Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz hz 000279 G 0.00 0.23 0.13 A 0.00 0.77 0.87 0.00 0.35 0.23 000324 + 0.00 0.23 0.11 - 0.00 0.77 0.89 0.00 0.35 0.19 000413 T 0.00 0.00 0.05 C 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 000467 T 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 001005 + 0.00 0.35 0.27 - 0.00 0.65 0.73 0.00 0.45 0.39 001035 G 0.00 0.24 0.13 A 0.00 0.76 0.87 0.00 0.36 0.22 001039 A 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 001324 A 0.00 0.00 0.02 C 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 001374 C 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002339 G 0.00 0.37 0.28 A 0.00 0.63 0.72 0.00 0.47 0.40 002459 C 0.00 0.03 0.01 T 0.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 002801 A 0.00 0.22 0.16 G 0.00 0.78 0.84 0.00 0.34 0.27 002865 A 0.00 0.02 0.01 C 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016973 G 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 017040 C 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 017123 G 0.00 0.20 0.43 A 0.00 0.80 0.57 0.00 0.33 0.49 017144 G 0.00 0.52 0.40 T 0.00 0.48 0.60 0.00 0.50 0.48 017740 C 0.00 0.30 0.28 T 0.00 0.70 0.72 0.00 0.42 0.41 017874 T 0.00 0.43 0.40 G 0.00 0.57 0.60 0.00 0.49 0.48 018362 T 0.00 0.00 0.24 C 0.00 1.00 0.76 0.00 0.00 0.36 018483 - 0.00 0.32 0.38 + 0.00 0.68 0.62 0.00 0.43 0.47 018619 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 018815 A 0.00 0.00 0.03 T 0.00 1.00 0.97 0.00 0.00 0.06 019212 A 0.00 0.30 0.37 C 0.00 0.70 0.63 0.00 0.42 0.47 019355 G 0.00 0.04 0.02 A 0.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 019440 C 0.00 0.30 0.45 A 0.00 0.70 0.55 0.00 0.42 0.49 019536 A 0.00 0.00 0.02 G 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 019650 C 0.00 0.30 0.36 T 0.00 0.70 0.64 0.00 0.42 0.46 019815 T 0.00 0.59 0.47 G 0.00 0.41 0.53 0.00 0.48 0.50 019965 A 0.00 0.00 0.09 G 0.00 1.00 0.91 0.00 0.00 0.16 020345 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 020460 A 0.00 0.33 0.33 G 0.00 0.67 0.67 0.00 0.44 0.44 020611 A 0.00 0.00 0.02 G 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 020816 G 0.00 0.00 0.02 A 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 020927 A 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 020948 C 0.00 0.00 0.08 T 0.00 1.00 0.92 0.00 0.00 0.14 020974 G 0.00 0.00 0.08 A 0.00 1.00 0.92 0.00 0.00 0.14 021808 T 0.00 0.00 0.23 C 0.00 1.00 0.77 0.00 0.00 0.35 021906 A 0.00 0.26 0.13 G 0.00 0.74 0.87 0.00 0.39 0.23 022391 C 0.00 0.00 0.03 T 0.00 1.00 0.97 0.00 0.00 0.06 022439 C 0.00 0.00 0.08 T 0.00 1.00 0.92 0.00 0.00 0.14 022601 G 0.00 0.02 0.01 A 0.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 022638 C 0.00 0.26 0.12 T 0.00 0.74 0.88 0.00 0.39 0.21 027058 C 0.00 0.11 0.05 T 0.00 0.89 0.95 0.00 0.20 0.10 027213 T 0.00 0.07 0.03 C 0.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 027393 G 0.00 0.00 0.17 A 0.00 1.00 0.83 0.00 0.00 0.28 027420 T 0.00 0.02 0.01 C 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027646 G 0.00 0.02 0.01 A 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027717 G 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 028005 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 028007 G 0.00 0.00 0.02 A 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 028584 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028761 T 0.00 0.00 0.09 C 0.00 1.00 0.91 0.00 0.00 0.16 029402 A 0.00 0.11 0.05 C 0.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 030021 A 0.00 0.02 0.01 C 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030152 A 0.00 0.13 0.07 G 0.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 030727 C 0.00 0.33 0.37 T 0.00 0.67 0.63 0.00 0.44 0.47 030983 C 0.00 0.09 0.04 T 0.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 038091 G 0.00 0.11 0.05 C 0.