Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000164 -- 0 2 2 +- 6 6 12 ++ 17 14 31 0.517 1.099 0.347 000322 AA 1 1 2 AG 5 8 13 GG 18 13 31 0.644 0.027 0.177 000450 AA 0 2 2 AG 1 1 2 GG 23 19 42 0.011 13.192 19.043 000497 AA 3 2 5 AG 12 3 15 GG 8 17 25 0.209 5.290 1.289 000690 AA 0 0 0 AG 5 10 15 GG 16 12 28 0.383 1.903 1.919 000974 CC 16 12 28 CG 5 7 12 GG 0 0 0 0.383 0.969 1.246 001035 CC 4 10 14 CT 13 6 19 TT 6 3 9 0.445 1.377 0.284 001244 AA 18 19 37 AG 2 1 3 GG 1 2 3 4.203 13.192 16.943 001435 -- 0 0 0 +- 3 1 4 ++ 16 18 34 0.140 0.014 0.117 001605 GG 17 14 31 GT 2 5 7 TT 2 2 4 7.843 1.802 7.834 001852 CC 14 14 28 CT 1 5 6 TT 2 2 4 9.962 1.802 8.561 002054 CC 16 21 37 CT 1 0 1 TT 1 0 1 7.289 0.000 16.647 002494 AA 0 0 0 AG 1 2 3 GG 18 19 37 0.014 0.053 0.061 002566 CC 7 7 14 CT 10 10 20 TT 3 4 7 0.035 0.016 0.001 002584 AA 7 7 14 AG 10 10 20 GG 3 4 7 0.035 0.016 0.001 002647 CC 14 14 28 CT 5 6 11 TT 1 1 2 0.360 0.114 0.431 002671 CC 20 16 36 CT 0 5 5 TT 0 0 0 0.000 0.383 0.173 002733 CC 1 0 1 CG 0 0 0 GG 19 21 40 20.000 0.000 41.000 003168 CC 20 23 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.023 003220 CC 17 17 34 CT 5 5 10 TT 0 1 1 0.362 0.571 0.067 003248 CC 1 0 1 CG 1 0 1 GG 20 23 43 9.075 0.000 19.316 003328 CC 9 6 15 CT 10 10 20 TT 4 6 10 0.175 0.182 0.450 003338 -- 19 16 35 +- 3 5 8 ++ 0 1 1 0.118 0.499 0.418 003340 -- 0 1 1 +- 2 5 7 ++ 19 17 36 0.053 0.571 0.786 003470 CC 8 7 15 CT 11 10 21 TT 3 6 9 0.065 0.381 0.111 003551 AA 5 12 17 AG 12 8 20 GG 5 3 8 0.182 0.733 0.247 003652 CC 18 16 34 CT 5 5 10 TT 0 1 1 0.342 0.499 0.067 003822 AA 6 12 18 AG 9 4 13 GG 5 3 8 0.191 3.971 3.199 003899 AA 20 18 38 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.014 0.007 003901 AA 3 0 3 AG 2 0 2 GG 15 19 34 9.453 0.000 20.298 003953 AA 7 13 20 AT 9 1 10 TT 5 4 9 0.383 13.062 7.649 003955 -- 5 4 9 +- 13 7 20 ++ 6 12 18 0.174 2.175 0.638 004403 CC 4 4 8 CG 9 11 20 GG 10 6 16 0.591 0.069 0.157 004404 AA 4 4 8 AG 9 11 20 GG 10 6 16 0.591 0.069 0.157 004642 CC 10 6 16 CT 7 9 16 TT 3 2 5 0.818 0.248 0.097 004683 CC 3 2 5 CG 7 9 16 GG 10 6 16 0.818 0.248 0.097 004820 AA 10 6 16 AG 7 9 16 GG 3 3 6 0.818 0.015 0.345 005016 AA 6 4 10 AG 7 13 20 GG 10 5 15 3.188 0.747 0.450 005051 CC 9 5 14 CT 8 13 21 TT 6 4 10 1.965 0.747 0.158 005228 AA 5 4 9 AC 7 13 20 CC 9 5 14 1.995 0.747 0.140 005296 CC 19 23 42 CG 1 0 1 GG 1 0 1 8.629 0.000 18.871 005349 AA 10 6 16 AG 8 13 21 GG 4 4 8 1.010 0.445 0.059 005417 -- 22 22 44 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.006 005499 CC 10 6 16 CT 9 13 22 TT 4 4 8 0.591 0.445 0.009 005757 CC 17 7 24 CT 7 11 18 TT 0 5 5 0.700 0.030 0.335 005892 AA 8 3 11 AG 