************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ance2.phase.inp ance2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ance2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ance2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ance2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ance2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 76 Positions of loci: 176 527 1501 1631 1846 1848 2173 2179 2343 2608 3113 4456 4967 5245 5765 7459 9412 9570 10966 11419 11532 13203 14066 14317 15053 16854 18199 18223 18575 18644 18931 19174 19227 19703 20023 20209 20988 21898 22087 22354 22413 22879 23320 23775 24013 24231 24460 24888 25506 28203 28207 29120 29735 29807 30202 30306 30899 31657 31949 32424 32604 32964 33480 35227 35508 35640 35824 36024 36139 36962 37071 37138 37142 37165 37181 37319 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ance2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GGGTGTTGTGGCGITDAGACAGGCTCGCTAATAGICGCATGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGAGCTCGAAAG 1.000000 2 GGGTGTTGTGGCGITDAGACAGGCTCGCTAATAGICGCATGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGAGCTCAAAAG 12.000000 3 GGGTGTTGTGGCGITDAGACAGGCTCGCTAATAGICGCATGAAIGAGATTGGCAGTAGAGCGTTTGAGCCCGAAAA 1.000000 4 GGGTGTTGTGGCGITDAGACAGGCTCGCCAATAGICGCATGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGAGCTCAAAAG 7.000000 5 GGGTGTTGTGGCGITDAGACAGACTCGTTAATAGICGCATAAAIGAGATTGGTGGTGGACCGCTTGAGCTCGGGGG 4.000000 6 GGGTGTTGCGGCAITDAAACAGGCTCGCTAGTAGICGCATGAAIACGATTGGCAGTAGAGAGCCTAAGCTCGGGGG 3.000000 7 GGGTGTTGCGGCAITDAGACAGGCTCGCTAGTAGICGCATGAAIACGATTGCCAGTACAGCACTTGAGCTCAAAAG 2.000000 8 GGGTGTTGCGGCAITIAGACAGGCTCGCTAGTAGICGCATGAAIACGATTGCCAGTACAGCACTTGACCTCGAAAG 2.000000 9 GGGTGCTGTGGCGITDAAACAAGCTGGCTAATAGICGCATGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGACCTCGAAAG 5.000000 10 GGGTGCTGTGGCGITDAAACAGGCTGGCTAATAGICGCATGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGACCTCGAAAG 14.000000 11 GGGTGCTGTGGCGITDAAACAGGCTGGCTAATAGICGCATGAAIGAGCATGGCACTAGAGCGCTTGAGCTCGGGGG 1.000000 12 GGGTGCTGTGGCGITDAAACAGGTTGGCTAATAGICGCATGAGIGACATTGGCAGTAGGGCGTTTGGGTTCGAAAG 1.000000 13 GGGTATCGTGGCGITDAAACAGGCTGGCTAATAGICGCATGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGACCTCGAAAG 3.000000 14 GGGTATCGTGGCGITDAGACAGGCTCGCTAATAGICGCATGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGAGCTCAAAAG 8.000000 15 GGGTATCGTGGCGITDAGACAGGCTCGCTAATAGICGTGTGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGAGCTCAAAAG 1.000000 16 GGGTATCGTGATGDCIAGGAGGGCCCACTCAAGTDCGTGTGTADGAGATTGCCAGTACAGCACTTGAGCTCAAAAG 2.000000 17 GGGTATCGTGATGDCIAGGAGGGCCCACTCAAGTDCGTGTGTADGAGATTGGCAGTAGAGCGTTTGAGCCCGAAAA 8.000000 18 GGGTATCGTGATGDCIAGGAGGGCCCACTCAAGTDCGTGCGTADGAGATTGCCAGTACAGCACTTGAGCTCAAAAG 4.000000 19 GGGCGTCGCGACGICIGGAAGGGCCCGCTAATAGICGCATGTGIGAGATTGGCACGAGAGCGCTTGAGCTCGGGGG 2.000000 20 GGGCGTCGCAACGICIGGAAAGGCCCACTCAAGGDAGCATGTAIGAGCATGGCACGGGACCGCTTGAGCTCGAAAG 2.000000 21 GGATGTCATAGCGITDAAACAGGTTGGCTAATAGICGCATGAAIGACATTGGCAGTAGGGCGTTTGGGTTCGAAAG 2.000000 22 GGATGTCATAGCGITDAAACAGGTTGGCTAATAGICGCATGAAIGACATAGGCAGTAGGGCGTTTGGGTTCGAAAG 3.000000 23 AAGTATTGTGGCGITDAAACAAGCTGGCTAATAGICGCATGAAIGAGATTGCCAGTACAGCACTTGACCTCGAAAG 2.000000 24 AAGTATCGTGATGDCIAGAAGGGCCCACTCAAGTDCTTGTGTADGAGATTAGCAGTAGAGCGTTCGAGCTTGAAAA 2.000000 25 AAGTATCGTGATGDCIAGAAGGGCCGACTCAAGTDCTTGTGTADGAGATTAGCAGTAGAGCGTTCGAGCTTGAAAA 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (9,9) D002: (7,7) D003: (21,21) D004: (8,8) D005: (9,9) D006: (22,22) D007: (25,25) D008: (6,6) D009: (2,2) D010: (2,11) D011: (23,23) D012: (2,6) D013: (5,24) D014: (2,2) D015: (5,5) D016: (2,22) D033: (5,10) D034: (10,12) D035: (1,20) D036: (2,13) D037: (10,19) D038: (9,10) D039: (20,24) D040: (2,19) E001: (14,14) E002: (14,14) E003: (10,10) E004: (4,4) E005: (4,4) E006: (10,10) E007: (13,13) E008: (10,10) E009: (14,14) E010: (17,17) E011: (18,18) E012: (17,17) E013: (4,17) E014: (4,14) E015: (15,16) E016: (10,17) E017: (2,10) E018: (2,14) E019: (18,18) E020: (3,17) E021: (2,10) E022: (4,16) E023: (10,17) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A A G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A A G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 D002 G G G T G T T G C G G C A I T D A G A C A G G C T C G C T A G T A G I C G C A T G A A I A C G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G T T G C G G C A I T D A G A C A G G C T C G C T A G T A G I C G C A T G A A I A C G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 D003 G G A T G T C A T A G C G I T D A A A C A G G T T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A C A T T G G C A G T A G G G C G T T T G G G T T C