D T T A C T T T T A G T D G G A G G A I I G C G G C T T C A A G T C T C T G G G C A T A G G D G T G G I C T G A G C A C G 0 E023 C G I (T) G T C T G D A T T T T C C T G G G I A G G C G A I I G C G G C G C C A A G T C T C A G C G T G C A A G I A T A A I C C G A G C A C [A] C G I (C) G T C T G D A T A C G C C T G A T I G G G C G G I D G C A G C T T C A A G G C G C A G C G C G C A A A I A T A G I C C A A G C A C G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = G = T = ? ? = C T T T = = = = ? G = A A = = = ? = I = = ? = = G = ? ? = = T = T = = = = = = = = T = ? = ? ? ? = = = = G = = = = = ? = = = = T = C = ? ? = T A C G = = = = ? T = G G = = = ? = D = = ? = = T = ? ? = = G = G = = = = = = = = A = ? = ? ? ? = = = = A = = = = = ? 0 D002 = = = = (G) = = = = = = = A C G = = = = A T = G = = = = G = D = = A = = T ? ? ? = = G = G = = = = ? ? ? ? = = A = = = = G = = = A = = = = = G = = = = (T) = = = = = = = T T T = = = = G G = A = = = = A = I = = G = = G ? ? ? = = T = T = = = = ? ? ? ? = = G = = = = A = = = G = = = = = A 0 D003 = = = = (G) = = = = = = = = C T = = = = G = = = = A = = A = = = T = = T T = = = = = = T T = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = G = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = T G = = = = A = = = = G = = G = = = C = = C G = = = = = = C G = A = = = = = = = = = = = = = = = C = = A = = = = = 0 D004 = = = = = = C = = = = T = C = = = = = = = = G G A = = = = = = T = = = T = = = = = = T = = T = = = = = = A = = = = = = = = T = = G = = = = = = = = = = = T = = = = C = T = = = = = = = = A A G = = = = = = C = = = G = = = = = = C = = A = = = = = = T = = = = = = = = C = = A = = = = = 0 D005 = = = = G = = = = = = = = T = = = = = ? T = G = = = = G = = = = = = = = = T = G C T = = = = ? G = = = = = = G = = = = = = = = G = A = = = = = = = = T = = = = = = = = C = = = = = ? G = A = = = = A = = = = = = = = = C = A G G = = = = ? C = = = = = = A = = = = = = = = A = G = = = = 0 D006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = A 0 D007 = = (I) = T = = = = = = = T = = = = = = G G = A = = = = = = I = ? G = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = (D) = G = = = = = = = A = = = = = = A T = G = = = = = = D = ? A = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 D008 = = = = = = C = = I = T = C G T = = = ? = = = G = = = ? = = = ? ? = = T = = = = = = = = = = ? = A = = = A = = = = = = = = = = = = = = = T ? = = = = = = T = = D = C = T T C = = = ? = = = A = = = ? = = = ? ? = = G = = = = = = = = = = ? = G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = C ? 0 D009 = = = = G = = = ? ? = = = C = C = = = = = = = = A = = A = = = T = G T T = = = = = T T T = T = = G = = = = A = = = = = ? ? ? ? ? ? ? C = = ? = = = = T = = = ? ? = = = T = T = = = = = = = = G = = G = = = C = A C G = = = = = G C G = A = = A = = = = G = = = = = ? ? ? ? ? ? ? T = = ? 0 D010 = = = = = = = = = = = = = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G = = = ? ? ? ? ? = = A = = = = G = = = A = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = = = ? ? ? ? ? = = G = = = = A = = = G = = = = = A 0 D011 = = = T G = C = ? ? A = T = = = ? = G = G I = = G C = ? ? ? ? ? ? = = = C = = G = G = G = = = = = = G C = A = I A = A = = = C = = = = = = = = = = C T = T = ? ? T = A = = = ? = A = T D = = A G = ? ? ? ? ? ? = = = T = = A = T = T = = = = = = A T = G = D G = G = = = T = = = = = = = 0 D012 C = = C = C C = = I A = T ? G = C = G = G I A = G C = = = = = = = = = = C = = = = = = = G A A C A = G C = A = I ? ? ? = = = C = = = = G T = G = = T = T T = = D T = A ? T = T = A = T D G = A G = = = = = = = = = = T = = = = = = = C T G G G = A T = G = D ? ? ? = = = T = = = = A C = 0 D013 = = I T T = = = T = = = A ? T T = = = G G = = = = = = = = I C = ? A ? ? C = = = = = = = = = = = A = = = = G G = = = = ? ? ? ? ? ? ? T = = ? = = D C G = = = G = = = T ? G C = = = A T = = = = = = = = D G = ? G ? ? T = = = = = = = = = = = G = = = = A A = = = = ? ? ? ? ? ? ? C = = ? 