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 038230 + 0.00 0.30 0.15 - 0.00 0.70 0.85 0.00 0.42 0.25 038243 A 0.00 0.30 0.15 C 0.00 0.70 0.85 0.00 0.42 0.25 038265 T 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 038767 G 0.00 0.00 0.19 A 0.00 1.00 0.81 0.00 0.00 0.31 039521 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 042098 G 0.00 0.26 0.14 A 0.00 0.74 0.86 0.00 0.39 0.24 042105 G 0.00 0.02 0.01 A 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 042484 G 0.00 0.00 0.07 A 0.00 1.00 0.93 0.00 0.00 0.14 042645 C 0.00 0.10 0.05 T 0.00 0.90 0.95 0.00 0.18 0.09 045291 A 0.00 0.55 0.30 T 0.00 0.45 0.70 0.00 0.50 0.42 045374 A 0.00 0.35 0.19 G 0.00 0.65 0.81 0.00 0.45 0.31 045561 C 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 046529 G 0.00 0.30 0.16 A 0.00 0.70 0.84 0.00 0.42 0.27 046750 T 0.00 0.00 0.01 C 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 046880 G 0.00 0.00 0.18 C 0.00 1.00 0.82 0.00 0.00 0.29 047496 C 0.00 0.24 0.14 G 0.00 0.76 0.86 0.00 0.36 0.25 047924 C 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 048066 G 0.00 0.07 0.25 C 0.00 0.93 0.75 0.00 0.13 0.38 048123 - 0.00 0.02 0.03 + 0.00 0.98 0.97 0.00 0.04 0.06 052952 C 0.00 0.07 0.03 T 0.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 053183 G 0.00 0.00 0.02 T 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 053249 T 0.00 0.39 0.19 A 0.00 0.61 0.81 0.00 0.48 0.31 053458 G 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 053887 G 0.00 0.41 0.20 C 0.00 0.59 0.80 0.00 0.48 0.32 054185 T 0.00 0.07 0.49 C 0.00 0.93 0.51 0.00 0.12 0.50 058749 A 0.00 0.00 0.04 T 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 058867 T 0.00 0.00 0.04 C 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 059360 T 0.00 0.00 0.02 G 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 059365 G 0.00 0.00 0.42 A 0.00 1.00 0.58 0.00 0.00 0.49 059387 C 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 059539 A 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 059804 A 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 060000 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 060021 T 0.00 0.00 0.24 C 0.00 1.00 0.76 0.00 0.00 0.37 060042 G 0.00 0.00 0.35 A 0.00 1.00 0.65 0.00 0.00 0.46 060632 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 060793 T 0.00 0.07 0.03 C 0.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 060960 A 0.00 0.00 0.09 G 0.00 1.00 0.91 0.00 0.00 0.16 061289 A 0.00 0.00 0.11 G 0.00 1.00 0.89 0.00 0.00 0.19 061300 T 0.00 0.07 0.03 G 0.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 061602 T 0.00 0.00 0.05 C 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 061890 G 0.00 0.00 0.02 A 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 061906 G 0.00 0.00 0.09 A 0.00 1.00 0.91 0.00 0.00 0.16 061992 C 0.00 0.07 0.04 T 0.00 0.93 0.96 0.00 0.12 0.07 062000 T 0.00 0.00 0.40 C 0.00 1.00 0.60 0.00 0.00 0.48 062112 A 0.00 0.39 0.20 G 0.00 0.61 0.80 0.00 0.48 0.32 062804 G 0.00 0.00 0.09 A 0.00 1.00 0.91 0.00 0.00 0.16 062808 G 0.00 0.02 0.01 A 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 063057 A 0.00 0.02 0.01 G 0.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 063162 C 0.00 0.48 0.26 T 0.00 0.52 0.74 0.00 0.50 0.38 063431 C 0.00 0.00 0.09 T 0.00 1.00 0.91 0.00 0.00 0.16 063521 A 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 063528 + 0.00 0.00 0.06 - 0.00 1.00 0.94 0.00 0.00 0.12 063684 A 0.00 0.00 0.04 G 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 063825 - 0.00 0.05 0.07 + 0.00 0.95 0.93 0.00 0.09 0.12 063969 A 0.00 0.00 0.01 G 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 064029 G 0.00 0.00 0.09 A 0.00 1.00 0.91 0.00 0.00 0.16 064656 G 0.00 0.00 0.08 A 0.00 1.00 0.92 0.00 0.00 0.14 064658 G 0.00 0.00 0.08 T 0.00 1.00 0.92 0.00 0.00 0.14 064946 T 0.00 0.00 0.24 C 0.00 1.00 0.76 0.00 0.00 0.37 065267 A 0.00 0.00 0.02 G 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 065423 A 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 065553 C 0.00 0.00 0.40 T 0.00 1.00 0.60 0.00 0.00 0.48 065559 G 0.00 0.00 0.01 A 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 065841 G 0.00 0.00 0.04 A 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 065871 G 0.00 0.07 0.47 A 0.00 0.93 0.53 0.00 0.12 0.50 066528 G 0.00 0.00 0.03 A 0.00 1.00 0.97 0.00 0.00 0.06 066565 A 0.00 0.00 0.18 T 0.00 1.00 0.82 0.00 0.00 0.29 067199 T 0.00 0.00 0.23 C 0.00 1.00 0.77 0.00 0.00 0.36 067275 T 0.00 0.00 0.04 C 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 068559 C 0.00 0.00 0.01 T 0.00 1.00 0.99 0.00 0.00 0.02 069637 T 0.00 0.00 0.04 A 0.00 1.00 0.96 0.00 0.00 0.08 070306 C 0.00 0.00 0.05 T 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 071466 T 0.00 0.00 0.02 A 0.00 1.00 0.98 0.00 0.00 0.04 071599 T 0.00 0.00 0.07 C 0.00 1.00 0.93 0.00 0.00 0.12 072079 T 0.00 0.00 0.05 C 0.00 1.00 0.95 0.00 0.00 0.10 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000324: T 001005: TCAC 018483: t 038230: AA 048123: ag 063528: T 063825: t