G A A A G G G A T G T C A T A G C G I T D A A A C A G G T T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A C A T T G G C A G T A G G G C G T T T G G G T T C G A A A G 0 D004 G G G T G T T G C G G C A I T I A G A C A G G C T C G C T A G T A G I C G C A T G A A I A C G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T G T T G C G G C A I T I A G A C A G G C T C G C T A G T A G I C G C A T G A A I A C G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 D005 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A A G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A A G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 D006 G G A T G T C A T A G C G I T D A A A C A G G T T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A C A T A G G C A G T A G G G C G T T T G G G T T C G A A A G G G A T G T C A T A G C G I T D A A A C A G G T T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A C A T A G G C A G T A G G G C G T T T G G G T T C G A A A G 0 D007 A A G T A T C G T G A T G D C I A G A A G G G C C G A C T C A A G T D C T T G T G T A D G A G A T T A G C A G T A G A G C G T T C G A G C T T G A A A A A A G T A T C G T G A T G D C I A G A A G G G C C G A C T C A A G T D C T T G T G T A D G A G A T T A G C A G T A G A G C G T T C G A G C T T G A A A A 0 D008 G G G T G T T G C G G C A I T D A A A C A G G C T C G C T A G T A G I C G C A T G A A I A C G A T T G G C A G T A G A G A G C C T A A G C T C G G G G G G G G T G T T G C G G C A I T D A A A C A G G C T C G C T A G T A G I C G C A T G A A I A C G A T T G G C A G T A G A G A G C C T A A G C T C G G G G G 0 D009 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 D010 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G C A T G G C A C T A G A G C G C T T G A G C T C G G G G G 0 D011 A A G T A T T G T G G C G I T D A A A C A A G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G A A G T A T T G T G G C G I T D A A A C A A G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 D012 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G T T G C G G C A I T D A A A C A G G C T C G C T A G T A G I C G C A T G A A I A C G A T T G G C A G T A G A G A G C C T A A G C T C G G G G G 0 D013 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G A C T C G T T A A T A G I C G C A T A A A I G A G A T T G G T G G T G G A C C G C T T G A G C T C G G G G G A A G T A T C G T G A T G D C I A G A A G G G C C C A C T C A A G T D C T T G T G T A D G A G A T T A G C A G T A G A G C G T T C G A G C T T G A A A A 0 D014 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 D015 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G A C T C G T T A A T A G I C G C A T A A A I G A G A T T G G T G G T G G A C C G C T T G A G C T C G G G G G G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G A C T C G T T A A T A G I C G C A T A A A I G A G A T T G G T G G T G G A C C G C T T G A G C T C G G G G G 0 D016 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G A T G T C A T A G C G I T D A A A C A G G T T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A C A T A G G C A G T A G G G C G T T T G G G T T C G A A A G 0 D033 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G A C T C G T T A A T A G I C G C A T A A A I G A G A T T G G T G G T G G A C C G C T T G A G C T C G G G G G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 D034 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T G [C] T G T G G C G I T D A A A C A G G T T G G C T A A T A G I C G C A T G A G I G A C A T T G G C A G T A G G G C G T T T G G G T T C G A A A G 0 D035 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C G A A A G G G G C G T C G C A A C G I C I G G A A A G G C C C A C T C A A G G D A G C A T G T A I G A G C A T G G C A C G G G A C C G C T T G A G C T C G A A A G 0 D036 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 D037 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G C G T C G C G A C G I C I G G A A G G G C C C G C T A A T A G I C G C A T G T G I G A G A T T G G C A C G A G A G C G C T T G A G C T C G G G G G 0 D038 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A A G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 D039 G G G C G T C G C A A C G I C I G G A A A G G C C C A C T C A A G G D A G C A T G T A I G A G C A T G G C A C G G G A C C G C T T G A G C T C G A A A G A A G T A T C G T G A T G D C I A G A A G G G C C C A C T C A A G T D C T T G T G T A D G A G A T T A G C A G T A G A G C G T T C G A G C T T G A A A A 0 D040 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G C G T C G C G A C G I C I G G A A G G G C C C G C T A A T A G I C G C A T G T G I G A G A T T G G C A C G A G A G C G C T T G A G C T