Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000995 -- 0 2 2 +- 0 12 12 ++ 7 6 13 0.000 1.250 0.117 001129 CC 6 7 13 CG 1 1 2 GG 0 1 1 0.041 3.240 2.939 001132 CC 2 4 6 CT 3 4 7 TT 2 1 3 0.143 0.000 0.139 001155 CC 6 9 15 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.041 0.000 0.017 001264 AA 7 8 15 AC 0 0 0 CC 0 1 1 0.000 9.000 16.000 001352 -- 1 1 2 +- 0 2 2 ++ 6 6 12 7.000 1.148 5.565 001691 CC 4 9 13 CG 9 11 20 GG 3 1 4 0.268 1.068 0.822 001739 CC 14 7 21 CT 2 11 13 TT 0 5 5 0.071 0.030 1.535 001743 AA 1 1 2 AG 4 7 11 GG 11 15 26 0.515 0.025 0.331 001762 CC 14 22 36 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.071 0.011 0.062 001863 -- 16 20 36 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.012 0.007 001899 -- 0 4 4 +- 0 12 12 ++ 16 5 21 0.000 0.444 1.169 002434 AA 2 0 2 AC 0 0 0 CC 1 11 12 3.000 0.000 14.000 002464 AA 2 0 2 AG 0 0 0 GG 1 11 12 3.000 0.000 14.000 002477 -- 1 11 12 +- 2 8 10 ++ 2 0 2 0.139 1.351 0.002 002511 CC 1 10 11 CT 2 8 10 TT 2 0 2 0.139 1.469 0.017 002625 CC 4 14 18 CT 1 4 5 TT 0 0 0 0.062 0.281 0.342 002637 CC 1 14 15 CG 4 5 9 GG 0 0 0 2.222 0.436 1.278 003520 CC 0 1 1 CG 5 5 10 GG 18 16 34 0.342 0.499 0.067 003681 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 003846 AA 12 3 15 AG 10 13 23 GG 2 6 8 0.002 0.917 0.026 004223 CC 7 5 12 CT 3 3 6 TT 0 9 9 0.311 6.670 8.167 004303 GG 0 4 4 GT 1 6 7 TT 9 7 16 0.028 1.252 3.381 004311 -- 5 12 17 +- 14 6 20 ++ 5 5 10 0.667 4.154 0.790 004432 GG 0 0 0 GT 10 0 10 TT 14 23 37 1.662 0.000 0.666 004483 CC 7 16 23 CT 9 6 15 TT 8 0 8 1.484 0.548 3.359 004642 CC 1 0 1 CT 14 6 20 TT 9 16 25 2.344 0.548 1.746 004734 CC 16 4 20 CG 7 6 13 GG 1 12 13 0.044 3.035 8.168 004754 GG 0 10 10 GT 8 8 16 TT 16 4 20 0.960 1.010 3.349 004981 GG 17 4 21 GT 7 8 15 TT 0 10 10 0.700 1.010 4.371 004999 AA 1 0 1 AG 0 0 0 GG 23 22 45 24.000 0.000 46.000 005101 AA 23 20 43 AG 1 2 3 GG 0 0 0 0.011 0.050 0.052 005240 CC 0 0 0 CG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 005339 CC 17 16 33 CT 7 5 12 TT 0 1 1 0.700 0.499 0.006 005340 AA 1 11 12 AG 7 7 14 GG 16 4 20 0.044 1.875 6.377 005367 CC 0 1 1 CT 7 5 12 TT 17 16 33 0.700 0.499 0.006 005770 AA 21 7 28 AC 2 11 13 CC 0 4 4 0.048 0.008 1.668 005813 AA 1 1 2 AG 7 7 14 GG 15 14 29 0.025 0.011 0.035 005828 CC 14 22 36 CG 8 0 8 GG 1 0 1 0.011 0.000 0.450 005843 CC 0 0 0 CG 1 1 2 GG 22 21 43 0.011 0.012 0.023 005956 GG 3 1 4 GT 15 7 22 TT 5 15 20 2.272 0.025 0.358 006042 GG 0 0 0 GT 1 1 2 TT 23 21 44 0.011 0.012 0.023 006100 CC 0 4 4 CT 0 12 12 TT 24 6 30 0.000 0.220 2.504 006113 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 006163 CC 0 1 1 CT 6 5 11 TT 18 16 34 0.490 0.499 0.010 006299 AA 5 13 18 AG 14 7 21 GG 5 1 6 0.667 0.002 0.001 007338 AA 24 6 30 AG 0 12 12 GG 0 3 3 0.000 0.583 1.250 010379 CC 19 16 35 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.140 0.064 010634 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 17 18 35 0.015 0.014 0.029 011085 CC 4 1 5 CG 9 9 18 GG 10 13 23 0.591 0.130 0.265 011088 GG 23 22 45 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 017738 AA 1 0 1 AC 3 1 4 CC 18 20 38 2.296 0.012 3.452 017830 AA 9 11 20 AG 10 9 19 GG 2 1 3 0.107 0.247 0.283 018399 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 018415 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 018458 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018472 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018477 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018536 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018641 AA 20 23 43 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 018817 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 20 21 41 0.012 0.012 0.024 018832 AA 20 22 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 018854 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 20 22 42 0.012 0.000 0.006 018962 AA 21 20 41 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.050 0.024 020273 AA 9 6 15 AG 13 10 23 GG 0 6 6 3.869 0.182 0.365 020307 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 020409 AA 10 0 10 AG 10 3 13 GG 2 19 21 0.050 0.118 6.014 020412 AA 18 6 24 AG 4 12 16 GG 0 4 4 0.220 0.220 0.306 020774 AA 1 0 1 AG 9 1 10 GG 13 22 35 0.130 0.011 0.080 020843 AA 14 22 36 AC 8 1 9 CC 1 0 1 0.011 0.011 0.230 020845 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 020877 AA 14 22 36 AG 