11 8 19 GG 5 12 17 0.114 0.733 1.491 006040 AA 0 5 5 AG 8 10 18 GG 16 7 23 0.960 0.153 0.265 006132 AA 3 2 5 AC 6 7 13 CC 15 13 28 2.667 0.505 2.792 006312 AA 3 2 5 AG 6 7 13 GG 14 13 27 2.407 0.505 2.608 007565 AA 8 3 11 AT 11 7 18 TT 5 13 18 0.114 1.431 2.206 007578 CC 8 3 11 CT 11 7 18 TT 5 13 18 0.114 1.431 2.206 007809 AA 8 2 10 AG 10 9 19 GG 5 12 17 0.306 0.028 1.096 007931 AA 7 3 10 AG 9 8 17 GG 5 12 17 0.383 0.733 1.889 007994 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 16 23 39 0.140 0.000 0.058 008055 CC 3 12 15 CT 9 8 17 TT 7 3 10 0.001 0.733 1.343 008080 CC 19 22 41 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 008089 CC 3 12 15 CT 9 8 17 TT 7 3 10 0.001 0.733 1.343 008176 AA 7 3 10 AG 9 8 17 GG 3 12 15 0.001 0.733 1.343 008360 AA 1 2 3 AC 4 7 11 CC 14 14 28 0.825 0.616 1.497 008409 CC 1 0 1 CT 5 0 5 TT 13 23 36 0.294 0.000 2.047 008423 CC 13 7 20 CT 6 11 17 TT 0 5 5 0.668 0.030 0.218 008515 CC 2 2 4 CT 5 7 12 TT 12 14 26 1.406 0.616 1.897 008595 CC 2 0 2 CT 3 0 3 TT 19 23 42 5.958 0.000 13.551 008622 AA 5 12 17 AG 11 8 19 GG 8 3 11 0.114 0.733 1.491 008740 CC 5 12 17 CT 11 8 19 TT 8 3 11 0.114 0.733 1.491 008741 AA 5 12 17 AG 11 8 19 GG 8 3 11 0.114 0.733 1.491 008752 CC 8 3 11 CT 11 8 19 TT 5 12 17 0.114 0.733 1.491 008765 AA 5 12 17 AT 11 8 19 TT 8 3 11 0.114 0.733 1.491 008939 CC 3 2 5 CT 7 7 14 TT 14 14 28 1.642 0.616 2.206 008990 AA 0 5 5 AT 8 11 19 TT 16 7 23 0.960 0.030 0.130 009607 CC 8 2 10 CT 11 7 18 TT 5 12 17 0.114 0.399 1.461 009677 AA 8 2 10 AG 11 7 18 GG 5 12 17 0.114 0.399 1.461 009837 CC 5 11 16 CT 10 8 18 TT 8 2 10 0.306 0.093 1.217 010049 AA 8 3 11 AT 11 8 19 TT 5 12 17 0.114 0.733 1.491 010585 GG 0 1 1 GT 5 5 10 TT 16 13 29 0.383 0.294 0.015 010693 CC 6 10 16 CT 10 7 17 TT 7 3 10 0.381 0.818 1.612 010735 GG 1 0 1 GT 3 0 3 TT 19 20 39 2.457 0.000 5.665 010831 AA 6 10 16 AC 10 7 17 CC 7 3 10 0.381 0.818 1.612 010845 GG 7 3 10 GT 9 7 16 TT 5 10 15 0.383 0.818 1.769 010863 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 15 20 35 0.025 0.000 0.741 011048 CC 3 2 5 CG 7 5 12 GG 14 12 26 1.642 1.406 3.066 011178 AA 0 1 1 AG 5 5 10 GG 19 17 36 0.324 0.571 0.094 011356 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011863 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011912 AA 14 13 27 AG 7 7 14 GG 3 2 5 1.642 0.505 2.044 012470 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012534 AA 2 2 4 AG 6 7 13 GG 14 12 26 1.099 0.399 1.408 012585 AA 12 12 24 AG 7 7 14 GG 3 2 5 1.223 0.399 1.566 012879 -- 22 20 42 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.012 0.006 013096 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 1 0 1 9.521 0.000 