Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000209 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000258 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000657 G 0.11 0.36 0.20 C 0.89 0.64 0.80 0.19 0.46 0.32 000780 A 0.00 0.14 0.05 G 1.00 0.86 0.95 0.00 0.24 0.10 000800 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 001009 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 001431 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 001472 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001581 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001842 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002142 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002287 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003040 - 0.07 0.15 0.11 + 0.93 0.85 0.89 0.12 0.26 0.19 003041 C 0.11 0.20 0.15 T 0.89 0.80 0.85 0.19 0.31 0.26 003128 T 0.50 0.33 0.41 G 0.50 0.67 0.59 0.50 0.44 0.48 003134 C 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 003290 T 0.26 0.42 0.33 C 0.74 0.58 0.67 0.39 0.49 0.44 003338 C 0.02 0.24 0.12 T 0.98 0.76 0.88 0.04 0.36 0.21 003863 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003930 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 004100 + 0.10 0.00 0.05 - 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 004844 T 0.10 0.35 0.22 A 0.90 0.65 0.78 0.19 0.45 0.35 004871 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004921 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 005000 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005337 A 0.28 0.72 0.49 T 0.72 0.28 0.51 0.41 0.40 0.50 006157 T 0.48 0.19 0.33 C 0.52 0.81 0.67 0.50 0.31 0.44 006587 G 0.46 0.37 0.41 T 0.54 0.63 0.59 0.50 0.47 0.48 006630 T 0.26 0.33 0.29 C 0.74 0.67 0.71 0.39 0.44 0.41 006812 T 0.09 0.33 0.21 C 0.91 0.67 0.79 0.17 0.44 0.33 007132 C 0.02 0.13 0.08 T 0.98 0.87 0.92 0.04 0.23 0.14 007196 A 0.11 0.33 0.22 G 0.89 0.67 0.78 0.19 0.44 0.34 007751 A 0.24 0.38 0.30 G 0.76 0.62 0.70 0.36 0.47 0.42 008543 G 0.62 0.28 0.47 T 0.38 0.72 0.53 0.47 0.40 0.50 008566 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008607 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008623 - 0.10 0.35 0.22 + 0.90 0.65 0.78 0.19 0.45 0.34 008772 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 008840 A 0.33 0.17 0.26 G 0.67 0.83 0.74 0.44 0.28 0.38 008854 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008976 A 0.21 0.45 0.32 G 0.79 0.55 0.68 0.33 0.50 0.44 009060 G 0.10 0.36 0.22 C 0.90 0.64 0.78 0.19 0.46 0.35 009189 A 0.02 0.12 0.07 G 0.98 0.88 0.93 0.04 0.21 0.12 009395 G 0.50 0.42 0.46 A 0.50 0.58 0.54 0.50 0.49 0.50 009598 - 0.02 0.13 0.08 + 0.98 0.87 0.92 0.04 0.23 0.14 009734 - 0.16 0.44 0.28 + 0.84 0.56 0.72 0.27 0.49 0.40 009801 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009923 C 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 010050 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 010397 T 0.12 0.03 0.08 C 0.88 0.97 0.92 0.22 0.06 0.15 010398 A 0.12 0.41 0.27 G 0.88 0.59 0.73 0.22 0.48 0.40 010699 G 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 011146 C 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 011492 G 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 011765 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011880 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 012025 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012647 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012712 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 012814 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012884 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012960 G 0.50 0.18 0.34 T 0.50 0.82 0.66 0.50 0.30 0.45 013109 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013405 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013535 T 0.23 0.68 0.45 C 0.77 0.32 0.55 0.35 0.43 0.50 013536 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 013724 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013805 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 013868 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 014079 G 0.02 0.14 0.08 A 0.98 0.86 0.92 0.05 0.24 0.15 014345 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 014348 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014539 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014792 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014815 G 0.40 0.36 0.38 T 0.60 0.64 0.62 0.48 0.46 0.47 015270 T 0.12 0.14 0.13 C 0.88 0.86 0.87 0.22 0.24 0.23 015511 G 0.48 0.36 0.42 T 0.52 0.64 0.58 0.50 0.46 0.49 015524 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 015635 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015676 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015802 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015833 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015844 T 0.27 0.48 0.37 A 0.73 0.52 0.63 0.39 0.50 0.47 015909 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 015954 G 0.22 0.30 0.26 C 0.78 0.70 0.74 0.34 0.42 0.38 016306 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016463 A 0.18 0.00 0.09 G 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.17 016614 T 0.05 0.19 0.12 C 0.95 0.81 0.88 0.09 0.31 0.21 016783 A 0.11 0.31 0.21 G 0.89 0.69 0.79 0.20 0.43 0.33 016800 T 0.11 0.31 0.21 C 0.89 0.69 0.79 0.20 0.43 0.33 016874 T 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016953 G 0.20 0.32 0.26 A 0.80 0.68 0.74 0.31 0.43 0.38 017082 A 0.20 0.36 0.28 G 0.80 0.64 0.72 0.33 0.46 0.41 017139 - 0.11 0.32 0.21 + 0.89 0.68 0.79 0.19 0.43 0.33 017343 G 0.07 0.33 0.20 A 0.93 0.68 0.80 0.14 0.44 0.32 017382 G 0.03 0.14 0.09 T 0.97 0.86 0.91 0.05 0.24 0.16 017392 G 0.07 0.31 0.20 A 0.93 0.69 0.80 0.14 0.43 0.31 017893 A 0.06 0.21 0.14 G 0.94 0.79 0.86 0.11 0.33 0.24 017983 - 0.06 0.13 0.10 + 0.94 0.87 0.90 0.11 0.23 0.18 017995 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 018143 - 0.00 0.03 0.01 + 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 018144 T 0.11 0.33 0.22 C 0.89 0.68 0.78 0.20 0.44 0.35 018236 A 0.26 0.29 0.28 G 0.74 0.71 0.72 0.39 0.41 0.40 018420 G 0.05 0.00 0.03 A 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 018440 A 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 018763 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 018804 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 018948 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 018950 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 019103 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019199 A 0.13 0.11 0.12 G 0.87 0.89 0.88 0.23 0.19 0.21 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002287: GGGGC 003040: ctgggt 004100: AGGTC 008623: CTTCCTTC 009598: GA 009734: CC 012025: T 012884: TCCT 017139: ga 017983: GAAGCCACAGTCCATTCATTGTAGGGAGTATGGACCAG 018143: C