Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000539 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000568 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000739 A 0.54 0.09 0.32 G 0.46 0.91 0.68 0.50 0.16 0.43 000790 G 0.35 0.09 0.22 A 0.65 0.91 0.78 0.46 0.16 0.35 000857 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001059 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001150 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001199 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 001577 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001660 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001720 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001831 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002121 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002268 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002405 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002665 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003125 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003320 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003581 C 0.00 0.37 0.18 T 1.00 0.63 0.82 0.00 0.47 0.30 003978 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004070 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004507 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004566 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004605 + 0.08 0.02 0.05 - 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 004606 T 0.19 0.02 0.11 A 0.81 0.98 0.89 0.30 0.04 0.19 005183 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005197 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005272 C 0.08 0.15 0.12 T 0.92 0.85 0.88 0.15 0.26 0.21 005514 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005597 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005608 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005643 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005746 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006026 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006281 A 0.00 0.37 0.18 G 1.00 0.63 0.82 0.00 0.47 0.30 006305 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 006410 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 007702 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 007734 G 0.00 0.39 0.19 A 1.00 0.61 0.81 0.00 0.47 0.31 007864 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 008026 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008592 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008670 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 008842 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009441 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.12 0.00 0.07 009686 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 009689 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009815 T 0.00 0.11 0.06 G 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.10 010697 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 010725 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010841 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011169 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011467 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011661 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011925 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012992 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013069 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013268 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013777 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 013808 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014111 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 014674 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 014857 A 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 015323 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015787 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 016095 G 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 016193 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 016644 T 0.00 0.37 0.20 A 1.00 0.63 0.80 0.00 0.47 0.32 016744 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016995 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.14 0.00 0.07 017049 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017077 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017481 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018418 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 018769 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 019223 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019701 A 0.00 0.10 0.05 G 1.00 0.90 0.95 0.00 0.18 0.10 020328 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020485 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020962 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021231 - 0.00 0.38 0.17 + 1.00 0.62 0.83 0.00 0.47 0.28 021820 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 022115 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022248 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022262 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022596 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022696 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022758 T 0.00 0.35 0.17 C 1.00 0.65 0.83 0.00 0.45 0.28 023239 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023313 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023805 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023890 A 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 024059 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024072 + 0.00 0.02 0.01 - 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024093 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024827 C 0.00 0.11 0.05 G 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 025568 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026775 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026799 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 026907 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026926 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028141 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028150 C 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 028316 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028520 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 029010 T 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 029391 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 029953 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030316 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030505 A 0.10 0.14 0.12 G 0.90 0.86 0.88 0.18 0.24 0.21 030936 C 0.00 0.39 0.20 T 1.00 0.61 0.80 0.00 0.47 0.32 030965 T 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 030991 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 031200 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 031703 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 032165 G 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 032304 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032742 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032885 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 033021 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033556 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033890 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034097 + 0.08 0.00 0.04 - 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 034440 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 034502 G 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002268: AACCTGCTGGAGAGG 004605: a 013268: GT 021231: gcagtattactgtagt 021820: tt 023313: tata 024072: T 026926: gtat 032742: A 033556: aata 034097: tgat 034440: tg