Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000995 - 0.00 0.40 0.30 + 1.00 0.60 0.70 0.00 0.48 0.42 001129 G 0.07 0.17 0.12 C 0.93 0.83 0.88 0.13 0.28 0.22 001132 T 0.50 0.33 0.41 C 0.50 0.67 0.59 0.50 0.44 0.48 001155 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 001264 C 0.00 0.11 0.06 A 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.12 001352 - 0.14 0.22 0.19 + 0.86 0.78 0.81 0.24 0.35 0.30 001691 G 0.47 0.31 0.38 C 0.53 0.69 0.62 0.50 0.43 0.47 001739 T 0.06 0.46 0.29 C 0.94 0.54 0.71 0.12 0.50 0.42 001743 A 0.19 0.20 0.19 G 0.81 0.80 0.81 0.30 0.31 0.31 001762 T 0.06 0.02 0.04 C 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.07 001863 + 0.00 0.02 0.01 - 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.03 001899 - 0.00 0.48 0.27 + 1.00 0.52 0.73 0.00 0.50 0.39 002434 A 0.67 0.00 0.14 C 0.33 1.00 0.86 0.44 0.00 0.24 002464 A 0.67 0.00 0.14 G 0.33 1.00 0.86 0.44 0.00 0.24 002477 + 0.60 0.21 0.29 - 0.40 0.79 0.71 0.48 0.33 0.41 002511 T 0.60 0.22 0.30 C 0.40 0.78 0.70 0.48 0.35 0.42 002625 T 0.10 0.11 0.11 C 0.90 0.89 0.89 0.18 0.20 0.19 002637 G 0.40 0.13 0.19 C 0.60 0.87 0.81 0.48 0.23 0.30 003520 C 0.11 0.16 0.13 G 0.89 0.84 0.87 0.19 0.27 0.23 003681 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003846 G 0.29 0.57 0.42 A 0.71 0.43 0.58 0.41 0.49 0.49 004223 T 0.15 0.62 0.44 C 0.85 0.38 0.56 0.26 0.47 0.49 004303 G 0.05 0.41 0.28 T 0.95 0.59 0.72 0.10 0.48 0.40 004311 + 0.50 0.35 0.43 - 0.50 0.65 0.57 0.50 0.45 0.49 004432 G 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 004483 T 0.52 0.14 0.34 C 0.48 0.86 0.66 0.50 0.24 0.45 004642 C 0.33 0.14 0.24 T 0.67 0.86 0.76 0.44 0.24 0.36 004734 G 0.19 0.68 0.42 C 0.81 0.32 0.58 0.30 0.43 0.49 004754 G 0.17 0.64 0.39 T 0.83 0.36 0.61 0.28 0.46 0.48 004981 T 0.15 0.64 0.38 G 0.85 0.36 0.62 0.25 0.46 0.47 004999 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005101 G 0.02 0.05 0.03 A 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 005240 C 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 005339 T 0.15 0.16 0.15 C 0.85 0.84 0.85 0.25 0.27 0.26 005340 A 0.19 0.66 0.41 G 0.81 0.34 0.59 0.30 0.45 0.48 005367 C 0.15 0.16 0.15 T 0.85 0.84 0.85 0.25 0.27 0.26 005770 C 0.04 0.43 0.23 A 0.96 0.57 0.77 0.08 0.49 0.36 005813 A 0.20 0.20 0.20 G 0.80 0.80 0.80 0.31 0.33 0.32 005828 G 0.22 0.00 0.11 C 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.20 005843 C 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 005956 G 0.46 0.20 0.33 T 0.54 0.80 0.67 0.50 0.31 0.44 006042 G 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 006100 C 0.00 0.45 0.22 T 1.00 0.55 0.78 0.00 0.50 0.34 006113 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006163 C 0.12 0.16 0.14 T 0.88 0.84 0.86 0.22 0.27 0.24 006299 G 0.50 0.21 0.37 A 0.50 0.79 0.63 0.50 0.34 0.46 007338 G 0.00 0.43 0.20 A 1.00 0.57 0.80 0.00 0.49 0.32 010379 T 0.00 0.08 0.04 C 1.00 0.92 0.96 0.00 0.15 0.08 010634 A 0.03 0.03 0.03 G 0.97 0.97 0.97 0.05 0.05 0.05 011085 C 0.37 0.24 0.30 G 0.63 0.76 0.70 0.47 0.36 0.42 011088 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017738 A 0.11 0.02 0.07 C 0.89 0.98 0.93 0.20 0.05 0.13 017830 G 0.33 0.26 0.30 A 0.67 0.74 0.70 0.44 0.39 0.42 018399 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 018415 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 018458 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018472 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018477 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018536 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018641 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018817 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 018832 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018854 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018962 G 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 020273 G 0.30 0.50 0.40 A 0.70 0.50 0.60 0.42 0.50 0.48 020307 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020409 A 0.68 0.07 0.38 G 0.32 0.93 0.62 0.43 0.13 0.47 020412 G 0.09 0.45 0.27 A 0.91 0.55 0.73 0.17 0.50 0.40 020774 A 0.24 0.02 0.13 G 0.76 0.98 0.87 0.36 0.04 0.23 020843 C 0.22 0.02 0.12 A 0.78 0.98 0.88 0.34 0.04 0.21 020845 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020877 