Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 chi2 000279 AA 22 14 36 AG 2 6 8 GG 0 2 2 0.000 1.099 2.504 000324 ++ 0 2 2 +- 0 6 6 -- 24 14 38 0.000 1.099 4.914 000413 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 2 0 2 0.000 0.000 28.600 000467 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.023 001005 ++ 0 4 4 +- 9 8 17 -- 15 11 26 0.000 1.252 0.255 001035 AA 20 13 33 AG 0 9 9 GG 0 1 1 0.000 0.130 0.164 001039 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 23 42 0.000 0.000 0.006 001324 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.000 0.000 0.022 001374 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 002339 AA 14 9 23 AG 10 6 16 GG 0 4 4 0.000 1.963 0.244 002459 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 18 42 0.000 0.014 0.006 002801 AA 0 2 2 AG 5 6 11 GG 19 15 34 0.000 1.252 0.763 002865 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 016973 CC 23 22 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 017040 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.000 0.000 0.006 017123 AA 5 15 20 AG 7 5 12 GG 12 2 14 0.000 2.001 10.128 017144 GG 2 7 9 GT 10 9 19 TT 12 6 18 0.000 0.714 0.915 017740 CC 1 4 5 CT 10 6 16 TT 12 13 25 0.000 3.390 0.930 017874 GG 8 8 16 GT 13 10 23 TT 2 5 7 0.000 0.306 0.073 018362 CC 5 22 27 CT 16 0 16 TT 3 0 3 0.000 0.000 0.090 018483 ++ 6 12 18 +- 15 6 21 -- 3 4 7 0.000 3.035 0.046 018619 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.000 0.000 0.006 018815 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 21 22 43 0.000 0.000 0.052 019212 AA 3 4 7 AC 15 6 21 CC 6 13 19 0.000 3.390 0.091 019355 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 019440 AA 4 13 17 AC 12 6 18 CC 8 4 12 0.000 3.390 2.385 019536 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.000 0.000 0.023 019650 CC 2 4 6 CT 15 6 21 TT 6 13 19 0.000 3.390 0.003 019815 GG 9 5 14 GT 13 9 22 TT 2 9 11 0.000 0.857 0.169 019965 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 16 23 39 0.000 0.000 1.467 020345 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 020460 AA 1 3 4 AG 14 9 23 GG 9 11 20 0.000 0.277 0.538 020611 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.000 0.000 0.022 020816 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.022 020927 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.000 0.000 0.006 020948 CC 1 0 1 CT 5 0 5 TT 17 22 39 0.000 0.000 2.288 020974 AA 17 22 39 AG 5 0 5 GG 1 0 1 0.000 0.000 2.288 021808 CC 6 23 29 CT 13 0 13 TT 4 0 4 0.000 0.000 1.801 021906 AA 0 2 2 AG 0 8 8 GG 23 13 36 0.000 0.221 2.504 022391 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 21 42 0.000 0.000 0.054 022439 CC 1 0 1 CT 5 0 5 TT 18 21 39 0.000 0.000 2.288 022601 AA 24 20 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 022638 CC 0 3 3 CT 0 5 5 TT 24 13 37 0.000 3.099 10.462 027058 CC 0 0 0 CT 0 5 5 TT 24 17 41 0.000 0.362 0.152 027213 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 027393 AA 8 22 30 AG 10 0 10 GG 2 0 2 0.000 0.000 0.857 027420 CC 22 21 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 027646 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 027717 CC 23 22 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 028005 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 22 44 0.000 0.000 0.006 028007 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.023 028584 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 028761 CC 17 23 40 CT 6 0 6 TT 1 0 1 0.000 0.000 1.527 029402 AA 0 0 0 AC 0 5 5 CC 24 18 42 0.000 0.342 0.148 030021 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 22 22 44 0.000 0.011 0.006 030152 AA 0 0 0 AG 0 6 6 GG 23 17 40 0.000 0.517 0.224 030727 CC 4 3 7 CT 12 9 21 TT 8 11 19 0.000 0.277 0.091 030983 CC 0 0 0 CT 0 4 4 TT 22 19 41 0.000 0.209 0.097 038091 CC 23 18 41 CG 0 5 5 GG 0 0 0 0.000 0.342 0.152 038230 ++ 0 4 4 +- 0 6 6 -- 24 13 37 0.000 3.390 11.583 038243 AA 0 4 4 AC 0 6 6 CC 24 13 37 0.000 3.390 11.583 038265 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 038767 AA 8 23 31 AG 14 0 14 GG 2 0 2 0.000 0.000 0.068 039521 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 042098 AA 23 13 36 AG 1 8 9 GG 0 2 2 0.000 0.221 1.816 042105 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 042484 AA 17 19 36 AG 4 0 4 GG 1 0 1 0.000 0.000 3.231 042645 CC 0 0 0 CT 0 4 4 TT 22 16 38 0.000 0.247 0.105 045291 AA 0 9 9 AT 3 4 7 TT 19 7 26 0.000 