9 1 10 GG 0 0 0 1.361 0.011 0.684 021223 AA 11 6 17 AG 9 10 19 GG 1 3 4 0.247 0.120 0.155 021236 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 19 19 38 0.053 0.000 0.026 021260 CC 3 5 8 CT 13 8 21 TT 5 6 11 1.307 0.460 0.125 021489 AA 15 19 34 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.583 0.000 0.263 021778 CC 14 11 25 CG 6 9 15 GG 1 1 2 0.114 0.247 0.017 022732 AA 0 2 2 AG 5 10 15 GG 14 7 21 0.436 0.326 0.105 022761 AA 0 3 3 AT 8 9 17 TT 11 7 18 1.351 0.001 0.136 022775 AA 0 1 1 AG 16 11 27 GG 3 7 10 10.050 1.556 9.710 022846 AA 0 2 2 AG 4 9 13 GG 15 7 22 0.263 0.126 0.002 022879 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 19 15 34 0.000 0.149 0.066 023037 CC 19 13 32 CG 0 4 4 GG 0 0 0 0.000 0.302 0.125 023822 -- 0 0 0 +- 8 4 12 ++ 15 18 33 1.019 0.220 1.065 023829 CC 20 18 38 CT 2 2 4 TT 0 0 0 0.050 0.055 0.105 023842 AA 20 18 38 AC 2 3 5 CC 0 0 0 0.050 0.124 0.164 023849 CC 1 1 2 CT 18 8 26 TT 3 12 15 9.295 0.053 4.710 023897 CC 0 2 2 CT 0 11 11 TT 23 8 31 0.000 0.416 0.592 024689 AA 15 14 29 AG 3 3 6 GG 0 0 0 0.149 0.159 0.308 024743 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 18 16 34 0.014 0.000 0.007 024747 AA 0 1 1 AG 0 10 10 GG 19 6 25 0.000 1.409 0.000 024860 GG 18 17 35 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.007 027207 -- 18 19 37 +- 6 3 9 ++ 0 0 0 0.490 0.118 0.541 027421 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 24 16 40 0.000 0.247 0.100 027434 CC 23 7 30 CT 1 11 12 TT 0 2 2 0.011 0.601 0.306 027556 -- 0 0 0 +- 0 2 2 ++ 22 19 41 0.000 0.053 0.024 027579 -- 0 2 2 +- 0 11 11 ++ 21 7 28 0.000 0.601 0.431 027598 AA 2 2 4 AG 19 11 30 GG 3 9 12 8.244 0.279 5.476 027957 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 028043 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 028063 CC 23 19 42 CT 0 4 4 TT 0 0 0 0.000 0.209 0.095 028097 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 028243 AA 0 0 0 AT 13 5 18 TT 10 18 28 3.569 0.342 2.722 028501 AA 17 18 35 AT 6 4 10 TT 0 0 0 0.517 0.220 0.703 028528 GG 22 5 27 GT 1 15 16 TT 0 2 2 0.011 3.337 0.037 028546 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 028928 AA 2 9 11 AG 19 12 31 GG 2 2 4 9.783 0.517 6.635 029119 CC 0 0 0 CG 4 1 5 GG 19 22 41 0.209 0.011 0.152 029260 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029307 AA 21 23 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 029488 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 029722 CC 0 3 3 CG 2 14 16 GG 22 6 28 0.045 1.308 0.120 029806 AA 2 3 5 AG 19 11 30 GG 3 8 11 8.244 0.065 4.916 030178 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 030228 AA 0 0 0 AG 0 12 12 GG 24 11 35 0.000 2.865 1.007 030271 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 030277 AA 21 23 44 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.107 0.000 0.051 030314 AA 0 0 0 AC 3 3 6 CC 21 20 41 0.107 0.112 0.218 030342 AA 0 0 0 AG 2 4 6 GG 22 19 41 0.045 0.209 0.218 030364 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 030374 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 030408 -- 23 11 34 +- 0 12 12 ++ 0 0 0 0.000 2.865 1.035 030517 AA 1 2 3 AG 20 11 31 GG 3 10 13 11.043 0.179 6.848 030603 AA 23 22 45 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.011 0.011 0.022 030700 CC 3 10 13 CT 19 11 30 TT 2 2 4 8.244 0.179 4.970 030768 AA 0 0 0 AG 12 5 17 GG 11 18 29 2.865 0.342 2.363 030776 CC 20 22 42 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.112 0.011 0.095 030924 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 030925 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 030997 AA 2 2 4 AG 19 12 31 GG 3 9 12 8.244 0.517 6.041 031065 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 23 22 45 0.011 0.011 0.022 031134 CC 21 10 31 CT 3 11 14 TT 0 2 2 0.107 0.179 0.068 031158 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 031753 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 031763 AA 22 21 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 031785 CC 21 5 26 CT 2 13 15 TT 0 3 3 0.048 1.307 0.168 031882 AA 0 3 3 AG 2 13 15 GG 19 5 24 0.053 1.307 0.095 032328 CC 0 3 3 CT 2 13 15 TT 20 5 25 0.050 1.307 0.130 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000995: tggGG 001352: C 001863: GGCCGCCGCGcc 001899: GGGCCCCGCTGTCCGCCGCCCGCCG 002477: CTCAGAAGCGGGAAGGGCGAGGATTTGGACCTG 004311: C 023822: GACGTT 027207: C 027556: TT 027579: CT 030408: g