19.761 013136 -- 0 3 3 +- 5 8 13 ++ 18 12 30 0.342 0.733 0.872 013297 AA 16 7 23 AG 7 11 18 GG 0 5 5 0.741 0.030 0.265 013357 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 013434 AA 3 2 5 AG 7 7 14 GG 13 14 27 1.431 0.616 2.044 013754 AA 0 5 5 AG 7 11 18 GG 17 7 24 0.700 0.030 0.335 013786 GG 5 11 16 GT 11 8 19 TT 8 3 11 0.114 0.577 1.238 014041 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 014177 CC 15 22 37 CT 6 0 6 TT 2 0 2 1.252 0.000 4.753 014274 -- 0 1 1 +- 4 5 9 ++ 19 15 34 0.209 0.429 0.186 014275 AA 14 7 21 AG 5 5 10 GG 0 4 4 0.436 1.985 2.225 014393 CC 19 16 35 CT 1 0 1 TT 1 0 1 8.629 0.000 15.757 014468 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 17 21 38 0.233 0.000 0.105 014567 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 22 22 44 0.000 0.011 0.006 014700 -- 13 7 20 +- 7 11 18 ++ 0 5 5 0.900 0.030 0.094 014735 CC 1 5 6 CT 7 12 19 TT 16 6 22 0.044 0.048 0.344 014823 AA 1 5 6 AG 7 11 18 GG 16 6 22 0.044 0.000 0.553 014927 AA 15 14 29 AC 5 7 12 CC 4 2 6 5.359 0.616 5.074 015115 AA 19 21 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 015195 AA 9 14 23 AC 7 6 13 CC 4 1 5 1.284 0.114 1.885 015395 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 12 22 34 0.000 0.000 0.698 015406 AA 18 14 32 AG 2 6 8 GG 0 2 2 0.055 1.099 2.074 015628 -- 15 22 37 +- 5 0 5 ++ 0 0 0 0.408 0.000 0.168 015913 CC 15 7 22 CT 8 11 19 TT 0 4 4 1.019 0.008 0.001 015920 CC 15 7 22 CG 8 11 19 GG 0 4 4 1.019 0.008 0.001 015947 CC 5 11 16 CT 10 7 17 TT 8 3 11 0.306 1.018 2.075 015988 CC 9 3 12 CT 9 8 17 TT 5 11 16 0.857 0.577 2.558 016090 AA 0 4 4 AC 7 11 18 CC 16 7 23 0.741 0.008 0.031 016280 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 22 42 0.112 0.000 0.054 016283 GG 14 13 27 GT 6 7 13 TT 3 2 5 2.407 0.505 2.608 016373 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016460 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 016531 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016537 CC 17 14 31 CT 5 7 12 TT 2 2 4 2.400 0.616 2.659 016709 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016731 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016811 CC 15 14 29 CT 6 7 13 TT 3 2 5 2.667 0.616 2.977 016857 AA 15 14 29 AT 6 7 13 TT 3 2 5 2.667 0.616 2.977 016907 CC 16 7 23 CT 8 11 19 TT 0 5 5 0.960 0.030 0.130 017190 AA 0 0 0 AC 4 0 4 CC 19 23 42 0.209 0.000 0.095 017301 CC 3 2 5 CT 6 7 13 TT 13 14 27 2.148 0.616 2.608 017395 AA 14 14 28 AG 6 7 13 GG 3 2 5 2.407 0.616 2.792 017502 CC 20 17 37 CT 2 3 5 TT 0 2 2 0.050 5.290 6.392 017548 CC 17 21 38 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.131 0.000 0.059 017576 CC 13 13 26 CT 5 7 12 TT 3 1 4 