7.103 15.188 045374 AA 0 4 4 AG 2 6 8 GG 20 10 30 0.000 2.321 6.140 045561 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 046529 AA 21 13 34 AG 0 6 6 GG 0 4 4 0.000 3.390 10.579 046750 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 046880 CC 9 23 32 CG 10 0 10 GG 3 0 3 0.000 0.000 2.589 047496 CC 0 3 3 CG 2 5 7 GG 20 15 35 0.000 3.728 6.181 047924 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.000 0.000 0.006 048066 CC 8 19 27 CG 12 3 15 GG 4 0 4 0.000 0.118 0.783 048123 ++ 22 21 43 +- 2 1 3 -- 0 0 0 0.000 0.012 0.052 052952 CC 0 0 0 CT 0 3 3 TT 24 20 44 0.000 0.112 0.051 053183 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 23 45 0.000 0.000 0.022 053249 AA 24 9 33 AT 0 10 10 TT 0 4 4 0.000 0.175 4.601 053458 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 053887 CC 23 8 31 CG 0 10 10 GG 0 4 4 0.000 0.079 4.201 054185 CC 0 20 20 CT 1 3 4 TT 19 0 19 0.000 0.112 28.481 058749 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 20 21 41 0.000 0.000 0.097 058867 CC 20 21 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.097 059360 GG 21 23 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.023 059365 AA 0 23 23 AG 7 0 7 GG 16 0 16 0.000 0.000 21.802 059387 AA 22 23 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.000 0.000 0.006 059539 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.000 0.000 0.006 059804 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 23 42 0.000 0.000 0.006 060000 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 060021 CC 7 23 30 CT 11 0 11 TT 6 0 6 0.000 0.000 6.324 060042 AA 2 23 25 AG 11 0 11 GG 11 0 11 0.000 0.000 11.117 060632 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 060793 CC 23 19 42 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.118 0.054 060960 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 16 22 38 0.000 0.000 1.407 061289 AA 2 0 2 AG 6 0 6 GG 16 23 39 0.000 0.000 5.074 061300 GG 24 20 44 GT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 061602 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.148 061890 AA 20 23 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.023 061906 AA 15 23 38 AG 6 0 6 GG 1 0 1 0.000 0.000 1.407 061992 CC 0 0 0 CT 0 3 3 TT 18 20 38 0.000 0.112 0.059 062000 CC 0 23 23 CT 4 0 4 TT 15 0 15 0.000 0.000 27.038 062112 AA 0 4 4 AG 0 10 10 GG 22 9 31 0.000 0.175 4.201 062804 AA 16 23 39 AG 6 0 6 GG 1 0 1 0.000 0.000 1.467 062808 AA 23 22 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 063057 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 063162 CC 0 4 4 CT 2 14 16 TT 22 5 27 0.000 1.110 0.516 063431 CC 1 0 1 CT 6 0 6 TT 17 23 40 0.000 0.000 1.527 063521 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 063528 ++ 0 0 0 +- 6 0 6 -- 18 23 41 0.000 0.000 0.218 063684 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.000 0.000 0.095 063825 ++ 20 19 39 +- 4 2 6 -- 0 0 0 0.000 0.053 0.230 063969 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.000 0.000 0.006 064029 AA 17 21 38 AG 6 0 6 GG 1 0 1 0.000 0.000 1.407 064656 AA 17 22 39 AG 5 0 5 GG 1 0 1 0.000 0.000 2.288 064658 GG 1 0 1 GT 5 0 5 TT 17 22 39 0.000 0.000 2.288 064946 CC 7 23 30 CT 11 0 11 TT 6 0 6 0.000 0.000 6.324 065267 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.000 0.000 0.023 065423 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 23 45 0.000 0.000 0.006 065553 CC 14 0 14 CT 6 0 6 TT 0 22 22 0.000 0.000 20.788 065559 AA 19 22 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 065841 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.093 065871 AA 0 20 20 AG 7 3 10 GG 17 0 17 0.000 0.112 15.417 066528 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.052 066565 AA 4 0 4 AT 8 0 8 TT 10 23 33 0.000 0.000 6.911 067199 CC 7 23 30 CT 12 0 12 TT 5 0 5 0.000 0.000 3.895 067275 CC 20 22 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.095 068559 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 069637 AA 20 22 42 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.095 070306 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.000 0.000 0.148 071466 AA 22 22 44 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.023 071599 CC 19 22 41 CT 4 0 4 TT 1 0 1 0.000 0.000 3.784 072079 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.148 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000324: T 001005: TCAC 018483: t 038230: AA 048123: ag 063528: T 063825: t