Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000176 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 000451 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 000527 A 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 000640 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 000951 G 0.02 0.05 0.03 A 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 001480 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001501 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 001631 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 001846 A 0.19 0.55 0.39 G 0.81 0.45 0.61 0.30 0.50 0.48 001848 C 0.16 0.19 0.18 T 0.84 0.81 0.82 0.26 0.31 0.29 002173 C 0.32 0.62 0.45 T 0.68 0.38 0.55 0.43 0.47 0.49 002179 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 002343 C 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 002608 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 003113 A 0.17 0.33 0.24 G 0.83 0.67 0.76 0.28 0.44 0.37 003179 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004021 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004456 T 0.05 0.31 0.17 C 0.95 0.69 0.83 0.09 0.42 0.28 004967 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 005052 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 005245 - 0.05 0.27 0.16 + 0.95 0.73 0.84 0.09 0.40 0.27 005765 C 0.17 0.30 0.24 T 0.83 0.70 0.76 0.29 0.42 0.36 007459 + 0.22 0.29 0.25 - 0.78 0.71 0.75 0.34 0.42 0.38 007954 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008803 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009018 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 009412 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009570 A 0.45 0.25 0.35 G 0.55 0.75 0.65 0.50 0.38 0.45 010966 G 0.00 0.30 0.15 A 1.00 0.70 0.85 0.00 0.42 0.25 011419 A 0.13 0.33 0.23 C 0.87 0.68 0.77 0.23 0.44 0.36 011532 G 0.11 0.31 0.21 A 0.89 0.69 0.79 0.19 0.43 0.33 013203 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 013345 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013481 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014066 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 014317 T 0.15 0.00 0.07 C 0.85 1.00 0.93 0.26 0.00 0.13 015053 C 0.15 0.30 0.23 T 0.85 0.70 0.77 0.26 0.42 0.35 015730 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 016854 G 0.41 0.26 0.34 C 0.59 0.74 0.66 0.48 0.39 0.45 018199 A 0.15 0.30 0.23 G 0.85 0.70 0.78 0.26 0.42 0.35 018223 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.10 018575 C 0.00 0.18 0.09 T 1.00 0.82 0.91 0.00 0.30 0.16 018644 C 0.12 0.32 0.22 A 0.88 0.68 0.78 0.22 0.43 0.34 018862 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018931 G 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.15 019174 A 0.13 0.30 0.22 T 0.87 0.70 0.78 0.23 0.42 0.34 019227 G 0.13 0.30 0.22 A 0.87 0.70 0.78 0.23 0.42 0.34 019703 T 0.08 0.30 0.19 G 0.92 0.70 0.81 0.15 0.42 0.31 020023 - 0.14 0.30 0.24 + 0.86 0.70 0.76 0.24 0.42 0.37 020209 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.05 020341 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 020699 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 020988 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 021898 T 0.09 0.34 0.21 C 0.91 0.66 0.79 0.16 0.45 0.33 022087 G 0.08 0.33 0.20 A 0.92 0.67 0.80 0.15 0.44 0.32 022163 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022354 C 0.00 0.09 0.04 T 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 022413 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 022879 T 0.24 0.30 0.28 A 0.76 0.70 0.72 0.36 0.42 0.40 023320 G 0.05 0.00 0.03 A 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 023775 - 0.10 0.32 0.21 + 0.90 0.68 0.79 0.18 0.43 0.33 024013 A 0.17 0.00 0.08 G 0.83 1.00 0.92 0.28 0.00 0.15 024231 C 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 024460 C 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 024888 C 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025506 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 027742 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 028203 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 028207 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 028265 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 029017 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029120 G 0.48 0.20 0.34 C 0.52 0.80 0.66 0.50 0.31 0.45 029735 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 029807 G 0.08 0.00 0.05 A 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.09 029949 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 030202 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 030225 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030306 G 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 030899 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 030921 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031618 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031657 G 0.46 0.20 0.33 C 0.54 0.80 0.67 0.50 0.31 0.44 031949 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 032424 C 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 032604 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 032964 G 0.50 0.20 0.34 A 0.50 0.80 0.66 0.50 0.31 0.45 033480 T 0.22 0.20 0.21 C 0.78 0.80 0.79 0.34 0.31 0.33 035227 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 035508 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 035640 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 035739 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035824 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 035881 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036024 C 0.29 0.26 0.28 G 0.71 0.74 0.72 0.41 0.39 0.40 036139 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 036444 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 036962 C 0.00 0.20 0.10 T 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 037071 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 037138 A 0.23 0.54 0.38 G 0.77 0.46 0.62 0.35 0.50 0.47 037142 G 0.21 0.00 0.11 A 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 037165 G 0.21 0.00 0.11 A 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 037181 G 0.21 0.00 0.11 A 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 037319 A 0.10 0.17 0.13 G 0.90 0.83 0.87 0.18 0.28 0.23 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 005245: A 007459: t 020023: TAAT 023775: TTATC 030921: T