Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000023 CC 20 21 41 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 000316 CC 22 19 41 CG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.118 0.055 000356 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 18 22 40 0.220 0.000 0.100 000466 AA 0 0 0 AC 0 3 3 CC 24 18 42 0.000 0.124 0.054 000497 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 22 18 40 0.000 0.055 0.025 000529 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 20 42 0.011 0.000 0.006 000674 CC 23 17 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002420 AA 13 22 35 AC 7 0 7 CC 2 0 2 0.505 0.000 3.273 009839 AA 4 0 4 AG 8 0 8 GG 8 15 23 0.556 0.000 4.333 010104 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 18 23 41 0.220 0.000 0.097 010213 CC 5 0 5 CT 14 0 14 TT 4 23 27 1.110 0.000 2.044 010991 AA 2 0 2 AG 7 0 7 GG 15 23 38 0.730 0.000 3.666 011251 CC 13 23 36 CT 9 0 9 TT 1 0 1 0.130 0.000 0.230 011739 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012171 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 012304 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012381 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012399 CC 15 23 38 CG 8 0 8 GG 1 0 1 0.003 0.000 0.516 012466 AA 2 0 2 AG 8 0 8 GG 14 23 37 0.296 0.000 2.613 012606 CC 9 23 32 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.662 0.000 0.194 012618 AA 0 0 0 AT 5 0 5 TT 9 23 32 0.662 0.000 0.194 012766 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 12 23 35 0.505 0.000 0.178 012930 -- 16 23 39 +- 4 0 4 ++ 2 0 2 3.327 0.000 9.162 013011 GG 0 0 0 GT 0 3 3 TT 23 20 43 0.000 0.112 0.052 013519 CC 1 0 1 CT 7 0 7 TT 12 21 33 0.000 0.000 0.654 013555 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 12 21 33 0.000 0.000 0.654 013714 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 12 21 33 0.000 0.000 0.654 013849 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 13 21 34 0.078 0.000 1.170 014076 AA 14 23 37 AG 8 0 8 GG 2 0 2 0.296 0.000 2.613 014082 CC 3 23 26 CT 16 0 16 TT 5 0 5 2.818 0.000 1.048 014138 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 014319 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 014357 AA 2 0 2 AG 8 1 9 GG 14 22 36 0.296 0.011 1.816 014700 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 015102 AA 3 23 26 AG 16 0 16 GG 5 0 5 2.818 0.000 1.048 015539 AA 10 15 25 AC 7 1 8 CC 2 0 2 0.207 0.017 1.336 015957 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 21 43 0.045 0.000 0.023 016032 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 21 41 0.050 0.000 0.024 016166 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 20 44 0.000 0.012 0.006 016167 CC 15 21 36 CG 7 0 7 GG 2 0 2 0.730 0.000 3.404 016209 CC 23 19 42 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.053 0.024 016301 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 016451 GG 23 22 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016514 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 016629 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016700 AA 19 20 39 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 016777 AA 2 0 2 AG 6 0 6 GG 12 20 32 0.800 0.000 3.951 016858 CC 19 20 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 017136 AA 17 23 40 AT 5 0 5 TT 1 0 1 0.571 0.000 2.368 017277 GG 5 0 5 GT 16 0 16 TT 2 23 25 3.969 0.000 0.930 017579 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018737 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018880 CC 17 18 35 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.059 0.000 0.029 018909 CC 18 21 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 019035 CC 21 19 40 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.053 0.025 019108 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 019559 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021112 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021213 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021289 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 021445 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 022269 CC 20 23 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 022476 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 21 21 42 0.000 0.012 0.006 023185 AA 0 2 2 AG 12 4 16 GG 12 17 29 2.667 3.584 0.012 023554 AA 0 2 2 AC 10 3 13 CC 14 18 32 1.662 5.624 0.208 023618 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 023639 CC 20 20 40 CT 4 3 7 TT 0 0 0 0.198 0.112 0.304 023727 CC 20 20 40 CT 3 3 6 TT 0 0 0 0.112 0.112 0.224 023837 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 023849 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 023873 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 024314 CC 23 21 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.023 024320 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 024322 