0 D014 (C) = = = G = = C = = = = T = T = = C = G G = = = A = A ? D ? ? ? ? = = = C = G = = T T T = T = = = = = = = = G = = G = = D = = G = = = = = = (G) = = = T = = T = = = = A = G = = T = A T = = = G = G ? I ? ? ? ? = = = T = A = = G C G = A = = = = = = = = A = = T = = I = = A = = = = = = 0 D015 = = ? ? ? ? = = (G) = = = (T) = = = = = = = G = A = = = = A = I = = ? = = G ? ? ? A = T = T = A = = = T = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = A = = ? ? ? ? = = (T) = = = (A) = = = = = = = T = G = = = = G = D = = ? = = T ? ? ? G = G = G = T = = = C = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = G 0 D016 (C) = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D033 = = = = (G) (T) ? ? = = = T = = G = = = = = T = = = = = = = = = = T ? = T T = = = = = T T = = T = C = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = (T) (C) ? ? = = = C = = T = = = = = G = = = = = = = = = = C ? = C G = = = = = G C = = A = G = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = = = 0 D034 = = = = (G) (T) = = = = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = I = = G = ? ? C T = G C T = = = = = G = = = = = = G = = = = = = = = G = A = = = = = = = = (T) (C) = = = = = = A C = = = = = = = = = = = = = = = D = = A = ? ? T C = A G G = = = = = C = = = = = = A = = = = = = = = A = G = = = = 0 D035 = = = = = T = = = D = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = G = G C = G = G = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = A = = = A C = = = = = = C = = = I = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = T = = = = = T = T G = A = A = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = G = = = G T = 0 D036 = = (I) (T) = = = = = = = = T (T) T = = = = G G = = = A = = A = I = T G = = = C = = = = T T T = T = = = = = = = = G = = = = = D = = G = = = = = = = = (D) (C) = = = = = = = = A (C) G = = = = A T = = = G = = G = D = C A = = = T = = = = G C G = A = = = = = = = = A = = = = = I = = A = = = = = = 0 D037 C = = = (G) = C = = = A = T T G C C = G A G I = = G C = G = = = = = = = G C = = = = = = G = A = C = = G C = A = I ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = G = = = (T) = T = = = T = A C T T T = A G T D = = A G = A = = = = = = = T T = = = = = = T = T = G = = A T = G = D ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = 0 D038 (C) = = = = = (C) = ? ? = T = ? G = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = T = G C T = G = = = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = (T) = ? ? = C = ? T = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = C = A G G = T = = = G = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D039 = = = T G T T = T D = = = T ? ? ? ? ? = = = G = = = = G = = C = = A = G = = = = = G = G C = G = = = = = = G = = = = = ? ? ? ? ? ? ? T A C = = = = C T C C = G I = = = C ? ? ? ? ? = = = A = = = = A = = G = = G = T = = = = = T = T G = A = = = = = = A = = = = = ? ? ? ? ? ? ? C G T = 0 D040 ? ? = = G = = = G = = = ? = G C = = = = T = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = T = = = = = = G = = = = A = = = = = ? ? ? ? ? ? ? C = = A ? ? = = T = = = T = = = ? = T T = = = = G = = = = = = = = = C = = A = = = = = = = G = = = = = = A = = = = G = = = = = ? ? ? ? ? ? ? T = = G 0 E001 (C) = (I) (T) = = = T = = T = A = = T T T A = ? ? ? ? ? ? ? = I ? = C = = = = T = A = = = C = = = = G = = A T = G = D ? T G = I = T = = = = = = = (G) = (D) (C) = = = C = = A = T = = C C C G = ? ? ? ? ? ? ? = D ? = T = = = = C = G = = = T = = = = C = = G C = A = I ? G A = D = C = = = = = = = 0 E002 (C) = (I) (T) = = C T = = = = A ? G = = T = A T = = = G = G ? I ? ? ? ? = = = T = A = = G C G = A = = = = = = = = A = = T = = I = = A = = = = = = (G) = (D) (C) = = T C = = = = T ? T = = C = G G = = = A = A ? D ? ? ? ? = = = C = G = = T T T = T = = = = = = = = G = = G = = D = = G = = = = = = 0 E003 ? ? = = (G) = C = = = A = = = G C C = G ? = I = = G C = G = D = = A = = T = = = = = T = T = T = = = T = = = ? ? ? ? ? ? A = = = G = = = = = = ? ? = = (T) = T = = = T = = = T T T = A ? = D = = A G = A = I = = G = = G = = = = = G = G = A = = = C = = = ? ? ? ? ? ? G = = = A = = = = = = 0 E004 (G) (G) = = T = = T = = T = A = = T T T A = T D = = = G G ? I ? ? ? ? = = = T = A = = = C = = = = G = = A T = G = D G T G = I = T = = = = = = = (C) (A) = = G = = C = = A = T = = C C C G = G I = = = C A ? D ? ? ? ? = = = C = G = = = T = = = = C = = G C = A = I A G A = D = C = = = = = = = 0 E005 ? ? = = = = = = = = = = A C G = = = = A T = G = = = = G = D = = A = = T T = = = = G ? G = = = = = C = = = = A = = = = G = = = A = = = = = G ? ? = = = = = = = = = = T T T = = = = G G = A = = = = A = I = = G = = G C = = = = T ? T = = = = = T = = = = G = = = = A = = = G = = = = = A 0 E006 = (G) (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = ? ? ? = = = = = (A) (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = ? ? ? = = = = 0 E007 ? ? = = T = C = = = A = = = G C C = G A = I = = G C = G = D = = A = = = = = = = = G = G = A = C = = G C = A A I A = A ? ? ? ? ? ? ? = = = = ? ? = = G = T = = = T = = = T T T = A G = D = = A G = A = I = = G = = = = = = = = T = T = T = G = = A T = G G D G = G ? ? ? ? ? ? ? = = = = 0 E008 ? ? = = (G) = ? ? = = A = ? T = C C = G = G I A = G C = = = = = = = = = G C = = = = = = = = A = ? ? ? ? ? = A = I A = A A = = C = = = = = = A ? ? = = (T) = ? ? = = T = ? C = T T = A = T D G = A G = = = = = = = = = T T = = = = = = = = T = ? ? ? ? ? = G = D G = G G = = T = = = = = = G 0 E009 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 0 E011 ? ? (I) (T) = = C T = = = = A = G = = T = A T = = = G = G ? I ? ? ? ? = = = T = A = = G C G = A = = = = = = = = A = = T = = I = = A = = = = = = ? ? (D) (C) = = T C = = = = T = T = = C = G G = = = A = A ? D ? ? ? ? = = = C = G = = T T T = T = = = = = = = = G = = G = = D = = G = = = = = = 0 E012 ? ? = = (T) = ? ? = = = = A C G = = = = A T = G = = = = G = D = = A = = T T = = ? ? ? = G = = = = = C = = = = A = = = = G = = = A = = = = = ? ? ? = = (G) = ? ? = = = = T T T = = = = G G = A = = = = A = I = = G = = G C = = ? ? ? = T = = = = = T = = = = G = = = = A = = = G = = = = = ? 0 E013 ? ? I T T = = C = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? D C G = = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = (G) = (C) = = = = = = = (G) (C) (C) = (G) = = = = = (G) = = G = D = = A = = = = = = = = G = G = A = C = = G C = A A I A = A = = = C A = = = = = = = = = = (T) = (T) = = = = = = = (T) (T) (T) = (A) = = = = = (A) = = A = I = = G = = = = = = = = T = T = T = G = = A T = G G D G = G = = = T G = = = = = = 0 E015 ? ? = = (G) = C = = = A = T T = C C = G = G I A = G C = = = = = = = = = G C = = = = = = = = A = C = T G C = A = I A = A A = = C = = = = = = A ? ? = = (T) = T = = = T = A C = T T = A = T D G = A G = = = = = = = = = T T = = = = = = = = T = G = C A T = G = D G = G G = = T = = = = = = G 0 E016 ? ? (I) (T) = = ? ? = = T = ? = = T T T A = ? ? = = = G G ? I ? ? ? ? = = = T = A = = = C = = = = G = = A T = G = D G T G ? ? ? T = = = = = = ? ? ? (D) (C) = = ? ? = = A = ? = = C C C G = ? ? = = = C A ? D ? ? ? ? = = = C = G = = = T = = = = C = = G C = A = I A G A ? ? ? C = = = = = = ? 0 E017 (C) = = = = = (C) = = = A = = = G C C = G A = I = = G C = G = D = = A = = = = = = = = G = G = A = C = = G C = A A I ? ? ? = = = C A = = = = = = (G) = = = = = (T) = = = T = = = T T T = A G = D = = A G = A = I = = G = = = = = = = = T = T = T = G = = A T = G G D ? ? ? = = = T G = = = = = = 0 E018 (C) G = C = = C T = = A = = = G C C = G A = I = = G C = G = D = = ? = = = ? ? ? = = G = G = A = C = = G C = A A I A = A = = = C A = = = = = = (G) A = T = = T C = = T = = = T T T = A G = D = = A G = A = I = = ? = = = ? ? ? = = T = T = T = G = = A T = G G D G = G = = = T G = = = = = = 0 E019 C = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 C = = = (G) = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? G = = = (T) = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? 