3.099 0.002 1.897 017610 CC 3 2 5 CT 6 7 13 TT 14 13 27 2.407 0.505 2.608 017689 CC 14 14 28 CT 7 7 14 TT 3 2 5 1.642 0.616 2.206 017816 AA 3 2 5 AG 6 7 13 GG 15 14 29 2.667 0.616 2.977 017817 CC 17 14 31 CT 5 7 12 TT 2 2 4 2.400 0.616 2.659 017833 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017859 CC 3 2 5 CG 7 7 14 GG 14 14 28 1.642 0.616 2.206 017904 -- 15 14 29 +- 6 6 12 ++ 3 2 5 2.667 1.099 3.687 017946 AA 0 0 0 AC 1 2 3 CC 23 20 43 0.011 0.050 0.052 017958 CC 15 14 29 CT 6 6 12 TT 3 2 5 2.667 1.099 3.687 018007 AA 3 2 5 AG 6 6 12 GG 15 14 29 2.667 1.099 3.687 018059 AA 14 14 28 AG 7 6 13 GG 3 2 5 1.642 1.099 2.792 018060 AA 14 14 28 AC 7 6 13 CC 3 2 5 1.642 1.099 2.792 018071 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 018190 GG 3 2 5 GT 6 6 12 TT 15 14 29 2.667 1.099 3.687 018517 AA 21 21 42 AT 2 0 2 TT 1 0 1 4.959 0.000 10.228 018582 GG 3 2 5 GT 7 7 14 TT 14 12 26 1.642 0.399 1.883 019020 CC 17 14 31 CT 5 7 12 TT 2 2 4 2.400 0.616 2.659 019311 AA 3 2 5 AG 6 7 13 GG 14 14 28 2.407 0.616 2.792 019340 CC 3 2 5 CT 6 7 13 TT 14 14 28 2.407 0.616 2.792 019355 GG 3 2 5 GT 6 7 13 TT 14 14 28 2.407 0.616 2.792 019467 -- 14 14 28 +- 6 7 13 ++ 3 2 5 2.407 0.616 2.792 019523 CC 0 5 5 CT 6 6 12 TT 12 7 19 0.720 1.901 1.657 019548 CC 17 15 32 CT 1 1 2 TT 2 2 4 11.902 10.610 22.512 019670 -- 17 14 31 +- 3 4 7 ++ 3 5 8 7.887 7.987 16.242 019876 CC 15 13 28 CT 2 2 4 TT 4 5 9 11.422 11.610 23.156 019906 AA 0 6 6 AG 4 5 9 GG 17 9 26 0.233 4.772 7.367 019989 AA 2 0 2 AC 7 0 7 CC 11 19 30 0.299 0.000 2.619 020020 AA 3 3 6 AC 3 4 7 CC 13 12 25 6.027 3.971 9.836 020097 AA 3 3 6 AG 3 4 7 GG 12 11 23 5.556 3.583 8.982 020146 -- 11 11 22 +- 9 8 17 ++ 2 3 5 0.007 0.577 0.370 020182 AA 8 13 21 AG 7 7 14 GG 7 2 9 2.888 0.505 4.297 020203 CC 13 22 35 CT 7 0 7 TT 2 0 2 0.505 0.000 3.273 020301 GG 15 23 38 GT 8 0 8 TT 1 0 1 0.003 0.000 0.516 020348 AA 1 2 3 AT 6 7 13 TT 17 14 31 0.240 0.616 0.954 020419 -- 1 0 1 +- 2 0 2 ++ 21 23 44 4.959 0.000 10.729 020422 CC 7 2 9 CT 9 7 16 TT 8 14 22 1.484 0.616 3.245 020424 -- 22 23 45 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.045 0.000 0.022 020438 CC 14 23 37 CT 9 0 9 TT 1 0 1 0.091 0.000 0.253 020447 AA 1 2 3 AG 8 7 15 GG 15 14 29 0.003 0.616 0.303 020485 CC 17 14 31 CT 6 7 13 TT 1 2 3 0.240 0.616 0.954 020494 CC 14 14 28 CG 8 7 15 GG 2 2 4 0.296 0.616 0.876 020527 GG 1 0 1 GT 2 0 2 TT 21 23 44 4.959 0.000 10.729 020530 AA 14 23 37 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.091 0.000 0.253 020539 CC 14 23 37 CT 9 0 9 TT 1 0 1 0.091 0.000 0.253 020705 AA 8 14 22 AG 9 7 16 GG 7 2 9 1.484 0.616 3.245 020752 CC 1 2 3 CT 6 7 13 TT 17 14 31 0.240 0.616 