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 031176 AA 23 20 43 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.112 0.052 031295 CC 23 20 43 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.052 031836 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 031903 AA 0 0 0 AC 0 3 3 CC 24 20 44 0.000 0.112 0.051 032303 CC 10 13 23 CT 11 7 18 TT 3 3 6 0.000 1.431 0.663 032750 AA 0 2 2 AG 0 6 6 GG 21 12 33 0.000 0.800 4.111 033844 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 037251 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 17 22 39 0.015 0.000 0.006 040404 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 040470 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 040537 AA 0 2 2 AG 8 6 14 GG 15 15 30 1.019 1.252 0.050 041303 AA 0 3 3 AC 1 10 11 CC 23 10 33 0.011 0.040 2.074 041357 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 041420 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 041692 AA 14 4 18 AG 9 10 19 GG 1 9 10 0.091 0.175 1.317 041796 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 041862 -- 3 11 14 +- 10 9 19 ++ 11 3 14 0.094 0.277 1.723 042535 CC 21 15 36 CG 3 6 9 GG 0 2 2 0.107 1.252 1.816 042746 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 042834 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 042855 CC 2 4 6 CG 13 11 24 GG 9 8 17 0.813 0.004 0.304 042871 -- 0 4 4 +- 2 10 12 ++ 22 9 31 0.045 0.175 2.659 043124 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 044024 AA 14 20 34 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.071 0.000 0.029 045354 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 045398 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 045586 CC 22 22 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 045675 AA 22 9 31 AG 2 10 12 GG 0 4 4 0.045 0.175 2.659 046524 -- 23 20 43 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.012 0.006 048297 AA 21 9 30 AG 2 10 12 GG 0 4 4 0.048 0.175 2.504 048330 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 21 20 41 0.000 0.012 0.006 048750 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 049374 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 22 42 0.012 0.000 0.006 050080 GG 19 19 38 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.007 051350 AA 21 15 36 AG 3 6 9 GG 0 2 2 0.107 1.252 1.816 051435 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 051669 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 053071 CC 7 10 17 CT 13 8 21 TT 3 4 7 0.631 1.010 0.015 054006 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 054040 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 054670 AA 23 7 30 AG 0 10 10 GG 0 4 4 0.000 0.016 4.002 054771 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 23 19 42 0.000 0.053 0.024 055162 AA 24 20 44 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.050 0.023 055338 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 055927 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 20 21 41 0.198 0.000 0.097 056040 GG 23 20 43 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 056355 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 18 42 0.000 0.014 0.006 056510 AA 2 12 14 AT 13 2 15 TT 6 3 9 1.702 7.702 1.469 056901 GG 24 9 33 GT 0 10 10 TT 0 4 4 0.000 0.175 4.601 058237 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 059634 CC 8 21 29 CT 11 1 12 TT 4 0 4 0.004 0.012 2.351 062175 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 062274 CC 4 1 5 CT 9 4 13 TT 6 12 18 0.034 0.617 1.034 063723 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 063788 AA 23 22 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 063843 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 063945 CC 21 22 43 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.052 064097 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 064397 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 065145 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 065204 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 065893 GG 8 14 22 GT 8 0 8 TT 1 0 1 0.302 0.000 0.066 065954 CC 15 14 29 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.066 0.000 0.034 066022 CC 0 2 2 CT 0 4 4 TT 17 8 25 0.000 1.260 5.624 066761 CC 3 9 12 CT 12 9 21 TT 7 3 10 0.362 0.093 0.019 066773 CC 11 21 32 CT 8 0 8 TT 1 0 1 0.089 0.000 0.324 066881 CC 21 21 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 066913 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 21 42 0.012 0.000 0.006 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 012930: T 015957: ccttgct 041862: ACCCCCAGGGACCCCTGCCCTCCTCACCGCCTCTGTCCGTGAATGCAGGGGG 042871: TGCATCTCCCCAGCTACGTCAAGGAGAGGTTCCTCTTACCAGAAACTCGCTGGCCGTGGTCGGCCTCCCGCCAGGAGCCCTGCATCTCCCCAGCTACGTCAAGGAGAGGTTCCTCTCACCAGAACCTTGCTGGCCGTGGTCGGCCTCCCGCCAGGAGCCCTGCATCTCCCCAGCTACGTCAAGGAGAGGTTCCTCTCACCAGAACCTCGCTGGCCAGGGTCGGCCTCCCGCCAGGAGCCCTGCATCTCCC 046524: t 055927: tgg