Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000127 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 000198 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 000221 CC 16 20 36 CT 8 3 11 TT 0 0 0 0.960 0.112 0.826 000223 AA 0 0 0 AG 8 0 8 GG 16 23 39 0.960 0.000 0.407 000614 AA 17 10 27 AG 7 8 15 GG 0 5 5 0.700 1.675 1.567 000731 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 000860 AA 21 23 44 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.107 0.000 0.051 001365 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 001514 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001691 CC 0 0 0 CT 3 1 4 TT 21 22 43 0.107 0.011 0.093 001880 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002066 CC 22 19 41 CT 2 4 6 TT 0 0 0 0.045 0.209 0.218 002418 CC 18 23 41 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 002631 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003185 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 003280 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003413 CC 23 11 34 CT 1 7 8 TT 0 5 5 0.011 2.767 9.530 003455 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 003714 CC 22 19 41 CG 1 3 4 GG 0 0 0 0.011 0.118 0.097 003776 AA 14 22 36 AG 9 0 9 GG 0 0 0 1.361 0.000 0.556 003795 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 003807 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003856 CC 20 22 42 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.054 003858 CC 16 10 26 CT 6 7 13 TT 1 5 6 0.195 2.381 3.528 003877 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 003907 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 004464 CC 10 20 30 CT 13 3 16 TT 1 0 1 1.630 0.112 0.465 004586 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004913 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 005091 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 005156 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 005278 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 005547 CC 9 4 13 CT 11 13 24 TT 4 4 8 0.042 1.190 0.288 005770 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 005845 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 005953 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 006023 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 006078 AA 0 3 3 AG 1 11 12 GG 22 9 31 0.011 0.016 1.348 006105 AA 22 10 32 AT 1 10 11 TT 0 3 3 0.011 0.040 1.957 006413 -- 0 3 3 +- 5 11 16 ++ 19 9 28 0.324 0.016 0.120 006505 GG 23 9 32 GT 1 11 12 TT 0 3 3 0.011 0.016 1.447 006659 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006926 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 007214 AA 12 20 32 AG 12 3 15 GG 0 0 0 2.667 0.112 1.694 007412 -- 5 4 9 +- 11 15 26 ++ 8 4 12 0.114 2.130 0.578 007452 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 007550 CC 0 3 3 CT 5 11 16 TT 19 9 28 0.324 0.016 0.120 007664 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007792 CC 19 23 42 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 007857 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008166 -- 22 23 45 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.045 0.000 0.022 009374 CC 0 0 0 CT 4 2 6 TT 20 20 40 0.198 0.050 0.224 009655 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 009717 CC 23 20 43 CT 1 3 4 TT 0 0 0 0.011 0.112 0.093 009775 * 009943 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 010019 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 012365 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 012581 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 012588 -- 9 0 9 +- 10 6 16 ++ 5 17 22 0.490 0.517 3.245 012597 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 17 37 0.012 0.000 0.007 013215 CC 2 3 5 CG 10 13 23 GG 12 4 16 0.002 1.839 0.583 013244 CC 24 19 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.013 0.006 015978 -- 0 3 3 +- 1 10 11 ++ 22 9 31 0.011 0.007 1.841 016228 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 22 42 0.112 0.000 0.054 016231 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 23 19 42 0.000 0.118 0.054 016304 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 016387 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016468 CC 23 9 32 CG 1 11 12 GG 0 3 3 0.011 0.016 1.447 016494 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 016496 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 016694 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 016920 GG 23 9 32 GT 1 11 12 TT 0 3 3 0.011 0.016 1.447 016936 CC 12 20 32 CT 12 3 15 TT 0 0 0 2.667 0.112 1.694 017083 CC 20 20 40 CT 4 3 7 TT 0 0 0 0.198 0.112 0.304 017169 CC 0 3 3 CT 1 11 12 TT 23 9 32 0.011 0.016 1.447 017248 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 017609 CC 23 9 32 CG 1 11 12 GG 0 3 3 0.011 0.016 1.447 017672 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017739 CC 0 3 3 CT 1 11 12 TT 23 9 32 0.011 0.016 1.447 018131 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 018150 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018270 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 22 20 42 0.045 0.112 0.148 018374 CC 0 3 3 CG 1 10 11 GG 23 10 33 0.011 0.040 2.074 018479 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 018623 AA 10 4 14 AT 11 15 26 TT 3 4 7 0.000 2.130 0.813 018718 CC 0 0 0 CG 12 3 15 GG 12 20 32 2.667 0.112 1.694 018983 AA 12 4 16 AG 9 15 24 GG 2 4 6 0.028 2.130 0.417 019069 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 019214 CC 0 3 3 CG 1 10 11 GG 23 10 33 0.011 0.040 2.074 019351 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 019498 CC 0 0 0 CT 12 3 15 TT 12 19 31 2.667 0.118 1.746 019729 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019761 AA 23 10 33 AG 1 10 11 GG 0 3 3 0.011 0.040 2.074 019923 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 019925 AA 2 4 6 AG 10 15 25 