0 E021 = = (I) (T) = = = = = = = = T T T = = = = G ? ? ? ? ? ? ? G = D = = A = = T T = = = = G ? ? ? ? = = = C = = = = A = = = = G = = = A = = = = = G = = (D) (C) = = = = = = = = A C G = = = = A ? ? ? ? ? ? ? A = I = = G = = G C = = = = T ? ? ? ? = = = T = = = = G = = = = A = = = G = = = = = A 0 E022 (C) (G) = = (T) = (C) (T) = = A = T = = C C C G = G I = = = C A ? D ? ? ? ? = = = C = G = = = T = = = = C = = G C = A = I A G A = D = C = = = = = = = (G) (A) = = (G) = (T) (C) = = T = A = = T T T A = T D = = = G G ? I ? ? ? ? = = = T = A = = = C = = = = G = = A T = G = D G T G = I = T = = = = = = = 0 E023 = = = (T) = = ? ? = = = = ? T T = = = = G G = A = = = = A = I = = G = ? ? C = = = = T = T = = = = = T = = = = G = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? = = = (C) = = ? ? = = = = ? C G = = = = A T = G = = = = G = D = = A = ? ? T = = = = G = G = = = = = C = = = = A = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = 0.98 = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = = ? = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? = ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = 0.61 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 0.69 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = 0.71 = 0.96 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = = 1.00 = = = ? = = = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = 0.94 = = = ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 0.94 0.96 = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 0.97 = = 0.97 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = ? 0.86 = = = 0.94 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? = = 0.79 = = = 0.79 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 0.80 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.60 0.61 ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 0.95 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.72 0.68 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 0.99 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 0.84 0.84 = = = = = = = = 0.91 0.55 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 0.94 = = = 0.57 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = 0.60 = = = = = 0.83 = ? ? = 1.00 = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 0.90 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 0.66 = 0.83 0.83 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 0.73 = 0.75 0.75 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? = = 0.79 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 0.54 0.74 = = 0.95 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 0.99 = 0.78 0.72 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.82 = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = = = = ? ? = = 0.50 = ? ? = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = ? ? 0.73 0.73 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? = = 0.58 = ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? ? 0.95 0.95 1.00 = = 0.98 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.59 = 0.60 = = = = = = = 0.82 0.82 0.82 = 0.82 = = = = = 0.90 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? = = 0.63 = 0.99 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? ? 0.81 0.81 = = ? ? = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = = = = = = ? 0.88 = = = = = 0.89 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = 0.88 0.92 = 0.91 = = 0.97 0.97 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = = = ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 0.97 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = 0.85 = 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 0.70 0.70 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 0.70 0.57 = = 0.57 = 0.55 0.55 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 0.86 = = ? ? = = = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? END PHASEPROBS