0.954 020852 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 020887 AA 14 23 37 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.091 0.000 0.253 020976 AA 0 2 2 AG 5 6 11 GG 13 11 24 0.468 0.655 0.238 021043 AA 0 4 4 AG 6 8 14 GG 12 7 19 0.720 0.353 0.330 021045 AA 5 11 16 AG 8 6 14 GG 5 2 7 0.222 0.655 1.416 021047 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 15 19 34 3.445 0.000 8.223 021150 AA 5 11 16 AG 8 6 14 GG 6 2 8 0.460 0.655 1.993 021160 AA 0 0 0 AG 9 0 9 GG 10 19 29 1.830 0.000 0.686 021209 AA 5 11 16 AG 8 6 14 GG 6 2 8 0.460 0.655 1.993 021270 AA 10 11 21 AG 7 6 13 GG 2 2 4 0.207 0.655 0.794 021272 AA 2 2 4 AG 7 6 13 GG 10 11 21 0.207 0.655 0.794 021404 CC 14 18 32 CT 3 3 6 TT 3 2 5 6.496 5.624 12.506 021419 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 021463 CC 14 23 37 CG 9 0 9 GG 1 0 1 0.091 0.000 0.253 021532 CC 22 20 42 CT 1 3 4 TT 0 0 0 0.011 0.112 0.095 021583 AA 1 2 3 AT 6 7 13 TT 16 14 30 0.195 0.616 0.872 021594 CC 14 23 37 CT 8 0 8 TT 1 0 1 0.011 0.000 0.483 021618 AA 0 2 2 AG 6 7 13 GG 17 14 31 0.517 0.616 0.177 021640 AA 1 0 1 AG 8 0 8 GG 14 23 37 0.011 0.000 0.483 021705 AA 0 0 0 AC 1 4 5 CC 22 19 41 0.011 0.209 0.152 021708 CC 16 14 30 CT 6 7 13 TT 1 2 3 0.195 0.616 0.872 021733 AA 1 0 1 AC 8 0 8 CC 14 23 37 0.011 0.000 0.483 021740 CC 1 0 1 CG 8 0 8 GG 14 23 37 0.011 0.000 0.483 021766 AA 1 2 3 AG 6 7 13 GG 16 14 30 0.195 0.616 0.872 021867 AA 1 0 1 AG 8 0 8 GG 14 23 37 0.011 0.000 0.483 021996 -- 0 2 2 +- 2 3 5 ++ 21 18 39 0.048 5.624 6.790 022033 AA 1 0 1 AG 10 0 10 GG 13 23 36 0.296 0.000 0.094 022053 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 21 23 44 4.959 0.000 10.729 022162 AA 6 12 18 AG 9 5 14 GG 7 2 9 0.714 1.406 3.272 022204 -- 2 2 4 +- 9 5 14 ++ 8 12 20 0.052 1.406 0.414 022490 -- 4 4 8 +- 4 3 7 ++ 5 5 10 1.887 2.958 4.761 022518 CC 2 1 3 CT 0 0 0 TT 8 9 17 10.000 10.000 20.000 022962 -- 1 0 1 +- 2 0 2 ++ 19 21 40 4.455 0.000 9.727 023043 GG 6 2 8 GT 8 7 15 TT 8 12 20 1.564 0.399 2.548 023339 CC 14 14 28 CT 8 7 15 TT 2 2 4 0.296 0.616 0.876 023340 AA 1 0 1 AG 9 0 9 GG 14 23 37 0.091 0.000 0.253 023408 CC 14 23 37 CT 9 0 9 TT 1 0 1 0.091 0.000 0.253 023413 AA 14 14 28 AC 8 7 15 CC 2 2 4 0.296 0.616 0.876 023444 CC 14 15 29 CT 8 6 14 TT 2 2 4 0.296 1.252 1.345 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000164: CCCTTCCT 001435: TGAGGAATTGCCACAATTTTTTCCTGCGCCTGCACC 003338: a 003340: tg 003955: T 005417: T 012879: TAAA 013136: GGCAGTTT 014274: TAGTGGTGGGCG 014700: GG 015628: t 017833: T 017904: GTGTGGACAGAAG 019467: C 019670: CCC 020146: G 020419: T 020424: TGGGCTCG 021996: C 022204: CACA 022490: CACA 022962: ACACACAGACACATAGA