GG 12 4 16 0.002 2.130 0.614 019961 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019994 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 020016 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 020038 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 020175 CC 1 0 1 CT 3 0 3 TT 20 23 43 2.617 0.000 6.306 020224 CC 24 18 42 CG 0 5 5 GG 0 0 0 0.000 0.342 0.148 020342 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 020818 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021201 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 021248 -- 21 23 44 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.107 0.000 0.051 021505 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 22 46 0.000 0.011 0.005 021576 AA 12 20 32 AG 12 3 15 GG 0 0 0 2.667 0.112 1.694 021663 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021834 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 021895 AA 12 19 31 AG 12 3 15 GG 0 0 0 2.667 0.118 1.746 022335 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 022821 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 023029 CC 13 4 17 CT 10 15 25 TT 1 4 5 0.296 2.130 0.895 023220 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 23 20 43 0.000 0.050 0.023 023227 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 023283 CC 14 11 25 CG 7 11 18 GG 2 0 2 0.616 2.444 0.309 023528 CC 23 22 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023636 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 023951 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 024254 AA 23 20 43 AC 1 3 4 CC 0 0 0 0.011 0.112 0.093 024328 AA 22 19 41 AT 2 4 6 TT 0 0 0 0.045 0.209 0.218 024558 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 024836 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 025038 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 025045 AA 0 0 0 AT 7 0 7 TT 17 23 40 0.700 0.000 0.304 025159 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 025160 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 16 23 39 0.741 0.000 0.312 025165 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 025395 CC 11 20 31 CT 11 3 14 TT 1 0 1 0.741 0.112 0.161 025504 AA 8 9 17 AG 13 13 26 GG 3 1 4 0.421 1.882 1.843 025646 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 025659 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 025878 AA 23 9 32 AG 1 11 12 GG 0 3 3 0.011 0.016 1.447 025891 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 026166 GG 11 7 18 GT 12 12 24 TT 1 3 4 1.059 0.362 1.035 026259 CC 23 22 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 027609 CC 0 0 0 CT 7 3 10 TT 17 20 37 0.700 0.112 0.666 028391 CC 17 20 37 CT 6 3 9 TT 0 0 0 0.517 0.112 0.541 028411 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 028979 CC 16 20 36 CT 7 3 10 TT 0 0 0 0.741 0.112 0.684 029119 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 029130 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 029164 CC 22 10 32 CG 1 9 10 GG 0 4 4 0.011 0.591 4.401 029439 CC 23 20 43 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.052 029473 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 030344 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 030392 GG 18 23 41 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.055 030459 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 030461 CC 0 0 0 CG 0 6 6 GG 23 17 40 0.000 0.517 0.224 030527 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 032011 CC 18 20 38 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.007 032201 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 20 39 0.013 0.000 0.006 032251 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 20 39 0.013 0.000 0.006 033510 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 033555 CC 1 3 4 CT 14 10 24 TT 8 10 18 2.685 0.040 1.035 033775 CC 0 3 3 CG 1 7 8 GG 23 13 36 0.011 1.431 5.074 034001 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 034076 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 034129 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 21 43 0.045 0.000 0.023 034150 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 21 43 0.045 0.000 0.023 034616 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 034875 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 035430 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 035786 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 035861 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 035967 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 036073 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 036088 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 036282 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 036371 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 036487 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 036954 AA 22 23 45 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 037016 CC 10 20 30 CT 13 3 16 TT 1 0 1 1.630 0.112 0.465 037130 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 037735 CC 0 0 0 CT 0 3 3 TT 24 20 44 0.000 0.112 0.051 038119 AA 0 0 0 AC 0 6 6 CC 24 17 41 0.000 0.517 0.218 038241 AA 4 0 4 AG 10 7 17 GG 10 16 26 0.296 0.741 0.255 038313 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 038332 CC 1 3 4 CG 12 14 26 GG 11 6 17 1.059 1.308 1.843 038365 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 038726 AA 0 3 3 AC 1 6 7 CC 22 13 35 0.011 2.148 6.181 038926 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 039121 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 20 44 0.000 0.050 0.023 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006413: t 007412: A 008166: C 012588: g 015978: tcagtgtgg 021248: a 021505: t Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 009775 AA 1 0 1 009775 AC 6 0 6 009775 AG 0 0 0 009775 CC 16 23 39 009775 CG 1 0 1 009775 GG 0 0 0