G 0.20 0.02 0.11 A 0.80 0.98 0.89 0.31 0.04 0.19 021223 G 0.26 0.42 0.34 A 0.74 0.58 0.66 0.39 0.49 0.45 021236 C 0.05 0.00 0.03 T 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 021260 C 0.45 0.47 0.46 T 0.55 0.53 0.54 0.50 0.50 0.50 021489 G 0.14 0.00 0.07 A 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.14 021778 G 0.19 0.26 0.23 C 0.81 0.74 0.77 0.31 0.39 0.35 022732 A 0.13 0.37 0.25 G 0.87 0.63 0.75 0.23 0.47 0.38 022761 A 0.21 0.39 0.30 T 0.79 0.61 0.70 0.33 0.48 0.42 022775 A 0.42 0.34 0.38 G 0.58 0.66 0.62 0.49 0.45 0.47 022846 A 0.11 0.36 0.23 G 0.89 0.64 0.77 0.19 0.46 0.35 022879 A 0.00 0.08 0.04 G 1.00 0.92 0.96 0.00 0.15 0.08 023037 G 0.00 0.12 0.06 C 1.00 0.88 0.94 0.00 0.21 0.10 023822 - 0.17 0.09 0.13 + 0.83 0.91 0.87 0.29 0.17 0.23 023829 T 0.05 0.05 0.05 C 0.95 0.95 0.95 0.09 0.10 0.09 023842 C 0.05 0.07 0.06 A 0.95 0.93 0.94 0.09 0.13 0.11 023849 C 0.45 0.24 0.35 T 0.55 0.76 0.65 0.50 0.36 0.45 023897 C 0.00 0.36 0.17 T 1.00 0.64 0.83 0.00 0.46 0.28 024689 G 0.08 0.09 0.09 A 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 024743 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 024747 A 0.00 0.35 0.17 G 1.00 0.65 0.83 0.00 0.46 0.28 024860 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 027207 + 0.12 0.07 0.10 - 0.88 0.93 0.90 0.22 0.13 0.18 027421 A 0.00 0.10 0.05 G 1.00 0.90 0.95 0.00 0.18 0.09 027434 T 0.02 0.38 0.18 C 0.98 0.62 0.82 0.04 0.47 0.30 027556 - 0.00 0.05 0.02 + 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 027579 - 0.00 0.38 0.18 + 1.00 0.62 0.82 0.00 0.47 0.30 027598 A 0.48 0.34 0.41 G 0.52 0.66 0.59 0.50 0.45 0.48 027957 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028043 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028063 T 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 028097 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028243 A 0.28 0.11 0.20 T 0.72 0.89 0.80 0.41 0.19 0.31 028501 T 0.13 0.09 0.11 A 0.87 0.91 0.89 0.23 0.17 0.20 028528 T 0.02 0.43 0.22 G 0.98 0.57 0.78 0.04 0.49 0.35 028546 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028928 G 0.50 0.35 0.42 A 0.50 0.65 0.58 0.50 0.45 0.49 029119 C 0.09 0.02 0.05 G 0.91 0.98 0.95 0.16 0.04 0.10 029260 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029307 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029488 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 029722 C 0.04 0.43 0.23 G 0.96 0.57 0.77 0.08 0.49 0.36 029806 A 0.48 0.39 0.43 G 0.52 0.61 0.57 0.50 0.47 0.49 030178 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030228 A 0.00 0.26 0.13 G 1.00 0.74 0.87 0.00 0.39 0.22 030271 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030277 C 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 030314 A 0.06 0.07 0.06 C 0.94 0.93 0.94 0.12 0.12 0.12 030342 A 0.04 0.09 0.06 G 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 030364 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 030374 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030408 + 0.00 0.26 0.13 - 1.00 0.74 0.87 0.00 0.39 0.23 030517 A 0.46 0.33 0.39 G 0.54 0.67 0.61 0.50 0.44 0.48 030603 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 030700 T 0.48 0.33 0.40 C 0.52 0.67 0.60 0.50 0.44 0.48 030768 A 0.26 0.11 0.18 G 0.74 0.89 0.82 0.39 0.19 0.30 030776 T 0.07 0.02 0.04 C 0.93 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 030924 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030925 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030997 A 0.48 0.35 0.41 G 0.52 0.65 0.59 0.50 0.45 0.49 031065 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 031134 T 0.06 0.33 0.19 C 0.94 0.67 0.81 0.12 0.44 0.31 031158 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031753 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031763 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031785 T 0.04 0.45 0.24 C 0.96 0.55 0.76 0.08 0.50 0.36 031882 A 0.05 0.45 0.25 G 0.95 0.55 0.75 0.09 0.50 0.38 032328 C 0.05 0.45 0.24 T 0.95 0.55 0.76 0.09 0.50 0.37 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000995: tggGG 001352: C 001863: GGCCGCCGCGcc 001899: GGGCCCCGCTGTCCGCCGCCCGCCG 002477: CTCAGAAGCGGGAAGGGCGAGGATTTGGACCTG 004311: C 023822: GACGTT 027207: C 027556: TT 027579: CT 030408: g