C G G G G G 0 E001 G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E002 G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E003 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 E004 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C C A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C C A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E005 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C C A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C C A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E006 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 E007 G G G T A T C G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T A T C G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 E008 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 E009 G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E010 G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A 0 E011 G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G C G T A D G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G C G T A D G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E012 G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A 0 E013 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C C A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A 0 E014 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C C A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E015 G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G T G T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E016 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A 0 E017 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 E018 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C [T] A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E019 G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G C G T A D G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G C G T A D G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E020 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A 0 E021 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A G G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G 0 E022 G G G T G T T G T G G C G I T D A G A C A G G C T C G C C A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A G C T C A A A A G 0 E023 G G G T G C T G T G G C G I T D A A A C A [G] G C T G G C T A A T A G I C G C A T G A A I G A G A T T G C C A G T A C A G C A C T T G A C C T C G A A A G G G G T A T C G T G A T G D C I A G G A G G G C C C A C T C A A G T D C G T G T G T A D G A G A T T G G C A G T A G A G C G T T T G A G C C C G A A A A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = ? 0 D002 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 D003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 D004 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 D006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 D007 = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D008 = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 D009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 D010 = = = = = T = = = = = ? = = = ? = G = = = = = = = C ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = A T = = C = = G = = C = = = A = = = = = = = = = A A A A = = = = = = C = = = = = ? = = = ? = A = = = = = = = G ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = C A = = G = = C = = G = = = G = = = = = = = = = G G G G = 0 D011 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 D012 = = = = = = ? ? T = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = ? = = G A = = = = = C = = = = ? C = = C A = ? = G = = = = = A A A A = = = = = = = ? ? C = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = ? = = A C = = = = = G = = = = ? G = = A G = ? = A = = = = = G G G G = 0 D013 G G = ? ? ? T = = = G C = I T D = = = C A = A = T = G T = A = T A G I = G C A = A A = I = = = = = = G = T G = = G = = C = = C = T = = = = = C = G G G G A A = ? ? ? C = = = A T = D C I = = = A G = G = C = A C = C = A G T D = T T G = G T = D = = = = = = A = C A = = A = = G = = T = C = = = = = T = A A A A 0 D014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 D015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D016 = = G ? ? ? T G = G = = = = = = = G = ? ? = = C = C = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = G = = T = C = = = = = C A = = A C = = = A = C = = A = = = = = = A ? ? ? C A = A = = = = = = = A = ? ? = = T = G = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = C = = A = G = = = = = G G = = G T = = = G = T = = G = = = = 0 D033 ? ? = = = T = = = = = ? = = = = = G = = = = A = = C = T = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = G T G = = G G = C = G = = = = = G = = = = G G G = ? ? = = = C = = = = = ? = = = = = A = = = = G = = G = C = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = C C A = = A C = G = A = = = = = C = = = = A A A = 0 D034 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = A = = = G = = = = C = = = = = C A = = A C = ? = A C C = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = G = = = = = G G = = G T = ? = G G T = = = = = = = 0 D035 = = = T = = T = T G G = = = T D A = = C = = = = T = G = = A = T A = I C = = = = = A = = = = = A T = = C = = G T A C = G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = C = C A A = = = C I G = = A = = = = C = A = = C = A G = D A = = = = = T = = = = = C A = = G = = C G G G = C = G = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 = = = = G = T = = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = = = = = A = C = = = = = = = = = = A = = = = = = = G = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = G = = = = 0 D037 = = = T = C T = T = G = = = T D A A = C A = = = ? G = = = = = = = = = = = = = = = A A = = = = = = = = C = = G T = C = = = A = ? = = = C = = = = A A A = = = = C = T C = C = A = = = C I G G = A G = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = = = = G = = C G = G = = = G = ? = = = G = = = = G G G = 0 D038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D039 G G = C G = = = C A = C = I = = G = = ? ? = = = = = = = = = = = = G = A G C A = = = = I = = = C A = G = = = C G G = = ? = = C = T = = = = = C = = = = G A A = T A = = = T G = T = D = = A = = ? ? = = = = = = = = = = = = T = C T T G = = = = D = = = A T = A = = = G T A = = ? = = T = C = = = = = T = = = = A 0 D040 = = = T ? ? T = T = G = = = T D A = = ? ? = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = A ? ? ? = = = = = = C = = G T = C = = = A = = = = = = = = = A A A A = = = = C ? ? C = C = A = = = C I G = = ? ? = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T ? ? ? = = = = = = G = = C G = G = = = G = = = = = = = = = G G G G = 0 E001 = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = G = ? = = = G C = I T ? = = A C A = = = T = G = C A = T A G I = = C A = = A = ? = = = ? = = = C = = = = = C = ? = A C ? = = = = = T = A = = = G = = = = A = ? = = = A T = D C ? = = G A G = = = C = A = T C = A G T D = = T G = = T = ? = = = ? = = = G = = = = = G = ? = G T ? = = = = = C = G = = = A 0 E014 = = = = G = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = = = = G ? = I T ? = = A C A = = = T = G = = A = T A G I = = = = = = A = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? = D C ? = = G A G = = = C = A = = C = A G T D = = = = = = T = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = = G C ? ? = = G C = I T D = A A ? ? = = = T G G = = A = T A G I = = C A = = A = I = = = = = = = C = = = = = C = = = A C = = = = C = T = = = = = G = = = = A T ? ? = = A T = D C I = G G ? ? = = = C C A = = C = A G T D = = T G = = T = D = = = = = = = G = = = = = G = = = G T = = = = G = C = = = = = A 0 E017 = = = = = T ? ? = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = = = = = = C ? ? = = = = = = = = = A = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = G = = = = 0 E018 = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E020 = = = = G = T = = = G C = I T D = = A C A = = = T = G = = A = T A G I = = C A = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = A = C = = = A T = D C I = = G A G = = = C = A = = C = A G T D = = T G = = T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E021 = = = = = T ? ? = = = ? = = = = = G = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = = = = = = C ? ? = = = ? = = = = = A = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = G = = = = 0 E022 = = = = G = T = = = G C = I T D = = A C A = = = T = G = C A = T A G I = = C A = = A = I ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = A T = D C I = = G A G = = = C = A = T C = A G T D = = T G = = T = D ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = G C T = = = G C = I T D ? ? A C A ? = = T G G = = A ? T A G I = = C A = = A ? I = = = = = = = C = ? = = = C = ? = A C = = = = C = T = = = = = G = = = = A T C = = = A T = D C I ? ? G A G ? = = C C A = = C ? A G T D = = T G = = T ? D = = = = = = = G = ? = = = G = ? = G T = = = = G = C = = = = = A END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = ? = = = ? = 0.98 = = = = = = = 0.98 ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = 0.95 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = = = ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0.98 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 0.98 = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 ? ? = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 END PHASEPROBS